Slurm

生信工作流框架搭建 | 04-nextflow与Slurm高性能计算

目录生信工作流框架搭建|04-nextflow与Slurm高性能计算前情提要什么是HPC高性能计算什么是slurmnextflow配置注意事项下期预告生信工作流框架搭建|04-nextflow与Slurm
郑二狗·2023-04-10 03:41

slurm节点,分区,作业信息说明

节点状态查看命令：sinfo说明：PARRITION：节点所在分区AVAIL：分区状态，up标识可用，down标识不可用TIMELIMIT：程序运行最大时长，infinite表示不限制，如果限制格式为days-houres:minutes:secondsNODES：节点数NODELIST：节点名列表STATE：节点状态，可能的状态包括：allocated、alloc：已分配completing、c
抹香鲸之海·2023-04-09 01:23

slurm提交Tensorflow任务实现

，只能通过很naive的方法，指定psnode/workernode，在不同的节点分别执行对应的程序来实现多机协同训练模型的效果．这种方式对于集群环境，存在大量节点的情况就显得非常的不方便．本文是基于slurm
jacob_wjj·2023-04-09 01:47

Slurm作业调度系统基本指令

Slurm简介SLURM（SimpleLinuxUtilityforResourceManagement）是一种可用于大型计算节点集群的高度可伸缩和容错的集群管理器和作业调度系统，被世界范围内的超级计算机和计算集群广泛采用
githubcurry·2023-04-09 01:41

SLURM使用指南

目录一.sinfo查看集群二.sacct查询历史作业三.squeue查询作业状态四.scontrol查看作业节点命令五.提交作业1.srun2.sbatch3.salloc六:总结一.sinfo查看集群作为查看集群状态的基本命令：Usage:sinfo[OPTIONS][root@master~]#sinfoPARTITIONAVAILTIMELIMITNODESSTATENODELISTCPU4
吃饭就用盆·2023-04-08 12:33

slurm作业调度集群搭建及配置

目录一环境准备二时间同步三munge认证四数据库安装五slurm搭建六集群用户管理和初始化配置qos配置一环境准备主机规划master192.168.220.128node1192.168.220.129
吃饭就用盆·2023-04-08 12:03

Apptainer_Singularity容器原理

Singularity容器技术是劳伦斯伯克利国家实验室开发专门用于高性能计算场景的容器技术（Slurm系统是劳伦斯利弗莫尔国家实验室研发），Singularity完全基于可移植性进行虚拟化，更加轻量级，
Felix.Lee·2023-04-04 16:27

Slurm问题-关于节点共享队列以及配置cgroup的问题

在slurm.conf中每个分区的所有参数放在一行中。每一行分区配置信息应该代表一个不同的分区。根据官网描述，可以通过在
Felix.Lee·2023-04-04 16:56

SLURM批处理调度系统介绍

SLURM(SimpleLinuxUtilityforResouceManagement)非常成熟的开源社区集群批处理调度系统。
weixin_42849849·2023-04-04 16:25

Slurm集群调度策略详解（2）-回填调度

1.slurm集群调度系统简介作业调度系统其实就是指按一定策略把并行程序的各子任务或者是面向多用户的一组作业按一定的选择策略使之与各计算节点的空闲资源相对应，让其在对应的资源上运行，所以作业调度系统是联系上层应用和下层资源的中枢
h_m_l·2023-04-04 15:31

Slurm如何管理和使用节点资源

Slurm管理和使用集群节点资源主要分为四个环节：分别是初始化节点资源、更新节点资源、测试节点资源可用、实际分配节点资源。
h_m_l·2023-04-04 15:00

Slurm架构和源码分析

1.Slurm简介SLURM（SimpleLinuxUtilityforResourceManagement）是一个可用于大型计算节点集群的高度可伸缩的集群管理器和作业调度系统。由60万行C代码组成。
h_m_l·2023-04-04 15:00

Slurm开发入门介绍

目录1.形势分析1.1.我国新基建战略与先进计算产业1.2.数据中心/云计算中心/超算中心的核心部件以X86服务器为主1.3.大国在HPC领域的较量2.HPC调度技术介绍2.1.调度技术一览2.2Slurm2.2.1
h_m_l·2023-04-04 15:00

