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gene
【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反应
下面就来学习下吧1.IMvigor210CoreBiologies包安装从(http://research-pub.
gene
.com/IMvigor210CoreBiologies/packageVersions
高大石头
·
2023-08-29 09:43
【从零学习python 】60.探索生成器:迭代的灵活利器
为了达到记录当前状态,并配合next()函数进行迭代使用,我们可以采用更简便的语法,即生成器(
gene
全栈若城
·
2023-08-28 20:26
python从零出发
python
学习
生成器
迭代器
yield
send
RNA-seq 转录组定量
RSEM和STAR建立索引:下载gencode参考数据集,v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/
gene
_annotation
好风凭借力
·
2023-08-27 22:26
splatter marker
gene
random data
https://github.com/theislab/single-cell-tutorial/blob/master/supplementary_scripts/Splatter-marker-genes-random-data.ipynbimportscanpyasscimportnumpyasnpimportscipyasspimportpandasaspdimportmatplotlib
我的心永远是冰冰哒
·
2023-08-27 09:44
pytorch
python之函数返回数据框
1.原始文件##gff-version3Chr1AIWGSC_v2.1
gene
400987033833-.ID=TraesCS1A03G0000200;previous_id=TraesCS1A02G000100
R语言爱好者
·
2023-08-26 19:55
python
差异表达counts绘制火山图
de_result%mutate(direction=if_else(abs(logFC)0.05,'stand',if_else(logFC>=1,'up','down')))%>%left_join(
gene
_exp
多啦A梦的时光机_648d
·
2023-08-25 12:22
DESeq2:基于Counts分析
data:2019年10月14日来源文章:RNA-Seqworkflow:
gene
-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression(一)、数据准备1数据制备
小杜的生信筆記
·
2023-08-24 22:17
单细胞 & 空间整合去批次方法比较
常规方式:下面代码为官方代码,大家应该看过,每个样本进行预处理,找高变,整合的时候选择共有的高变基因ifnb.list%ScaleData(verbose=FALSE)%>%RunPCA(pc.
gene
单细胞空间交响乐
·
2023-08-24 13:28
R package org.Hs.eg.db to convert
gene
id
文章目录install使用org.Hs.egENSEMBL将Ensemblidconverttogeneidorg.Hs.egGENENAME将Ensemblidconverttogenenameorg.Hs.egSYMBOL将genesymbolconverttogeneid我现在有一些ensemblid如何转为genename注意你会遇到一些record不全的情况,gtf文件存在而org.Hs
All_Will_Be_Fine噻
·
2023-08-22 10:32
R
bioinfo
r语言
宏基因组CAG、MGS、MLG以及Bin、MAG、Draft genome
除了Contig,宏基因组中还有一类序列信息,即
Gene
。
笺牒九州的怪咖
·
2023-08-21 22:03
知识图谱入门:使用Python创建知识图,分析并训练嵌入模型
Definetheheads,relations,andtailshead=['drugA','drugB','drugC','drugD','drugA','drugC','drugD','drugE','
gene
1
·
2023-08-20 10:09
用Python实现遗传算法(GA)-(二)-One Max Problem
genetic.pyimportrandomimportstatisticsimportsysimporttimedef_generate_parent(length,geneSet,get_fitness):genes=[]whilelen(
gene
Yuri7
·
2023-08-19 06:44
[Bio News] Cell Ranger - 7.0发布/2022年5月17号
参考:https://support.10xgenomics.com/single-cell-
gene
-expression/software/downloads/latestimage.png
台式计算机
·
2023-08-18 11:48
03高通量测序-PCA中的主要概念
如果我们只检测1个基因的话(
Gene
1),那么我们根据基因1表达的情况,把小鼠的绘制到数轴上,小鼠1,小鼠2,小鼠3的
Gene
1表达
不到7不改名
·
2023-08-18 07:49
2022新版TCGA数据下载与整理
以往count文件是htseq.counts.gz格式,现在变成star_
gene
_counts.tsv格式了。
小熊_wh
·
2023-08-16 17:09
学习小组Day6笔记--李斯亭
一个数据处理包,把数据处理成标准统一的数据框下载安装install.packages("tidyr")library(tidyr)数据框基础bioplanet<-data.frame(GeneId=rep("
gene
5
李斯亭
·
2023-08-15 09:54
笔记,ubuntu22安装header问题
root@xxx:~/5.15.0-53-
gene
老爸我爱你
·
2023-08-15 09:52
笔记
java
前端
Entrez ID 和
gene
symbol 和 Ensembl ID转换
手动迁入编程版library(AnnotationDbi)library(org.Hs.eg.db)library(tidyverse)如果你有基因
gene
%unlist()g%unlist()mget
茅逗逗
·
2023-08-14 06:02
R语言和生物信息学分析技巧
生物信息
r语言
差异性分析傻瓜版
path1输入你的第一个Excelpath2输入你的第二个ExcelDEG.dig%column_to_rownames(var="NA.")type%select(type)type%dimkeep_
gene
1
茅逗逗
·
2023-08-14 06:02
生物信息
数据框筛选和GO富集的小操作
比如下面这个数据框#
gene
是我随机抽取的基因library(tidyverse)library(clusterProfiler)library(org.At.tair.db)data.frame(
gene
城管大队哈队长
·
2023-08-14 04:40
2019-08-14 biomaRt 转换
library("biomaRt")human=useMart("ensembl",dataset="hsapiens_
gene
_ensembl")mouse=useMart("ensembl",dataset
njmujjc
·
2023-08-12 20:30
专治疗懒病:GO、KEGG富集分析一体函数
所以我们发挥了专治懒病的优良传统,将KEGG、GO(BP、CC、MF)的分析封装为一个函数,您只需要提供
gene
,选择物种即可,只有human和mouse。
TS的美梦
·
2023-08-11 11:37
golang
windows
开发语言
富集分析
KEGG
GO
差异基因
批量修改基因文件里的基因名
/usr/bin/python#-*-coding:utf-8-*-#condaactivatepython3"""作者:徐诗芬内容:1.打开single_copy_
gene
徐诗芬
·
2023-08-10 07:44
dplyr:Column must have a unique name-fix???
