bioinformatics

「摸鱼快报003」哈佛生物信息学课程叫你乖乖呆家学习

https://github.com/harvardinformatics/learning-bioinformatics-at-home哈佛大学的科学家们为了让诸位乖乖呆在家里学习生物信息学，开始编撰一份学习清单方便大家在家里好好学习生物信息学
卖萌哥·2023-10-31 06:02

《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam进行SAM/BAM文件处理(1)

Pysam作为一个python模块可以读取与处理SAM/BAM文件，并提供了方便的对象与丰富的操作接口，让我们了解一下。首先，可以通过以下方式安装（官方文档）：$pipinstallpysam阅读官方文档并快速定位需要的内容是编写代码必备的技能，这里简单地介绍一下如何使用该模块进行文件的读取与read的遍历。依然以NA12891_CEU_sample.bam文件为例，使用pysam包进行BAM文件
DataScience·2023-10-30 23:59

在线作图丨差异分析——在线做Stamp分析

该软件2014年发表于Bioinformatics，几乎适用于所有的组间差异分析，目前已被引用数百次。TUTU网站提供Stamp分析工具的在线分析功能，无需安装软件即可实现组间差异可视化。
维凡生物·2023-10-25 08:21

8+ 基因与疾病百年研究进展

今天小编给大家介绍一篇题为“100Yearsofevolvinggene–diseasecomplexitiesandscientificdebutants”的BriefingsinBioinformatics
概普生信·2023-10-22 18:12

Bacterial genome assembly tutorial

Source:https://bioinformatics.uconn.edu/bacterial-genome-assembly-tutorial/#Thistutorialwillserveasanexampleofhowtousefreeandopen-sourcegenomeassemblyandsecondaryscaffoldingtoolstogeneratehighqualitya
浩瀚之宇·2023-10-16 21:24

计算机方向的计算生物学,美国生物信息学和计算生物学的研究课题

计算机科学专业下和生物学的交叉研究方向为生物信息学和计算生物学方向BioinformaticsandComputationalBiology。
weixin_39979948·2023-10-16 10:13

生物信息学所需的计算机知识,生物信息学专业计算机课程的探讨

关键词：生物信息学；生物专业；教学方法；学科交叉中图分类号：G64文献标识码：AAbstract：Thecharacteristicsoftheprofessionalteachingofbioinformaticsareintroduced
weixin_39704971·2023-10-16 10:43

生物学和计算机科学结合的学科,美国生物信息学和计算生物学解析

一、生物信息学生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科
Triple A·2023-10-16 10:12

美国计算机生物学要求,美国研究生生物信息学与计算生物学学校列表

综排学校名称项目名称项目英文名开设学位隶属科系1计量与计算生物学QuantitativeandComputationalBiologyPhD自然科学部生物信息学与计算生物学Bioinformatics&
琉璃与大大·2023-10-16 10:42

生物信息学还是跨专业计算机,生物统计学与生物信息学的区别

生物信息学(Bioinformatics)生物信息学(Bioinformatics)利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学方法研究生物学的问题。
yisac·2023-10-16 10:12

生物信息学 陈铭_生物信息学Bioinformatics-山东大学课程中心.PDF

生物信息学Bioinformatics-山东大学课程中心生物信息学Bioinformatics巩晶癌症研究中心山东大学基础医学院2016.09.0877PERSONALINFORMATION姓名：巩晶年龄
aganztracy·2023-10-16 10:41

5+甲基化+预后模型搭配实验

今天给同学们分享一篇甲基化+预后模型+实验的生信文章“Siximmune-relatedpromisingbiomarkersmaypromotehepatocellularcarcinomaprognosis:abioinformaticsanalysisandexperimentalvalidation
生信风暴·2023-10-14 11:16

