Needleman

【半全局匹配】基于改进SmithWaterman算法的半全局基因匹配方法

算法介绍：全局匹配：Needleman-Wunsch算法使用这个算法主要考虑三个步骤：1.构造打分规则，分为匹配，错配和空位；2.初始化矩阵；3.回溯求出最长序列具体来说：设两条序列分别为A和B（长度分别为
蓝色洛特·2025-02-10 17:56

全局比对代码实现

一个用Python代码实现的简单程序，使用Needleman–Wunsch算法去对两条序列进行全局比对。
何物昂·2024-02-19 18:02

生信课程笔记4-序列算法补充

编辑距离（editdistance）加权编辑距离（weightededitdistance）和相似性评分（similarityscore）最优全局比对（optimalglobalalignment）：Needleman-Wunsch
果蝇饲养员的生信笔记·2024-02-08 22:23

序列比对原理

主要几种算法包括全局比对算法（Needleman-Wunsch算法），局部比对算法（Smith-Waterman算法），Blast等。
生信自修室·2024-01-18 05:40

Needleman-Wunsch 算法及实现

Needleman-Wunsch(NW)算法常用于基因序列匹配以及单词匹配，是一种实现全局最优匹配的动态规划算法。其最差情况下的时间复杂度是,空间复杂度是，其中和是两个序列的长度。
JudeArcturus·2023-11-04 10:12

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现

生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（
大青儿·2023-10-31 09:19

序列比对算法

2.2动态规划法(Needleman-Wunschalgorithm)2.3考虑仿射空位罚分3.从全局比对到局部比对PairwiseSequenceAlignment双序列比对给定两个序列，判断其相似性
Sundw_RUC·2023-10-19 10:06

全局比对与局部比对

Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法分别对应全局比对和局部比对，这两个生物序列比对算法比较简单，这里就不介绍了。
TOP生物信息·2023-09-15 23:34

序列比对算法

1.Needleman-Wunsch算法原理是动态规划，是一个全局比对算法算法求解步骤：（1）在它们前面各加上一个‘-’-ATGCG-ACCG（2）设置得分规则（这里分数可手动设定）match=1：匹配得一分
NLP菜鸟·2023-04-14 02:04

序列比对原理

Needleman–WunschNeedleman–Wunsch是
BeeBee生信·2023-04-03 02:07

常用序列比对算法总结

1，全局比对算法1.1Needleman-Wunsch算法尝试找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对。
JasonKQLin·2023-01-11 08:28

【生信】生物序列比对

目录【生信】生物序列比对1、生物序列比对介绍2、序列比对算法基于全局匹配的算法（1）打分矩阵（2）动态规划算法（3）Needleman-Wunsch算法基于局部匹配的算法Needleman-Wunsch
朝荣·2023-01-11 08:27

（六）R语言生物序列比对——Needleman-Wunsch全局比对算法

Needleman-Wunsch全局比对算法用到了动态规划(DynamicProgramming)的原理。它的主要工作流程见下图：在介绍具体算法前，我们先要定义一个得分矩阵。
EricFrenzy·2023-01-11 08:27

【序列比对】Needleman-Wunsch（全局）和Smith-Waterman（局部）算法py实现（多条回溯路径，三叉树思路，超详细注释）

Needleman-Wunsch和Smith-Waterman算法py实现（多条回溯路径）话不多说，直接上结果图，多条回溯路径。
Dream of Grass·2022-11-24 09:34

【哈佛大学：计算生物学 & 生物信息学】学习记录（一）

第一部分——关于计算生物学&生物信息学&本课程内容（1）ProteinWave【技术】Sanger测序了一个蛋白质序列【算法】Needleman-Wunschalgorithm【数据库】PDB（ProteinDataBank
陈有朴·2022-11-20 03:42

利用r语言实现DNA双序列全局比对（Needleman-wunsch算法)

序列比对实验报告一．实验内容1.利用序列比对线上工具做序列比较2.Blast线上工具使用3.使用r语言实现Needleman-Wunsch算法二．实验目的1.掌握序列比对线上工具使用2.掌握双序列比对算法
七禾叶瓣·2022-05-09 00:23

实现序列全局对比（Needleman-Wunsch ）（perl）

/usr/bin/perl-wusestrict;useautodie;#这个程序就是一个简单的动态规划，它只能算出最短的编辑距离，理论上与Needleman-Wunsch算法相似#不同的是，这个dp矩阵存的是最短编辑距离
BioIT·2022-03-25 17:12

