pbmc

单细胞分析(一）——seurat包单个样本处理

10Xgenomics的基本原理image.png在这个教程中，主要将分析10XGenomics免费提供的外周血单核细胞(PBMC)数据集。
生信小鹏·2023-06-08 16:00

Scanpy可视化函数汇总

Scanpy数据结构：AnnDataScanpy分析单细胞数据：预处理和聚类Scanpy分析单细胞数据：轨迹分析PAGA演示数据集依然是熟悉的pbmc3k，经过预处理和聚类后保存为pbmc3k.h5ad
Hayley笔记·2023-05-13 01:56

10x Genomics PBMC（一）：单细胞测序分析 (Chromium)概述

最近有人问起单细胞测序分析的问题，我确实没有做过，就先来学习一下吧。先在搜狗微信找到一些介绍引用一下：单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史—-谁说的！image说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了（汤富酬老师2009年的文章使得单细胞测序成为现实，郭国骥老师2010年的文章揭示对500多细胞进行48个基因的单细胞RT-qPCR就可以进行细胞类型区分，使得单细胞测序方向转向大量细胞低深度测序
程凉皮儿·2023-04-20 13:23

单细胞36计之15调虎离山---差异表达检测

出于演示目的，我们将使用通过SeuratData包提供的2700个PBMC对象。librar
Seurat_Satija·2023-04-20 06:20

文献解读|川崎病单细胞免疫图谱研究

科研人员开展了免疫球蛋白治疗前后的川崎病和正常儿童的外周血单个核细胞（PBMC）单细胞转录组研究，揭示了川崎病发病和治疗过程中外周免疫细胞及其亚型的动态变化。
百奥益康·2023-04-18 02:42

单细胞转录组分析---seurat 1例子

==================安装seurant================install.packages('Seurat')=====测试例子：pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz
jjjscuedu·2023-04-12 04:55

单细胞36计之7无中生有---Seurat标准教程

设置Seurat对象对于本教程，我们将分析可从10XGenomics免费获得的外周血单个核细胞（PBMC）数据集。在IlluminaNextSeq500上已对2700个单细胞进行了测序。
Seurat_Satija·2023-04-12 03:15

2020-05-13 R语言常用代码

turnoffwarningmessagegloballysuppressMessages(library(Seurat))计算时间start_time<-Sys.time()end_time<-Sys.time()end_time-start_timewrite.table(pbmc.data
Seurat_·2023-04-10 17:39

Rstudio 设置工作目录

>setwd("~/Desktop")设置工作目录为桌面>untar("pbmc4k_raw_gene_bc_matrices.tar.gz",exdir="pbmc4k")解压文件到当前目录
SYNAPSE_1576·2023-04-07 19:17

Seurat v3.2 - 官网教程学习分析10X笔记

标题：Seurat-GuidedClusteringTutorial网址：https://satijalab.org/seurat/v3.2/pbmc3k_tutorial.html部分内容转载来自：caokai001
夕颜00·2023-04-06 06:13

Seurat4.0系列教程6：常用命令

pbmc.counts3)#Subsetonacombinationofcriteriasubset(x=pbmc,subs
Seurat_Satija·2023-04-04 15:14

Seurat4.0系列教程16：多模式参考映射注释细胞

在此示例中，我们映射了10XGenomics的（2，700个PBMC）的scRNA-seq数据集，到我们最近发表的CITE-seq参考的162，000PBMC，使用了228种抗体。
Seurat_Satija·2023-04-04 09:22

Seurat4.0系列教程10：降维

为了演示目的，我们将使用通过SeuratData包提供的2，700个PBMC对象。
Seurat_Satija·2023-04-04 03:37

利用scanpy进行单细胞测序分析（一）预处理和聚类

scanpy软件官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html这个软件的官网分了几个部分进行介绍，每一个部分的练习数据都不一样
生信start_site·2023-04-03 20:41

Seurat官方教程

今天要做的是seurat的3000PBMC的分析。(https://www.bilibili.com/video/BV14q4y1J7MS?
oceanandshore·2023-04-03 10:10

单细胞测序分析: Seurat V3联合harmony进行单细胞数据整合分析

HarmonyintegratesspatiallyresolvedtranscriptomicwithdissociatedscRNAseqdatasets#R包导入library(Seurat)library(cowplot)library(harmony)#数据数据下载pbmc_stim
JeremyL·2023-04-02 12:52

R-Seurat单细胞数据分析流程

特征选择数据缩放线性降维维数选择细胞聚类非线性降维（UMAP/tSNE）鉴定差异表达特征（clustermarkers）细胞注释Seuratstandardpipeline记录一下Seurat标准的单细胞分析流程，这里使用官方提供的pbmc3k
尘世中一个迷途小书僮·2023-03-31 14:15