MSGCL: 基于多视图自监督图结构对比学习推断 miRNA 与疾病的关联（Briefings in Bioinformatics）

MSGCL:inferringmiRNA–diseaseassociationsbasedonmulti-viewself-supervisedgraphstructurecontrastivelearning源代码：GitHub-rxr0606/MSGCL:MSGCL摘要：潜在的miRNA-疾病关联(MDA)在发现复杂的人类疾病病因学中起着重要作用。因此，MDA预测是生物医学机器学习领域的一个热
嵌入式开发.·2023-10-14 07:40

MMGCN：多视点多通道注意力图卷积网络在miRNA与疾病关联预测中的应用 （Briefings in Bioinformatics）

Multi-viewMultichannelAttentionGraphConvolutionalNetworkformiRNA–diseaseassociationprediction|BriefingsinBioinformatics
嵌入式开发.·2023-10-14 07:39

MDA-CNN：基于学习的神经网络 miRNA-疾病关联识别框架（Bioinformatics）

Alearning-basedframeworkformiRNA-diseaseassociationidentificationusingneuralnetworks源代码：GitHub-Issingjessica/MDA-CNN:thisisthesourcecodeanddatalearning-basedframeworkformiRNA-diseaseassociationidentif
嵌入式开发.·2023-10-14 07:39

MAGCN：基于lncRNA与miRNA相互作用和图卷积网络预测miRNA与疾病的关联（Briefings in Bioinformatics）

PredictingmiRNA-diseaseassociationsbasedonlncRNA–miRNAinteractionsandgraphconvolutionnetworks发表在BriefingsinBioinformaticsPredictingmiRNA-diseaseassociationsbasedonlncRNA–miRNAinteractionsandgraphconvo
嵌入式开发.·2023-10-14 07:08

非肿瘤纯生信拿下7+，多种机器学习算法，搭配WGCNA。

Screeningofimmune-relatedsecretoryproteinslinkingchronickidneydiseasewithcalcificaorticvalvediseasebasedoncomprehensivebioinformaticsanalysisandmachinelearning
生信风暴·2023-10-13 15:29

4+经典思路，肿瘤+WGCNA+预后模型鉴定预后标志物

今天给同学们分享一篇4+经典思路的生信文章“Identificationandvalidationofafive-geneprognosticsignaturebasedonbioinformaticsanalysesinbreastcancer
生信风暴·2023-10-11 12:57

安装GSEA

参考文章Window安装基因集富集分析软件GSEA|PublicLibraryofBioinformatics上面的文章很详细，但是在最后启动的时候会出现被Java安全阻止的对话框，此时根据Java官网
MissL_78e0·2023-10-10 06:50

《Bioinformatics Programming Using Python》

《BioinformaticsProgrammingUsingPython》高清电子书微科享想生活本书通过许多例子和练习题，帮助读者简化使用Python的生物信息学编程。
高锰酸钾配甲醛_ab83·2023-10-07 19:42

纯生信文章：SARS-CoV-2感染对特发性肺纤维化（IPF）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者的影响

MahmudSMH,Al-MustanjidM,AkterF,etal.BioinformaticsandsystembiologyapproachtoidentifytheinfluencesofSARS-CoV
笺牒九州的怪咖·2023-10-03 23:07

C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码

1生物信息学简介生物信息学（BioInformatics）是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科
Trufferover·2023-09-29 23:11

【生物信息学】基因富集分析

目录1.导入必要的库2.定义一些变量3.计算富集分析的p值4.绘制概率质量函数图5.读取数据6.定义富集分析函数7.富集分析8.将结果保存到文件并打印DAVIDFunctionalAnnotationBioinformaticsMicroarrayAnalysis1
QomolangmaH·2023-09-28 23:02

5+铜死亡+单基因泛癌生信思路

今天给同学们分享一篇铜死亡+单基因泛癌的生信文章“Pan-cancerintegratedbioinformaticsanalysisrevealscuproptosisrelatedgeneFDX1isapotentialprognosticandimmunotherapeuticbiomarkerforlower-gradegliomas
生信风暴·2023-09-28 08:36

