差异基因

科研绘图系列：R语言单细胞差异基因四分图（Quad plot）

介绍在单细胞分析领域，为了探究不同分组间同一细胞类型的基因表达差异，研究者们常采用四分图（QuadPlot）作为分析工具。该图形的横轴代表比较组1，而纵轴代表比较组2。通过这种布局，四分图能够有效地展示两组间共有的差异表达基因，从而为深入理解细胞类型在不同条件下的分子特性提供直观的视角。这种可视化方法不仅揭示了组间基因表达的异同，还有助于识别可能在生物学过程或疾病发生中起关键作用的基因。加载R包导

生信学习者2·2024-09-02 01:45

go分析和kegg分析_GO分析和KEGG分析都是啥？

例如下图，我们把这些差异基因平铺来了之后，

weixin_39564151·2024-08-28 13:21

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致？！

按照转录组筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致？

Seurat_·2024-02-20 20:22

04.寻找所有亚群的差异基因并输出

为方便注释时查看，及文章发表时上传补充材料。对所有亚群的marker基因进行文件输出rm(list=ls())library(Seurat)library(dplyr)load(file='pbmc-noann.rdata')pbmc=scepbmc.markers%group_by(cluster)%>%slice_max(n=2,order_by=avg_log2FC)write.table(

科研小徐·2024-02-15 07:46

分析流程||scanpy单细胞分析流程2-降维聚类及差异基因鉴定

scanpy以anndata数据结构存储的单细胞基因表达数据，包括预处理、可视化、聚类、轨迹推断和差异基因鉴定等功能。基于python实现可以有效处理超过100万个细胞的数据集的强大功能。

BBio·2024-02-12 20:44

发现拖延症的性别差异基因

拖延症普遍存在于人群中，从前对拖延症的分析主要基于心理层面，但现在有研究团队终于不再忍受各种陈词滥调，试图到人类的基因组的汪yang大海中去寻找到拖延症的线索，结果他们还可能真找到了一点东西，一个基因，一个与拖延症有关系的基因变异。该基因参与多巴胺能系统（这是一个与心理动机等相关的重要系统），研究人员发现这个名为TH的基因的第824位，如果从字母C变成了字母T，那就可能造成拖延。通常情况下我们都拥

Oliver_G·2024-02-01 09:00

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--01

转录组和代谢组可以从大量转录组信息中发掘差异基因，快速判断核心调控网络和关键候选基因，阐述生物学机理。基因组结合转录组及代谢组，将系统的锁定关键通路中的基因和代谢物。

百迈客生物·2024-01-30 13:58

R包VennDiagram的韦恩图绘制及交集元素的提取

当试验涉及到多分组情况时，常需要展示多组间共享的差异基因数量，这个时候就要使用到韦恩Venn图。

纪伟讲测序·2024-01-26 15:28

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活，这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码R

纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

Y叔谈clusterProfiler 4.0 前沿应用

功能富集分析将几百个差异基因转为几个生物学过程，利于进行后续试验验证。

Hello育种·2024-01-25 23:43

GEO数据挖掘学习笔记二

学习教程来源于《手把手教你GEO数据库差异基因分析》本次学习笔记内容为通过GEO2R在线工具进行差异基因分析通过了解，个人觉得这个方法相比R语言的优势是更普适性，以及更加“傻瓜”，方便学不明白R语言的同学

slim_zhang·2024-01-25 06:30

如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

否则后续差异表达分析得到的差异基因，很可能并不是真正生物学意义上的差异，而是由于前面提到的这些原因造成的。

生信交流平台·2024-01-23 15:26

转录组测序1-测序原始数据说明

RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题

纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

TCGA 数据分析实战 —— 富集分析

前言通常，在识别完了差异基因之后，都会对差异基因进行功能富集，来获取差异基因参与的潜在生物学功能通路或生物学进程，有助于理解基因之间的作用关系以及发现基因在癌症发生发展过程中发挥的作用。

名本无名·2024-01-22 03:20

详解：基因集富集分析GSEA

传统KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析时，如果富集到的同一通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样？是被抑制还是激活？

笺牒九州的怪咖·2024-01-20 17:09

13.时间序列数据分析

利用implut时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95转录组时间序列数据处理（软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法）https://www.jianshu.com