【项目文章，IF=31.79】通过CyTOF技术构建易用型肝细胞癌和胰腺导管癌的检测模型

2022年9月20号，浙江大学梁廷波教授团队通过CyTOF技术进行了一项前瞻性、多中心临床研究，共入组2348名受试者的PBMC，建立了肝细胞癌(HCC)和胰导管腺癌(PDAC)的诊断模型。
普罗亭·2023-03-25 20:50

Seurat包------标准流程

我走的流程原网站地址：https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html首先我们需要在自己的RStudio中安装Seurat包install.packages
XIAO油菜花·2023-03-25 18:33

文献学习009--[sc]外周血PBMC单细胞测序揭示COVID-19和流感患者特异性免疫反应

1.COVID-19和IAV患者外周血PBMC单细胞转录图谱图A：患者信息：3个HD，5个COVID19，2个IAV患者；COVID19和IAV各取了不同的时间点的样本（见图COVID-19有6个时间点
Hayley笔记·2023-03-24 17:14

seurat3的整合与标签转换

SetuptheSeuratObjectForthistutorial,wewillbeanalyzingtheadatasetofPeripheralBloodMononuclearCells(PBMC
Evil_Genius·2023-03-21 06:39

Seurat进行单细胞VDJ免疫分析

download.file("https://bioshare.bioinformatics.ucdavis.edu/bioshare/download/iimg5mz77whzzqc/vdj_v1_mm_balbc_pbmc.zip
nvzhang·2023-03-20 03:03

DoHeatmap 调整热图颜色

[参考链接](https://github.com/satijalab/seurat/issues/1048)library(Seurat)library(ggplot2)pbmc<-readRDS
Zee_李海海·2023-03-19 09:38

单细胞数据处理小细节汇总

Assaypbmc200&nFeature_RNA%FindVariableFeatures(nfeatures=2000)%>%ScaleData(vars.to.regress="percent.mt")pbmc
Hayley笔记·2023-02-17 17:37

免疫细胞注释-1：T细胞

scRNAseq免疫细胞注释：免疫细胞注释-1：T细胞免疫细胞注释-2：髓系细胞免疫细胞注释-3：B细胞PBMC中淋巴细胞约占70～90％，在PBMC中占多数的淋巴细胞中，约70～85％为CD3＋T细胞
Hayley笔记·2023-02-16 23:51

【项目文章，IF=15.28】首次通过CyTOF发现晚期肝细胞癌联合治疗响应的预测生物标志物

上海复旦大学附属中山医院樊嘉院士、周俭教授、孙惠川教授团队通过CyTOF分析61名符合条件的不能切除或晚期肝癌患者在启动一线联合治疗前的PBMC的免疫图谱，发现应答组的naïveCD8+T细胞频率低于无应答组
普罗亭·2023-02-06 17:48

Scanpy 单细胞测序基因分析

参考：https://www.bilibili.com/video/BV1sq4y1C7Qx/https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html
loong_XL·2023-01-29 19:50

python 分析单细胞数据教程 scanpy---初探

wgethttp://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/1.1.0/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz-Odata
毒鸡蛋·2023-01-28 10:25

GSE181279—AD疾病的PBMC单细胞 单细胞数据分析实战

G:\silicosis\jimmy_task_study\2023_jimmy_scrna\00-现在完成的\2021-GSE181279-AD疾病的PBMC单细胞本次分析结果来自生信技能书的春节大放送活动
YoungLeelight·2023-01-22 18:28

PBMC外周血淋巴细胞分离培养方法

主要试剂：(1)1640培养基(2)胎牛血清（FBS）(3)HumanGM-CSF(4)HumanIL-4(5)HumanTNF-a(6)PBS(7)青霉素-链霉素溶液（100X）(8)DMSO(9)台盼蓝粉末(10)人外周血淋巴细胞分离液主要试剂配制（1）PBS：PBS粉剂每袋加ddH2O定容至1000mL，调pH7.2，高压灭菌，4℃保存备用。（2）RPIM-1640培养基：临用前根据需要加1
“泽平科技”公众号24h在线答疑·2022-12-29 02:31

单细胞测序分析-T细胞注释

T细胞注释PBMC中淋巴细胞约占70%-90%，在PBMC中占多数的淋巴细胞中，约70%-85%为CD3+T细胞（约占PBMC的比例为45%-70%），5%-20%为B细胞（约占PBMC比例的15%），
weixin_52505487·2022-12-22 11:29

Seurat SingleCellExperiment anndata相互转化

scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换使用1#安装并加载SeuratData中的pbmc3k数据集#library(SeruatData)#1.
qq_45759229·2022-12-08 07:55