2020-10-13

BioinformaticsVolume36,Issue15,1August2020MotivationSingle-cellRNA-sequencing(scRNA-seq)hasbecomeanimportanttooltounravelcellularheterogeneity
Boowean·2023-09-27 20:09

4+机器学习+实验验证

机器学习+实验验证的生信文章“IdentificationandAnalysisofNeutrophilExtracellularTrap-RelatedGenesinOsteoarthritisbyBioinformaticsandExperimentalVerification
生信风暴·2023-09-23 08:14

8+容易拿分的思路，共病+WGCNA+机器学习

机器学习的生信文章“Identificationofimmune-associatedgenesindiagnosingosteoarthritiswithmetabolicsyndromebyintegratedbioinformaticsanalysisandmachinelearning
生信风暴·2023-09-23 08:43

8+双疾病联合生信分析搭配机器学习+实验

Screeningofimmune-relatedsecretoryproteinslinkingchronickidneydiseasewithcalcificaorticvalvediseasebasedoncomprehensivebioinformaticsanalysisandmachinelearning
生信风暴·2023-09-23 07:17

基本概念：read,contig,scaffold,N50

英文内容搬运自：https://bioinformaticsworkbook.org/introduction/dataTerminology.htmlLearningObjectivebase/nucleotidereadcontigscaffoldchromosomeWhatisabase
M78_a·2023-09-18 20:57

我的生信自学心得分享

当我们在谈论生信的时候，我们实际在谈什么首先，我们要明确生物信息学到底是什么,什么是bioinformatics。不然，我觉得你给
xuzhougeng·2023-09-13 19:20

【突破钆污染限制，探CyTOF应用无限可能】 浙大医学院陈伟教授课题组开发了去除质谱流式数据中钆污染信号的新算法

2021年7月16日，浙江大学基础医学院陈伟教授、生仪学院尹巍巍教授团队联合在Bioinformatics杂志上在线发表了题为“GdClean:removalofGadoliniumcontaminationinmasscytometrydata
普罗亭·2023-09-12 01:59

Bioinformatics2021 | sAMP-PFPDeep+：利用三种不同的序列编码和深度神经网络预测短抗菌肽

文章标题：sAMP-PFPDeep:Improvingaccuracyofshortantimicrobialpeptidespredictionusingthreedifferentsequenceencodingsanddeepneuralnetworks代码：https://github.com/WaqarHusain/sAMP-PFPDeep一、问题短抗菌肽(sAMPs)：红色是α-hel
羊飘·2023-09-10 18:25

Bioinformatics2023 | 利用深度学习和分子动力学模拟设计抗菌肽

文章标题：Designingantimicrobialpeptidesusingdeeplearningandmoleculardynamicsimulations代码：https://github.com/gc-js/Antimicrobial-peptide-generation一、问题PandoraGAN使用手动策划的130个高活性肽的训练数据集，其中包括来自已知数据库(如AVPdb)和文献
羊飘·2023-09-10 18:24

Y叔要求职

guangchuangyu.github.io/resume/YGC.pdfgooglescholar指标：引用：1330h-index:14i10-index:17第一作者文章12篇（含两篇共同第一），中科院分区2区以上有6篇，其中:3篇BioinformaticsIF
Y叔_HKU·2023-09-10 14:45

懒人版肿瘤细胞系鉴定神器：CCLA

今天介绍一款简单易用的，基于基因表达数据的癌症细胞系鉴定工具CCLA(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/CCLA/)发表于杂志：BriefingsinBioinformaticsIF
概普生信·2023-09-08 11:26

【陪你学·生信】Bioinformatics For Dummies完结撒花

【陪你学·生信】序【陪你学·生信】一、生信能帮我们做什么【陪你学·生信】二、一些你肯定会用到的生信工具和基本操作【陪你学·生信】三、核苷酸序列数据库的使用【陪你学·生信】四、蛋白质相关的数据库【陪你学·生信】五、当你有一段待分析的DNA序列（基础操作介绍）【陪你学·生信】六、当你有一段待分析的氨基酸序列（基础操作介绍）【陪你学·生信】七、在数据库中检索相似的序列【陪你学·生信】八、序列两两比对【陪
乔伊nikkie·2023-09-07 05:18