image.pngdataAssyout3=dataAssyout2%>%setNames(make.names(names(.),unique=TRUE))mRNA_exprSet%dplyr::filter(type=="
gene
一路向前_莫问前程_前程似锦
·
2023-08-06 15:41
云南一入冬,将军山的冰雪美颜,动人心魄!
便有此美景怎舍得私藏,分享出来,让大家看看无水印可以用做手机壁纸冻人心魄BreathtakingScenes手机拍照也是讲究技巧的拉近焦距,凑近拍,找到合适的角度,完美的构图女朋友再也不会吐槽你的拍照技术差了将军山
Gene
小钱松
·
2023-08-06 15:09
4.Computational
gene
network analysis reveals TNF-induced angiogenesis
背景:TNF诱导人脐静脉内皮细胞(HUVEC)增殖并形成新的血管。这种TNF诱导的血管生成在癌症和风湿病中起着关键作用。然而目前对于TNF诱导血管生成的作用机制的研究并不成熟。方法:研究一例用TNF(0h,1h,1.5h,2h,3h,4h,5h,6h)处理的DNA微阵列数据(GSE27870)。0h是指HUVEC处理开始时的细胞状态。八个时间点各三个重复的数据使用cyclicLoess归一化。将所
WH川川
·
2023-08-06 08:17
R语言笔记Day1(六 tidyr)
1.1安装和载入tidyr包install.packages("tidyr")library(tidyr)1.2新建数据框用来演示>aaGeneIdSampleNameExpression1
gene
5Sample1142g
养猪场小老板
·
2023-08-06 07:52
入门级知识
用c()结合到一起c(2,5,6,2,9)c("a","f","md","b")#(2)连续的数字用冒号“:”1:5#(3)有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnormrep("
gene
养猪场小老板
·
2023-08-04 19:59
从cellranger的h5文件中提取数据
参考链接:https://support.10xgenomics.com/single-cell-
gene
-expression/software/pipelines/5.0/advanced/h5_matrices
myshu
·
2023-08-02 22:14
关于GEO的分组矩阵与对比问题
分组表达矩阵,告诉代码,哪些样本属于那些分组#懒得下载,自己构建基因表达矩阵xr[1:4,1:4]#sample_1sample_2sample_3sample_4#
gene
_16.9302033.4455266.3643625.482402
yaosworld
·
2023-08-02 13:33
2019-05-29-多基因联合建树 NJst 方法-Linux版本
是一个比较难找的包)使用方法:Rscriptnjstm.rtreefilemappingmethodoutputfile.treefile:genetreeswithphylipformat.mapping:
gene
-copy
曾杰_788c
·
2023-07-31 05:49
小鼠与人类ID转换
mouse_ID<-read.table("/Users/y/Desktop/小鼠ID.txt",header=T,sep="\t")genelist<-mouse_ID$ida<-mouse2human(
gene
橙子榴莲巧克力
·
2023-07-29 12:04
学习记录
经验分享
为直方图和密度图添加文本标签
下面将使用ggpubr包中的
gene
_citation数据集,它包含通过使用两个关键词(i)基因名称+b细胞分化和ii)基因名称+浆细胞分化)评估PubMed中摘要和注释筛选的66个基因的平均引用指数。
Boer223
·
2023-07-28 06:10
解决Jupyter Notebook无法自动打开浏览器的问题
2、在命令行中输入如下命令:jupyternotebook--
gene
lyb06
·
2023-07-27 14:39
Python相关
jupyter
python
ide
stm32标准库开发常用函数的使用和代码说明
DirectMemoryAccess)USART(UniversalSynchronous/AsynchronousReceiver/Transmitter)TIM(Timer)EXTI(ExternalInterrupt)GPIO(
Gene
嵌入式小白—小黑
·
2023-07-25 15:27
stm32
单片机
嵌入式硬件
TCGA 更新后矩阵整理方式
最近TCGA更新了,下载研究一下,我们从TCGA下载STAD的数据,选择其中的一个打开,发现了一个好消息那就是矩阵的整合难度降低了,而且提供TPM以及FPKM还有校正的count以及
gene
_name其实整理起来比较简单
爱吃西瓜的呆鹅
·
2023-07-22 15:17
GEO数据库学习总结(三)ID转换
通过前面的数据下载,我们一般都可以得到如下矩阵,为了后续分析及文章需要,我们则需要吧探针名转化为
gene
_symbolID转化主要分为二步Ⅰ、得到探针一一对应的基因名Ⅱ、将矩阵中的探针转换成对应的基因名而转化的核心就是在第一步
每天都在进步的FFOO
·
2023-07-22 14:16
Wilcoxon检验方法差异分析
正常与肿瘤组的mRNA表达量本次前50列是正常组,后374是肿瘤样本setwd("C:/Users/仙女/Documents/livercancer")library(limma)inputFile="
gene
_mRNA_expression.txt"fdrFilter
