SNV

nsSNPs致病性分析（一）：自己写脚本分析蛋白质保守性

——仅以此纪念自己半路夭折的工具开发计划初衷：SNV有很多类型，其中落在编码区域的非同义突变(nsSNPs)会带来氨基酸序列的改变，很可能带来不良的影响，但是其影响程度与其所处的位置以及氨基酸的理化性质有关若非同义替换的发生位置是蛋白质的功能或结构的核心区域则更可能带来不良的影响

UnderStorm·2024-02-05 05:01

肿瘤为什么这么难治——肿瘤异质性背个锅

单核苷酸突变（SNV）和DNA拷贝数目变化（CNV）又可以表现为病人间异质性（inter-patient）、肿瘤间异质性（inter-tumour）和肿瘤内异质性（intra-tumour）。

生信杂谈·2024-01-15 07:37

光谱数据预处理综合

光谱预处理典型方法光谱预处理的典型方法主要包括平滑/导数、标准正态变量（SNV）、乘性散射校正（MSC）、傅立叶变换（FT）、小波变换（WT）、正交信号校正（OSC）和净分析物信号（NAS)。

子虚先生√·2024-01-12 17:08

使用bedtools列出bed文件所包含的全部SNV位点

bedtoolsintersect–asnps.bed–bexons.bed一条命令足矣。

WooWoods·2024-01-06 02:50

DNA测序分析之Genetic variation和测序类型介绍

Geneticvariation分成4中类型：单核苷酸失常SNV(P)，单核苷酸失常又分成了两种，其中一种是snp，也就是单核苷酸多态性，是在人群中有的突变；另一种就是SNV,是单核苷酸突变，是在个体中发生的突变

gtt儿_生物信息学习·2023-12-31 07:26

GATK4 Mutect2 call Short Variant

GATK4Mutect2callShortVariant先来看一下GATK官网对ShortVariant的定义：Shortvariantsincludesinglenucleotide(SNV)andinsertionanddeletion

JeremyL·2023-12-30 13:41

git 提交提示邮箱问题？

小伙伴们大家好多的不讲少的不唠先看报错wangfeng@LAPTOP-SNV7J00MMINGW64/d/Onedrive/桌面$gitremoteaddoriginhttps://gitee.com/

我叫汪枫·2023-12-25 00:20

二代测序之SNV基础知识笔记总结

二代测序之SNV基础知识笔记总结文章目录二代测序之SNV基础知识笔记总结SNV基础知识SNVsMutationvs.Variant[变异和突变]不同层次的突变DNA：1.编码DNA（codingDNA）

唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

重测序分析

重测序分析内容：SNP，INDEL,SV,SNV进化分析，群体结构：LD,FST分析数据和流程。

每天都想睡觉的阿源·2023-10-10 13:41

TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图（oncoplot）和基因词云

使用XENA**的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图。

Seurat_Satija·2023-09-29 15:55

GIT项目迁移之将本地项目上传到远程Git服务器

服务器上的项目进行备份，因为项目文件很大无法使用http的方式进行备份(提交字节有长度限制)，只能使用SSH的方式思考：在那些特征下使用SSH1、大型项目(1g…ng)将代码上传到Git服务器2、使用SNV

黑哒哒的盟友·2023-09-29 13:00

Java基于url获取host的两种方法

Java基于url获取host的两种方法需求：基于url获取host，case如下：http://snv.iteye.com/blog/1992991结果为snv.iteye.comsnv.iteye.com

KobeSacre·2023-09-06 15:34

ExpressLRS开源之基本调试数据含义

.含义解释3.1ID(packetCounter),Antenna,RSSI(dBm),LQ,SNR,PWR,FHSS,TimingOffset3.2IRQ_CNT,RSSI_AVE,SNR_AVE,SNV_MAX

lida2003·2023-08-31 07:17

在 Matlab 中使用 Git 管理源代码

s_tid=CRUX_lftnavMatlab支持使用Git或SVN工具管理源代码，需要提前安装好相应的Git或SNV。

[[Night Knight]]·2023-08-29 21:40

植物重测序---变异位点分析(GATK篇)

