Waterman

生信课程笔记4-序列算法补充

similarityscore）最优全局比对（optimalglobalalignment）：Needleman-Wunsch算法最优局部比对（optimallocalalignment）：Smith-Waterman
果蝇饲养员的生信笔记·2024-02-08 22:23

序列比对原理

主要几种算法包括全局比对算法（Needleman-Wunsch算法），局部比对算法（Smith-Waterman算法），Blast等。
生信自修室·2024-01-18 05:40

麦肯锡7S模型：43家标杆企业的组织成功秘诀

托马斯·J·彼得斯（ThomasJ．Peters）和小罗伯特·H·沃特曼（RobertH．Waterman），这两位斯坦福大学的管理硕士、长期服务于美国著名的麦肯锡管理顾问公司的学者，访问了美国历史悠久
影子喵喵喵·2024-01-08 22:57

Week 20 (07.05.14-07.05.18) LNBS

Waterman说找个时间讨论分工、流程、进度。并且注意：>项目不要求订的太紧张，隔段时间出个文档即可；>最好他也能参与进来；周二在公司配置Ubuntu，保证基本工作环境。周三开会讨论NSP
shawnrong·2023-12-26 14:46

Week 16 (07.04.16-07.04.20) LNBS

Waterman提出这个Project，由Felix和我负责。由于NFFS2尚未结束，首先由Felix做前期研究。
shawnrong·2023-12-26 14:45

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现

生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（
大青儿·2023-10-31 09:19

全局比对与局部比对

Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法分别对应全局比对和局部比对，这两个生物序列比对算法比较简单，这里就不介绍了。
TOP生物信息·2023-09-15 23:34

Smith-Waterman 算法(不含回溯)

1.基本算法(摘自维基百科)：1.1空位权值恒定模型算法空位权值恒定模型算法1.2通用算法通用模型算法其中H(i,j)是最终的得分矩阵。F(i,j)和E(i,j)矩阵分别用来存储在两条比对序列上开辟空位延伸比对的消耗(cost)。o代表第一个空位的罚分值，e代表延伸时的罚分值。(原文内容：In(3)and(4),odenotesthegapopeningpenalty,whileerepresen
edger330·2023-06-17 17:35

【生信】生物序列比对

生物序列比对1、生物序列比对介绍2、序列比对算法基于全局匹配的算法（1）打分矩阵（2）动态规划算法（3）Needleman-Wunsch算法基于局部匹配的算法Needleman-Wunsch算法Smith-Waterman
朝荣·2023-01-11 08:27

蛋白质功能预测

3．Smith-Waterman算法：1981年，Smith和Waterman提出的一种用来寻找并比较这些具有局部相似区域的方法，即常用的Smith-
AquilaEAG·2022-12-19 19:09

【序列比对】Needleman-Wunsch（全局）和Smith-Waterman（局部）算法py实现（多条回溯路径，三叉树思路，超详细注释）

Needleman-Wunsch和Smith-Waterman算法py实现（多条回溯路径）话不多说，直接上结果图，多条回溯路径。
Dream of Grass·2022-11-24 09:34

QB期刊 | 纪念HGP20周年系列文章3：陈润生院士回顾我国早期生物信息学的发展...

在QB2021年第1期中，QB编辑部分别邀请了MichaelS.Waterman教授讲述了HGP最早的那段历史（点击这里阅
生信宝典·2022-11-19 04:28

比对算法总结(一)——基于哈希表结构的比对算法

其次，通过经典比对算法（Smith-Waterman算法和Needleman-Wunsch算法）缓慢精确的比对定
生信小书童·2021-07-06 23:42

[ZT] 常用在线序列比对工具

文章来源：企鹅号-卡嘿哟从早期序列比对工具Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal算法，以及近几年的Muscle、MAFFT序列比对算法。
爱折腾的大懒猪·2021-04-29 21:17

移植NFTL的Research

Waterman提到可能先做portingNFTLtoLinux，所以今天下午对Linux下的NFTL以及相关porting工作先research一下。
shawnrong·2020-09-15 11:30

SMITH WATERMAN算法

1.1序列相似性比较生物信息学中，对各种生物大分子序列进行分析是一件非常基本的工作。从序列的片段测定，拼接，基因的表达分析，到RNA和蛋白质的结构功能预测，物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列相似性的比较。在遗传物质长期的演化过程中，原本相同的DNA序列由于其中一条序列缺失了几个片断，或增加了几个片断，或某段子序列发生了位置的变化等，从而导致他们发生了不同，这两条序列不一定能进行精确的匹配，但是
iteye_8260·2020-08-24 00:18

序列比对(三)——局部联配Smith-Waterman算法

其中最常见的就是Smith-Waterman算法。Smith-Waterman算法与Needleman-Wunsch算法类似，只是在计算得分矩阵分值的时候
生信了（公众号同名）·2020-08-23 09:58

用python实现Smith-Waterman算法

我在网上也看过一些关于该算法的python代码，有的复杂度过大，有的写的过于繁琐。于是我决定自己动手写一个。以下是实现过程。（关于算法的原理，本文不提及）4.1Smith-WatermanimplementationWritePythonprogramtoconducttheclassicalSmith-Watermanalgorithmandillustrateusinganexampleofp
东山阿强·2020-07-28 21:22

Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法

全局和局部序列比对:全局序列比对尝试找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对。如S1=GCCCTAGCGS2=GCGCAATG如果设定每个匹配字符为1分，每个空格为-2分，每个不匹配为-1分，则下面的比对就是全局最优比对：S1'=GCCCTAGCGS2'=GCGC_AATG,连字符“_”代表空格。在S2'中有五个匹配字符，一个空格（或者反过来说，在S1'中有一个插入项），有三个不匹配字符。这样得
aldenphy·2020-07-14 07:33

