bioinformatics

《Bioinformatics Data Skills》之命名管道与进程替换

当我们使用的程序输入与输出的是多个文件，无法使用管道命令。生物信息学的程序中这种情况实际是比较常见的，假如说程序program需要2个输入与2个输出，那么其会产生4个中间结果。我们知道磁盘读写是非常耗费时间的操作，如果这个程序是在pipeline的中间出现，可能会成为整个pipeline速度的瓶颈。这里介绍两种方法解决这个问题：1.使用命名的管道我们可以使用mkfifo(makefirstinfi
DataScience·2023-02-04 01:45

[Bioinformatics&Infectious]语雀文库公开邀请函

这是一张邀请你一起参与建设[Bioinformatics&Infectious]语雀文库的邀请函。
正直少女鹿衔草·2023-02-03 15:48

MutHTP数据库: Mutations in Human Transmembrane Proteins

MutHTP数据库是今年在『Bioinformatics』杂志上发表的一个数据库，我今天介绍一下这个数据库。
生信family·2023-02-03 06:08

2021-02-06 基于单细胞转录组的多层网络生物标志物，用于预测神经胶质瘤的预后和治疗反应。

今天分享的文章是2020年7月发表在BriefingsinBioinformatics(IF8.990)上的题为Single-celltranscriptome-basedmultilayernetworkbiomarkerforpredictingprognosisandtherapeuticresponseofgliomas
呆子鱼·2023-02-01 12:26

转录组质控

rawdata的配对文件fastq文件格式2.利用fastqc对rawdata进行质量评估1.下载安装fastqcwgethttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk
多啦A梦的时光机_648d·2023-01-30 01:31

jellyfish的安装和使用(转载)

p=806一.JELLYFISH简介JELLYFISH是CBCB(CenterforBioinformaticsandComputationalBiology)的GuillaumeMarçais和CarlKingsford
看远方的星·2023-01-29 18:02

Accurate prediction of protein contact maps by coupling residual two-dimensional bidirectional long

Accuratepredictionofproteincontactmapsbycouplingresidualtwo-dimensionalbidirectionallongshort-termmemorywithconvolutionalneuralnetworks下载链接：https://academic.oup.com/bioinformatics
QFIUNE·2023-01-29 12:04

FastQ_Screen 检测原始数据fastq污染情况

下载该软件需要以下依赖[Bowtie],[Bowtie2]或者[BWA].Perl*[Bismark](可选项，针对bisulfite数据)1.1有相关的软件之后，进入官方网站，点击下载https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk
寒山梦绮·2023-01-28 01:35

论文笔记：BridgeDPI: a novel Graph Neural Network for predicting drug–protein interactions

2022Bioinformatics1introduction使用图神经网络预测药物和蛋白质的相互作用（DPI，drug-proteininteraction）目前预测药物和蛋白质相互作用的方式主要有以下几种
UQI-LIUWJ·2023-01-27 13:35

GAERF: predicting lncRNA-disease associations by graph auto-encoder and random forest（通过图自动编码器和随机森林）

predictinglncRNA-diseaseassociationsbygraphauto-encoderandrandomforest（通过图自动编码器和随机森林预测lncRNA-疾病的关联）是2021年才接收的论文，由安徽大学郑老师组的发表在BriefingsinBioinformatics
Struggle~·2023-01-22 07:03

计算机工程与应用查重吗,计算机工程期刊录用率_计算机工程与应用期刊_计算机八大核心期刊...

计算机科学期刊写人脸检测的录取率高吗计算机专业发一篇sci相对比较容易，所以必须看你在那个杂志上发表，下面最顶级的也就是计算机一区的期刊，你可以比对下：HUMAN-COMPUTERINTERACTION计算机：控制论2.905BIOINFORMATICS
weixin_39850062·2023-01-21 11:51

【bioinfo】生物信息学——代码遇见生物学的地方

起源据说在1970年，荷兰科学家PaulienHogeweg和BenHesper最早在荷兰语中创造了"bioinformatica"一词，英语中的"bioinformatics"在1978年首次被使用。
weixin_33877092·2023-01-21 10:06

