bioinformatics 第6页

[R]bioconductor之GenomicFeatures学习

wecaneasilydownloadthegenomiclocationsofthetranscripts,exonsandcdsofagivenorganismsfromtheUCSCGenomeBioinformaticsandBioMart2dataresources

小贝学生信·2021-12-01 01:31

通过perl脚本将fasta格式转换为KaKs_Calculator需要的AXT格式

可以通过下面的地址下载：https://github.com/qujingtao/perl-scripts-in-bioinformatics/blob/master/convert_fasta_to_axt.pl

qujingtao·2021-10-26 06:28

《Bioinformatics Data Skills》之使用samtools提取与过滤比对结果

上节我们已经知道samtoolsview命令可以用于转换sam与bam文件类型，其实samtoolsview还可以用于提取与过滤比对结果，下面让我们了解一下。数据地址提取比对结果以NA12891_CEU_sample.bam文件为例，我们首先建立该文件的索引：$samtoolsindexNA12891_CEU_sample.bam接着提取特定区域（例如1:200000000-250000000）的

DataScience·2021-10-16 09:29

10X单细胞（10X空间转录组）转录组 + VDJ联合分析（12）之scirpy

今天分享的软件是scirpy，很多人应该用过，文章在Scirpy:AScanpyextensionforanalyzingsingle-cellT-cellreceptorsequencingdata,发表于Bioinformatics

单细胞空间交响乐·2021-10-11 13:30

《Bioinformatics Data Skills》之pysam AlignmentSegment属性

pysam包使用AlignmentFile对象存储BAM/SAM文件，而通过AlignmentSegment对象存储它的read子集。AlignmentSegment拥有丰富的属性承载非常重要的信息，这里了解一下。AlignmentSegment基本属性仍然以NA12891_CEU_sample.bam文件为例，首先读入文件：>>>importpysam>>>bamfile=pysam.Align

DataScience·2021-09-29 20:30

《Bioinformatics Data Skills》之解析FASTX文件并清点碱基数目

FASTA/FASTQ文件的解析看起来是一件比较容易的事情，然而如果你尝试亲自编写代码的话就会发现很难全面地考虑问题。更好的方式是使用开源的库，这些库经过了广大用户的测试，更加鲁棒，同时速度更快。有很多工具可以实现这一目标，这里介绍一个由LiHeng开发的独立的解析FASTA/FASTQ文件的python脚本，叫做readfq.py（下载地址）。函数的输入输出分别为：FASTX的文件对象（文件对象

DataScience·2021-08-26 20:34

【单细胞转录组】SPRING算法环境部署与使用

Github官网里的介绍:SPRING(https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx792)是预处理脚本的集合和基于Web浏览器的工具，用于可视化高维数据并与之交互

Geekero·2021-07-30 17:49

《Bioinformatics Data Skills》之获取启动子区域

本节数据下载地址上一节使用rtracklayer包加载了小鼠的1号染色体的基因注释数据（如下）。>library(rtracklayer)>mm_gtftable(mm_gtf$type)genetranscriptexonCDSstart_codonstop_codon20274993361282590122902299UTR7588>table(mm_gtf$gene_biotype)anti

DataScience·2021-07-27 18:29

《Bioinformatics Data Skills》之转录本注释R包GenomicFeatures

GenomicFeatures包通过R包存储与提取数据是一个很好的选择，有利于数据版本管理与代码可重复性。GenomicFeatures就是这样的一个R包，此包嵌入了一系列的转录组注释数据（如图1），提供了一系列的统一方便的数据提取操作，下面让我们了解一下。图1GenomicFeatures包含的数据当我们安装完GenomicFeatures包之后，一系列的依赖数据包就已经存在，这些包的命名方式统