夏大希·2024-01-14 21:17

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

从基因表达谱数据到决策森林和随机网络和聚类热图

数据预处理：#将表达谱数据的探针对应到基因，即将探针表达谱转化成基因的表达谱:#芯片数据读入：data1的基因作为差异基因expr=2|expr$FC<=0.5),]#将基因表达值由字符型改为数值型并转置

琅琊笑笑风·2024-01-08 05:54

单细胞类型鉴定总结

细胞类型鉴定细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Markergene，看某个亚群的差异基因（onetoothers）与数据库中哪种细胞类型的markergene比较一致，结合其表达量来鉴定细胞类型。

Seurat_Satija·2024-01-02 23:11

GO注释和富集分析概念介绍

当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。

斗战胜佛oh·2024-01-02 01:05

StatQuest学习笔记25——差异表达分析

主要内容讲的是高通测序数据的差异基因分析，其中，第59节的内容是edgeR进行的文库均一化；第60节是DESeq2的文库均一化；第61节则是讲的是edgeR和DESeq2均一化的一些阈值选择。

backup备份·2024-01-01 13:02

单细胞质控和标准化

鉴定已知细胞类型的亚型，原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。从稀有细胞群中分离出信号，这些信号在普通转录组中很难被分离出来。给未知Maker的细胞类型推断可能的Maker，如细胞表面蛋白等。

maliming·2023-12-27 08:54

芯片数据&测序数据

1.检测原理在测序未普及前，芯片是最常使用的大规模筛查工具，如人基因表达谱芯片，一次实验就可以对人类已知的2~3万个基因进行筛查，找出关键差异基因。

小白兔和小毛驴·2023-12-24 04:34

p值，Bonferroni校正，FDR法，q-value，多重检验

例如，比较两组样本的1000个基因，每个检验的显著阈值还定为0.05的话，总的假阳性率最大有可能接近0.05*1000=50，即1000个显著差异基因中有50个是假阳性的。

临床流行病学笔记本_xun·2023-12-06 16:29

基因富集分析 / KEGG / GO / MsigDB和GSEA

在进行差异基因分析时会获得大量基因，但海量的基因不好系统分析、找到相似规律，则需要我们进行注释并基因不分析与哪些与疾病相关的通路相关，以便进一步挖掘有用信息。

期待未来·2023-12-06 13:49

GO注释（生信学习）

参考：GO分析学习笔记(qq.com)1.富集分析前景基因：要重点研究的基因集背景基因：所有的基因集例：前景基因为对照组与处理组的差异基因背景基因为对照组与处理组的所有基因2、GO的构成GOterms，

筱贺学生信·2023-12-03 18:59

转录组测序3-序列基因组比对

RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题

纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

2021-05-16 scRNA基础分析：差异基因富集分析

不同的细胞类型之间，有哪些表达差异基因呢，这些差异基因有特别的意义吗？

学习生信的小兔子·2023-11-28 18:03

GeNets：发表在nature上的基因组分析网站平台工具

2018年6月NatureMethods上发表了一篇关于机器学习分析特定基因集内部关系工具的文章，简单来说就是，通常我们做了差异基因分析得到一个基因集合，然后会用GO/KEGG富集进行进一步分析，但是该工具给我们提供了另一种可能

斗战胜佛oh·2023-11-26 00:46

ImageGP/BIC无代码绘制差异基因火山图

无代码绘制差异基因火山图Volcanoplot|别再问我这为什么是火山图一文解释了火山图如何解读。不太难看懂，而一旦看懂了，图也就知道怎么绘制了。

生信宝典·2023-11-24 01:25

BIC无代码绘制差异基因火山图

无代码绘制差异基因火山图Volcanoplot|别再问我这为什么是火山图一文解释了火山图如何解读。不太难看懂，而一旦看懂了，图也就知道怎么绘制了。

生信宝典·2023-11-24 01:24

续昨天的文章，在火山图标记基因名字

BIC无代码绘制差异基因火山图留下一个小问题，如何在图上标记基因？

生信宝典·2023-11-24 01:24

3D火山图绘制教程

R语言绘制精美图形|火山图|学习笔记、各类差异基因火山图汇总|学习笔记等等。大家根据自己的需求绘制相关的火山图即可。今天，我们学习使用volcano3D绘制3D火山图，我们

