qiime2

Qiime2 cutadapt使用参数

qiimecutadapttrim-paired--helpUsage:qiimecutadapttrim-paired[OPTIONS]Searchdemultiplexedpaired-endsequencesforadaptersandremovethem.搜索并删除双末端序列中得接头序列Theparameterdescriptionsinthismethodareadaptedfromth
佳名·2022-02-14 03:03

扩增子分析：qiime2平台全流程分析

Ampliconsequencinganalysispipelinethroughqiime2platformqiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供了大量从原始data到统计分析的插件，尤其是它的可重复分析且可扩展插件的理念使得其成为扩增子分析首选的平台。更多知识分享请到https://zouhua.top/。Platformqiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供了大量从原
华仔少年·2022-02-06 16:10

微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数

dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量部分来优化正向和反向的读取与合并，并且仍然保留足够的重叠部分。我们可以通过检查原始数据的质量值来获得过滤参数。现在可以通过figaro程序来得到合适的参数.1.安装figaro(https://github.com/Zymo-
益民厂老厂长·2021-06-23 01:10

Qiime2 DADA2使用参数

qiimedada2denoise-paired--helpUsage:qiimedada2denoise-paired[OPTIONS]Thismethoddenoisespaired-endsequences,dereplicatesthem,andfilterschimeras.该方法对双末端测序数据进行去噪、去重复、以及过滤嵌合体。Inputs:--i-demultiplexed-seqs
佳名·2021-06-08 12:14

一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)

之前写过一系列qiim2的教程都是零零散散的记录，里面也有不少命令打错的步骤给各位小伙伴造成了不少的疑惑，恰逢qiime2-2020.11发布，所以就在重新总结一次，这次稍后会整理上传分析数据，希望对大家有所帮助，喜欢请关注个人公众号R语言数据分析指南获取，在此先行拜谢了condaactivateqiime2#condadeactivate1.更改样本名称ls*.1.fq|awk-F"."'{pr
R语言数据分析指南·2021-05-26 12:13

微生物多样性qiime2分析流程(2）使用qiime2和dada2处理16S序列

我不太确定这篇文档里还有没有打错的命令，代码建议参考：一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)这篇文档，应该没错误命令了,希望对大家有帮助，喜欢的小伙伴可以关注我的公众号R语言数据分析指南持续分享更多优质资源
R语言数据分析指南·2021-02-22 21:00

Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程

双端数据命令示例：1.降噪输入：导入QIIME2的rawreads（summary_pe.qza）time
佳名·2020-12-30 15:45

微生物多样性qiime2分析流程(6) 数据可视化分析(上）

在之前的几篇文章里，介绍了如何整合dada2的分析结果，并且已经通过MicrobiotaProcess包转化为了phyloseq对象，接下来先让我们进行一些基础的可视化操作.示例数据:https://pan.baidu.com/s/1aY92IEQ_sDmLvEhJ_J4vkQ提取码:7ixa1.整合数据转换格式rm(list=ls())library(MicrobiotaProcess)libr
R语言数据分析指南·2020-11-30 10:41

微生物多样性qiime2分析流程(4) 训练特征分类器进行16s数据注释

经过前面的分析步骤，我们得到了特征表，代表序列及进化树文件，并更改了其名称；接下来就让我们根据silva138数据库训练特征分类器来对代表序列进行注释:1.导入参考序列数据库timeqiimetoolsimport\--type'FeatureData[Sequence]'\--input-pathsilva.16s_bacteria.fasta\--output-pathsilva.16s_ba
R语言数据分析指南·2020-10-31 10:45

微生物多样性qiime2分析流程(8) phyloseq整合已有OTU数据进行分析

前面一系列文章介绍了如何通过qiime2处理原始数据，进行聚类注释及可视化分析，但是现实中小伙伴们已经得到了处理好的OTU表及注释文件，那怎么基于此来进行后续分析呢？
R语言数据分析指南·2020-10-29 09:55

