genomics

跟着BMC genomics学作图：R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图

image.png有读者在公众号留言问这个图的实现办法，今天的推文介绍一下这个图的R语言实现代码这个图示物种的进化树，热图展示的是kaks的值首先是进化树的数据image.pngnwk格式的树文件还有一个物种的分组文件image.png加载用到的R包library(ggtree)library(treeio)library(readxl)library(ggplot2)library(tidyve
小明的数据分析笔记本·2024-02-13 22:30

【Single Cell Genomics】Part2 Deep representation learning (form theislab)

文章目录7Deeprepresentationlearninginsinglecellgenomics7.1scanpy7.2DCA7.3scGen:predictingsingle-cellperturbationeffects7.4Humancellatlas来自ManolisKellis教授（MIT计算生物学主任）的课YouTube：SingleCellGenomics-Lecture10-
丸丸丸子w·2024-01-25 20:25

【Single Cell Genomics】Part1 单细胞基因组学

文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1分析单细胞技术进化2.2basicpipeline3BeyondRNA:scATAC-seq,Multi-Omics4Dealingwithnoiseanddoubletsinsingle-cell
丸丸丸子w·2024-01-25 20:24

Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics

存档。AndrewsKR,GoodJM,MillerMR,etal.HarnessingthepowerofRADseqforecologicalandevolutionarygenomics.NatureReviewsGenetics,2016,17(2):81.HarnessingthepowerofRADseqforecologicalandevolutionarygenomics利用RAD
请随身携带·2024-01-19 03:57

PLINK

Referenceshttp://zzz.bwh.harvard.edu/plink/tutorial.shtmlhttps://www.cog-genomics.org/plink/1.9/软件的输入
不到15不改名·2023-12-29 14:20

这些2区SCI期刊会接收纯生信

影响因子：6.126审稿周期：1个月左右（审稿周期非常短）OA期刊：需要收取版面费难度：*****（非常难，基本上没有国内的纯生信）不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（2021年1月发布版）上2、GENOMICS
SCI狂人团队·2023-12-22 15:38

【Regulatory Genomics】Part3 GENOMICS AT NVIDIA、ATACWORKS

文章目录EnchancingepigenomicdatawithdeeplearningAtacWorks:ImprovingthequalityofATAC-seqsignals1modelstructure2trainingstrategyPerformanceofAtacWorks来自ManolisKellis教授（MIT计算生物学主任）的课油管链接：RegulatoryGenomics-D
丸丸丸子w·2023-12-19 14:47

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。以下教程概述了使用cellrangermkref构建自定义参考基因组步骤。准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
生信编程日常·2023-12-02 00:38

2022-09-30_juicer报错解决Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Unknown command: stat...

Exceptioninthread"main"java.lang.RuntimeException:Unknowncommand:statistics解决方式看到一个博客的解决https://groups.google.com/g/3d-genomics
jiarf·2023-10-28 00:02

免疫组库数据分析||immunarch教程：Kmer 与 Motif 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics
周运来就是我·2023-10-27 12:55

用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

背景介绍在得到初步的组装结果之后，如果手上有10xgenomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)，还可以借助10x的数据把contig序列给连成更长的片段，做一个初步的scaffolding。scaff10x的开发者来自于大名鼎鼎的桑格研究所的高性能算法团队(HighPerformanceAl
卖萌哥·2023-10-27 01:33

免疫组库数据分析||immunarch教程：Clonotypes annotation

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR前情提要：10×Genomics
周运来就是我·2023-10-25 09:24

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。以下教程概述了使用cellrangermkref构建自定义参考基因组步骤。准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
Seurat_·2023-10-22 00:24

Wego input文件准备

今天通过几行代码来准备Wegoinput的文件：Wego官网要求的输入文件格式（https://wego.genomics.cn/）1639148090(1).jpg现有GO分析结果1639148267
bio_橡树·2023-10-15 07:21

资源帖：Population genetics and genomics in R

PopulationgeneticsandgenomicsinRhttps://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/index.html
OmicsAcademy·2023-09-30 07:04

soap2 和 soapsnp介绍

Program:SOAPaligner/soap2CompileDate:SunAug2211:51:04CST2010Author:BGIshenzhenVersion:2.21Contact:soap@genomics.org.cnUsage
线断木偶人·2023-09-04 16:52