基因组变异的类型有很多，譬如：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）、单核苷酸位点变异（singlenucleotidevariant,SNV）、插入/缺失（

LiuYueRR·2023-08-24 12:52

windows下gitBlit服务器搭建与nginx反向代理

以前一直都用svn，但是通过对比发现git优于snv的。为了与时俱进，稍微折腾一下，在自己的nas上搭建一个git服务器。新手难免会踩坑，在这里记录一下。

停泊泊泊泊泊泊·2023-08-11 14:21

科研实用技能 | 运用软件分析snp，indel等之后如何设计引物进行验证呢

最近在做一批样本，是基于大规模基因组测序寻找新的疾病相关突变位点（snv）和indel等的。软件给出的结果一般都是以下形式，给出的只有突变所在基因组位置或者区间信息。

不想透明的小透明·2023-07-31 17:55

【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍

米源MY·2023-07-16 06:24

SNP，SNV 傻傻分不清楚？

体细胞突变（somaticmutations）我们的体细胞时刻在发生着变异，但是一般突变率都很低，并且细胞会进行修复，不能修复就被免疫系统破坏掉。相对健康单个个体而言，所有细胞内的遗传物质应该是一样的。而癌症大部分是因为某个组织局部的细胞发生了突变的累积，免疫系统也无法起作用。但是这种变异是不遗传的，因为变异只是发生在个别细胞中，身体中其他大部分都是正常的，包括生殖细胞等。所以是细胞与细胞之间的差

上校的猫·2023-04-20 17:15

该算法主要用于处理高光谱和近红外光谱的原始数据

该算法主要用于处理高光谱和近红外光谱的原始数据，主要包括标准正态变量交化（SNV）、标准化（Autoscales）、SavitZky一Golay卷积平滑法（SG-平滑）、一阶求导（1stderivative

「已注销」·2023-04-13 19:54

怎样用IGV查看reads对的方向关系？

它除了能够方便查看二代测序结果检出的SNV/InDel等各种变异的信息之外，还可以通过简单的设置，用不同的颜色标注一对reads的方向关系。

徐广惠_6f76·2023-04-10 08:32

Git远程协作开发通用操作

很多版本控制器眼花缭乱，Snv，Git等，我们下面来说一下Git的远程协作开发的常用步骤1、先说一下Git我们如何切换分支，首先切换分支时候要保证我们的代码是最新的，要先更新我们本地代码gitremoteupdate

飞天神猪ll·2023-04-07 18:55

高光谱预处理方法之MSC与SNV——matlab实现

光谱多元散射校正（MSC）的目的：经过散射校正后得到的光谱数据可以有效的消除由于散射水平不同带来的光谱差异，从而增强光谱与数据之间的相关性。（1）求得所有光谱数据的平均值作为“理想光谱”；计算平均光谱：（2）将每个样品的光谱与平均光谱进行一元线性回归运算，求得各光谱相对于标准光谱的线性平移量(回归常数)和倾斜偏移量(回归系数)，一元线性回归：mi和bi分别表示各样品近红外光谱Ai与平均光谱A进行一

running鸿·2023-03-29 10:14

GATK4插件Mutect2参数解析

作者按最近在准备着换一个职业赛道，所以在做之前所有项目的回溯，遇到了最最基础的SNV+Indel的流程，给别人重新讲了一遍Mutect2的过滤规则和参数选择，发现这个，含金量比我之前写的SV和CNV高多了

佳期如梦你也是·2023-03-18 18:25

A resource of variant effect predictions of single nucleotide variants in model organisms

0.简介这篇文章是2018年12月发表在期刊molecularsystembiology上的一篇关于SNV效应预测的资源数据库。

Zhai1994·2023-03-17 10:48

2022-11-01

-11-0110:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=69.504推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、精确空间采样，同时分析来自相同个体癌变组织腺体和正常组织隐窝的单核苷酸变异(SNV

