annovar

annovar 注释

重新用annovar注释：先转换适合的文件格式：~/biosoft/annovar/convert2annovar.pl-formatvcf4pooling_variants_all_variants.hg19
程凉皮儿·2023-12-27 07:18

关联突变与用药部分逻辑代码实现

项目地址https://github.com/user-tq/anvcivi直接用civic下载的文件进行简单的数据清洗，使用MANE下载的文件构造基因与转录本的字典(解决annovar的转录本问题)，
无话_·2023-11-22 22:35

annovar对非模式生物建库注释

annovar简介在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在callsnp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多，但是我们所研究的物种却不仅限于人类
小潤澤·2023-11-22 03:04

dbNSFP数据库

数据库下载地址：http://sites.google.com/site/jpopgen/dbNSFPtips：国内网站下载不了，可通过annovar软件的脚本下载该数据库。
晓佥·2023-11-01 10:39

gnomAD-LOEUF数据下载&使用annovar注释

Part1:gnomAD-LOEUF数据下载上一篇文章已经讲解了gnomAD的flagshippaper，文章中新建的评估基因对pLoF突变忍受力的模型——LOEUF，想必大家肯定都很想赶紧用起来。这个模型的数据结果即可以在文章的supplymentary中找到（就是supplementary_dataset_11_full_constraint_metrics.tsv.gz）。也可以爬上梯子，在
Olivia阿仪_鸦雀·2023-09-05 17:56

2022-02-21 关于annovar列数不一致的问题.

1.首先建立一个测试文件来看看.模拟annovar的结果,从这个EXCEL生成一个tab分割的txt文件.行1是表头,行4和行6是标准行,行7多一列,行1数据缺失,行2用空格,行5中aa和bb后面有空格
greekkey·2023-09-01 16:07

ANNOVAR变异位点注释软件

ANNOVAR是一款变异位点注释软件，提供了多方位的注释功能，支持多个物种，是最受欢迎的注释软件之一。
生信修炼手册·2023-08-05 20:10

breakdancer软件检测的SV变异用annovar注释

首先，使用ALLbio软件下的breakdancer2vcf.py转化breakdancer得到的out文件GitHub地址：这里代码如下：#!/usr/bin/envpython__copyright__="""Copyright(C)2013-TimteBeekCopyright(C)2013-WaiYiLeungCopyright(C)2013AllBio(seeAUTHORSfile)""
xianmao123·2023-08-03 13:31

annovar积累

20170222ANNOVAR简介ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。
weixin_30907935·2023-07-19 07:49

SNP/InDel变异注释解释

当SNP/InDelcalling完后，会采用annovar、SNPEFF、VEF等软件进行基因位置、数据库等的注释。
九月_1012·2023-06-09 03:48

ANNOVAR | 变异注释【下】

结果文件的解读输出文件1：*.variant_function$headZH13_vs_JYH.refGene.variant_functionintergenicNONE(dist=NONE),SoyZH13_01G000100(dist=50203)GWHAAEV000000011805218052CT130.GWHAAEV0000000118052.CT30PASS.GT1/1interge
生信师姐·2023-03-10 08:35

Annovar注释细节说明（一）

Annovar注释结果中Func.refGeneWithVer类型annovar注释结果中，一些列中的内容需要认真研究，如下是常用的信息：ValueDefaultprecedenceExplanationSequenceOntologyexonic1variantoverlapsacodingexon_variant
京古·2023-03-09 07:39

ACMG指南解读笔记（1）- PVS1

解读的多数内容基于ANNOVAR的注释！！！
十三而舍·2022-02-19 22:02

用ANNOVAR自建数据库注释基因组

annovar简介在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在callsnp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多，但是我们所研究的物种却不仅限于人类
云养江停·2021-11-16 08:18

【注释-2】Annovar-4——Filter-based annotation

Filter-basedannotation是基于筛选进行注释的Forfrequencyofvariantsinwhole-genomedata:全基因组数据中变异的频率1000g2015aug:latest1000GenomesProjectdatasetwithallelefrequenciesinsixpopulationsincludingALL,AFR(African),AMR(Admi
oddxix·2021-04-27 16:25

