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10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

hello，大家好，今天周一，我们不分享那些算法思路什么的，分享一点简单的可视化，专门针对cellphoneDB的结果进行可视化，不知道为什么，一直想起吕子乔的语录，谁年轻时没喜欢过几个人渣，关于cellphoneDB
单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

CellPhoneDB配有详实的受配体数据库，其整合了此前的公共数据库，还会手动矫正，以得到更加准确的受配体注释。此外，针对受配体有多个亚基的情况，也进行了注释。
TOP生物信息·2023-12-25 13:00

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析

追风少年i系统总结nichenet多条件通讯差异分析通讯软件nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet，10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和cellphoneDB
单细胞空间交响乐·2023-11-25 11:56

10X空间转录组之空间临近通讯分析stlearn进阶版

新的一年，2022年，第一周，继cellphoneDB更新到3.0，辅助做空间生态位细胞通讯之后，stlearn也更新了其做空间转录组临近细胞通讯的分析教程，我们来看一下，看看有什么新颖的地方。
单细胞空间交响乐·2023-09-07 14:11

10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析

hello，大家好，随着10X单细胞、10X空间转录组如火如荼的进行中，我们的分析内容和手段也要进入深水区了，很多深入和细节的分析需要我们格外注意了，今天我们来分享两个非常好的点，希望大家能够深入分析自己的数据，发大文章。首先第一点，SpatialCorrelationAnalysis，其实这个谈过好几次了，文章在10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因），10X空间转录组之基因的空间表
单细胞空间交响乐·2023-07-29 08:49

复现Science图表：细胞通讯受配体配对连线表达图（cellchat、cellphonedb）

之前微信群发布了一个图希望我们复现，是一篇science子刊的文章。展示的是细胞通讯的受配体对的表达情况。特点是受配体配对连线并展示了表达量。（SinglecellRNAsequencinghighlightsintratumorheterogeneityandintercellularnetworkfeaturedinadamantinomatouscraniopharyngioma）原文的方法
TS的美梦·2023-06-17 20:58

单细胞分析之细胞交互-6：NicheNet使用的常见问题汇总

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2023-04-11 15:13

CellphoneDB及可视化

CellphoneDB介绍以及结果怎么看可以参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/446055519，这里就不再赘述了，直接开始跑代码。
生信探索·2023-04-07 18:40

单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2023-04-04 10:10

单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2023-03-22 03:26

Cellcall:细胞间通讯分析工具（单细胞数据生信实操）

看了一下，这个方法相比于Cellchat、cellphonedb等，在可操作性方面就具有优势，不会有技术难题。此外在结果方面，受配体信息更加全面！所以很值得一试！
TS的美梦·2022-12-24 15:07

单细胞分析之细胞交互-7：目标基因集的配体和靶基因活性预测分析

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2022-11-02 12:45

单细胞分析之细胞交互-7：目标基因集的配体和靶基因活性预测分析

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2022-11-02 12:45

单细胞分析之细胞交互-5：NicheNet多组间互作比较

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2022-11-02 09:39

单细胞分析之细胞交互-3：CellChat

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2022-11-02 09:19

单细胞分析之细胞交互-2：iTALK

常用的细胞通讯软件：CellphoneDB：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用的数据库。此外，还考虑了结构组成，能够描述异构复合物。
Hayley笔记·2022-11-02 09:08

单细胞个性化分析之细胞通讯篇

为了分析细胞之间的相互作用，开发了很多方法，其中CellphoneDB[
单细胞空间交响乐·2022-08-17 11:51

细胞交互CellphoneDB v3

单细胞系列教程目录索引,持续更新...CellphoneDB需要python环境，以Linux服务器安装为例，演示conda安装，并使用conda创建虚拟python隔离环境以安装CllphoneDB31
科研小徐·2022-04-07 17:00

考虑空间位置的通讯分析手段---CellphoneDB（V3.0）

新的一周，新的开始，今天我们来分享一个cellphoneDB的升级版，CellphoneDB的V3.0版本，升级的最大改进在于服务于空间转录组的通讯分析，会结合空间位置和生态位进行有效通讯的识别和判断，
单细胞空间交响乐·2022-01-24 10:08

单细胞数据细胞通讯分析软件NATMI

单细胞数据分析中，细胞通讯是最重要的一环当然，已经有了很多的软件用于单细胞数据的通讯分析，比如cellphoneDB，celltalker，cellchat，iTALK等，每个软件都有自己的优缺点，就目前而言
艾文燕君·2021-06-16 09:42

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet

hello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使用，从而达到最好的通讯分析效果
艾文燕君·2021-06-15 10:15

【单细胞转录组】细胞通讯cellTalker

image.png2.scRNA“配体-受体”分析工具2.1CellPhoneDBCellPhoneDB（https://www.cellphonedb.org）是公开的人工校正的，存储受体
XuningFan·2020-07-13 10:36
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