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技术 | 单细胞转录组测序之10x Genomics

10XGenomicsplatform10XGenomics是一个综合的单细胞测序技术平台，可以应用于多种单细胞测序上，包括Singlecellgeneexpression,SinglecellImmuneProfiling,SinglecellCNV,SinglecellATAC。这篇文章将主要简述10XGenomics在单细胞基因表达检测方面，也就是scRNA-seq上的应用。10XGenom
尘世中一个迷途小书僮·2021-11-27 15:23

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10XGenomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技术还是一项研究利器。Smart-
易基因科技·2021-06-20 14:24

基于10x Genomics单细胞测序技术解析新冠肺炎患者康复期血液免疫细胞图谱

文章名称：ImmuneCellProfilingofCOVID-19PatientsintheRecoveryStagebySingle-CellSequencing发表期刊：medRxiv发表单位：第二军医大学国家肝癌科学中心、中山大学中山眼科中心、军事科学院军事医学研究院和北京贝瑞和康生物技术有限公司等发表时间：2020年3月27日应用技术：10xGenomics单细胞5’转录组+V(D)J研
贝瑞科服·2021-06-19 19:18

【2019年10X中文研讨会】如何使用 10x Genomics技术成功运行单细胞免疫分析(VDJ)实验

免疫组库（ImmuneRepertoire，IR）是指某个个体在任何特定时间点其循环系统中所有功能多样性B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。T细胞和B细胞分别介导机体的细胞免疫和体液免疫应答，分别通过其表面的T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）来识别和结合抗原，进而发挥功能清除病原体或体内肿瘤细胞。免疫组库高通量测序是通过多重PCR或SMARTRACE法扩增TCR/BCR全长或CDR3区序列（主要
周运来就是我·2021-06-06 02:36

NGS的变异检测高效工具Sentieon使用体验

安装以目前的20180806为例，下载并解压缩wgethttps://s3.amazonaws.com/sentieon-release/software/sentieon-genomics-201808.06
xuzhougeng·2021-06-05 12:15

3️⃣ 多序列比对(3):工具和数据库

www.ebi.ac.uk/Tools/msa/另外还有http://www.bioinformatics.utep.edu/BIMER/tools/msa.htmlhttps://www.expasy.org/genomics
Y大宽·2021-05-12 21:07

2018-08-15从华大数据交付中心获取测序数据到本地Linux服务器

网址：http://cdts-wh.genomics.cn账号：xxxxxxxxxxxx密码：xxxxxxxxxxxx老师您可以用filezilla这个软件下载.主机：cdts-wh.genomics.cn
YPCHEN1992·2021-05-06 10:42

10X genomics 数据hybrid组装

10xgenomics的官方denovo组装软件是supernova，同时还有其他野生组装软件，如ARCS，fragscaffARCSScaffoldgenomesequenceassembliesusing10xGenomicsdata###ARCS+LINKS官方组装流程#-fAssembledSequencestofurtherscaffold(Multi-Fastaformat),即其他软
涤生生·2021-05-02 15:03

这篇肺癌免疫相关基因的预后模型如何在一个月内发表在6分+SCI上的

今天推送的文献解读是2020年发表在Genomics（IF：6.205）上，题目为Asignatureofimmune-relatedgenepairspredictsoncologicoutcomesandresponsetoimmunotherapyinlungadenocarcinoma
WOSCI沃斯编辑·2021-04-18 17:45

老酒新装！6+miRNA纯生信也能这样做

今天和大家分享的是2020年12月份发表在Genomics杂志上的一篇文章（IF=6.205)“miRNAbiomarkersforpredictingoverallsurvivaloutcomesforheadandnecksquamouscellcarcinoma
科研风暴·2021-04-18 12:52

2020-03-27Unix, R 和python工具和资源

转载自：https://github.com/crazyhottommy/getting-started-with-genomics-tools-and-resources基因组学和数据科学用的Unix
iColors·2021-04-15 02:56

论文模板丨最基本的生信套路换了miRNA也能发6分+

今天跟大家分享的是2020年12月发表在Genomics（IF=6.205）上的文章。
WOSCI沃斯编辑·2021-04-12 22:02

一文学会 | 采用Seurat3对10X Genomics示例数据进行单细胞测序数据分析

摘要：从https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz处下载得到2700个PBMC细胞测序数据，采用Seurat（v3.1.0）程序包进行分析。详细介绍见https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_t
yingyonghui·2021-02-05 11:13

免疫组库数据分析||immunarch教程：Diversity 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics
周运来就是我·2021-01-08 16:57

2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics数据

写这个记录的缘由，是我在生信技能树上看到这样一篇文章：生信技能树-文章的最高境界-让人无法重复出来？？？在《Single-cellanalysesrevealincreasedintratumoralheterogeneityaftertheonsetoftherapyresistanceinsmall-celllungcancer》这篇文章中，作者将10xGenomics单细胞测序的数据上传到了
Yuchen_Li·2020-11-09 01:58