Slurm集群调度策略详解（1）-主调度

slurm集群调度策略详解（1）-主调度HPC高性能集群概述高性能计算机一般由计算单元、互联通信、高速存储、监控诊断、基础架构、操作系统、编译器、运行环境、开发工具等多个软硬件子系统组成。
h_m_l·2023-04-04 15:00

slurm集群安装

1、安装munge和slurm（所有机器）sudoaptinstallmungeslurm-wlm2、配置/etc/slurm-llnl/slurm.conf文件（所有机器，配
nice_wen·2023-04-04 15:55

浅谈Slurm作业调度系统

1.相关基本概念资源（Resource）作业运行过程中使用的可量化实体都是资源；包括硬件资源（节点、内存、CPU、GPU等）和软件资源（License）；集群（Cluster）包含计算、存储、网络等各种资源实体且彼此联系的资源集合；在物理上，一般由计算处理、互联通信、I/O存储、操作系统、编译器、运行环境、开发工具等多个软硬件子系统组成；节点是集群的基本组成单位，从角色上一般可以划分为管理节点、登
男孩李·2023-04-04 15:21

Slurm集群使用

常用命令：sinfo#查看服务器节点和分区squeue-uusername#查看你当前运行的任务scontrolshowjobJOBID#查看指定的jobID的状态scanceljobid#取消对应jobid任务sbatchtest.s#以批命令的方式运行test.s这个文件。scontrolshownode#显示所有node节点的硬件信息scontrolshownodenode02"#查看名字为
Harth·2023-04-04 15:21

Slurm常用命令总结

1.常用命令及功能介绍sacct：显示激活的或已完成作业或作业步的记账（对应需缴纳的机时费）信息。salloc：为需实时处理的作业分配资源，典型场景为分配资源并启动一个shell，然后用此shell执行srun命令去执行并行任务。sattach：吸附到运行中的作业步的标准输入、输出及出错，通过吸附，使得有能力监控运行中的作业步的IO等。sbatch：提交作业脚本使其运行。此脚本一般也可含有一个或多
男孩李·2023-04-04 15:50

slurm(一) —— 简介

Slurm(SimpleLinuxUtilityforResourceManagement)是一个开源、容错、高可伸缩的集群管理和大型小型Linux集群作业调度系统。
hxxjxw·2023-04-04 15:18

Slurm资源管理架构

Slurm资源管理架构1、Slurm架构通过集中式的slurmctld来管理和控制资源，充当控制节点。每个计算节点都有一个守护进程，称为slurmd。
Felix.Lee·2023-04-04 15:27

cuda编程的规约策略-MINRES算法的进阶优化

CUDA编程的常见问题1：Error:CUDAdriverversionisinsufficientforCUDAruntimeversion，这个问题一般是任务在登录节点运行出现的，如果放到计算节点（slurm
Galerkin码农选手·2023-03-31 07:04

使用SLURM运行Hic-Pro

由于最近工作失误，错误运行了两次Hic-Pro，由于其中Bowtie2的运行相当耗时，耽误了大量的时间，于是决定安装一个SLURM集群系统，并行运行Hic-Pro，来减少工作时间。
抠脚_b41d·2023-03-20 04:13

Slurm查看作业信息

查看runningjob资源信息$sstat-a--format="JobId,Pids,AveCPU,AveRSS,MaxRSS"jobIDsacct查看FINISHED作业sacct--format="JobId,Elapsed,CPUTime,CPUTimeRAW,AveCPU,TotalCPU,UserCPU,SystemCPU,AveRSS,MaxRSS"-jJobID（一串数字）Ref
不多不少の·2023-02-07 13:51

vscode中使用slurm集群上计算节点调试程序

问题问题就是vscode在集群中调试的时候不能自动进入computenode,而是停留在loginnode假设你已经会通过vscode远程连接服务器解决方案1通过命令ssh到集群sshcluster2在集群中authorized_keys添加本地笔记本或者台式机的publickey（windows系统的路径在C:\Users\yourusername\.ssh\id_rsa.pub，如果没有话可以
Challow·2023-02-03 19:18

在ubuntu环境下搭建slurm

基于ubuntu的slurm集群搭建前言一、关闭防火墙以及SELinux二、修改主机名/etc/hosts,/etc/hostname三、配置SSH免密、NTP、NFS1.SSH免密2.NTP安装（不安装似乎也没影响
风轻云淡这·2023-02-01 10:29