InterVar

InterVar的输入是从ANNOVAR生成的带注释的文件，而InterVar的输出是将变体分类为“Benign”，“Likelybenign”，“Uncertainsignificance”，“Likelypathogenic
所以suoyi·2021-04-21 16:35

基因组重测序分析干货

分析软件bwa、samtools、bcftools、annovar通过condainstall安装。
纤蹄马·2021-01-25 11:12

ANNOVAR结果说明-SNP/INDEL

一结果文件说明1VCF(VariantCallFormat)是储存Variation结果的文件格式该文件的#列为文件的详细解读信息2*.hg19_multianno.xls是在VCF的基础上，用ANNOVAR
九月_1012·2020-12-25 13:26

转： Annovar 软件注释流程介绍

第一步：下载Annovar上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册后才能下载
dibiao4034·2020-09-13 01:22

基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler

主要包括两部分：将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编号来自ANNOVAR的注释结果，建议别用SYMBOL，因为这种名称特异性较差，在转成ENTREZID时可能出现不唯一的现象。
fatlady·2020-08-25 09:42

Annovar各程序的功能，自建avdb，构建索引

ANNOVAR的程序模块（本人目录）├──annotate_variation.pl//annovar主程序，功能包括下载数据库，三种不同的注释├──annovar_index.pl//index构建的程序
yuyuena·2020-08-20 20:06

使用oncotator做突变注释

那么maf格式的数据是如何得来的呢，我们都知道，做完snp-calling一般是得到vcf格式的突变记录数据文件，然后再用annovar或者其它蛋白结构功能影响预测软件注释一下，还远达不到maf的近100
生信技能树·2020-07-01 18:15

用annovar对vcf（SNP&INDEL）文件进行注释

最常用的vcf注释软件有annovar和snpEff。本文将介绍如何用annovar软件对vcf文件进行注释。
sober01·2020-06-30 20:11

snpEff : 突变位点注释的又一利器

之前的文章中介绍了annovar软件的使用，除了annovar以外，snpEff也是常用的一款突变位点注释工具。这款软件基于java语言进行开发，安装过程相对简单，下载之后解压缩即可。
生信修炼手册·2020-06-30 04:57

annovar 注释除人类以外的SNP

1.准备文件：ref.faref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtfsample.vcf2.用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt（软件来自http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/）gtfToGenePred.d
weixin_30300225·2020-06-27 15:21

外显子数据处理笔记 3 ANNOVAR | 注释

学习资料：用annovar对snp进行注释(http://www.bio-info-trainee.com/441.html)ANNOVAR|注释(https://www.jianshu.com/p/7607c894eaae
程凉皮儿·2020-06-19 17:10

annvar下载数据库的网址

背景因为annovar默认的脚本下载数据库，总是中断，所以我选择用wget下载方法比如想下载hg19_gwava数据，那么需要下载原始txt数据和idx文件，路径如下http://www.openbioinformatics.org
ywliao·2020-04-24 12:00

maftools画棒棒糖图 （Lollipop chart）-基因突变可视化

注：maftools安装，ANNOVAR注释文件转换成maf文件的步骤与瀑布图一样，对这几步已经熟悉的亲可以跳
bioyangyang·2020-04-19 15:41

全外显子组数据分析笔记（五）：变异注释

我用的是ANNOVAR。如何下载搜索ANNOVARDocumentation，进入主页。点击here之后会出现注册界面。完成注册留下邮箱之后，就能收到附有下载链接的邮件了，需要等一两天。
presentlife·2020-03-31 09:33

Annovar测试记录

table_annovar.pl运行该程序时，会根据代码需要拆成几个步骤运行，如先用convert2annovar将vcf转为avinput文件，再根据protocol中的内容拆成几项annotate_variation.pl
happyxhz·2020-03-30 21:29

