sra数据下载第17页

天涯论坛——python可视化(kmeans聚类+情感分析)（三）

通过使用pyecharts实现数据分析数据下载：https://download.csdn.net/download/weixin_43906500/14141832使用的情感分析库：https://github.com

金鳞本鲤·2023-04-01 12:41

C++火车头优化

pragmaGCCoptimize("inline")#pragmaGCCoptimize("-fgcse")#pragmaGCCoptimize("-fgcse-lm")#pragmaGCCoptimize("-fipa-sra

不怕困难的博客·2023-04-01 11:45

合并新版TCGA表达矩阵R代码叕更新了—RNA类型也给你提出来

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，小编第一时间给大家展示了TCGA数据库的变化，用图文的方式详细介绍了新版TCGA数据库RNAseq数据下载方法。

生信交流平台·2023-04-01 10:09

从0开始的RNA-seq教程

从SRA下载了rawdata，质控很多人用fastq

五香可达鸭·2023-04-01 06:40

ceRNA网络构建基于TCGA数据库

《ceRNA网络构建基于TCGA数据库》内容提纲：第一章、TCGA数据库简介第二章、软件安装第三章、数据下载与提取第四章、差异分析第五章、差异lncRNA与差异miNRA比对第六章、DEmiRNA靶基因预测第七章

Seurat_·2023-04-01 05:27

TCGA 数据下载工具 -- gdc-client

下载安装https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool根据自己的机器选择版本，我使用的是服务器因此选择Linux版的：#downloadwgethttps://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip#unzipunzipgd

正经昵称征集中·2023-04-01 05:19

【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

新版TCGA数据库RNAseq数据下载新

生信交流平台·2023-04-01 02:33

North American Multi-Model Ensemble (NMME)保姆级数据下载与简单介绍

前言NorthAmericanMulti-ModelEnsemble(NMME)多模式集成系统，可用于季内-年际(ISI)预报。详细参考文献可见《THENORTHAMERICANMULTIMODELENSEMBLE》（2014,BAMS）。但是这个数据的下载和使用，对于第一次接触的人（比如我），是真的有点摸不着头脑。经过几天整理才大概给弄明白。下载网站：https://iridl.ldeo.col

可乐要加冰_ice·2023-03-31 16:29

如何上传转录组数据到NCBI的SRA数据库

由于我的数据太差了，还是传到NCBI吧~第一步：打开NCBI主页，如下图第二步：选择SequenceReadArchive(SRA)，如图。

纤蹄马·2023-03-30 00:32

Day6：逻辑回归案例

数据下载Day6-data.PNG这个数据集是某社交网络的用户信息，有UesrID、Gender、Age、EstimatedSalary。

海之瑶·2023-03-29 14:37

常见气象数据获取方式及批量下载代码汇总

这里收集了一些常用气象数据下载方法及下载的代码，供大家参考目录1.中国气象数据网（这是最官方的数据平台）2.NOAA全球地面站观测数据3.全球探空数据4.全国空气质量观测数据5.MODIS极轨卫星数据6

qazwsxpy·2023-03-29 09:41

RNA-seq实战分析流程

一、下载测序数据①SRA数据库[存储二代测序的原始数据]②在进行上游分析时，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore

ShanSly·2023-03-29 04:58

TCGA数据下载与整理-TCGAbiolinks包

1、下载临床信息以下代码参考单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题-1.1、加载包，rm(list=ls())清空环境

young5100·2023-03-28 19:01

UCSC Xena数据下载后的后续分析代码——转载自麦麦大人

#已有UCSCXena数据，进行后续分析rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)##可以直接读没有解压的数据，mRNA-SEQ数据mRNA_HiSeqV2=read.table(“HiSeqV2”,header=T,sep=‘t‘)dim(mRNA_HiSeqV2)mRNA_HiSeqV2[1:4,1:4]#查看NA的数据na.omit(mRNA_HiSeq

whykm·2023-03-28 19:57

Aspera

据说是在去年，prefetch（这个是SRA-Toolkits里面的插件）已经不能和aspera联用了。所以就直接下载Aspera就好。

felixhell·2023-03-28 05:08

离线缓存

实现数据的离线缓存，当在建立起数据请求的时候，根据url生成一个文件路径，让数据下载到一个临时的文件路径下。第一种情况：当请求发起时一直下载到下载成功，这时候就将该文件移动到缓存目录下缓存起来。