【环境配置】Slurm作业调度运行python文件

Slurm资源管理系统介绍  SLURM（SimpleLinuxUtilityforResourceManagement）是一种可用于大型计算节点集群的高度可伸缩和容错的集群管理器和作业调度系统，被世界范围内的超级计算机和计算集群广泛采用
一穷二白到年薪百万·2023-02-01 10:29

slurm安装配置_相对全面的SLURM集群的配置、安装及一些小问题的解决

年前做了slurm集群的安装与配置，这里写出来与大家分享一下。安装配置的时候在网上找了很多资料，发现网上的版本都比较简单，很多东西没有说清楚，这里为大家一一详细说明，希望能对需要的朋友们有所帮助。
evv安·2023-02-01 10:54

slurm配置安装 本地源制作+SSH+NFS+NTP+NIS

slurm配置安装基础配置控制节点配置静态IP地址修改文件vi/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-ens33BOOTPROTO="static"ONBOOT=yesIPADDR
强少张·2023-02-01 10:22

Slurm集群配置dvgo_cu

Slurm集群配置dvgo_cu配置dvgo_cuErrorslibcublasLt.so.11libopcodes-2.30-55.el7.2.so‘-std=c++14’collect2:error
Wang_NNN·2023-02-01 10:21

【无标题】hpc slurm pbs 环境配置

有需要在linux服务器安装csthfssls-dyna(linuxmppsmp)fekoadsansysabaquscomsolwrfFVCOMcesmvaspcp2klammpsmatlab等各种可并行计算软件的可以联系我，谢谢可以在各种超算安装，教学超算并行计算，任务提交。可以搭建并行环境，超算环境，调度系统slurmpbs安装配置。需要私聊，打扰了，谢谢q:1597220976w:bzyy
hpc服务·2023-02-01 10:49

slurm集群搭建

Slurm是面向Linux和Unix的开源工作调度程序，由世界上许多超级计算机使用，主要功能如下：1、为用户分配计算节点的资源，以执行工作；2、提供的框架在一组分配的节点上启动、执行和监视工作（通常是并行作业
zoujiangMr·2023-02-01 10:48

Slurm中集群配置文件slurm.conf

1.slurm.conf简介slurm.conf是一个ASCII文件，它描述了一般的Slurm配置信息、要管理的节点、有关如何将这些节点分组到分区中，以及各种调度与这些分区关联的参数。
男孩李·2023-02-01 10:18

slurm作业优先级

Job_priority=site_factor+(PriorityWeightAge)*(age_factor)+(PriorityWeightAssoc)*(assoc_factor)+(PriorityWeightFairshare)*(fair-share_factor)+(PriorityWeightJobSize)*(job_size_factor)+(PriorityWeightPa
gaojijun_bit·2023-02-01 10:18

Slurm配置VQRF环境

基于Anaconda与Slurm搭建VQRF环境代码：VQRFmoduleloadcuda/11.1condacreate-nvqrfpython=3.8pipinstallprettytablepipinstalleinopspipinstalltorch
Wang_NNN·2023-02-01 10:45

超算小知识

slurm小结：https://blog.csdn.net/sowhatgavin/article/details/81878245?
爱吹口哨的夜莺·2023-01-31 09:02

超算FileZilla运行

需要制作一个作业脚本，每运行一个文件最好是制作一个脚本文件，脚本内容如下图所示参考资料来源于：http://docs.hpc.whu.edu.cn/files/whuhpcdocs.wiki/slurm_basic.html
北京纯牛奶·2023-01-31 09:31

【干货】你可能不知道的 20个 Linux 网络工具

如果要在你的系统上监控网络，那么使用命令行工具是非常实用的，并且对于Linux用户来说，有着许许多多现成的工具可以使用，如：nethogs,ntopng,nload,iftop,iptraf,bmon,slurm
易道云控·2023-01-30 08:52

常用Slurm作业投递及查询命令

每个队列中包含不同节点）QOS：服务质量，可理解为用户可使用的CPU，内存等资源限制tasks：任务数，默认一个任务使用一个cpu核，可理解为job所需的cpu核数socket：cpu插槽，即物理cpu颗数2.Slurm
Xiaofei@IDO·2023-01-09 15:38

slurm交互式提交作业

文章目录申请CPU申请GPU申请CPU集群的计算节点默认不允许用户直接登录，对需要交互式处理的程序，在登录到集群后，使用salloc命令分配节点，然后再ssh到分配的节点上进行处理：[jessy@workstation~]$sallocsalloc:Grantedjoballocation684salloc:Waitingforresourceconfigurationsalloc:Nodescp
qq_43718758·2022-12-29 21:37