比对算法总结(一)——基于哈希表结构的比对算法

其次，通过经典比对算法（Smith-Waterman算法和Needleman-Wunsch算法）缓慢精确的比对定
生信小书童·2021-07-06 23:42

[ZT] 常用在线序列比对工具

文章来源：企鹅号-卡嘿哟从早期序列比对工具Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal算法，以及近几年的Muscle、MAFFT序列比对算法。
爱折腾的大懒猪·2021-04-29 21:17

2020.12.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 全局与局部算法）

全局序列比对：Needleman-Wunsch算法该算法的结果是最优化的，但并不是所有可能的比对情况都需要被评估。
穆易青·2020-12-13 23:53

文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法

本文介绍基于最长公共子串的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。
weixin_33830216·2020-09-13 13:22

序列比对(三)——局部联配Smith-Waterman算法

原创：hxj7关于全局联配的介绍可参见前文：序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法序列比对（二）Needleman-Wunsch算法之仿射罚分所谓局部联配，就是两条序列的子序列的联配
生信了（公众号同名）·2020-08-23 09:58

文本比较算法Ⅳ——Nakatsu算法

在“文本比较算法Ⅰ——LD算法”、“文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法”中介绍的LD算法和LCS算法都是基于动态规划的。
weixin_34345753·2020-08-01 04:38

利用动态规划（DP）进行局部比对

这一算法是由芝加哥的Needleman和Wunsch两位于上个世纪70年代初提出的。也常被称之为Needleman-Wunsch算法。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-07-15 16:56

Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法

全局和局部序列比对:全局序列比对尝试找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对。如S1=GCCCTAGCGS2=GCGCAATG如果设定每个匹配字符为1分，每个空格为-2分，每个不匹配为-1分，则下面的比对就是全局最优比对：S1'=GCCCTAGCGS2'=GCGC_AATG,连字符“_”代表空格。在S2'中有五个匹配字符，一个空格（或者反过来说，在S1'中有一个插入项），有三个不匹配字符。这样得
aldenphy·2020-07-14 07:33

序列比对(一)——全局比对Needleman-Wunsch算法

原创：hxj7前言序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。从本文开始，我们陆续学习前人开发出的流行算法。全局比对算法所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。关键点1.打分矩阵：
生信了（公众号同名）·2020-07-11 02:48

Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch算法的算法原理及算法比较

尼德曼-翁施算法（Needleman-WunschAlgorithm）是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是
Steve_Stone·2020-07-06 11:31

序列比对其他相关问题

全局比对GlobalAlignment由芝加哥的Needleman和Wunsch两位于上个世纪70年代初提出，常被称之为Needleman-Wunsch算法。
思考问题的熊·2020-02-25 08:16

序列比对再不会变快了

computer-scientists-have-looked-for-solution-that-doesn-exist/tXO0qNRnbKrClfUPmavifK/story.html这篇文章提到了如下观点：从数学上看Wagner-Fischeralgorithm（也就是Needleman-Wunsch
Waste_Land·2020-02-12 05:48

用Python和C语言实现DNA双序列全局比对（Needleman-Wnnsch算法）

双序列全局比对主要是依据Needleman-Wnnsch算法来进行整个过程分为三步1.设置一个矩阵：第一条序列长m,沿x轴排列，第二条序列长n，沿y轴排列2.设置打分矩阵，根据适当的打分公式来对对应的碱基进行打分
孤独巡礼_435a·2019-12-19 10:58

全局比对与动态规划

前言学过生信的肯定知道Needleman–Wunsch算法和Smith–Waterman算法，一个用来进行全局比对，一个用来进行局部比对。
何物昂·2019-07-30 23:53

LeetCode中的两道动态规划题目

历史上有很多著名的算法都是基于这种思想设计而来的，例如：Needleman–Wunsch算法、CYK算法、FFT算法、维特比算法等等。
白马负金羁·2017-12-28 13:40

文本比较算法——Needleman/Wunsch算法

本文介绍基于最长公共子串的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。
陈善亮-BUPT·2017-03-27 09:07

文本比较算法--Needleman/Wunsch算法

一、定义:定义：LCS(A,B)表示字符串A和字符串B的最长公共子串的长度。很显然，LCS(A,B)=0表示两个字符串没有公共部分。例如，字符串A=kitten，字符串B=sitting,那他们的最长公共子串为ittn，最长公共子串长度为4。（注：最长公共子串不需要连续出现，但一定是出现的顺序一致），二、公式：为了讲解计算LCS(A,B)，特给予以下几个定义:A=a1a2……aN，表示A是由a1a
-Benson-·2016-09-03 16:31