CGAT - Computational Genomics Analysis Tools安装

环境：CentOS6.5因为CentOS默认需要python2.7，所以先安装python2.7。方法参考：./configure--prefix=/usr/localmake&&makealtinstall因为yum依赖于python2.6，所以需要altinstall。https://www.digitalocean.com/community/articles/how-to-set-up-p
biocq·2020-09-15 02:36

基于 apache 的 commons-net-3.3.jar 的 ftp java代码上传下载文件

packagecom.genomics.ib.item.control;importjava.io.File;importjava.io.FileInputStream;importjava.io.FileOutputStream
deng11342·2020-09-13 21:57

免疫组库数据分析||immunarch教程：Clonotype tracking

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics
周运来就是我·2020-08-26 12:44

2019-04-18

的下载，data的完整性，data的打包2.下载数据wgetcurl3.wget--accept"*.gtf"--no-directories--recursive--no-parent\http://genomics.someuniversity.edu
laughing_4963·2020-08-20 03:39

基因组水平以及转录组水平研究技术

基因组水平以及转录组水平研究技术1/20/20160Comments基因组学基因组学(Genomics)，或基因体学，是一门研究生物基因组以及如何利用基因的学科[1,2]。
weixin_30273175·2020-07-30 02:48

百奥智汇获得10x Genomics认证，领跑单细胞测序数据分析赛道

2019年10月24日，北京百奥智汇科技有限公司正式收到10xGenomics官方通知，成为10xGenomics认证服务商，并获得10xGenomics对单细胞5'基因表达测序和VDJ序列分析技术的官方认证。这是10xGenomics首次对中国境内机构认证此项技术，百奥智汇也成为目前唯一获得10xGenomics单细胞免疫组测序认证的国内机构。10xGenomics为百奥智汇颁发的认证证书10x
百奥智汇小课堂·2020-07-29 20:25

推荐：一本“高颜值”的R语言数据可视化图书(包邮送3本)

到时，获奖的朋友可以直接添加微信：meta-genomics，发送姓名-电话-地址即可。从没想到会如此受欢迎，在2019年6月6日居然荣登-京东计算机与互联网销售榜排名第1。
刘永鑫Adam·2020-07-15 09:59

生物信息学练习题-三阳

练习题使用到的数据如下：https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/7jYfIb提取码:995017过期时间:2018-10-0123:59:592.cd/export/home/
ANNOROAD·2020-07-14 03:35

洛谷 [USACO17OPEN]Bovine Genomics G奶牛基因组（金） ———— 1道骗人的二分+trie树（其实是差分算法）...

题目：BovineGenomicsG奶牛基因组传送门：洛谷P3667题目描述FarmerJohnownsNNcowswithspotsandNNcowswithoutspots.Havingjustcompletedacourseinbovinegenetics,heisconvincedthatthespotsonhiscowsarecausedbymutationsinthebovinegen
weixin_30834019·2020-07-10 07:22

我的第一个网页项目的流程

这是我的第一个项目一个学校的genomics3d的网站，为了完全掌握这个项目要求让我们在username和passward之间加入一个nickname，流程如下：1.进入right.html，在其中加入
supersuda·2020-07-06 17:58

「文献05」深度学习应用于基因组学的入门指导

AprimerondeeplearningingenomicsDOI:https://doi.org/10.1038/s41588-018-0295-5杂志：Naturegenetics，21December2018关键词：Deeplearning，genomics
六六_ryx·2020-07-01 08:51

单细胞 RNA-seq 10X Genomics

单细胞流程跑了不少，但依旧看不懂结果，是该好好补补了。有些人可能会误会，觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析，跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在NatureGeneticsReview上，专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算上的挑战（虽然已经过去1年多了，这里指出的问题和挑战仍然是不过时的，至于这些问题和挑战现在是不是完美解决了，这里就暂且
weixin_34336292·2020-06-28 17:33

美国生物信息工程师工资

GenomicsSalarySurveyandWorkforceInsightsReport2018:http://cdn.frontlinegenomics.com/wp-content/uploads/Genomics-Salary-Report
xie186·2020-06-22 02:12

10x Genomics PBMC（六）：整合处理和对照组PBMC数据集以学习特定细胞类型筛选

Integratingstimulatedvs.controlPBMCdatasetstolearncell-type-specificresponsesclp10June,2020注意切换工作目录（文件夹5）Referencehttps://satijalab.org/seurat/v3.1/immune_alignment.htmlhttps://satijalab.org/seurat/v3
程凉皮儿·2020-06-11 13:28

华大基因-人事主管（共享服务） 招聘职位：人事主管（共享服务）

华大基因-人事主管（共享服务）招聘职位：人事主管（共享服务）淘宝搜80812758，或输入kaka305.taobao.com效果看评价收藏不迷路电子邮箱：*@genomics.cn发布日期：2017-
猎头卡卡·2020-03-26 00:51

2015-Human genomics-A survey of computational tools for downstream analysis of proteomic and other omic