Slurm基础用法

目录节点状态查看追踪任务运行任务使用示例节点状态查看用sinfo可以查看现有的节点，分区：$sinfoPARTITIONAVAILTIMELIMITNODESSTATENODELISTcpu*up30-00:00:01compcn042cpu*up30-00:00:045mixcn[001-031,036-041,043-050]gpuup30-00:00:04mixgn[001-004]agpu
muyuu·2022-12-26 16:31

【Pytorch】服务器Slurm上单/多GPU模型训练及保存加载

文章目录一、多GPU模型训练1、Pytorch多GPU模型训练原理2、Pytorch实现二、多GPU模型保存和加载三、Slurm命令使用四、代码Pytorch网站一、多GPU模型训练1、Pytorch多
wjn922·2022-12-23 23:42

Slurm超算集群跑深度学习代码教程

参考教程http://docs.hpc.whu.edu.cn/登录武汉大学信息门户，在办事大厅的搜索栏进行搜索，然后按照指示进行VPN和超算中心的账号申请。超算中心的用户名和密码在武汉大学超算中心申请成功后，会发到指定邮箱。超算学生账户关联主账户申请如果是校外操作，则需要通过easyconnect登陆集群专属VPNhttps://.whu.edu.cn/1.连接超算使用支持SSH协议的客户端软件M
代码小白的成长·2022-12-23 23:39

slurm 使用

简单使用方法一：交互式使用方式：使用salloc请求资源，然后可以使用ssh连接节点后使用。squeue用来查看jobsalloc-N1-n1--exclusivesqueue-u`username`--state=runningsshcasxxx详解解释–exclusive为独占节点，方法二：srun-N2-n24-pdebug-qdebugprogramname>ouputfile-N表示节点
24kb_·2022-12-23 23:39

超级计算机 任务提交,超算任务提交系统slurm用法

Abstract:介绍了Slurm系统的基础用法，列举了一些样例。
碧霄丶·2022-12-23 23:38

slurm作业提交系统常用命令

常用术语user：用户名node：计算节点core：cpu核job：作业jobstep：作业步，单个作业可以有多个作业步partition：分区，作业需在特定分区中运行QOS：服务质量，可理解为用户可使用的CPU、内存等资源限制tasks：任务数，默认一个任务使用一个cpu核，可理解为作业所需的cpu核数socket：cpu插槽，可理解为物理cpu颗数stdout：标准输出文件，程序运行正常时输出
抹香鲸之海·2022-12-23 23:37

slurm-gpu集群搭建详细步骤

初衷首先，slurm搭建的初衷是为了将我多个GPU机器连接起来，从来利用多台机器的计算能力，提高计算效率，之前使用过deepops去搭建，结果最后好像deepops对GPU的卡有要求，我的每台机器卡都不一样
ITIRONMAN·2022-12-23 23:06

集群Slurm使用教程

批量提交任务示例：job_cpu.sh#!/bin/bash###设置该作业的作业名#SBATCH--job-name=ikdmmt###指定该作业需要2个节点数#SBATCH--nodes=2###该作业需要8个CPU#SBATCH--ntasks=8###作业脚本中的输出文件#SBATCH--output=job_cpu.%j.out###程序的执行命令#nvidia-smicd/home/p
Penno_彭儒·2022-12-23 23:36

Slurm基本使用

1Slurm作业管理系统系统使用Slurm作业管理系统，采用共享模式。为避免系统资源浪费，使用时请尽量保证满核提交（即为单节点核数的整数倍），不要在登录节点直接运行计算程序。
zoujiangMr·2022-12-23 23:35

【GPU】计算集群Slurm使用

Motivation之前从来没有用过集群，跑代码都是用单独的服务器，第一次上手组里的集群懵逼了一天。中文的博客大部分都写的很一般，有些我想知道的问题也找不到答案。所以就想着，自己一遍学习一边记录一下，做成一个入门的介绍，方便自己和其他新入门的朋友查看。查看节点状态sinfo输出参数的含义PARRITION：节点所在分区AVAIL：分区状态，up标识可用，down标识不可用TIMELIMIT：程序运
小丫么小阿豪·2022-12-23 23:34

PyTorch分布式训练

0『目录』0X01分布式并行训练概述0X02Pytorch分布式数据并行0X03手把手渐进式实战A.单机单卡B.单机多卡DPC.多机多卡DDPD.Launch/Slurm调度方式0X04完整框架Distribuuuu0X05Reference1
just do it now·2022-12-10 06:30
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