BioInformatics

推荐一份生物信息学入门很好的参考材料

链接是https://bioinformatics.uconn.edu/resources-and-events/tutorials-2/这个是康涅狄格大学（UniversityofConnecticut
小明的数据分析笔记本·2024-09-08 09:58

Bioinformatic workflow

给大家推荐个网站：https://bioinformaticsworkbook.org/projectManagement/Intro_projectManagement#gsc.tab=0这个网站适合于刚入门的生物信息同学
小潤澤·2024-02-14 14:28

使用GC含量归一化对深度测序数据的拷贝数变化进行无对照calling

这次分享的是来自瑞士苏黎世联邦理工学院计算机科学系ValentinaBoeva教授于2011年发表在BIOINFORMATICS(IF:6.937,2020)上的文章Control-freecallingofcopynumberalterationsindeep-sequencingdatausingGC-contentnormalization
亦是旅人呐·2024-02-11 10:16

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

DobinA,DavisCA,SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation
sunlight_yy·2024-02-07 14:29

突然发现基本都是临床医生、医学生在搞纯生信数据挖掘

分析这个关键词会发现大部分相关的文章都是来自国内***医院或者***医科大学；而在2016年之后，来自国内***医院或者***医科大学的meta分析类文章数量明显下降，而在PubMed上输入TCGA、GEObioinformatics
SCI狂人团队·2024-02-05 19:49

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于B站up江湾青年以及CostaLab-BioinformaticsCourse
是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

该笔记来源于CostaLab-BioinformaticsCourse另一篇关于scRNA-seq的请移步单细胞ATAC测序前言因为我的最终目的是scATAC-seq的数据，所以这部分只是分享下我刚学的
是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

学习小组Day7——宣Xuanan

软件前期准备：下载方式有两种：官网下载好用filezilla导入linux服务器直接在服务器中wgethttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/project
宣Xuanan·2024-02-03 05:04

昨日收获 - 在了解微信机器人开发的过程中

写在前面Emmm...五六年前，还在bioinformatics*中国当群管的时候，我大体写了一个简单的QQ机器人。那会使用的是已有的perl模块。
生信石头·2024-02-02 19:05

卡梅 计算机生物专业怎么样,美国卡梅生物信息学专业录取案例

3.5录取Carnegiemellonuniversity卡耐基梅隆大学computationalbiology计算机生物学Universityofmichigan,annarbor密歇根大学安娜堡分校bioinformatics
weixin_39683863·2024-02-02 04:14

生物信息网站集合

www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome：http://genome.ucsc.edu国际生物信息学动态及会议：http://www.bioinformatics.orgSeqAnswer
庐山星晖·2024-01-30 16:27

使用 ChatGPT 为生物信息学初学者赋能

论文：EmpoweringBeginnersinBioinformaticswithChatGPT.2023对于生信初学者而言，最大的困难是身边没有经验丰富的人给予指导。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:13

2022新版TCGA批量下载表达矩阵及临床信息

#BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")#BiocManager::install("BioinformaticsFMRP
科研小徐·2024-01-28 19:35

DeepPhos代码复现流程

背景介绍本文复现蛋白质磷酸化领域经典论文DeepPhos：《DeepPhos:predictionofproteinphosphorylationsiteswithdeeplearning》，发表在《Bioinformatics
学诠·2024-01-28 03:29

肺癌相关文献5

第十一篇IdentifyingprognosticgenesrelatedPANoptosisinlungadenocarcinomaanddevelopingpredictionmodelbasedonbioinformaticsanalysisIF
愿航·2024-01-24 14:16

GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database, 物种注释和进化树构建工具使用及介绍

资源介绍：GTDB-Tkv2:memoryfriendlyclassificationwiththegenometaxonomydatabase|Bioinformatics|OxfordAcademic
小果运维·2024-01-24 07:59

推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition

找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家书名是《PlantBioinformaticsMethodsandProtocols》thirdedition我看了下是2022
小明的数据分析笔记本·2024-01-22 17:11

分子生物学数据库和软件

目前此数据库由其分支机构—EBI（theEuropeanBioinformaticsInstitute，欧洲生物情报研究所）维护。
weixin_30892987·2024-01-20 14:14

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection
胡童远·2024-01-16 07:41

Frontiers in Bioinformatics这本期刊是否值得投纯生信？

有粉丝说FrontiersinBioinformatics这本期刊是否值得投纯生信？这个就要看你的发文目的。如果你需要发SCI论文，这本期刊就不适合你，因为它不是SCI期刊，不被SCI数据库收录。
SCI狂人团队·2024-01-14 20:54

