r语言主成分分析

【机器学习与R语言】1-机器学习简介

1.基本概念机器学习：发明算法将数据转化为智能行为数据挖掘VS机器学习：前者侧重寻找有价值的信息，后者侧重执行已知的任务。后者是前者的先期准备过程：数据——>抽象化——>一般化。或者：收集数据——推理数据——归纳数据——发现规律抽象化：训练：用一个特定模型来拟合数据集的过程用方程来拟合观测的数据：观测现象——数据呈现——模型建立。通过不同的格式来把信息概念化一般化：一般化：将抽象化的知识转换成可用

苹果酱0567·2024-09-15 09:43

R语言标准普尔500指数Garch(1,1)模型

一、例3.3标准普尔500指数的月超额收益率，从1926年开始，共792个观察值，如图所示。记rt为超额收益率，rt的样本ACF和rt2的样本PACF。在间隔为1，3时有少许序列相关性，但主要特征是平方序列显示的强烈线性相关性。例题建立garch(1,1)模型的过程：（1）应用arma(p,q)模型消除数据的线性依赖（2）在arma(p,q)模型基础上，建立garch(1,1)模型（3）改进g

ronghuilin·2024-09-14 22:51

R 地图绘制-比例尺与指北针

ggplot绘制mapR语言可以进行数据分析，也可以进行地图绘制，而且非常简洁，快速。

jamesjin63·2024-09-14 21:30

学习小组Day4笔记--王英芳

R语言基础准备工作电脑用户名需要是英文R基础，Rstudio人性化界面资源Rfordatasciencechapter1下载RandRstudio给自己一个全新的R语言环境R是什么一种变成语言，统计计算和绘图的环境

一万万万万·2024-09-13 19:51

R语言基础笔记

起因:今天不知道要写什么。把之前的笔记复制一下。代码开头，导入:#清除系统变量rm(list=ls())#隐藏警告信息:options(warn=-1)#把当前目录，设置为工作目录。library(rstudioapi)current_folder_path0.0&ideology<10.0)分组聚合，类似groupby()df2<-aggregate(df1KaTeXparseerror:Exp

waterHBO·2024-09-13 15:38

R语言包AMORE安装报错问题以及RStudio与Rtools环境配置

在使用R语言进行AMORE安装时会遇到报错，这时候需要采用解决办法：'''AMORE包安装，需要离线官网下载安装包：Indexof/src/contrib/Archive/AMORE(r-project.org

卡卡_R-Python·2024-09-13 14:29

机器学习实战笔记5——线性判别分析

任务安排1、机器学习导论8、核方法2、KNN及其实现9、稀疏表示3、K-means聚类10、高斯混合模型4、主成分分析11、嵌入学习5、线性判别分析12、强化学习6、贝叶斯方法13、PageRank7、

绍少阿·2024-09-12 20:32

生态位宽度计算&可视化展示（R语言）

生态位宽度是指物种（或其它生物单位）在群落中所利用的各种不同资源的总和。物种的生态位越宽，该物种的特化程度就越小，倾向于泛化种（generalistspecies）；物种的生态位越窄，倾向于是一个特化种（specialistsspecies）。本篇所使用为生态位宽度指数即**Levins的生态位宽度指数。**（除此之外也有用shannon指数）#安装并加载必要的包if(!requireNamesp

光疏介质·2024-09-12 17:12

亦菲喊你来学机器学习（20） --PCA数据降维

优缺点三、参数四、实例应用1.读取文件2.分离特征和目标变量3.使用PCA进行降维4.打印特征所占百分比和具体比例5.PCA降维后的数据6.划分数据集7.训练逻辑回归模型8.评估模型性能总结PCA数据降维主成分分析

方世恩·2024-09-12 11:05

R语言多项逻辑回归-因变量是无序多分类

因变量是无序多分类资料（＞2）时，可使用多分类逻辑回归（multinomiallogisticregression）。使用课本例16-5的数据，课本电子版及数据已上传到QQ群，自行下载即可。某研究人员欲了解不同社区和性别之间居民获取健康知识的途径是否相同，对2个社区的314名成人进行了调查，其中X1是社区，社区1用0表示，社区2用1表示；X2是性别，0是男，1是女，Y是获取健康知识途径，1是传统大

医学和生信笔记·2024-09-12 09:22

Protocol Buffer编译器安装

该站点上的大多数示例代码都使用protocolbuffer语言（proto3）的版本3。protocolbuff

雪域迷影·2024-09-12 03:22

R语言自学笔记-2内置数据集

#b站视频——R语言入门与数据分析#内置数据集#固定格式的数据（矩阵、数据框或一个时间序列等）#统计建模、回归分析等试验需要找合适的数据集#R内置数据集，存储在，通过help(package="datasets