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

单细胞转录组测序允许在单细胞水平直接分析基因表达，并在单细胞水平分析细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。自2017年推出以来，10xGenomics单细胞转录组测序产品已助力1200多篇文章的发表。最近，10xGenomics公司又陆续推出了靶向基因表达和单细胞ATAC+基因表达等新产品。这些解决方案将助力基于单细胞转录组测序的研究延伸到更高的深度和更广的层面。靶向基因表达：
贝瑞科服·2023-07-30 07:57

10x Genomics RNA-seq 原理详解

近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的再慢一点，让我能把这里的四季再多看一眼，再看清楚一些。记得之前果子老师说过，靠输出倒逼输入，我想尝试着把我的学习过程记录下来，理清思路，同时也许还能认识更多的再学习路上的小伙伴。（我真的考大学都没有这么努力过，倒着时差学习，哈
致知_5974·2023-07-17 00:04

纯生信分析系列 6+|RNA结合蛋白在前列腺癌中应用价值评估

小伙伴们大家好呀，今天要为大家介绍的是于2020年8月31日发表于Genomics（IF=6.205）的文章，题目为Developmentandvalidationofasix-RNAbindingproteinsprognosticsignatureandcandidatedrugsforprostatecancer
概普生信·2023-07-16 10:53

Nebula Genomics——基于区块链技术的基因数据共享及分析平台

本文由币车HIT（biche.yaofache.com）大V养成计划支持呼噜自己的硕士专业是生物工程，虽然毕业了好几年，但还是会关注些生物技术方面的进展。今天就分享下最近了解到的基于区块链的基因测序项目。基因测序听起来与我们普通人的生活相距甚远，其实不然。很多疾病，除了外界环境因素的变化，自身的基因也有很大的因素。先说一个老新闻：2013年，好莱坞著名影星安吉丽娜朱莉通过《纽约时报》透露：其携带有
哈啦呼噜·2023-07-14 23:45

10X Genomics V(D)J测序：免疫分析从零起步学（三）

哈啰大家好！~是我是我！我又来给大家更新了！上回书说到，测序数据下机经过了配套的分析流程cellranger的洗礼之后，生成了一系列的结果文件。闲言少叙，这一期我们就来看这些结果文件的解读。首先要说的第一个是总览的summary。这个summary有两种呈现方式，一个文件是网页web文件，另一个是个Excel表。可读性来说，还是网页文件方便查看一些。以10X官网上的示例数据为例。网页总览结果打开之
概普生信·2023-07-14 02:43

【生物信息】调控基因组学 (Regulatory Genomics) 和Deep CNN

文章目录RegulatoryGenomicsBiologicalmotivationofDeepCNNMulti-taskCNN来自ManolisKellis教授（MIT计算生物学主任）的课《人工智能与机器学习》主要内容就是调控基因组学和深度卷积网络的结合由于这部分在我学习的课程中内容很少，下面贴出油管链接（这个每节课一个半小时）：教授详细的课1：DeepLearningforRegulatory
丸丸丸子w·2023-06-18 00:55

YRCloudFile 分布式存储加速基因测序 解锁生命密码

其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。生信研究主要是围绕DNA展开的，主
·2023-06-13 17:55

「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图

这里我们不谈PCA背后的数学原理，只谈哪些软件能够处理数据，我找到了以下三款Plink:https://www.cog-genomics.org/plink/GCTA:https://cnsgenomics.com
xuzhougeng·2023-04-21 01:45

10x Genomics PBMC（一）：单细胞测序分析 (Chromium)概述

最近有人问起单细胞测序分析的问题，我确实没有做过，就先来学习一下吧。先在搜狗微信找到一些介绍引用一下：单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史—-谁说的！image说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了（汤富酬老师2009年的文章使得单细胞测序成为现实，郭国骥老师2010年的文章揭示对500多细胞进行48个基因的单细胞RT-qPCR就可以进行细胞类型区分，使得单细胞测序方向转向大量细胞低深度测序
程凉皮儿·2023-04-20 13:23

跟着Genomics, Proteomics & Bioinformatics学数据分析：使用NextDenovo软件组装拟南芥基因组的初次尝试

论文High-qualityArabidopsisthalianaGenomeAssemblywithNanoporeandHi‐FiLongReads本地文件名拟南芥.pdfimage.png参考资料公众号小白鱼的生统笔记推文三代测序基因组组装工具NextDenovo公众号生信媛推文使用NextDenovo组装Nanopore数据NextDenovo软件的帮助文档https://nextdeno
小明的数据分析笔记本·2023-04-20 03:40