Venn-韦恩图绘制

在线工具http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html最多四个http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools
陈洪瑜·2024-01-10 00:06

点点点 | 真香！Simple GO GSEA 富集分析 ~

那会在Bioinformatics中国社群，我们开始了理论上是国内最早的公开社群学术Seminar（网络直播），我在其上也分享了相关学习经
生信石头·2024-01-09 21:17

5+氧化应激+WGCNA+ceRNA+分子对接，网药纯生信也能轻松发5+？

今天给同学们分享一篇生信文章“NetworkPharmacologyandBioinformaticsStudyofGeniposideRegulatingOxidativeStressinColorectalCancer
生信风暴·2024-01-09 04:47

跟着Briefings in Bioinformatics学数据分析：植物线粒体基因组组装流程GSAT初步尝试

论文Mastergraph:anessentialintegratedassemblymodelfortheplantmitogenomebasedonagraph-basedframeworkhttps://academic.oup.com/bib/article-abstract/24/1/bbac522/6854450?redirectedFrom=fulltext&login=falseb
小明的数据分析笔记本·2024-01-07 22:52

signalP6.0本地化安装与使用

今天来下载本地化的signalP6.0在线网址如下（也挺好用的）：SignalP6.0-DTUHealthTech-BioinformaticServices还是很方便的本地化主要是处理服务器上很多文件的时候
CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:44

5+共病+WGCNA+机器学习+免疫浸润，经典共病生信思路，轻松拿5+

Identificationofbiomarkersforthediagnosisofchronickidneydisease(CKD)withnon-alcoholicfattyliverdisease(NAFLD)bybioinformaticsanalysisandmachinelearning
生信风暴·2024-01-03 15:32

7+衰老+WGCNA+机器学习+实验，非肿瘤领域的衰老相关研究

今天给同学们分享一篇生信文章“Identificationofaging-relatedbiomarkersandimmuneinfiltrationcharacteristicsinosteoarthritisbasedonbioinformaticsanalysisandmachinelearning
生信风暴·2024-01-03 15:31

《Bioinformatics Data Skills》之实战：获取基因组基因间区域与内含子区域

今天我们通过2个实战来掌握函数gaps，setdiff与reduce在GenomicRanges中的使用：获取基因间区域；获取基因的内含子区域。Gaps函数了解首先了解一下提取基因间区域需要用到的gaps函数，此函数用于返回范围间的空白区域，之前在IRanges包中介绍过。但GRanges对象增加了strand信息，结果有所不同，通过一个简单的例子说明：首先创建一个GRanges对象gr2：>li
DataScience·2024-01-02 10:10

bioconda中国镜像(北外备用，清华已恢复，中科大暂时没恢复)

Biocondaisachannelforthecondapackagemanagerspecializinginbioinformaticssoftware。
zd200572·2024-01-01 19:24

《Bioinformatics Data Skills》之IRanges操作

上节内容介绍了IRange对象的创建与提取，它的数据形式虽然类似于dataframe，实际上为IRange对象。这种类别允许进行专门的处理操作，接下面我们学习一下对IRange对象的运算，转换与集合的操作。计算计算包换+，-，*（没有/，因为没有意义）。加法或者减法的作用是在范围的两侧对称地延伸或者缩减特定的长度（图1）：>xx+4LIRangesoflength2startendwidth[1]
DataScience·2023-12-31 22:22

文献笔记七十七：鉴定lncRNA的工具—LGC

Characterizationandidentificationoflongnon-codingRNAsbasedonfeaturerelationshiphttps://academic.oup.com/bioinformatics
小明的数据分析笔记本·2023-12-30 15:57

4分SCI，40天接收，较简单的非肿瘤纯生信

大家好，今天要和大家分享的是2021年8月发表的一篇文章：“IntegratedBioinformatics-BasedIdentificationofPotentialDiagnosticBiomarkersAssociatedwithDiabeticFootUlcerDevelopment
生信小课堂·2023-12-30 13:55

差异分析|使用limma包

获取本章节数据和代码：关注微信公众号：小杜的生信筆記（ID：Du_Bioinformatics），回复关键词：limma差异分析------------------------基于R语言进行差异分析的包有很多个
小杜的生信筆記·2023-12-25 21:09

【R语言】estimate包计算免疫相关分值

（https://bioinformatics.mdande
生信交流平台·2023-12-20 08:44

基因-疾病数据库/工具大集合

来自美国的研究团队在《BriefingsinBioinformatics》发表
尐尐呅·2023-12-17 15:26

《Bioinformatics Data Skills》之SAM文件格式(3)