1.将这些计算工具分为以下三类(1)basictraditionalstatisticalanalysis,(2)machinelearningapproaches(3)assignmentoffunctionalandbiologicalinformationtodescribeandunderstandproteininteractionnetworks.2.分析大数据的GuidelineSt
英天·2020-03-18 06:50

[Usaco2017 Open]Bovine Genomics

FarmerJohnownsNcowswithspotsandNcowswithoutspots.Havingjustcompletedacourseinbovinegenetics,heisconvincedthatthespotsonhiscowsarecausedbymutationsinthebovinegenome.Atgreatexpense,FarmerJohnsequencesth
我微笑不代表我快乐·2020-02-12 17:00

〖涨知识〗又学到了新知识

分子生物学中，组学(Omics)主要包括基因组学（Genomics），蛋白组学（Proteinomics），代谢组学（Metabolomics），转录组学(transcriptomics），脂类组学（lipidomics
木头4_·2019-12-12 17:33

根据SNP的位置从基因组提取上下游序列

/usr/bin/perl-wusestrict;die"perl$0"if(@ARGV==0);#Author:yueyao@genomics.cnmy$vcf=shift;my$genome=shift
raisok·2019-09-04 09:00

用Python 爬取10X genomics支持文档

10X有着相对完善的单细胞分析技术体系，特别是他们家有十分丰富的技术文档。有时候自己用到哪一点就在网上来找，可是并不知道他们家具体都有哪些服务，而且电子档的资料看起来不便于做笔记（个人原因），所以就想着能不能批量下载他们家的用户指南。当然第一个念头就是用Python来爬咯。user-guides查了一下他们家有个10X图书馆，好多资料啊：我看看这些文件都藏在哪里，查看网页源代码：只要我获得这些pd
周运来就是我·2019-08-24 17:12

10x genomics RNAseq数据分析实战

10x数据类型：10x数据类型每个样本测出3个fastq，通过I1,R1,R2来区别，下载安装cellranger，下载所需要的reference，（一）跑cellrangercount/home/XXX/software/biosoftware/cellranger-2.2.0/cellrangercount\--id=ID24\--fastqs=/path/data/20180810_10x/
11的雾·2019-04-22 10:06

生物信息学名词解释（待完善）

易混淆名词gene：基因genome：基因组genomic：基因组的；染色体组的genomics：基因组学gentic：遗传的；基因的；起源的genotype：基因型genotyping：基因分型人类基因组计划
Biofantasy·2018-11-04 23:31

如何在5分钟内拿到细胞器基因组的进化树

HomBlocks也发表在了Genomics上，地址：http://www.sciencedirect.com/sci...i/S088875
生信石头·2018-05-08 09:35

[07.专题]Genomic Data Science Specialization

课程地址0701_IntroductiontoGenomicTechnologies已下载https://www.coursera.org/learn/introduction-genomics0702
43daf5f8181f·2017-12-04 06:28

【转载】癌症基因组学研究全程回顾

因为字数太多，可以去作者的博文地址http://www.huangshujia.me/2017/01/02/2017-01-02-cancer-genomics-review.html仔细阅读，文章的框架比查看更为清晰
王诗翔·2017-10-17 16:37

基因组和个性化医学

以下内容摘自或翻译自MICHAELSNYDER的著作《GENOMICSANDPERSONALIZEDMEDICINE》Genomics&personalizedmedicine哪些个人因素会影响我们的健康
董八七·2017-03-03 21:37

生物信息-related

生物信息学的研究重点主要体现在基因组学（genomics）和蛋白质组学（proteomics）两个方面，intron内含子，exon外显子1.DNA的双螺旋结构双螺旋结构是基于对碱基配对规律的认识：氢键结合只发生于互补的碱基
拾毅者·2015-05-18 09:42

生物信息-related

生物信息学的研究重点主要体现在基因组学（genomics）和蛋白质组学（proteomics）两个方面，intron内含子，exon外显子1.DNA的双螺旋结构双螺旋结构是基于对碱基配对规律的认识：氢键结合只发生于互补的碱基
Dream_angel_Z·2015-05-18 09:00

基于 apache 的 commons-net-3.3.jar 的 ftp java代码上传下载文件

package com.genomics.ib.item.control;    import java.io.File;      import java.io.FileInputStream;      
DavidBao·2014-12-15 22:00

Google和生物信息学最新进展：谷歌宣布加入世界基因组学与卫生联盟

http://www.cnbeta.com/articles/274245.htm 国外行业媒体： http://www.fiercebiotechit.com/story/google-joins-genomics-alliance-it-prepares-industry-focused-cloud-services
bluky999·2014-03-04 13:00

利用 OpenACC 实现顶级基因组应用的 GPU 加速 有助于加快开发出拯救生命的药物

利用OpenACC实现顶级基因组应用的GPU加速有助于加快开发出拯救生命的药物http://www.nvidia.cn/object/gpu-acceleration-genomics-application-openacc-press
C++ Coder·2012-10-21 13:00

[转]应用于第二代测序技术的生物信息工具

Integrated solutions *  CLCbio Genomics Workbench - de novo and reference assembly of
bbsunchen·2010-04-27 13:00
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