糖醋偏爱狂
·
2023-07-21 01:10
文献:Identification of key
gene
modules and pathways of human breast cancer by co-expression analysis
文献时间2017摘要背景乳腺癌是一种十分长且而且严重的癌症,世界范围内的女性都收到其伤害。对于乳腺癌,已经有了基因表达的分析,但是基因共表达的分析手段仍然很少。我们尝试确定对乳腺癌有关键作用的模块。方法共表达分析通过R平台上的WGCNA模块实现。通过GO和KEGG来对生物过程和通路进行富集分析。结果使用136个样本,4000个基因进行过表达网络的构建。鉴定了9个模块。相互作用分析证明模块之间的独立
康君爱上了蕊酱
·
2023-07-20 23:37
【Unity】添加 Device Simulator功能
PackageManager四、在打开的PackageManager界面搜索device,就可以看到DeviceSimulator,在界面右下角点击install进行下载安装五、下载安装完成后,点击Window=>
Gene
Fanfan_momo
·
2023-07-20 08:47
unity
游戏引擎
python
如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点?
示例文件
gene
.txtimage.pngtest.vcfimage.png代码实现run.shcat$1|whilereadgenechrfromtodo#echo$chr$from$toifecho
米源MY
·
2023-07-20 00:19
annovar积累
主要包含三种不同的注释方法,
Gene
-basedAnnotation(基于基因的注释)、Region-basedAnnotation(基于区域的注释)、Filter-basedAnnotation(基于
weixin_30907935
·
2023-07-19 07:49
数据库
基因突变
prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant2725_prime_UTR_variant1203disruptive_inframe_deletion54downstream_
gene
_vari
mayoneday
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2023-07-19 00:38
http请求超时的时间控制
请求第三方超时时间自定义,默认15000mshttpMaxConnectionTime:60000创建对应的类和属性:@Data@Component@ConfigurationProperties(prefix="
gene
磕啊
·
2023-07-18 00:36
http
java
PCA图
#choose_
gene
=head(rownames(nrDEG),1000)##50maybebetter#choose_matrix=exprSet[choose_
gene
,]choose_matrix
陈宇乔
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2023-07-14 14:00
JuiceFS-K8s部署
创建容器内是否挂载成功官网文档地址:https://juicefs.com/docs/zh/csi/introduction/1、部署JuiceFS-CSI驱动部署yaml如下,镜像已进行更改为镜像仓库内地址#DONOTEDIT:
gene
IsIands
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2023-07-14 04:29
kubernetes
云原生
容器
Java8 计算两个日期之间相差几个月
try{dates=newSimpleDateFormat("yyyy-MM-dd").parse("2019-05-16");}catch(ParseExceptione1){//TODOAuto-
gene
宇若-凉凉
·
2023-07-13 21:18
Java
数据整理|miRNA-mRNA互作网络的输入数据
需要整理成:两列,一列是
gene
,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如:思路1.第二列miRNA进行分割,分隔符为;2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。
小洁忘了怎么分身
·
2023-06-24 09:19
【学习笔记05】每天5分钟,玩转kubernetes-05(运行应用)
namespace#kubectlrunnginx-deployment-nk8test--image=nginx:1.7.9--replicas=2#运行deployment,不可用了kubectlrun--
gene
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2023-06-24 07:32
linux学习100篇123:变量
用于记录命令的运行结果•位置参数变量:用于用于向命令或程序脚本中传递信息•自定义变量:由用户自行定义的变量,可用于用户编写的脚本,多个命令间的值传递等自定义变量:(base)root02:29:16~$a=
gene
Seurat_
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2023-06-24 00:38
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