DataScience·2021-07-22 19:40

《Bioinformatics Data Skills》之基因组坐标

地球上各个分支的生物都包含染色体序列，生物信息学可以方便地将这样的一条碱基序列录入电脑中进行研究。参考基因组作为坐标系统来定位所有我们需要描述的东西。通过线性染色体序列的区域关联很多类型的基因组数据，例如基因模块，变异的位置等等。指定染色体的一个区域需要指定3个信息：染色体名：每个基因组都包含一系列的染色体，需要指定我们说的是哪一条。不幸的是没有一个统一的命名模式，不同的数据与不同的版本可能采用不

DataScience·2021-07-06 20:00

《Bioinformatics Data Skills》之awk文本处理

前面我们学习了基本的Unix表格文本数据的处理命令（grep,cut,sort,uniq等），但是在更加复杂的情况下这些命令使用起来就力不从心了。对表格数据进行更加复杂的操作可以使用awk脚本语言，这里介绍一下它的用法。基本用法awk的用法由两部分组成record。awk专门处理表格文本，它将输入的文本的每一行会当作一个record，智能地将整行内容赋给变量$0，第一列赋给$1，第二列赋给$2，以

DataScience·2021-06-30 20:39

利用python自NCBI下载fasta和genbank文件

第一部分自习室网络出奇的差，有时想打开NCBI网页下载文件时会一直在那里转圈圈，本来很简单的一件事有时却要浪费好长时间；恰好最近在学习Bioinformaticswithpythoncookbook这本书里的内容

小明的数据分析笔记本·2021-06-22 13:07

python生信小练习（一）

输出到屏幕用到的知识点split字符串的索引输出格式为：NM_001011874gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctg.......Answer:forlineinopen(r'E:\Bioinformatics

杨亮_SAAS·2021-06-21 09:57

fastqc的安装和使用

1、打开下载目录cd/bigdata/wangxj/Gobi_16s/raw2、下载nohupwget-chttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects

小王的学习杂记·2021-06-21 01:14

Manuscript match— 找到最适合你文章的那个ta（之期刊杂志）

最不费脑袋的方法是从Cell开始投，然后Nature,Science,NatureBiotechnology,…,Naturecommunication,Scienceadvance,Cellreport,…,Bioinformatics

生信宝典·2021-06-21 00:38

关于参考基因组和注释

常用的参考基因组数据库：1、Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作开发的数据库项目

bio_meow·2021-06-18 22:46

python中与系统发育相关的模块

最近在学习Bioinformaticswithpythoncookbook这本书第六章Phylogenetics的内容，了解到python中与系统发育相关的两个模块Dendropy和ete3(APythonframeworkfortheanalysisandvisualizationoftrees

小明的数据分析笔记本·2021-06-13 04:23

代写python Bioinformatics Coursework 编程、代写python 作业、代做python 程序代做Processing|代写Pyt

omputationalThinking2018/19BioinformaticsCourseworkRobPowellHandinby2pmon3rdMay2019viaDUO.CourseworkDescriptionThiscourseworkconsistsofthreeparts.ThefirstistodevelopaPythonprogramforaligningtwoDNAsequ

zhengchafu·2021-06-09 03:33

2020-09-22-JC

BriefingsinBioinformaticsVolume21,Issue4,July2020Cleftpalate(CP)isthesecondmostcommoncongenitalbirthdefect.TheetiologyofCPiscomplicated

WH川川·2021-06-04 08:40

《Bioinformatics Data Skills》之命令替换

命令替换（CommandSubstitution）指的是将一个行内表达式的运行结果作为另外一个程序的输入。以此增加脚本的自动化程度，并减少人工错误。举例说明：例1：统计FASTA序列数目文件内容：headexample.fasta>seq0FQTWEEFSRAAEKLYLADPMKVRVVLKYRHVDGNLCIKVTDDLVCLVYRTDQAQDVKKIEKF>seq1KYRTWEEFTRAAE