生物信息学简史

生物信息学简史2018-08-15,7127words,26minread前几天看到Briefingsinbioinformatics发了一篇文章介绍生物信息学发展历史。
wangchuang2017·2023-01-20 13:13

life science 研究领域之生物信息学

lifescience研究领域之生物信息学不读名校吗2018-08-0217:35点击标题下「bangbangacademy」可快速关注No.1生物信息学什么是生物信息学生物信息学（Bioinformatics
wangchuang2017·2023-01-20 13:43

【生物信息学】现在及未来，学习规划及入门

1.关于生物信息学生物信息学大家并不陌生，但自己好像从未思考其来源和本质，最近在读到有关书籍中有如下介绍：Bioinformaticsisaninterdisciplinaryfieldthatdevelopsmethodsandsoftwaretoolsforunderstandingbiologicaldata.Asaninterdisciplinaryfieldofscience
爱做饭的电饭煲·2023-01-20 13:11

基于知识图谱嵌入的药物靶标发现

Discoveringproteindrugtargetsusingknowledgegraphembeddings链接：Discoveringproteindrugtargetsusingknowledgegraphembeddings|Bioinformatics
hblg_bobo·2023-01-18 18:58

R包estimate评估肿瘤组织中基质及免疫细胞浸润水平

https://bioinformatics.mdanderson.org/estimate/index.html1.estimate安装install.packages("estimate")rforge
qq_27390023·2023-01-17 09:45

Bioinformatics|MGPLI：探索蛋白质-配体相互作用预测的多粒度表示

Bioinformatics|MGPLI：探索蛋白质-配体相互作用预测的多粒度表示最近搞了个公众号《AIandBioinformatics》介绍应用于生物信息学的人工智能算法和研究进展，以及网络表示学习算法研究
Struggle~·2023-01-16 09:38

MATLAB | 如何使用MATLAB绘制序列logo图

同时本工具函数参考以下文献：TareenA,KinneyJB.Logomaker:beautifulsequencelogosinPython[J].Bioinformatics,2020,36(7):
slandarer·2023-01-11 19:37

知识图谱-生物信息学-医学论文(BMC Bioinformatics-2022)-挖掘阿尔茨海默病相关KG来确定潜在的相关语义三元组用于药物再利用

sDiseasesRelatedKnowledgeGraphtoIdentityPotentialAD-relatedSemanticTriplesforDrugRepurposing论文地址:https://arxiv.org/pdf/2202.08712论文期刊:BMCBioinformatics20229
Cheng_0829·2023-01-10 09:01

机器学习在生物信息领域可以做什么

用“machinelearninggenomics”在biorxiv中检索（限定一下Bioinformatics领域），查看最新文章的标题和摘要，看看机器学习都能做些什么实际的项目。
hello~bye~·2023-01-07 17:37

论文解读《STALLION：一个基于堆叠的原核赖氨酸乙酰化位点预测的集成学习框架》

期刊：BriefingsinBioinformatics分区：二区摘要蛋白质翻译后修饰(PTM)是一种重要的调节机制，在正常和疾病状态中都发挥着关键作用。
HXH@·2023-01-06 16:28

论文解读《MSNet-4mC：学习有效的多尺度表示来识别DNAn4-甲基胞嘧啶位点》

期刊：Bioinformatics摘要动机：n4-甲基胞嘧啶（4mC）是一种重要的表观遗传修饰，调节广泛的生物过程。然而，检测4mC位点的实验方法是耗时和劳动密集型的。
HXH@·2023-01-06 16:28

Detection of transcription factors binding to methylatedDNA by deep recurrent neural network

标题：用深度递归神经网络检测甲基化DNA结合的转录因子期刊：BriefingsinBioinformatics中科院分区/影像因子：Q2/11.622发表时间：2022.01.09服务器：HOME数据集
YZT8848·2023-01-06 16:27

论文解读《Detection of transcription factors binding to methylated DNA by deep recurrent neural network》

标题：通过深度循环神经网络检测与甲基化DNA结合的转录因子期刊：BriefingsinBioinformatics摘要转录因子（TFs）是一种特异性参与基因表达调控的蛋白质。
HXH@·2023-01-06 16:27

AI医药论文阅读-使用药物描述和分子结构从文献中提取药物-药物相互作用

202107Usingdrugdescriptionsandmolecularstructuresfordrug-druginteractionextractionfromliterature使用药物描述和分子结构从文献中提取药物-药物相互作用Bioinformatics
努力AC的潇潇·2023-01-05 16:15