Briefings in Bioinformatics2021 | Bert-Protein+：基于Bert的抗菌肽识别

AnovelantibacterialpeptiderecognitionalgorithmbasedonBERT论文地址：novelantibacterialpeptiderecognitionalgorithmbasedonBERT|BriefingsinBioinformatics
羊飘·2023-09-06 17:14

用VMD分析蛋白质动力学——Prody的使用（Normal mode analysis）

Prody可以做的事情：prody原始文献：ProDy:ProteinDynamicsInferredfromTheoryandExperimentshttps://academic.oup.com/bioinformatics
小芊要努力·2023-09-01 17:33

python生信小练习（四）

生信编程直播第一题：人类基因组的外显子区域到底有多长方法1：分别以外显子坐标的起始、终止坐标作为字典的键值对#计算人基因组的外显子长度f5=r'E:\Bioinformatics\data\human\
杨亮_SAAS·2023-08-28 13:39

如何画出高级感的曼哈顿图，Manhattan++工具介绍

欢迎来到"bio生物信息"的世界BMCBioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++,这个名字很好理解，Manhattan的升级版。
橙子牛奶糖·2023-08-27 16:22

【搬砖】【MatchMixeR无法使用】对不同GPL的microarray测序结果归一化

查pubmed发现了2020年发表在bioinformatics上的一篇文章，作者开发出了一个MatchMixeR的R包，能够对
yadandb·2023-08-26 14:21

2020-09-15

JournalClub-2020.9.15Bioinformatics-2020,Volume36,Issue12-141可获得的基因组数据的指数级增长有望在未来十年达到100万个基因组的全测序。
Boowean·2023-08-21 11:57

生物信息软件/流程dockerfile打包参考

常见生信软件的docker镜像及其dockerfileBioinformaticsDockerImagesProjectBioinformati
米源MY·2023-08-14 23:51

可视化基因组结构重排的工具~plotsr

论文https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac196/6569079?
小明的数据分析笔记本·2023-08-13 03:34

《Bioinformatics Data Skills》之BAM文件转换，排序与建立索引

一般来说除了查看文件，我们很少用到sam文件，大多数程序设计出来都是直接读取二进制的bam文件而不是sam文件字符串，例如samtools的子命令sort，index，depth，mpilup等为了效率都要求bam文件作为输入。这一章节的内容主要涉及使用samtools工具对bam文件进行操作。本节内容数据下载sam与bam文件转换使用samtools的子命令view结合-b参数可以将sam文件转
DataScience·2023-08-01 21:33

相关miRNA数据库

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/3.miRBasehttp://www.mirbase.orgmiRBase序列数
上官万尘·2023-07-30 21:06

Latex格式投稿需注意的问题_以BSPC和BMC BioInformatics为例

Elsevier期刊Latex格式投稿需注意的问题_以BSPC和BMCBioInformatics为例通用规则Latex文件及其依赖文件提交细节以BMCBioInformatics期刊为例Springer
MasterQKK 被注册·2023-07-26 21:41

纯生信分析：9+免疫细胞特有marker 肿瘤分析套路

今天跟大家分享的是三月份发表在BriefingsinBioinformatics(IF:9.101)上的一篇文章。
音十千寻·2023-07-23 13:41

生信在线讲座：Sentieon--基于机器学习的多组学分析

讲座嘉宾：DrFrankHu，胡晋南博士，SentieonSeniorBioinformaticsSc
毅硕科技·2023-07-14 13:53

Briefings in Bioinformatics|基于REO的干性指数

今天跟大家分享的是二月份发表在BriefingsinBioinformatics（IF：9.101）杂志上的一篇文章Anabsolutehumanstemnessindexassociatedwithoncogenicdedifferentiation
概普生信·2023-07-14 10:59
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