实验室长工·2024-09-12 00:36

在TCGA上下载数据并且进行处理

使用R语言脚本对数据进行处理，将其提取为genesymbol和样本的数据，推荐看一下该博主处理数据！！真的非常详细！他R语言脚本在这个链接里

Red Red·2024-09-11 09:00

R语言-非结构化数据-文本数据读入

#2.2.2非结构化数据-文本数据读入rm(list=ls())#清空工作空间##1.读入简单文本数据###假如数据包含大量经过结构化的文本数据#只需按照读入csv等标准式数据的方法读入#例：novel=read.csv("novel.csv",fileEncoding="UTF-8")head(novel)##2.用readtable读入文本###文本数据普通读法test=read.table(

pdc31czy·2024-09-10 22:44

Coding and Paper Letter（十四）

1Coding:1.R语言包ungeviz，ggplot2的拓展包，专门用来作不确定性的可视化。ungeviz2.计算机图形学相关开源项目。计算机图形学光线追踪开源项目C++源码。

G小调的Qing歌·2024-09-10 13:10

r语言做绘制精美pcoa图_R语言高级绘图 — ggplot2

2)PCA的作图PCA主成分分析，可以将高维数据进行降维处理。

weixin_39560002·2024-09-10 06:59

科研绘图系列：R语言扩展物种堆积图（Extended Stacked Barplot）

介绍R语言的扩展物种堆积图是一种数据可视化工具，它不仅展示了物种的堆积结果，还整合了不同样本分组之间的差异性分析结果。

生信学习者1·2024-09-09 16:10

科研绘图系列：R语言柱状图分布（histogram plot）

文章目录介绍加载R包读取数据画图介绍柱状图（BarChart）是一种常用的数据可视化图表，用于展示和比较不同类别或组的数据。它通过在二维平面上绘制一系列垂直或水平的柱子来表示数据的大小，每个柱子的长度或高度代表一个数据点的数值。柱状图非常适合于展示分类数据的分布和比较。柱状图的特点：直观比较：柱状图可以直观地展示不同类别之间的数值比较，易于理解。分类展示：数据按照类别或组别进行分组展示，每个类别用

生信学习者1·2024-09-09 15:06

科研绘图系列：R语言富集散点图（enrichment scatter plot）

介绍富集通路散点图（EnrichmentPathwayScatterPlot）是一种数据可视化工具，用于展示基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA）的结果。横坐标是对应基因名称，纵坐标是通路名称，图中的点表示该基因在某个通路下的qvalue，可以简单理解为不同环境下的贡献大小。加载R包导入所需要的R包，在导入前需要用户自己安装。library(readxl)l

生信学习者1·2024-09-09 14:57

Python-Matplotlib安装及简单使用

Matplotlib是一个Python的图形框架，类似于MATLAB和R语言。

riyuexingchen0909·2024-09-09 11:06

Java中的数据降维技术：如何实现PCA和t-SNE

在这篇文章中，我们将探讨如何在Java中实现数据降维技术，特别是主成分分析（PCA）和t-SNE。这两种技术在数据预处理和可视化中非常重要，它们帮助我们将高维数据转换为低维数据，保留数据的主要特征。

省赚客app开发者·2024-09-09 08:47

sublime安装python库_Mac OS 轻松用 Sublime Text 3 配置Python编译环境

weixin_39603397·2024-09-09 06:34

3D 场景模拟 2D 碰撞玩法的方案

目录方法概述顶点到平面的垂直投影求解最小降维OBB主成分分析（PCA）协方差矩阵求矩阵特征值Jacobi方法OBB拉伸方法对于类似《密特罗德生存恐惧》和《暗影火炬城》这样3D场景，但玩法还是2D卷轴动作平台跳跃

长脖鹿Johnny·2024-09-08 14:14

在linux（ubuntu）中使用网页版的rstudio

RStudio是R语言集成开发环境的应用软件，RStudioServer是一个基于web访问的RStudio云端开发环境，需要安装在服务器上，支持多用户远程访问使用。

Chao_Powell_Hou·2024-09-08 11:46

R语言基础学习

R与RStudioR语言是数据科学和统计分析的语言，适合数据分析和数据可视化。R是开源的，拥有丰富的包（packages），可以与优化软件进行交互。

weixin_55475210·2024-09-06 19:54

学习小组Day5笔记--森蝶

6.表格在R语言中改名叫数据框7.函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮

松风·2024-09-04 23:42

学习小组Day6笔记--魏麻将

注意：学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。安装和加载R

魏麻将·2024-09-03 08:34

centos7 r语言安装_centos7 R-4.0.2 安装

tar-zvxfR-4.0.2.tar.gzcdR-*yuminstall-ygccyuminstall-ygcc-gfortranyuminstall-ygcc-c++yuminstall-yglibc-headersyuminstall-ylibreadline6-devgfortranyuminstall-yreadline-develyuminstall-ywgetlibXt-devely

weixin_39777404·2024-09-03 03:50

linux下载R语言失败,[已解决]CentOS7下安装rjags失败 installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status...