Seurat PBMC教程理解分享

/data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")#InitializetheSeuratobjectwiththeraw(non-normalized
自认是大佬眼中level1的菜鸟·2022-12-07 04:01

西瓜数据集4.0_Seurat 4.0 || 单细胞PBMC多模态参考数据集

分享是一种态度作者|周运来男，一个长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地特约撰稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。前情回顾Seurat4.0||您的单细胞数据分析工具箱上新啦Seurat4.0||单细胞多模态数据整合算法WNNSeurat4.0||分析scRNA和膜蛋白数据Seurat4.0||WNN整合scRNA和scATAC数据正文
weixin_39994627·2022-12-05 10:53

10x单细胞分析流程

参考：单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记_橙子榴莲巧克力的博客-CSDN博客_seurat单细胞测序#下载Seurat官网给的pbmc数据，解压tar.gz文件后生成三个文件，包括features
wuxintang123·2022-11-28 20:49

单细胞测序流程分析

一.读入10x数据并创建seurat对象#pbmc为外周血单个核细胞library(Seurat)pbmc.data%为管道函数，就是把左件的值发送给右件的表达式（暂存在内存当中，没有保存为对象在硬盘中
一个努力学习奋进的游民·2022-11-21 15:59

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

这一部分的内容，网上有很多帖子，基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍，这回我换一个数据集，细胞类型更多，同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧。
TOP生物信息·2022-11-21 15:19

单细胞基础分析 | 对细胞按照基因marker进行分型（ACC脑区）

参考链接：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html1、加载分析必须的包library(Seurat)library(dplyr
今天也是个妖精头子呀·2022-11-21 07:59

单细胞基础教程：跨条件整合分析

导读撰写本文[1]的主要目的是：整合处理与对照后的PBMC（Humanperipheralbloodmononuclearcell，人外周血单个核细胞）数据集以了解细胞类型特异性反应和整合的作用。
冷冻工厂·2022-11-20 09:52

【R画图学习13.4】散点图---单细胞不同亚群火山图

还是用我们最常用的pbmc的单细胞数据。pbmc.markers%mutate(type=ifelse(avg_log2FC>=0,"Up",
jjjscuedu·2022-11-14 16:44

单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果

简单做一下复现吧～还是使用我们熟悉的pbmc3k的数据做演示。因为这个数据集只有一个样品，所以展示的还
Hayley笔记·2022-09-23 21:00

Seurat 4.0 初探（Guided tutorial — 2,700 PBMCs）

1.建立Seurat对象分析10XGenomics给出的外周血单核细胞（PBMC）数据集，数据是用IlluminaNextSeq500测的2700个单细胞，下载连接如下：https://cf
林枫bioinfo·2022-08-24 18:27

基因相关性的计算

1.读入数据以pbmc3k为例pbmc%filter(pvalue%filter(correlation>0)%>%arrange(desc(correlation))cor_data_sig_neg%
Hayley笔记·2022-07-01 10:09

DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图

优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图1.使用DoHeatmap绘制Seurat自带热图library(Seurat)library(dplyr)pbmc
Hayley笔记·2022-07-01 10:05

Seurat重要命令汇总

essential_commands.html⚠️⚠️1.Seurat标准工作流程读入数据->构建Seurat对象->归一化->寻找特征基因->标准化->PCA降维->计算KNN最近邻->分群->非线性降维UMAP和TSNE->可视化降维结果pbmc.counts3
Hayley笔记·2022-07-01 10:47

文献学习008--[sc]两篇PBMC单细胞文献阅读

因为是做PBMC的，来学习一下分析思路和亚群注释的方法。背景：终末期肾衰存在systemicinflammation和immunedeficiency，
Hayley笔记·2022-06-30 09:26

轨迹分析_Scanpy进行单细胞分析及发育轨迹推断

进行轨迹推断，可能因为scanpy可以在整体umap或者Tsne基础上绘制细胞发育路径，图片也更加美观，但是Scanpy是基于python开发的，下面整理下Scanpy官网给出的流程，按照官网流程跑一遍PBMC
颜不良文丑·2022-06-12 19:04

Seurat软件使用操作教程

1、载入R软件(base)┌─[shpc_a98ef85f8f@SHPC-Pro-1]─[~/SingleronTest/ligang/data/hg19/pbmc3k]└──╼$RRversion4.0.2
windrunnering·2022-04-25 17:17

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

这一部分的内容，网上有很多帖子，基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍，这回我换一个数据集，细胞类型更多，同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧。
TOP生物信息·2022-02-27 23:55

单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据

首先是下载数据，我们从10X官方的dataset中下载数据：https://support.10xgenomics.com/single-cell-vdj/datasets/3.1.0/vdj_v1_hs_pbmc3
周运来就是我·2022-02-20 07:05
上一页 1 2 3 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他