纯生信被秒拒一点都不冤！谁叫你投这些期刊

有粉丝说在投纯生信的时候，基本都被Genes、Genomics、TheInternationalJournalofCancer
SCI狂人团队·2023-04-19 02:22

10X Genomics单细胞转录组测序

10XGenomics应用的两个方向：1.可以做一群细胞当中，每个单细胞的RNA表达情况的定量分析（查看每个细胞的mRNA表达特征，并根据其表达特征划分细胞群体）；2.染色体的单倍体长片段的组装。这篇文章里只描述转录组测序。10XGenomics的工作基于液滴捕获技术，相对而言可定制化比较强，通量可以无限制增加，操作方便简单。通过液滴包裹单个磁珠和1个细胞，磁珠和细胞发生反应：细胞裂解后释放mRN
熊猫人和熊猫猫·2023-04-14 21:48

10x Genomics文库结构知多少【3' v2 & V(D)J】

10xChromium平台的核心--NextGEM技术NextGEM技术NextGEM技术的核心--凝胶微珠凝胶微珠（GelBeads）表面上百万的寡核苷酸引物序列是多种建库策略得以高效实现的关键3'v2Libraries3'v2library是在mRNA3'端捕获并扩增，凝胶微珠上的OligoPrimer由22ntIllumina扩增引物Read1，16nt10xBarcode，10ntUniq
林枫bioinfo·2023-04-14 18:26

文献精读丨NP 小麦群体演化历史Population genomics unravels the Holocene history of bread wheat and its relatives

文献精读丨NP面包小麦及其近缘种全新世群体演化历史本期分享2023年3月17日发表于NaturePlant上的一篇关于面包小麦及其近缘种全新世群体演化历史的文章，讲述了小麦起源的故事，笔记总计约7000字，包含研究结果、方法、原理、工具等多个部分原文链接：PopulationgenomicsunravelstheHolocenehistoryofbreadwheatanditsrelativesh
生信分析笔记·2023-04-13 16:10

单细胞转录组实战04: infercnvpy识别恶性细胞

下载GENCODE基因注释信息mkdir -p ~/DataHub/Genomics
生信探索·2023-04-07 18:10

泛癌的免疫浸润可视化

从Timer2.0的主页发现了一个优秀的资源：http://timer.comp-genomics.org/infiltration_estimation_for_tcga.csv.gz这里面是各种方法计算出的
小洁忘了怎么分身·2023-04-07 11:52

易基因 | 单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? — 技术解读

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10XGenomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技术还是一项研究利器。Smart-
易基因科技·2023-04-03 18:53

全转录组测序构建HPH大鼠ceRNA调控网络

RegulationofcircularRNAsactasceRNAinahypoxicpulmonaryhypertensionratmodel技术手段：全转录组测序派森诺生物与昆明医科大学携手合作，于近期在《Genomics
派森诺生物·2023-04-03 14:29

如何获取染色体长度

我们以人的为例，给大家介绍两种不同的方法，都要用到著名的公共数据库UCSC（https://www.genome.ucsc.edu/）方法一1.在UCSC的主页上，点击Genomics，2.然后点击human
生信交流平台·2023-04-03 02:43

Fst/Pi/Dxy的计算、基因岛屿与曼哈顿图(1) - 个人笔记

0.Fst/Pi/Dxy是什么略1.Fst值(还有Dxy,Pi)的计算1.1工具https://github.com/simonhmartin/genomics_general使用的是这里的脚本(也可以用
深山夕照深秋雨OvO·2023-04-02 11:14

10x Genomics单细胞全长转录组测序

敢问目前最火的转录组研究技术是什么？我想回答一定是单细胞转录组测序（scRNA-seq）和全长转录组测序（Iso-Seq）。由于其各自的优势，近几年scRNA-seq和Iso-Seq在转录组研究中大放异彩。那么有没有比二者更火的转录组研究技术呢？当然有，那就是即将为大家介绍的新产品—10xGenomics单细胞全长转录组测序（10xscIso-Seq），该产品同时结合scRNA-seq和Iso-S
贝瑞科服·2023-04-01 22:28