【注释-2】Annnovar-1——概述

annovar介绍ANNOVAR是由王凯编写一款变异位点注释软件，利用最新信息功能注释从不同基因组检测到的遗传变异，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。
oddxix·2020-03-08 12:00

annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程

annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程部分翻译自：HuiY,KaiW.GenomicvariantannotationandprioritizationwithANNOVARandwANNOVAR
dulunar·2020-03-05 18:20

突变注释工具SnpEff,Annovar,VEP,oncotator比较分析

目前对于variant进行注释的软件主要有4个:Annovar,SnpEff,VEP(variantEffectPredictor),Oncotator,选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的
生信杂谈·2020-02-14 04:38

VCF文件操作利器bcftools的常用实例

左对齐标准化Indel，对于多等位基因位点进行拆分（annovar注释必须的）。#首先需要压缩VCF并建立索引。
生信杂谈·2019-12-29 14:57

annovar在肿瘤项目中的使用

最近在做个乳腺癌的项目，用GATKcall变异后得到vcf，需要做一些注释，就要用到annovar，ANNOVAR支持三种不同形式的注释：gene-based,region-based和filter-based
巴拉巴拉11·2019-12-26 06:51

ANNOVAR的使用

ANNOVAR的安装ANNOVAR网址login之后才能download，使用教育机构后缀的邮箱即可注册。该测序是用perl语言写的，所以可以作为独立程序运行于各个已经安装Perl的系统。
面面的徐爷·2019-12-25 13:32

【software】变异注释工具：annovar

annovar提供三种注释方式一，基于基因的注释给定变异，看变异是否影响编码蛋白的改变支持基因定义系统：RefSeqgenes,UCSCgenes,ENSEMBLgenes,GENCODEgenes,AceViewgenes
李建明180·2019-12-14 22:00

分享一段基因组测序数据比对和变异检测的“代码”

整个流程需要软件：bwa+picard+gatk+annovar软件的安装与使用大家可以自行百度。。。。
孤独巡礼_435a·2019-12-08 06:27

ANNOVAR gene-based annotation

为例，命令如下annotate_variation.pl-downdb-buildverhg19-webfromannovarrefGenehumandb/下载成功后，humandb的文件列表如下├──annovar_downdb.log
生信修炼手册·2019-12-07 16:38

【注释-2】Annovar-2——Gene-based annotation

Gene-basedannotationANNOVAR的一个功能是生成基于基因的注释。通过基因相关注释，可以知道变异位点在基因组上的位置和对蛋白质编码的影响。确定SNP或CNV是否会导致蛋白质编码变化和受影响的氨基酸。可灵活使用RefSeq基因，UCSC基因，ENSEMBL基因，GENCODE基因，AceView基因或许多其他基因定义系统。数据库下载在进行注释之前，首先需要下载物种对应的数据库，以
oddxix·2019-11-30 14:36

【注释-2】Annovar——Region-based Annotation

欢迎关注公众号：oddxix简介Region-basedannotation是基于区域进行注释的，它不用考虑精确位置也不考虑核苷酸的同一性。进行注释时要使用--regionanno参数(默认是--geneanno)，缩写包含的数据库ConservedgenomicelementsannotationTranscriptionfactorbindingsiteIdentifycytogeneticb
oddxix·2018-12-13 14:21

Annovar(1) 注释也能输出vcf格式（--vcfinput）

一直知道用table_annovar.pl的输入文件可以是vcfformat也可以是avinputformat，今天才发现输出文件也可以是vcfformat：perltable_annovar.plDPM09234
_nnnoOooM·2018-09-06 10:23

R包——maftools可视化神器

bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html目录介绍准备格式转换总体分析框架maftools安装正式处理#读入annovar
Doris_xixi·2018-08-01 10:49

R包——maftools可视化神器

bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html目录 介绍准备格式转换 总体分析框架maftools安装正式处理#读入annovar
Doris_xixi·2018-08-01 00:00

annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程

KaiW.GenomicvariantannotationandprioritizationwithANNOVARandwANNOVAR[J].NatureProtocols,2015,10(10).此文只是用于作者和所有初接触annovar
u013816205·2016-04-27 16:00
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