微生物多样性qiime2分析流程(7) 运用blast比对方法对16s数据进行注释

前面介绍了如何使用qiime2训练特征分类器对16s数据进行分类注释，但是由于其占用内存较高，个人电脑难以运行，现在介绍如何利用blast比对的方法进行数据注释。
R语言数据分析指南·2020-10-28 10:02

QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.8数据导入导入带质量值的FASTQ测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava1.8双端拆分后数据**Fastq样品文件清单格式
刘永鑫Adam·2020-09-15 06:02

QIIME2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.2)

文章目录前情提要老司机上路指南本节视频视频教程为什么要改用QIIME2?
刘永鑫Adam·2020-09-15 06:02

QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.6阿塔卡马沙漠微生物组分析本节视频视频教程启动QIIME2运行环境实验数据下载双端数据分析方法去噪并生成特征表和代表序列接下来分析要回答的科学问题参考答案重抽样数量的选择环境因子关联分析
刘永鑫Adam·2020-09-15 04:51

QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT)(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.5粪菌移植分析练习本节视频视频教程实验设计简介启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1
刘永鑫Adam·2020-09-15 04:50

QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.9数据导入导入带质量值的FASTQ测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava1.8双端拆分后数据**Fastq样品文件清单格式
刘永鑫Adam·2020-09-15 04:20

随手“一片”SCI，Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下？

文章目录conda安装qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于
Neptuneyut·2020-08-25 01:55

QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2插件工作流程概述零基础上手开始前重要的知识点样本拆分Demultiplexing去噪和聚类去噪聚类特征表物种分类和分类学分析序列分类注释后多序列比对和进化树构建多样性分析玩转特征表译者简介
刘永鑫Adam·2020-08-16 22:30

qiime2-2019.1更新学习笔记

后面qiime2的发布节奏会是这样的：QIIME22019.4QIIME
zd200572·2020-08-08 01:43

使用R语言获得16S物种丰度

从qiime2的结果开始qiime2可以按级别导出物种的丰富计数，通过view.qiime2.org
zd200572·2020-08-08 01:11

QIIME 2用户文档. 6沙漠土壤分析Atacama soil(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.6阿塔卡马沙漠微生物组分析启动QIIME2运行环境实验数据下载双端数据分析方法去噪并生成特征表和代表序列接下来分析要回答的科学问题Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study

文章目录前情提要QIIME2用户文档.5粪菌移植分析练习启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1.OTU表总结表2.样品数据量分布表
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

Feature代替OTU是趋势之前我翻译整理的QIIME2官方帮助文档——宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2-了解分析趋势，读过的朋友会发现，里面的每个分析流程中都不再使用聚类方法生成OTU，而是调用
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

QIIME 2用户文档. 9数据导入Importing data(2019.7)

前情提要NBT：QIIME2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:22

微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

NatureBiotechnology本周正式发布了微生物组分析平台QIIME2，我们特别邀请该文章的共同作者、宏基因组公众号主编、中科院遗传与发育生物学研究所的刘永鑫博士，客串本期热心肠日报主编，为微生物组研究领域的专业读者带来一期精彩的专题
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

QIIME 2教程. 31名词Glossary(2020.2)

文章目录前情提要名词解释Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:44

QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.2)

Supplementaryresources教学内容Educationalcontent应用生物信息学导论肠道检查：探索身体中的微生物群系微生物生态学统计分析指南译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2020.2)

文章目录前情提要为QIIME2开发新插件概述Overview插件组件Plugincomponents定义功能Definefunctionality创建一个函数并注册为方法CreateafunctiontoregisterasaMethod
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 24Python命令行模式Artifact API(2020.2)

文章目录前情提要Python命令行模式Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2020.2)

文章目录前情提要语义类型为什么定义语义类型常用的语义类型Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 23图形界面q2studio(2020.2)

文章目录前情提要图形界面`q2studio`Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:12

QIIME 2教程. 22命令行界面q2cli(2020.2)

开启命令行补全Enablecommand-linetabcompletionBashZsh验证标签页完成VerifytabcompletionReference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

QIIME 2教程. 19使用q2-vsearch聚类OTUs(2020.2)

聚类序列为OTUs下载数据序列去冗余特征[频率]和特征数据[序列]的聚类无参/从头聚类有参聚类半有参/开放参考聚类Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