小杜的生信筆記·2023-11-24 01:23

Volcano3D绘制3D火山图

R语言绘制精美图形|火山图|学习笔记、各类差异基因火山图汇总|学习笔记等等。大家根据自己的需求绘制相关的火山图即可。今天，我们学习使用volcano3D绘制3D火山图，我们

小杜的生信筆記·2023-11-24 01:19

CMap数据库筛选化学药物

数据库clue.io文献链接：连接图谱：使用基因表达特征连接小分子、基因和疾病|科学(science.org)基本模式：利用CMap将差异基因列表与数据库参考数据集比对；根据差异表达基因在参考基因表达谱富集情况得到一个相关性分数

hx2024·2023-11-21 23:20

2020-04-19

pedagogoose·2023-11-20 11:48

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组

Neptuneyut·2023-11-10 03:53

3+铜死亡+WGCNA，铜死亡为什么打得火热也是有迹可循的

结果解读：差异基因表达分析基因表达数据集GSE79962包含来自20个SIC样本和11个正常心肌组织样本的数据。如图1A所

生信风暴·2023-11-06 19:53

零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（三）

六、一致性聚类构建分子亚型在6.TCGA和GEO差异基因获取和预后数据的整理\TCGA文件中获取文件准备一个生存数据和表达谱矩阵，这里需要注意的是，修改tcga.merge.cli.txt文件，为了区分

木之如水·2023-11-05 16:13

上游分析学习笔记

RNA-seq数据分析我们对工具和技术的评估落脚点在它们鉴定出的差异基因的准确性。为了完成这个评估，至少需要四个不同的分析阶段（图2;表2）。第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。

jiarf·2023-11-05 16:56

3+单细胞+代谢+WGCNA+机器学习

结果解读：常见差异基因的筛选如图1所示，研究流程图解释了它是如

生信风暴·2023-11-05 04:51

RNA-seq学习：No.5富集分析--ORF过表达

比如之前差异分析得到几百个显著差异基因，如果一个一个单独研究未免太复杂，若按照一定的准则将差异基因归类即可较为快速，方便的了解某一类基因的变化情况。

小贝学生信·2023-11-01 20:45

R包pheatmap绘制热图

站孟浩巍的系列视频[1]代码，利用个人测序数据绘图，现学现卖，不足之处，请多指教；1.pheatmap热图解读：文件输入为矩阵，按照矩阵中不同的数值填充上颜色；图中每一行为输入文件的行名，设置了行名后就是筛选出来的差异基因名称

谢俊飞·2023-11-01 10:19

干湿结合免疫浸润分型单基因marker筛选

FrontiersinOncology》(IF:4.8，2区)，题为.文章使用公共数据库上的数据进行聚类，将头颈癌的病人按照免疫特征分成三个亚型，在使用另一个公共数据进行了验证之后，将此分型应用到多个方面：差异基因筛选

概普生信·2023-10-30 23:03

在热图中标注出特定基因的名称

但有时差异基因可能非常的多，热图中不可能将所有基因的名称标注出来。那么此时不妨选择一些比较重要的基因（比方说p值最显著的那些），在图中指示它们的位置。

纪伟讲测序·2023-10-28 06:56

差异基因分析

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#载入安装工具biocLite("DESeq2")#安装包library("DESeq2")#测试是否安装成功R里面的取整函数：>xceiling(x)[1]4>floor(x)[1]3>trunc(x)[1]3>>round(x,digits=0)[1]4>signif(x,digits=6)[1]3.55

Weiyx·2023-10-27 17:07

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

本教程将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程，旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意，它并不适用于所有类型的分析，比对工具也不适用于所有分析。此外，本教程的重点是给出一般的分析流程。

冷冻工厂·2023-10-25 15:43

组间差异分析神器-STAMP | 分析技能

在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe、秩和检验等。

斗战胜佛oh·2023-10-23 15:27

2021-11-03 GSEA与ROC

假设你对某一个基因功能感兴趣，一个是野生型，一个是敲除型，然后比较差异得到差异基因后做GS

一去二三·2023-10-21 16:33

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