走进单细胞10X genomics

了解什么是UMI，什么是barcode，再做分析之前，知道他们是在测序中引入，了解为什么引入即可。看个简介的视频吧从了解10Xgenomics开始陈巍学基因：http://www.iqiyi.com/w_19rvim699t.html，内容大致如下：10X芯片测序每一列孔对应一个样本1：放样本序列2：放预制微珠（gelbeads）3：放油的（油包裹）最上面：是在做好乳浊液后，回收乳浊液的孔它可以做
Amy_Cui·2023-03-21 21:57

凌恩生物资讯|宏基因组到底要不要去宿主？

本期为大家分享的文献是发表在《Genomics,Proteomics&Bioinformatics》上的文章“HighSensitivityofShotgunMetagenomicSequencinginColonTissueBiopsybyHostDNADepletion
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

纯生信分析 | 肺腺癌中焦亡相关特征的鉴定，为癌症免疫治疗提供新思路

Comprehensivemolecularanalysisofafour-pyroptosis-genesignaturewithprognosisandimmunelandscapeinlungadenocarcinoma肺腺癌中具有预后和免疫景观的4-焦亡基因signature的综合分子分析发表期刊：Genomics
生信学霸·2023-02-18 23:57

20211031读书笔记Applying the latest advances in genomics and phenomics for trait discovery in polyplo...

Applyingthelatestadvancesingenomicsandphenomicsfortraitdiscoveryinpolyploidwheat文章截图背景由于小麦复杂的多倍体基因组，小麦在基因组资源开发和性状遗传机制方面落后于水稻和玉米等二倍体作物。然而，在过去几年里，由于基因组学的发展和可利用资源的增加，小麦相关研究领域的困难或许有所降低。概要文章旨在讨论最新的研究进展如何应用
饮浮觞zyq·2023-02-18 19:17

10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达原理与应用

单细胞多组学ATAC+基因表达是10xGenomics推出的单细胞多组学解决方案，可以同时获得同一细胞的基因表达和染色质可及性图谱，从而更好地分辨终末分化细胞和发育轨迹上的细胞类型，揭示调控元件、开放染色质和基因表达之间复杂的相互作用。一、10xGenomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术原理为同时获得同一细胞的转录组和表观组，10xGenomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术首先利用
贝瑞科服·2023-02-18 18:38

10X genomics -terms

reference:https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/what-is-cell-rangerhttps://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest
nvzhang·2023-01-27 05:59

Cell Genomics封面｜北大吴华君课题组利用空间多组学技术解析肿瘤内空间异质性...

CellGenomics封面｜吴华君课题组利用空间多组学技术解析肿瘤内空间异质性肿瘤内异质性（intra-tumorheterogeneity，ITH）是癌症复发转移的重要驱动因素之一。随着单细胞多组学技术的广泛应用，我们对肿瘤内异质性如何影响癌症治疗的理解逐步加深。但是，肿瘤亚克隆在肿瘤内部的空间分布模式，及其如何影响免疫微环境和癌症预后仍是领域内的空白。2022年8月10日，北京大学基础医学院
生信宝典·2022-12-29 15:55

Paper reading (一)：Bioinformatics: an overview and its applications

GeneticsandMolecularResearch16(1)WellisonJarlesDaSilvaDinizUniversidadeFederaldeSãoCarlosKeywords:Dataanalysis;Databases;Genomics
wxw060709·2022-12-19 14:58

Paper reading (二十)：Deep Learning for Genomics: A Concise Overview

论文题目：DeepLearningforGenomics:AConciseOverviewscholar引用：19页数：40发表时间：2018.05发表刊物：Genomics作者：TianweiYue,
wxw060709·2022-12-17 17:17

论文解读《Deep learning: new computational modelling techniques for genomics》

期刊名：NatureReviewsGeneticsGENETICS&HEREDITY遗传学期刊名：NATUREREVIEWSGENETICS期刊名缩写：NATREVGENET国际刊号：1471-0056出版国家或地区：ENGLAND大类学科及分区：生物1区是否TOP期刊：是小类学科及分区：DOI：10.1038/s41576-019-0122-6代码链接：无文章链接：Sci-Hub|Deeplea
YZT8848·2022-11-20 08:36

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10XGenomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技术还是一项研究利器。Smart-
易基因科技·2022-11-19 10:52

暑期实践之四

其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表
二三狗子·2022-02-21 01:30

Top5 -2021年度单细胞基因组学论文

博文名称：Top5Single-cellGenomicsPapersof2021博文链接：https://towardsdatascience.com/top-5-single-cell-genomics-papers-of
whitebird·2021-12-26 15:26
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