图灵基因·2023-02-17 13:14

肿瘤外显子数据分析 -- 20201119

1.背景知识1.1生物背景人类基因组、基因、外显子、内含子、CDS、UTR、中心法则1.2癌症背景突变：SNP、SNV、CNV、SV、somaticmutations、germlinemutations

BHHANt·2023-01-14 08:16

变异记录文件格式 vcf

1.vcf文件概述vcf文件格式是变异结果存储的标准格式，一般多用于单核苷酸变异（SNV）或小片段的插入缺失（indel

新爷话数据·2023-01-07 16:33

SNP注释神器——VEP（生信）

软件下载与安装3.1安装vep的方式4.vep的使用4.1.使用基本的参数进行测试4.2在docker下使用1.背景知识二代测序发现的变异数量是巨大的，以人类基因组为例，1个人类基因组包含近3500000个SNV

小飞棍来喽~·2022-12-29 03:34

常见近红外/红外光谱数据预处理方法及MATLAB实现

之外还包含基线漂移、噪声等信号，与此同时存在着因样本大小以及环境等因素带来的谱线偏移，在进行特征分析前能够最大限度的滤除无用及干扰信号是数据分析及信号处理领域最基本、最热门的方向之一，而常用近红外光谱预处理方法包含SNV

一条大咸咸鱼·2022-11-27 07:01

Xcode Xib、Storyboard、plist无法打开右键的菜单中选项Open As下一级菜单选项为 None

今天一不小心发现项目中的的Xib、Storyboard、plist都打不开了,如下图：image.png右键显示是这样：image.png很奇怪，也没改什么东西，网上百度一通，又说是因为Git或者SNV

Superman168·2022-04-07 14:42

TCGA数据库copy number variation数据分析（第一部分：从数据下载到GISTIC输出文件）

不同于snv数据的是，cnv的数据从TCGA下载后需要一些数据的预处理、以及下载其他的一些必需文件。这篇笔记就是记录从文件下载、数据预处理、以及使用GISTIC在线软件生成maftools的输入文件。

生信start_site·2020-10-08 09:41

TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）

这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的R包。

生信start_site·2020-10-08 08:53

高光谱病虫害SPA x-Loading Weights MSC SNV SGSmoothing Normalize

ENVI（TheEnvironmentforVisualizingImages）RMSERootMeanSquareError,均方根误差是观测值与真值偏差的平方和与观测次数m比值的平方根。是用来衡量观测值同真值之间的偏差MAEMeanAbsoluteError，平均绝对误差是绝对误差的平均值能更好地反映预测值误差的实际情况.标准差StandardDeviation，标准差是方差的算数平方根是用来

qq_40247880·2020-09-14 05:44

数据挖掘之分类指标：召回率、精确度、准确率、虚警率和漏警率

转载：http://snv.iteye.com/blog/2113945场景如下：假设原样本有两类，True和False，其中：1.总共有T个类别为True的样本；2.总共有F个类别为False的样本；

weixin_34308389·2020-09-14 00:38

Hadoop执行Job时因超时自动kill原因及解决方案

转自：http://snv.iteye.com/blog/1879983Hadoop执行Job时因超时自动kill，信息如下：Java代码Taskattempt_201305231045_3281_m_

Olav·2020-09-13 18:18

GATK4.0和GATK3.5 Call SNV的差异

GATK4.0明显比GATK3.5Call出的SNV的数量多。

晓佥·2020-08-25 09:17

CentOS 下 Apache + Subversion 实现版本控制

首先要说明一点的是Apache并不是必须安装的,如果你只用在CentOS下本地实现版本控制的话,否则你至少要选择一种服务器与SNV配合使用才能实现远程版本控制,比较推崇使用Apache,好处实在太多了,

qingflyer·2020-08-25 01:49

Idea 部署SVN详细步骤以及上传、检出、提交更新步骤

Snv2idea工厂提交和检出1、Idea集成svn2、查看svn仓库调出svn视图：连接svn服务器：连接后效果如下：3、忽略上传文件由于不同的用户使用的环境不同，因此有些文件不用上传到svn服务器，