QIIME 2教程. 14数据评估和质控Evaluating and controlling(2020.2)

文章目录前情提要数据评估和质控`q2-quality-control`下载数据基于对齐过滤序列质量评估已知组成的样品评估序列质量译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:41

QIIME 2教程. 13训练特征分类器Training feature classifiers(2020.2)

文章目录前情提要训练特征分类器下载并导入参考序列提取参考序列训练分类集测试分类集分类真菌ITS序列译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2可重复
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:41

QIIME 2教程. 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch(2020.2)

-vsearch`数据下载无参嵌合体鉴定可视化统计结果过滤特征表和序列过滤嵌合体和可疑序列过滤嵌合但保留可疑序列Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:41

QIIME 2教程. 11元数据Metadata(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.11元数据元数据格式要求元数据验证前导和尾随空格字符注释和空行标识符列标识符的建议元数据列列类型数字格式化高级文件格式详细信息TSV行话和语法分析器编码和行尾尾随的空单元格和交错数据译者注
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢
zd200572·2020-08-01 08:22

国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案

文章目录Fastinstallqiime2inChinaregionNote:安装q2-studio猜你喜欢写在后面原文：为qiime2国内社区贡献点力量：国内网络环境优化qiime2安装过程脚本下载目录链接
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:53

QIIME 2教程. 10数据导出Exporting data(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.10数据导出导出特征表导出进化树导出与提取Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:21

QIIME 2教程. 12数据筛选Filtering data(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.12数据筛选下载实验相关数据过滤特征表按数据量过滤偶然因素的过滤基于标识符的过滤基于元数据的筛选基于物种过滤表和序列过滤序列过滤距离矩阵译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:21

QIIME2-傻瓜式安装

傻瓜式安装QIIME2安装平台：WSL+Ubuntu20.04LTS+Minicondayml文件下载”q2“类型插件下载”q2“类型插件安装总结安装平台：WSL+Ubuntu20.04LTS+MinicondaQIIME2
吴苏·2020-07-31 22:01

QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2019.7)

为满足当前大数据、可重复分析的需求，北亚利桑那大学GregoryCaporaso教授于2016年起从头开发了QIIME2，并获得了来自全世界79家单位的112名同行参与，于2018年全面接档QIIME，
刘永鑫Adam·2020-07-31 13:10

QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.2)

文章目录前情提要引用QIIME2引用插件检索特定于插件的引用Retrievingplugin-specificcitations使用来源追溯列出引用Usingprovenancetolistcitations
刘永鑫Adam·2020-07-31 11:17

关于我总结的QIIME 2 16S扩增子分析流程

整理了QIIME216S扩增子分析流程常用的命令和可视化结果的图文解释，挑选了非常基础实用的部分做一个QIIME2学习大礼包（没错就是这篇文章）。
砂之家Kora·2020-07-13 13:42

QIIME2导入数据-fq数据转换成qza数据-使用方法心得

启动QIIME2运行环境condaactivateqiime2-2019.4###新建并定位设置到存在fq数据的文件夹mkdirqiime2-importing-tutorial##建立新的文件夹cd*
醉月伐桂戏嫦娥·2020-07-09 05:26

久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了

有关安装最新的QIIME2发行版的详细信息，以及教程和其他资源，请查看QIIME22020.2文档[1]。如果您遇到任何问题，请联系QIIME2论坛[2]！虚拟机版本将在下周的某个时候提供-
zd200572·2020-07-09 04:10

QIIME 2用户文档. 10元数据Metadata(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.9元数据元数据格式要求元数据验证前导和尾随空格字符注释和空行标识符列标识符的建议元数据列列类型数字格式化高级文件格式详细信息TSV方言和语法分析器编码和行尾尾随的空单元格和交错数据使用元数据使用
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:22

QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2018.11)

文章目录前情提要老司机上路指南为什么要改用QIIME2?
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:21

QIIME 2教程. 08差异丰度分析gneiss(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.8差异丰度分析gneiss创建`balances`方法1：相关性聚类选项2：梯度聚类Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:49
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