DataScience·2021-05-31 13:25

《Bioinformatics Data Skills》之可重复性与鲁棒性

创造有可重复与鲁棒性的数据分析习惯不仅关乎个人的科学素养，并且使得我们的科研道路更加轻松。Fig.1TheTuringWayprojectillustrationbyScriberia.Zenodo.http://doi.org/10.5281/zenodo.3332807可重复性(建议)测序实验代价昂贵，难以进行重复，所以我们越来越多地依赖只进行计算机的重复性实验。然而生物信息数据分析的复杂性往

DataScience·2021-05-24 08:38

FastQC的基本介绍

FastQC的基本介绍:FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects

迷路的南南见鸟·2021-05-19 15:50

3️⃣ 多序列比对(3):工具和数据库

序列比对和序列特征分析总目录多序列比对的软件很多，具体可参考https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/另外还有http://www.bioinformatics.utep.edu/

Y大宽·2021-05-12 21:07

【shell笔记>生信|专项】生信数据处理技能手札(3)：获取、检查、压缩生信数据

本文翻译整理自《BioinformaticsDataSkills》第六章“BioinformaticsData”。

王诗翔·2021-05-07 05:38

使用R分析16s扩增子α，β多样性

这部分教程依然来自HappyBellyBioinformatics网站,主要学习一下使用DADA2获得ASVs数据之后的进一步分析。譬如，微生物群落多样性，样品间的微生物群落差异分析以及系统进化等。

你猜我菜不菜·2021-05-06 07:02

生物信息学-张红-绪论

第一章绪论生物信息学的定义生物信息学是bioinformatics的翻译；组织数据、并从数据中提取生物学新知识；狭义的生物信息学：专指应用信息技术存储和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据，也成分子生物信息学

耗奇害死猫·2021-04-29 23:15

ce-RNA研究套路-如何印paper

参考学习资料：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/14/2515/4917355之前看了技能树的系列推文和曾老师的推荐的文献，对ce-RNA

程凉皮儿·2021-04-23 14:29

第1章简介

limma：微阵列和RNA-Seq数据的线性模型用户手册GordonK.Smyth,MatthewRitchie,NatalieThorne,JamesWettenhall,WeiShiandYifangHuBioinformaticsDivision

yangliunk1987·2021-04-22 04:37

R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-2

Pre-processing本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq数据预处理的实战代码原文地址：https://bioinformatics-core-shared-training.github.io

尘世中一个迷途小书僮·2021-04-20 21:34

免疫细胞特征预后模型这样发，8+

今天和大家分享的是2020年12月份发表在BriefingsinBioinformatics杂志上的一篇文章（IF=8.99）“Clinicalsignificanceandimmunogenomiclandscapeanalysesoftheimmunecellsignaturebasedprognosticmodelforpatientswithbreastcancer

科研风暴·2021-04-19 20:10

三月week4文献阅读4：Biological Databases for Hematology Research

BiologicalDatabasesforHematologyResearch血液学研究生物数据库AbstractWiththeadvancesofgenome-widesequencingtechnologiesandbioinformaticsapproaches

米妮爱分享·2021-04-19 16:13

一份很棒的R语言学习参考资料

https://github.com/Ming-Lian/Bioinformatics-skills/blob/master/R-Advanced.mdimage.png偶然间发现的！

小明的数据分析笔记本·2021-04-18 20:06

2020-09-29 JC (2)

BioinformaticsVolume36,Issue11,June2020MotivationSinceDecember2019,thenewlyidentifiedcoronavirusSARS-CoV

丑小鸭_b360·2021-04-18 04:42

单基因纯生信分析套路 8+|单基因突变新思路2

小编今天给大家带来了一篇BriefingsinBioinformatics(IF=8.9)杂志关于TP53突变的文章。对的，昨天今天研究的主角都是TP53突变，有想研究单基因的想法可以关注哦！

呆呆聊生信·2021-04-18 03:25

2020-09-29 JC (1)

BioinformaticsVolume36,Issue13,July2020MotivationItiswellknownthattheintegrationamongdifferentdata-sourcesisreliablebecauseofitspotentialofunveilingnewfunctionalitiesofthegenomicexpressions