问题CentOS7下安装rjags失败installationofpackage‘rjags’hadnon-zeroexitstatus详细报错>install.packages("gbs2ploidy",dependencies=TRUE)alsoinstallingthedependency‘rjags’tryingURL'https://cran.rstudio.com/src/contri

宁静致远敏·2024-09-03 03:50

Centos 安装R语言环境 3.6

118路司机·2024-09-03 03:19

R语言使用rpart包构建决策树模型实战、使用prune函数按照指定复杂度对决策树剪枝、使用rpart.plot包中的prp函数可视化训练、剪枝好的决策树

R语言使用rpart包构建决策树模型实战、使用prune函数按照指定复杂度对决策树剪枝、使用rpart.plot包中的prp函数可视化训练、剪枝好的决策树、type参数、extra参数、fallen.leaves

statistics.insight·2024-09-02 14:39

r语言变量长度不一致怎么办_C语言，C++常见编译错误

fatalerrorC1003:errorcountexceedsnumber;stoppingcompilation中文对照：错误太多，停止编译分析：修改之前的错误，再次编译fatalerrorC1004:unexpectedendoffilefound中文对照：文件未结束分析：一个函数或者一个结构定义缺少“}”、或者在一个函数调用或表达式中括号没有配对出现、或者注释符“”不完整等fataler

weixin_39624094·2024-09-02 02:46

科研绘图系列：R语言单细胞差异基因四分图（Quad plot）

介绍在单细胞分析领域，为了探究不同分组间同一细胞类型的基因表达差异，研究者们常采用四分图（QuadPlot）作为分析工具。该图形的横轴代表比较组1，而纵轴代表比较组2。通过这种布局，四分图能够有效地展示两组间共有的差异表达基因，从而为深入理解细胞类型在不同条件下的分子特性提供直观的视角。这种可视化方法不仅揭示了组间基因表达的异同，还有助于识别可能在生物学过程或疾病发生中起关键作用的基因。加载R包导

生信学习者2·2024-09-02 01:45

科研绘图系列：R语言组合堆积图（stacked barplot with multiple groups）

介绍通常堆积图的X轴表示样本，样本可能会存在较多的分组信息，通过组合堆积图和样本标签分组信息，我们可以得到一张能展示更多信息的可发表图形。加载R包knitr::opts_chunk$set(warning=F,message=F)library(tidyverse)library(cowplot)library(patchwork)导入数据数据可从以下链接下载（画图所需要的所有数据）：百度云盘链接

生信学习者2·2024-09-02 01:45

科研绘图系列：R语言雷达图（radar plot）

介绍雷达图，又称为蜘蛛网图或星形图，是一种以多轴方式显示数据的图表。它通常用于显示多个定量变量的值，这些变量被表示为从中心点向外延伸的轴。每个轴代表一个变量，而每个变量的值则通过从中心向外延伸的距离来表示。雷达图可以直观地展示多个变量之间的相对大小和关系。雷达图的特点：多维数据比较：可以同时比较多个变量，看它们在不同维度上的表现。综合评价：用于综合评价一个或多个对象在多个方面的表现。趋势分析：可以

生信学习者2·2024-08-31 22:25

科研绘图系列：R语言饼图（pie chart）

介绍饼图是一种常用的数据可视化图表，它通过圆形的扇形区域来展示数据的比例关系。每个扇形的面积大小与其所代表的数据量成正比，从而直观地显示各部分在整体中所占的比重。特点：直观性：通过不同大小的扇形，可以直观地看到各个部分的相对大小。易于理解：圆形的分割使得人们容易理解各部分的相对比例。适合展示比例：特别适合展示各部分在整体中的比例关系。说明的问题：部分与整体的关系：显示每个部分在整体中所占的百分比。