毅如既往-0503·2020-08-16 10:30

svn每天工作流程和解决办法

今天总结几点SVN的使用1.SVN服务器端安装2.SVN客户端软件3.SNV与Xcode的集成服务器用来做代码仓库客户端向服务器端提交如果到公司的第一件事情就要问是SVN开发还是GIT如果是SVN那么我们需要问

龙仔941·2020-08-14 10:26

Android 将代码上传svn的进行代码管理

现实的开发中我遇到了这样的问题：我通过AndroidStudio进行Android开发，这时需要将公司SNV上的代码下拉，整理后重新上传到SVN的不同地址下进行代码分管，两套代码要同时存在，分别管理，下面是代码上传和下拉以及重新上传到新地址的步骤

Vermouth_alone·2020-08-09 19:31

SVN使用教程图文教程

2安装SVN2.1安装完成后，比如我想把代码放在我的电脑其中一个位置比如：我的项目在F盘的目录下中，我右键就可以看到如下：说明snv已经安装成功了！2.2使用checkout下载项目。

上线就吃代码·2020-08-08 18:33

关于cc2540Flash断电保存的操作

一、调用osal_snv_write();和osal_snv_read();首先添加头文件#include"osal_snv.h"然后打开OSAL文件夹下的bcomdef.h,在该文件里面自己添加一个保存的地址

Stephen_Lu_Fahai·2020-08-07 12:52

GATK Best Practices — step3 体细胞突变 SNV/INDEL（Somatic SNVs + Indels）

一、体细胞突变SNV/INDEL（SomaticSNVs+Indels）的介绍GATK官网介绍：Somaticshortvariantdiscovery(SNVs+Indels)单个样本/成对样本都可以进行这一步官方给出了两套流程

小灰灰不会飞那又怎样·2020-07-31 11:53

数据挖掘_分类指标_召回率、精确度、准确率、虚警率和漏警率

转载自https://snv.iteye.com/blog/2113945场景如下：假设原样本有两类，True和False，其中：1.总共有T个类别为True的样本；2.总共有F个类别为False的样本

言午三吉·2020-07-30 05:40

CC2640的Flash操作

在CC2640里，osal_snv_write的API函数是基于ICall层来操作的。因此，需要把flash操作和simplepherial的task绑定。

jacklondonjia·2020-07-29 19:38

学习JBPM 工作流引擎 API方法（二）

分享一套j简单的JBPM入门视频https://pan.baidu.com/s/1sNv5n0Xk3lXn-YSLxum2EQ提取码：idfq我是在eclipse当中安装的JBPM安装好JBPM之后，创建一个

张某某啊哈·2020-07-13 10:45

WES/WGS-QC-SNV(GATK) | 自动

00写在前面仅针对人类WGS或WES数据，供参考。时间管理某一点：能自动化的工作尽量自动化，不要时间用在毫无意义的重复上。脑袋好比肌肉，需要不断提高负重的锻炼才能达到“有效锻炼”。01软件准备这里主要使用GATK的bestpractice进行数据处理，GATK一直在更新维护，建议下载最新版，这里用的是GenomeAnalysisTK-3.8-0-ge9d806836。参考链接如下：https://

fatlady·2020-07-13 04:40

免疫基因组指标的计算（6个）

抗原通过蛋白编码单个核苷酸变异(SNV)(Variant_Classification=

凌川美兮·2020-07-06 18:00

生物变异背景知识~逃不过躲不掉，终究要知道

和SNV、CNV又有什么关系？SNP和SNV是一回事吗？还有非同义突变、错义突变、无义突变又是怎么一回事？

刘小泽·2020-07-05 23:42

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