上一节我们知道SAM文件有11列必要的信息，其中有3个信息分别为BitwiseFlag，CIGAR字符串与比对质量比较复杂，这里展开了解一下。BitwiseFlagBitwiseFlag采用了一串二进制数字来编码大量比对相关的信息。其相当于一组开关，每个位置对应不同的信息（如下），以1代表开，0代表关。$samtoolsflagsAbout:Convertbetweentextualandnume
DataScience·2023-12-16 22:57

爬虫练习2

##spider_MCENet.py##目的：爬取http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/search_result.php?
wo_monic·2023-12-05 11:02

代做Bioinformatics作业、Python程序作业调试、代写Dynamic Programming作业、代写Python课程设计作业代写R语言程序|调

ComputationalThinking2018/19BioinformaticsCourseworkHandinby2pmon3rdMay2019viaDUO.CourseworkDescriptionThiscourseworkconsistsofthreeparts.ThefirstistodevelopaPythonprogramforaligningtwoDNAsequences
sankaowu·2023-12-02 20:31

2021-10-17 Bismark 原理

参考官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/https://blog.csdn.net/qq_29300341/article
Zheng_xy·2023-12-02 18:20

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
艾思科蓝-何老师【H8053】·2023-12-02 06:39

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
搞科研的小刘选手·2023-11-29 20:17

《Bioinformatics Data Skills》之SAM文件格式(1)

我们已经知道BED与GTF文件用于存储基因组区域与基因组特征注释信息。还有一种文件用于存储高通量read比对数据，叫做SAM文件（SequeneAlignmentMapping，其压缩的二进制形式叫BAM）。SAM文件应用非常广泛，有必要了解一下其格式。SAM头部数据地址：https://github.com/vsbuffalo/bds-files/tree/master/chapter-11-a
DataScience·2023-11-29 06:36

《Bioinformatics Data Skills》之实战：统计落在外显子区域dbSNP数目

寻找区域间的overlap算得上是基因组最常见的操作，貌似简单的寻找overlap追究细节之后也会变得非常复杂，比如为了解决RNA-seq表达定量的问题就衍生出一系列专业的工具或者R包（例如RSEM，TopHat，HTSeq，GenomicAlignments等等）。今天我们通过一个简单的实例来学习寻找overlaps的操作：统计落在外显子区域的dbSNP数量。本节数据下载数据准备首先，导入小鼠1
DataScience·2023-11-24 08:34

10+生信文章鉴赏：如何将靶点与癌症的关系研究透彻

今天给大家带来一篇研究端粒调节蛋白与癌症相关性的文章，文章发表在BriefingsinBioinformatics（IF：11.622）上。
概普生信·2023-11-22 15:46

转录因子纯生信分析套路 新鲜转录因子数据库出炉啦

识别TFs靶向调控关系是揭示TFs功能及其对基因表达调控的关键步骤，因此今天小编就要向大家介绍一篇今年八月发表在GenomicsProteomicsBioinformatics（IF:7.051）杂志上的关于人类转录因子调控及其靶点的数据库
概普生信·2023-11-22 03:34

如何自己写一个CNV分析软件？

https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/track/pdf/1
我爱学生信@·2023-11-16 11:59

CoSTA：用于空间转录组分析的无监督卷积神经网络学习方法

2021年8月，来自美国研究人员在《BMCBioinformatics》杂志发表了题为“CoSTA:unsupervisedconvolutionalneuralnetworklearningforspatialtranscriptomicsanalysis
wen05054105·2023-11-14 05:28

生物信息学中引入NLP的相关思想

生物信息学（Bioinformatics）是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学
又三郎丶·2023-11-08 13:21

生物信息学 | 借助 AI 更高效地开启研究

By超神经生物信息学(Bioinformatics)是指利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法，研究生物学问题。
HyperAI超神经·2023-11-06 21:54

《Bioinformatics Data Skills》之Unix Shell

由于UnixShell的2大哲学思想模块化与重定向，其成为生物信息学家常用的工作环境。模块化指的是一个程序只做好一件事情，然后将程序使用管道连接起来。好处：容易定位错误或BUG如果使用一大段代码处理完发现最终结果出问题，可能要画很长的时间去找哪里出问题了。模块化之后容易检查是哪一块出问题了。容易测试与更换模块当你觉得一个模块有更好的处理方式时，可以很容易地进行测试与更换。可以采用特定的工具或者语言
DataScience·2023-11-06 14:17
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