构造回文（腾讯2017实习生）

构造回文（腾讯2017实习生）文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法http://www.cnblogs.com/grenet/archive/2010/06/03/1750454.html1
阳安子·2016-07-03 15:17

最长公共子串

本文介绍基于最长公共子串的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。
qq_19827707·2016-06-14 10:00

全局比对 局部比对 Needleman-Wunsch 算法

基 因学的一个主要主题就是比较 DNA 序列并尝试找出两个序列的公共部分。如果两个 DNA 序列有类似的公共子序列，那么这些两个序列很可能是同源的 。在比对两个序列时，不仅要考虑完全匹配的字符，还要考虑一个序列中的空格或间隙（或者，相反地，要考虑另一个序列中的插入部分）和不匹配，这两个方面都 可能意味着突变。在序列比对中，需要找到最优的比对（最优比对大致是指要将匹配的数量最大化，将空格和不匹配的数
·2015-11-12 19:05

文本比较算法Ⅳ——Nakatsu算法

　　在“文本比较算法Ⅰ——LD算法”、“文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法”中介绍的LD算法和LCS算法都是基于动态规划的。
·2015-11-08 11:12

Combine Web and Windows Services to Run Your ASP.NET Code at Scheduled Intervals

Combine Web and Windows Services to Run Your ASP.NET Code at Scheduled Intervals   Andrew Needleman
·2015-11-03 21:45

整合Web和Windows服务——按预定时间间隔运行ASP.NET代码 --作者：Andrew Needleman

    [摘要]本文讨论了如何安排ASP.NET代码的运行和N层体系结构设计，介绍了Web服务和Windows服务基础知识。     由于Web服务可以与ASP.NET应用程序的其余部分在相同的应用程序上下文中运行，因此它可以在现有代码所预期的相同上下文中执行。因为Windows服务可以在Windows启动时自行启动，所以我将通过Wi
·2015-11-03 21:39

整合Web和Windows服务——按预定时间间隔运行ASP.NET代码

作者：Andrew Needleman相关技术：C#、.NET、ASP.NET、Window难度：★★★★☆读者类型：数据库开发人员、系统结构设计人员     [摘要]本文讨论了如何安排
·2015-11-01 13:49

整合Web和Windows服务——按预定时间间隔运行ASP.NET代码

整合Web和Windows服务——按预定时间间隔运行ASP.NET代码 --作者：Andrew Needleman     [摘要]本文讨论了如何安排ASP.NET
·2015-10-31 11:18

文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法

本文介绍基于最长公共子串的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。 　　
·2015-10-21 12:21

文本比较算法Ⅰ——LD算法

一类是基于最长公共子串的（Longest Common Subsequence），例如Needleman/Wunsch算法等。 　
·2015-10-21 12:21

Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法

全局和局部序列比对:      全局序列比对 尝试找到两个完整的序列S1和S2之间的最佳比对。如S1=GCCCTAGCGS2=GCGCAATG如果设定每个匹配字符为1分，每个空格为-2分，每个不匹配为-1分，则下面的比对就是全局最优比对：S1'=GCCCTAGCGS2'=GCGC_AATG,连字符“_”代表空格。在S2'中有五个匹配字符，一个空格（或者反过来说，在S1'中有一个插入项），有三个不匹
aldenphy·2015-04-15 11:00

文本比较算法：Needleman/Wunsch算法

本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。
·2014-09-15 17:00

计算字符串相似度

在“文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法”中，介绍了最长公共子串的计算。 　　在给定的字符串A和字符串B，LD(A,B
ghost_face·2013-11-15 16:00

Needleman-Wunsch Algorithm

Let'ssayyouhavetwogeneticsequencesfromtwodifferentindividuals,andyouwanttoknowwhethertheyrepresentthesamegene.Howwouldyougoaboutit?Youcouldletyourcomputerdoasimplestringcomparison,butthenyouwouldalmos
nkliming·2013-10-29 16:00

文本比较算法--LD算法（C++实现）

一类是基于最长公共子串的（LongestCommonSubsequence），例如Needleman/Wunsch算法等。LD算法（Levensh
xiaoxiong5227·2012-10-25 09:00

文本比较算法Ⅴ——回顾贴，对前面几篇文章的回顾与质疑

文本比较算法Ⅰ——LD算法文本比较算法Ⅱ——Needleman/Wunsch算法文本比较算法Ⅲ——计算文本的相似度文本比较算法Ⅳ——Nakatsu算法在写了本系列的前面几篇文章之后。
·2011-02-22 12:00
上一页 1 2 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他