scater

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment
小潤澤·2023-12-04 18:04

biocParallel学习

我好像做了一个愚蠢的测试rm(list=ls())suppressPackageStartupMessages({library(SingleCellExperiment)library(scMerge)library(scater
我的心永远是冰冰哒·2023-10-24 07:25

Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换

#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)library(Seurat
Seurat_·2023-08-05 10:43

numpy.meshgrid()，ravel()，contourf()，scater()理解

numpy.meshgrid()作用：生成网格点坐标矩阵。可以生成多维坐标矩阵。例如：xx,yy=np.meshgrid(np.arange(x_min,x_max,h),np.arange(y_min,y_max,h))生成两个三维网格坐标矩阵。坐标参数：x_min,x_max,h。ravel()作用：扁平化操作。例如：fromnumpyimport*a=arange(12).reshape(3
奔跑的小仙女·2023-03-11 07:44

SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)

述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析(Seurat4.0)SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析(scater
桓峰基因·2022-12-07 17:29

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤

往期系列Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据TabulaMuri
生信宝典·2022-11-25 13:03

SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析 (scater)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信的老师可以联系我们！首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单细胞
桓峰基因·2022-10-04 07:43

Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化

library(scater)library(Seurat)library(SeuratData)#remotes::install_
Hayley笔记·2022-07-01 10:36

单细胞上游分析

从原始数据——得到文件夹filtered_gene_bc_matrices【其中包含barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz，是下游Seurat、Scater
FionaMoon·2022-05-09 22:41

单细胞转录组学习笔记-16-用Scater包分析文章数据

刘小泽写于19.8.20-第三单元第九讲：使用Scater包笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http://jm.grazy.cn/index
刘小泽·2022-02-10 23:56

SingleCellExperiment

类的任何程序包和加载程序包时，可以按以下方式显式安装（并加载）程序包：BiocManager::install('SingleCellExperiment')BiocManager::install(c('scater
麒麟991·2022-02-10 03:58

单细胞转录组数据分析||Seurat3.1教程:Interoperability between single-cell object formats

#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)#installloomRfromGitHubusi
周运来就是我·2022-02-09 03:34

使用scater包进行单细胞测序分析（三）：数据降维与可视化

本次教程学习使用scater包进行单细胞转录组数据降维与常用的一些可视化方法。
Davey1220·2022-02-05 05:04

cordova:跳转第三方地图APP

跳转第三方地图APP本文章记录2020.08.10~2020.08.11给APP增加地图跳转踩过的坑参考1：https://blog.csdn.net/padding_scater/article/details
白露为霜_Anna·2020-10-13 15:56

使用scater包进行单细胞测序分析（二）：数据质量控制

scater包提供了一系列的数据质量控制方法，可以对单细胞转录组数据进行严格的质量控制，它主要从以下三个方面进行质量控制QC：QCandfilteringofcells（细胞水平的QC和过滤）QCandfilteringoffeatures
Davey1220·2020-09-17 12:38

使用scater包进行单细胞测序分析（一）：数据导入与SingleCellExperiment对象构建

scater包简介scater是一个优秀的单细胞转录组数据分析工具包，它可以对单细胞数据进行常规的质量控制，数据的标准化与归一化，以及数据的降维与可视化分析。
Davey1220·2020-09-17 12:21

Bioconductor没想象的那么简单(part1)

但是接触到三个单细胞的R包（Seurat、Scater、Monocle）后，我发现，对象的理解是那么的重要，于是我找了这个关于整体学习Bioconductor的学习资料，也与你分享资
刘小泽·2020-08-22 23:19

metacell： scRNAseq聚类和细胞类型注释的R包

说到单细胞分析，大家第一时间想到的肯定是三大R包Seurat、monocle、scater，但是今天我准备给大家介绍一个新的R包metacell，可以用来聚类和注释细胞类型，功能堪比Seurat，但实现方法却很不一样
生信云笔记·2020-08-05 19:29

MetaCell： scRNAseq聚类和细胞类型注释的R包

说到单细胞分析，大家第一时间想到的肯定是三大R包Seurat、monocle、scater，但是今天我准备给大家介绍一个新的R包metacell，可以用来聚类和注释细胞类型，功能
生信云笔记·2020-08-05 19:59

单细胞测序分析之scater包学习笔记

这次学习的是单细胞测序的第三个比较常用的包：Scater。本文主要参考教程：单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater来走分析流程。
生信start_site·2020-07-06 00:42

单细胞转录组(scRNA-seq)分析01 | Scater包的使用

文章目录一、介绍二、工作流三、常用函数plotColDataplotExplanatoryVariablesplotExpressionplotExprsFreqVsMeanplotExprsVsTxLengthplotHeatmapplotHighestExprsplotPlatePositionplotQCplotReducedDimplotRLEplotRowDataplotScaterRe
白墨石·2020-06-27 00:15

单细胞数据挖掘||DOSE：疾病本体论语义相似分析

在拿到单细胞数据之后，我们指的跑完了cellranger、scater、singleR、seurat、monocle这些培训班老师带你走完的流程之后，要进一步的挖掘或者辅助挖掘往往就要和具体的生物学过程结合到一起了
周运来就是我·2020-04-11 22:12

单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater

刘小泽写于19.8.9-第三单元第五讲：利用scRNAseq包学习scater笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http://jm.grazy.cn
刘小泽·2020-04-01 21:13

单细胞转录组数据分析||Seurat3.1教程:Interoperability between single-cell object formats

#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)#installloomRfromGitHubusi
周运来就是我·2020-03-11 22:58

使用scater包对单细胞转录组数据进行降维分析

对于单细胞转录组的数据，常用的降维方法有以下3种PCAt-SNEDifffusionmap通过scater这个R包，可以方便的进行降维分析，安装方式如下BiocManager::install("scater
生信修炼手册·2020-03-03 05:42

2017-11-29

Concentrateyourenergy,thought,andcapitalexclusivelyuponthebusinessinwhichyouareengaged.2，我在本片文章中学到的怦然心动的单词Aimhigh志存高远scater
吴举·2020-02-22 00:55

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(四)

那么接下来我们就要看一下如何分析单细胞数据此次我们的示例数据是(Tungetal.,2017)的数据质控首先先读取数据#加载包library(SingleCellExperiment)library(scater
小潤澤·2020-02-20 19:24

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八） - Scater包输入导入和存储

往期系列亨贝格实验室单细胞转录组数据分析（一）亨贝格实验室单细胞转录组数据分析（二）亨贝格实验室单细胞转录组数据分析（三）亨贝格实验室单细胞转录组数据分析（四）亨贝格实验室单细胞转录组数据分析（五）亨贝格实验室单细胞转录组数据分析（六）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据TabulaMuris收藏|北大生信平台“单细胞分析，染色质分析”视频和PPT分
生信宝典·2020-02-10 06:54

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤

往期系列Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据TabulaMuri
生信宝典·2019-11-03 08:00

Matplotlib

pipinstall-ihttps://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplematplotlib运行保存风格matlab风格面向对象风格简易线型图颜色线条结合坐标轴标签图例scater
isuntong·2019-08-19 08:21

系统学习scRNA-Seq(六)-QC标准化实战

刘小泽写于19.4.4+4.7结合一篇文章+scater说明书，并做了一些个人修改首先上文章和scater包说明书来自https://f1000research.com/articles/5-2122/
刘小泽·2019-04-07 23:24

js面向对象设计模式

name;o.age=age;o.job=job;o.sayName=function(){alert(this.name);};returno;}constscater=createPerson("scater
原来如此scater·2019-03-18 23:03
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