AI医药论文笔记--SSI–DDI: substructure–substructure interactions for drug–drug interaction prediction

亚结构相互作用论文题目SSI–DDI:substructure–substructureinteractionsfordrug–druginteractionprediction论文出自BriefingsinBioinformatics
努力AC的潇潇·2023-01-04 09:22

AI医药论文笔记--MUFFIN: multi-scale feature fusion for drug–drug interaction prediction

MUFFIN:多尺度特征融合预测药物-药物相互作用论文题目MUFFIN:multi-scalefeaturefusionfordrug–druginteractionprediction论文出自Bioinformatics
努力AC的潇潇·2023-01-04 09:21

药物组合疗法的机器学习方法（综述类）

论文题目：Machinelearningapproachesfordrugcombinationtherapies论文出自：BriefingsinBioinformatics,bbab293药物组合疗法的研究意义
努力AC的潇潇·2023-01-04 09:51

基于张量分解的药物重定位预测药物、靶点和疾病之间的关联

Predictingassociationsamongdrugs,targetsanddiseasesbytensordecompositionfordrugrepositioningfromBMCBioinformatics
qq_37637914·2022-12-27 11:24

《深度学习及其在生物医学中的应用》

DeepLearningandItsApplicationsinBiomedicinepaper2018年发表与GenomicsProteomicsBioinformatics16(2018)17–32
Good_Ly·2022-12-25 19:08

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-KG4SL:用于人类癌症SL预测的知识GNN

5.(2021.7.12)Bioinformatics-KG4SL:用于人类癌症SL预测的知识GNN论文标题：KG4SL:knowledgegraphneuralnetworkforsyntheticlethalitypredictioninhumancancers
Cheng_0829·2022-12-25 03:46

Paper reading (一)：Bioinformatics: an overview and its applications

WellisonJarlesDaSilvaDinizUniversidadeFederaldeSãoCarlosKeywords:Dataanalysis;Databases;Genomics;Systemsbiology这是一篇综述：anoverviewofbioinformaticsanditsuseintheanalysiso
wxw060709·2022-12-19 14:58

生物信息学期刊

1.Bioinformatics该期刊是生物信息学领域的顶级期刊，是CCFB类期刊也是SCI一区的，审稿速度也比较快。出版社是OxfordUniversityPress的。近几年影响因子如下。
Gao+Ling·2022-12-19 14:26

Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-2

Chapter2SettingUpandManagingaBioinformaticsProjectOrganizingDatatoAutomateFileProcessingTasksShellExpansionTips
weixin_42953727·2022-12-19 13:56

Bioinformatics Data Skills by Oreilly——学习生信的入门好书

翻阅《生信宝典》公众号，偶然看到推荐的两本生信入门好书，分享给大家：《BioinformaticsDataSkills--Reproducible.and.Robust.Research.with.Open.Source.Tools
weixin_42953727·2022-12-19 13:25

生物信息学Bioinformatics学习笔记（四）- Data analysis-16sRNA

Dataanalysis-16sRNA常用V3V4区域进行扩增子测序Basicanalyticalprocedure1.原始数据处理·去除接头序列，并将双端测序序列拼接成单条序列。·根据测序barcode序列区分不同的样本序列。·过滤低质量序列和无法比对到16srDNA数据库的序列。2.OTU（可执行操作单元）分类和统计·以97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成OTUs(QIIME-uc
cling5899·2022-12-19 13:50

生物信息学（Bioinformatics）

http://www.lmbe.seu.edu.cn/biology/bess/biology/chapt11/11-1.htm生物信息学（Bioinformatics）这个名词有许多不同的定义。
cowboy_wz·2022-12-19 13:50

生物信息学Bioinformatics学习笔记（一）

文章目录生物信息学第一章绪论History（根据19年的一份综述）生物信息学的研究内容生物信息学的应用领域第二章模式生物和生物信息学数据库资源第一节模式生物测序第二节三大核酸数据库第三节蛋白质数据库第三章生物信息学数据库查询第一节生物信息数据库的储存第二节GenBank中序列的获取第三节数据库文献的检索第四章序列分析第一节序列比对的内容SequenceAlignment第二节BLAST应用示例第五
cling5899·2022-12-19 13:18

matlab 支持向量机用法,matlab 支持向量机包及用法

chapterone:matlab高级版本中自带的svm函数我现在使用的matlab版本为matlab7.6.0(R2008a)这个版本中已经自带svm算法，分别为生物信息工具箱(bioinformaticstoolbox
贺易之·2022-12-17 12:01