丑小鸭_b360·2021-04-17 16:37

R语言ggplot2两个离散变量画热图的简单小例子

今天推文的内容来自http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/ecological.html。

小明的数据分析笔记本·2021-04-15 04:32

2020-11-22

BioinformaticsAbstractTheGeneNetworkEstimationTool(GNET)isdesignedtobuildgeneregulatorynetworksfromtranscriptomicgeneexpressiondatawithaprobabilisticgraphicalmodel.Thedatapreprocessing

WH川川·2021-04-15 01:38

论文模板丨学习下这篇8分+基于免疫细胞特征预后模型！

今天跟大家分享的是2020年12月发表在BriefingsinBioinformatics（IF=8.99）上的文章。

WOSCI沃斯编辑·2021-04-13 12:00

遗传多样性软件 Powermarker 使用说明

powermarkerLiu,K.andS.V.Muse,PowerMarker:anintegratedanalysisenvironmentforgeneticmarkeranalysis.Bioinformatics

EZ·2021-03-29 14:43

生物序列搜索算法的进化

文献：Kucherov,G.(2019)Evolutionofbiosequencesearchalgorithms:abriefsurvey.Bioinformatics,35,3547–3552.Evolutiono

果蝇饲养员的生信笔记·2021-02-24 13:16

Git_版本控制的项目流程管理

学习《BioinformaticsDataSkill》Charpter5-UsingGittoMakeLifeEasier:GitforScientists"[TOC]Bioinformaticsdataskillbookcharpter5workingwithgitisfundamentallyaboutcreatingandmanipulatingthecommits

Dawn_WangTP·2021-01-18 04:58

Biological network analysis with deep learning（使用深度学习的生物网络分析）

Biologicalnetworkanalysiswithdeeplearning（使用深度学习的生物网络分析）很少有关于生物网络的综述类论文，这是今年发在BriefingsinBioinformatics

Struggle~·2020-12-04 12:40

A graph auto-encoder model for miRNA-disease associations prediction 论文解析

Agraphauto-encodermodelformiRNA-diseaseassociationsprediction（用于miRNA-disease关联预测的图自动编码模型）该文章由中科院新疆理化所的尤老师组，发表在《BriefingsinBioinformatics

Struggle~·2020-11-19 11:43

译文Deep Learning in Bioinformatics --深度学习在生物信息学领域的应用（1）

译文DeepLearninginBioinformatics--深度学习在生物信息学领域的应用(1)深度学习在生物信息学领域的应用(1)原文链接：https://arxiv.org/abs/1903.00342

Pineconek·2020-09-17 02:23

Attention_BiLSTM+CRF

参考：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/8/1381/4657076https://github.com/lingluodlut/Att-ChemdNERhttps

Twilightuse·2020-09-16 23:11

RNA-seq 数据上游分析

一、质控--FastQChttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/FastQC旨在提供一种简单的方法，对来自高通量测序的原始序列数据进行一些质量控制检查

生信摆渡·2020-09-16 19:33

lstm+attention 用于NER

参考1：论文参考：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/8/1381/4657076LingLuo,ZhihaoYang,PeiYang,

安琪已经 了·2020-09-16 00:30

生信 | cd-hit

下载：http://www.bioinformatics.org/cd-hit/背景：生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度。

rojyang·2020-09-15 14:59

codefrcces 520c 思维

C.DNAAlignmenttimelimitpertest2secondsmemorylimitpertest256megabytesinputstandardinputoutputstandardoutputVasyabecameinterestedinbioinformatics.He'sgoingtowriteanarticleaboutsimilarcyclicDNAsequences

yjt9299·2020-09-14 21:48

[Codeforces #295(Div 1)]简要题解

A.DNAAlignmentVasyabecameinterestedinbioinformatics.He’sgoingtowriteanarticleaboutsimilarcyclicDNAsequences

我是傻叉·2020-09-14 19:29

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