生信学习者2·2024-08-31 22:25

科研绘图系列：R语言径向柱状图（Radial Bar Chart）

介绍径向柱状图（RadialBarChart），又称为雷达图或蜘蛛网图（SpiderChart），是一种在极坐标系中绘制的柱状图。这种图表的特点是将数据点沿着一个或多个从中心向外延伸的轴来展示，这些轴通常围绕着一个中心点均匀分布。特点：极坐标系统：数据点不是在直角坐标系中展示，而是在极坐标系中，围绕一个中心点。多维度数据展示：可以同时展示多个变量的数据，每个变量对应一个轴。视觉集中：所有数据点都围

生信学习者2·2024-08-31 22:55

科研绘图系列：R语言基础图形合集

R语言在可视化方面具有极大的优势，因其本身就是统计学家为了研究统计问题开发的编程语言，因此极力推荐使用R语言可视化数据。

生信学习者2·2024-08-31 22:55

1区9+非肿瘤纯生信，逻辑清晰易懂，机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊，抓紧上车！

生信小课堂·2024-08-30 17:58

R语言基础-文档检索与环境配置-2019-06-29

R帮助函数`help.start()`，打开帮助文档首页`help.search("foo")`或`??foo，`以foo为关键词搜索本地帮助文档，`?Startup`查看与R有关的启动文件信息；`example("foo")`，函数foo的使用示例（引号可以省略）`RSiteSearch("foo")`，以foo为关键词，查询整个http://search.r-project.org网站的包，例

天涯清水·2024-08-30 15:00

Python(C)图像压缩导图

要点傅里叶和小波变换主成分分析彩色图压缩制作不同尺寸图像K均值和生成式对抗网络压缩无损压缩算法压缩和解压缩算法离散小波变换压缩树结构象限算法压缩矩阵分解有损压缩算法量化模型有损压缩算法JPEG压缩解压缩算法

亚图跨际·2024-08-30 07:36

R语言交互式绘图echarts4r包--3D深探

表面datadplyr::mutate(z=sin(x*x+y*y)*x/3.14)data|>e_charts(x)|>e_surface(y,z,wireframe=list(show=FALSE))|>e_visual_map(z)3维柱状图v<-LETTERS[1:10]matrix<-data.frame(x=sample(v,300,replace=

「已注销」·2024-08-29 15:19

6章2节：认识birthwt数据集，EpiDisplay和Gmodels扩展包的应用

在R语言的广泛应用领域中，数据集的选择与理解起着至关重要的作用。它既为学习R语言奠定了基础数据，又为我们开展统计分析和模型构建提供了强有力的支持。

数据科学和人工智能兴趣组·2024-08-29 13:33

深度学习100问7-向量降维的算法有那些

一、主成分分析（PCA）PCA就像你整理一堆考试成绩单。假如成绩单上有好多科目成绩，这就像一个高维向量。但有些科目成绩关系很紧密，比如数学好的同学一般物理也不错，化学也还行。

不断持续学习ing·2024-08-29 11:54

跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录因子分析

转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容，R语言分析一般采用的是SCENIC包，具体原理可参考两篇文章。

KS科研分享与服务·2024-08-28 18:02

在B站看到有人提问说安东尼戴维斯的数据比邓肯好，画个图来比较下

作为R语言数据可视化爱好者，当然得找到邓肯和安东尼戴维斯的数据来可视化比较一番了数据来源https://www.basketball-reference.com/今年是安东尼戴维斯的第10个赛季，赛季刚刚开始

小明的数据分析笔记本·2024-08-28 17:08

R语言使用timeROC包计算存在竞争风险情况下的生存资料多时间AUC值、使用cox模型、并添加协变量、可视化存在竞争风险情况下的生存资料多时间ROC曲线

R语言使用timeROC包计算存在竞争风险情况下的生存资料多时间AUC值、使用cox模型、并添加协变量、可视化存在竞争风险情况下的生存资料多时间ROC曲线目录R语言使用timeROC包计算存在竞争风险情况下的生存资料多时间

statistics.insight·2024-08-28 13:22

【机器学习】初学者经典案例（随记）

无监督学习：使用不带标签的数据进行训练，包括聚类（如客户细分）和降维（如主成分分析）。强化学习：通过与环境的交互学习策略，以最大化累积奖励（如AlphaGo）。

听忆.·2024-08-28 11:09

R语言机器学习 KNN 2个例子

代码的写法，参考来源是这本书:MachineLearningwithR,2ndEdition.pdf相关的资源我已经上传了，包括代码，数据，以及这行本书。下载链接–免积分下载。https://download.csdn.net/download/waterHBO/896756871.第一个例子，代码和过程，全部来自书上#我根据书中第三章KNN的内容来做的。#第3章，KNN,K-NearestNei

waterHBO·2024-08-28 05:57

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