BIB论文介绍（Briefings in Bioinformatics, Volume 22, Issue 6, November 2021）

一、StackIL6:astackingensemblemodelforimprovingthepredictionofIL-6inducingpeptides（StackIL6：一种改进IL-6诱导肽预测的堆叠集成模型）Received:15January2021Revisionreceived:30March2021Accepted:10April2021Published:08May2021
xiaobai1_1·2022-12-10 06:29

Briefings in Bioinformatics|南开大学药学院林建平教授|用于天然产物靶标预测的机器学习算法的大规模比较

今天我们来学习南开大学药学院林建平教授（学科方向：计算生物学）2022年发表在BriefingsinBioinformatics上的新作“用于天然产物靶标预测的机器学习算法的大规模比较”。
CA&AI-drugdesign·2022-12-10 06:27

Briefings in Bioinformatics | 王秀杰/裴小兵合作开发单细胞组学细胞标记基因鉴定算法COSG...

在单细胞测序数据分析中，对细胞进行准确分类是数据分析的重要基础。在利用聚类算法将细胞进行分组后，需要通过鉴定不同细胞群特异表达的标记基因来注释细胞类型。同时，细胞标记基因在所有细胞类群中的表达模式也能够帮助判断聚类、标准化、批次效应校正等分析结果的准确性，进而进行参数优化。然而，如何准确鉴定不同细胞类型的细胞标记基因(cellmarkergene)仍面临巨大的挑战。2022年1月19日，中国科学院
生信宝典·2022-12-10 06:22

Briefings in bioinformatics2021 | QSAR模型中，传统表征要优于molecular embedding？

论文标题：UsingmolecularembeddingsinQSARmodeling:doesitmakeadifference?GitHub-VirginiaSabando/MolecularEmbeddings:Officialsitefor"UsingMolecularEmbeddingsinQSARmodeling:DoesitMakeaDifference?"(BriefingsinB
羊飘·2022-12-10 06:51

Briefings in Bioinformatics2021 | 药物挖掘分子设计--生成模型综述

acomprehensivereviewofdeepgenerativemodels论文地址：Moleculardesignindrugdiscovery:acomprehensivereviewofdeepgenerativemodels|BriefingsinBioinformatics
羊飘·2022-12-10 06:51

Briefings in Bioinformatics2021 | 从头药物设计的深度生成模型的综合性评估

Comprehensiveassessmentofdeepgenerativearchitecturesfordenovodrugdesign论文地址：Comprehensiveassessmentofdeepgenerativearchitecturesfordenovodrugdesign|BriefingsinBioinformatics
羊飘·2022-12-10 06:51

Briefings in bioinformatics2021 | MolGNet+：基于分子全局表征的高效自监督框架，用于药物发现

原文标题：Aneffectiveself-supervisedframeworkforlearningexpressivemolecularglobalrepresentationstodrugdiscovery代码：https://github.com/pyli0628/MPG.git一、问题提出（分子性质预测的背景都是老生常谈的）药物发现是一个药物从发明到实际市场的漫长过程。同时，由于生物系统
羊飘·2022-12-10 06:21

生物信息学简史，A brief history of bioinformatics- Briefings in Bioinformatics综述解读

Abriefhistoryofbioinformatics原文DOI号：10.1093/bib/bby063参考链接生物信息学简史-生信自学网ABriefhistoryofBioinformatics1950
cling5899·2022-12-10 06:51

Briefings in Bioinformatics2021 | DLGN+：基于GAN和强化学习的分子从头双目标性质生成

论文标题：Denovogenerationofdual-targetligandsusingadversarialtrainingandreinforcementlearning论文地址：https://academic.oup.com/bib/article/22/6/bbab333/6354720代码：https://github.com/lllfq/DLGN一、模型结构RNN+GAN+Rei
羊飘·2022-12-10 06:17

箱线图（Boxplot）也称箱须图（Box-whisker Plot）

参考资料：箱线图（boxplot）介绍|PublicLibraryofBioinformatics[精品]箱线图boxplot-喜欢吃面
思考实践·2022-12-09 10:20
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