Lecture 3——DNA-seq-1

本文图片来自于学习视频——新一代测序技术数据分析第三讲DNA-seqReviewAlignmentsrategiesSmith-Waterman(speedtooslowtouse)FastalignmentHashtableSeedandextensionMask
weixin_42953727·2020-07-08 21:16

Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch算法的算法原理及算法比较

史密斯-沃特曼算法（Smith-Watermanalgorithm）是一种进行局部序列比对（相对于全局比对）的算法，该算法的目的不是进行全序列的比对，而是找出两个序列中具有高相似度的片段。可简称为SW算法。尼德曼-翁施算法（Needleman-WunschAlgorithm）是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是
Steve_Stone·2020-07-06 11:31

【给播种的人们】笔

对一位教授表示尊敬的方式，就是送他笔，从此之后对笔这个东西，就有一种特别的情感，总觉得这是一种对知识分子很不一样的象征，从而对坊间的一些笔也产生了一些兴趣，不管是笔中之王Montblanc,还是书写流利的Waterman
马可约伯·2020-04-01 08:43

Waterman威迪文权威钢笔F尖评测

Waterman威迪文权威钢笔F尖评测品牌简介WATERMAN（威迪文）是历史最悠久的全球笔类制造商，来自法国的著名品牌。如今与派克、万宝龙、百利金等齐名。是为数不多原创型制笔公司。
nonozone·2019-12-26 21:50

威迪文Waterman查尔斯顿18K钢笔F尖评测

威迪文Waterman，也常常被人称之为水人，查尔斯顿Charleston这支钢笔很久之前我就想入手评测了，一直没有下定决心，最近终于入手了一支，好好把玩把玩。
nonozone·2019-12-24 11:58

用Python和C语言实现DNA双序列局部比对（Smith-waterman算法）

双序列局部比对的算法和全局比对算法的步骤相似，只是赋值规则稍有不同，每个单元格的分值由前面对角线的分值和引入一个空位得到的分值的最大值决定，但是分值不能为负值，如果为负值，则将其值设为0.构建矩阵时先将第一列与第一行的值设为0，而在双序列全局比对中，此处的值为空位罚分的累加除第一行和第一列以外每个位置的分值由一下四个值的最大值决定1.S(i-1,j-1)+S(i,j)--匹配和不匹配2.S(i,j
孤独巡礼_435a·2019-12-08 01:45

Waterman威迪文权威钢笔F尖评测

品牌简介WATERMAN（威迪文）是历史最悠久的全球笔类制造商，来自法国的著名品牌。如今与派克、万宝龙、百利金等齐名。是为数不多原创型制笔公司。法国威迪文是世界上最古老的制笔公司。
nonozone·2019-10-31 03:03

全局比对与动态规划

前言学过生信的肯定知道Needleman–Wunsch算法和Smith–Waterman算法，一个用来进行全局比对，一个用来进行局部比对。
何物昂·2019-07-30 23:53

简单的Smith Waterman算法实现

/***简单的waterman序列对准算法实现*Createdby墨川on2016/12/13.
HLGsteel·2016-12-13 16:51

技术人员应该阅读的图书

Waterman 彼得斯提出的杰出企业的8个特性：1.偏好行动而不是沉思；2.在产品和服务上接近顾客的需求；3.鼓励自治和放松，而不是紧密监督；4.对雇员的态度
·2015-11-11 11:28

Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法

全局和局部序列比对:      全局序列比对 尝试找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对。如S1=GCCCTAGCGS2=GCGCAATG如果设定每个匹配字符为1分，每个空格为-2分，每个不匹配为-1分，则下面的比对就是全局最优比对：S1'=GCCCTAGCGS2'=GCGC_AATG,连字符“_”代表空格。在S2'中有五个匹配字符，一个空格（或者反过来说，在S1'中有一个插入项），有三个不匹
aldenphy·2015-04-15 11:00

Smith-waterman算法 openmp+mpi实现

//此Smith-Waterman算法分别用mpi与openmp实现是没问题的，但是两个混合编程的时候就会出各种问题，希望懂的能够给指条明路。。。
gg_wang·2014-06-02 13:45

SMITH WATERMAN算法

1.1序列相似性比较生物信息学中，对各种生物大分子序列进行分析是一件非常基本的工作。从序列的片段测定，拼接，基因的表达分析，到RNA和蛋白质的结构功能预测，物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列相似性的比较。在遗传物质长期的演化过程中，原本相同的DNA序列由于其中一条序列缺失了几个片断，或增加了几个片断，或某段子序列发生了位置的变化等，从而导致他们发生了不同，这两条序列不一定能进行精确的匹配，但是
bio·2011-04-09 23:00

美妙的夜晚(Smith Waterman)

习惯了凌晨来敲那些复杂的代码因为安静因为此时的心里才被代码完全的占据，没有一丝的杂念搞了两天多的递归，终于出结果了，终于没把自己仍死循环里，否则还不知道谁来breakoutme呢！----------------------------------------------------以下问题描述及解决方案---------------------------------------------Q=
bachelor007·2010-06-28 00:00

麦肯锡7S模型(Mckinsey 7S Model)

托马斯·J·彼得斯（ThomasJ．Peters）和小罗伯特·H·沃特曼（RobertH．Waterman），这两位斯坦福大学的管理硕士、长期服务于美国著名的麦肯锡管理顾问公司的学者，
Sealyu·2009-11-23 09:00

移植NFTL的Research

Waterman提到可能先做portingNFTLtoLinux，所以今天下午对Linux下的NFTL以及相关porting工作先research一下。
shawnrong·2007-05-23 17:00
上一页 1 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他