cellchat

no title in netVisual_aggregate cellchat 加上 title(main = paste0(i,‘signaling‘))即可

pdf("3.Sig_Pathway_Circle_Plot_.pdf")for(iinpathways){print(i)p=netVisual_aggregate(cellchat,show.legend
生信小博士·2023-11-13 06:21

conda install -c conda-forge r-base cellchat

condainstall-cconda-forger-base#r4.2.3condainstall-cdnachunr-cellchat
生信小博士·2023-11-13 06:51

cellchat最新完整版本

getwd()dir.create("~/silicosis/fibroblast_20230930_universal_special/cellchat_fibroblast_macrohpages"
生信小博士·2023-11-13 06:18

cellchat error:外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg1)

cellchat在运行到下面几行代码的时有时候会报错，尤其是两个样本合并的时候。
Seurat_·2023-10-19 19:56

单细胞108篇文献解读之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat

1月17日发表于naturecommunications的文章，题目为Inferenceandanalysisofcell-cellcommunicationusingCellChat，本文详细介绍了CellChat
Seurat_Satija·2023-10-18 07:01

cellchat 报错解决Error in do_one( nmeth):外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg1)

computeNetSimilarity0)*1+Gj0)*1+S3[i,j]0)*1+Gj0)*1+D_signalings[i,j]#报错找到pullrequest修改后源代码运行也不对逐个函数运行>cellchat
Seurat_Satija·2023-07-27 18:34

复现Science图表：细胞通讯受配体配对连线表达图（cellchat、cellphonedb）

之前微信群发布了一个图希望我们复现，是一篇science子刊的文章。展示的是细胞通讯的受配体对的表达情况。特点是受配体配对连线并展示了表达量。（SinglecellRNAsequencinghighlightsintratumorheterogeneityandintercellularnetworkfeaturedinadamantinomatouscraniopharyngioma）原文的方法
TS的美梦·2023-06-17 20:58

CellChat：单细胞通讯分析工具！

1月17日发表于naturecommunications的文章，题目为Inferenceandanalysisofcell-cellcommunicationusingCellChat，本文详细介绍了CellChat
概普生信·2023-06-15 09:11

CellChat使用

1、软件的功能CellChat主要可以做2部分工作：1）受体-配体互作。CellChatDB包含人类和小鼠中具有文献支持的配体-受体互作关系，包括多聚体和辅酶因子；2）细胞-细胞交流。
生信菜菜鸟·2023-04-21 00:06

CellChat使用简介

1、软件的功能CellChat主要可以做2部分工作：1）受体-配体互作。CellChatDB包含人类和小鼠中具有文献支持的配体-受体互作关系，包括多聚体和辅酶因子；2）细胞-细胞交流。
Seurat_Satija·2023-04-16 05:04

CellChat 三部曲3：具有不同细胞类型成分的多个数据集的细胞通讯比较分析

CellChat三部曲3：具有不同细胞类型成分的多个数据集的细胞通讯比较分析加载所需的包第一部分：比较分析具有略有不同细胞类型成分的多个数据集加载每个数据集的CellChat对象升级CellChat对象并合并使用升级的
Seurat_Satija·2023-04-15 09:09

使用cellchat进行细胞间通讯分析

安装R包devtools::install_github("sqjin/CellChat")如果安装不成功，可能是1.YoumightneedtomanuallyintallthedependenciesComplexHeatmapusingdevtools
Seurat_·2023-04-12 12:55

单细胞分析之细胞交互-6：NicheNet使用的常见问题汇总

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2023-04-11 15:13

CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析

CellChat三部曲2：使用CellChat对多个数据集细胞通讯进行比较分析加载所需的包创建目录以保存图片加载每个数据集的CellChat对象，然后合并在一起第一部分：预测细胞通信的一般原理比较交互总数和交互强度比较不同细胞群之间的相互作用数量和相互作用强度不同细胞群之间的相互作用数量或相互作用强度的差异不同细胞类型之间相互作用数量或交互强度的差异比较
Seurat_Satija·2023-04-06 06:41

单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2023-04-04 10:10

单细胞转录组之使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析

1.CellChat对象的创建、处理及初始化1.1使用Seurat对象创建CellChat对象1.2使用表达矩阵创建CellChat对象1.3设置配体受体交互数据库1.4表达数据的预处理2.细胞通信网络推断
青青青山·2023-04-04 07:17

cellchat-与其他单细胞分析工具的接口

与其他单细胞分析工具包的接口从Seurat或SingleCellExperiment对象创建CellChat对象在单单元格对象之间转换（Seurat，SingleCellExperiment和andata
Seurat_Satija·2023-04-04 06:43

CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析

CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析自从周运来在写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cellchat作为一个细胞通讯分析的新兴
Seurat_Satija·2023-04-01 04:04

单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2023-03-22 03:26

Ubuntu 安装Seurat包报错configure: error: geos-config not found or not executable

咱就说好不容易在系统上安装了CellChat，SeuratR包就不见了哈哈哈，懵逼，然后发现安装的时候，报错了configure:error:geos-confignotfoundornotexecutable
Aji·2023-03-10 02:16

Cellcall:细胞间通讯分析工具（单细胞数据生信实操）

看了一下，这个方法相比于Cellchat、cellphonedb等，在可操作性方面就具有优势，不会有技术难题。此外在结果方面，受配体信息更加全面！所以很值得一试！
TS的美梦·2022-12-24 15:07

单细胞测序数据分析——细胞通讯 CellChat

一、CellChat介绍特别好的文章：CellChat细胞通讯分析（上）--文献解读-知乎(zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/525115168CellChat
FF在努力·2022-11-28 20:45

单细胞分析之细胞交互-7：目标基因集的配体和靶基因活性预测分析

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2022-11-02 12:45

单细胞分析之细胞交互-7：目标基因集的配体和靶基因活性预测分析

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2022-11-02 12:45

单细胞分析之细胞交互-5：NicheNet多组间互作比较

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2022-11-02 09:39

单细胞分析之细胞交互-3：CellChat

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2022-11-02 09:19

单细胞分析之细胞交互-2：iTALK

（配体-受体）CellChat：CellChat将细胞的基因表达数据作为输入，并结合配体受体及其辅助因子的相互作用来模拟细胞间通讯。（配体-受体+多聚体+辅因
Hayley笔记·2022-11-02 09:08

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节

hello，大家好，今天是周天，虽然是休息，但是今天是MSI世界赛，边看比赛，抽空给大家分享一个小小的知识，那就是通讯中的小小的知识，来源是CellChat的文献Inferenceandanalysisofcell-cellcommunicationusingCellChat
单细胞空间交响乐·2022-06-02 09:57

直接读取表达矩阵和metadata信息创建seurat单细胞对象

library(CellChat)library(Seurat)library(dplyr)library(patchwork)library(ggplot2)library(ggalluvial)library
qq_52813185·2022-04-14 07:21

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析CellChat之多样本通讯差异分析

hello，各位好，之前呢，我们分享了Cellchat的文章内容，方法，以及单样本分析案例，文章在10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChat，这次我们来分享一下Cellchat分析多样本通讯差异的分析过程
追风少年i·2022-02-21 04:05

CellChat || Seurat、scanpy单细胞数据构建CellChat对象

我们展示如何从其他现有的单细胞分析工具包(包括Seurat和Scanpy)中提取CellChat输入文件。
周运来就是我·2022-02-16 05:18

单细胞转录组-CellChat细胞相互作用分析

这时，需要创建一个CellChat对象
大魔王鱼鱼鱼·2022-01-14 14:07

单细胞数据细胞通讯分析软件NATMI

单细胞数据分析中，细胞通讯是最重要的一环当然，已经有了很多的软件用于单细胞数据的通讯分析，比如cellphoneDB，celltalker，cellchat，iTALK等，每个软件都有自己的优缺点，就目前而言
艾文燕君·2021-06-16 09:42

CellChat：细胞间相互作用分析利器

前言我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互作用，就有人推荐我们做一个配受体分析。那什么是配受体？我们在文章Cell-CellInteractionDatabase||单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗？中提到配受体其实是细胞的特定蛋白，蛋白追溯到基因表达上就是基因对。
周运来就是我·2021-01-15 10:03

单细胞分析之细胞通讯：cellchat

这篇文章在2020年7月上传到了bioRxiv（Inferenceandanalysisofcell-cellcommunicationusingCellChat，https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.21.214387v1.fullCellchat在这个工作中，作者构建了一个配体，受体及其辅因子之间相互作用的数据库，该数据库可准确表示已知
Kevin_Hhui·2020-11-21 22:54
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