Roger_max·2023-03-27 14:35

Python数据可视化-火山图的绘制

一.数据准备（在此特别感谢白墨分享的数据）数据下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取码：wbk6image.png数据说明示例数据

5cb608806559·2023-03-27 08:28

上传序列数据到SRA

笔记内容：SRA是什么，点解要向它上传序列数据上传之前的准备如何上传SRA是什么，点解要向它提交序列数据SRA官方document.SequenceReadArchive(SRA)存储了NCBI上各研究所用到的序列数据

GPZ_Lab·2023-03-27 08:57

TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（一）

前言TCGAbiolinks是一个利用GDCAPI接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包TCGAbiolinks包的功能主要可以分为三大块：数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从Bioconductor上安装稳定版本if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")Bioc

名本无名·2023-03-27 02:12

TCGAbiolinks下载过程中无法下载的问题

近期因为要分析CNV的数据，用TCGAbiolinks包进行数据下载，该包可能是TCGA分析最好的包，可以下载最新的数据。

青蒿素2·2023-03-26 22:10

clickhouse 导入数据

导入测试数据1.1下载测试数据下载地址：【802M】https://datasets.clickhouse.tech/hits/tsv/hits_v1.tsv.xz【405M】https://datasets.clickhouse.tech

醉红尘丶·2023-03-26 12:38

下载工具IDM之——无法下载此受保护的数据其他解决方案

一现象描述在使用IDM进行直播流数据下载时，可能会显示如下信息：二解决办法2.1使用ffmpeg下载配置ffmpeg后，使用下面的指令合成视频ffmpeg-ihttp://ivi.bupt.edu.cn

PGzxc·2023-03-25 23:43

禾谷镰刀菌转录组分析--准备数据

1、准备数据：测序数据和参考基因组测序数据：NCBI中SRA数据库，Accession:PRJNA522013ASPERA，类似下载加速器，要安装在个人目录才能使用wgethttp://download.asperasoft.com

马连洼小法师·2023-03-25 21:07

SRA数据(2)------SRA数据处理

上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。

护旗小能手·2023-03-25 12:24

2020-02-10

GSE125042+WGCNA数据下载+预处理rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOmirror)library(AnnoProbe)library

Clouddong·2023-03-25 06:45

TCGA_gdc_client terminal下载——>id 转换

TCGA官网数据下载TCGA官网数据下载步骤从网页选择数据，下载manifest文件下载表达数据expdata_manifest文件步骤：Files——>transcriptomeprofiling(DataCategory

养猪场小老板·2023-03-25 03:42

1.14

等数据下载的间隙，赶快发个，和新财务并肩作战的第二天，团队最重要的就是齐心协力，最好的年纪遇见了最好的你们

迪诗凯诗·2023-03-24 07:10

【国产FPGA】国产FPGA搭建图像处理平台

20k.htmlFPGA主要参数:FPGA型号参数GW2A-LV18PG256C8/I7逻辑单元(LUT4)20736寄存器(FF)15552分布式静态随机存储器S-SRAM(bits)41472块状静态随机存储器B-SRA

碎碎思·2023-03-24 00:29

Alamofire 5 的使用

特性可链接的请求/响应函数URL/JSON参数编码上传文件/Data/流/多表单数据使用请求或者恢复数据下载文件使用URLCredential进行身份验证HTTP响应验证带有进度的上传和下载闭包cUR

MNCode·2023-03-23 22:05

数据下载

数据下载，通常是搜博客，根据博客中的网站推荐下载。

桀雫·2023-03-22 21:57

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt

FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

转录组练习（一）

mod=viewthread&tid=24083进行rna_seq练习数据下载数据下载.png代码段sudoaptinstallaxel#安装aselbashsra_down.shls*.sra|whilereadid

简单点lili·2023-03-22 04:14

conda安装软件后怎么确认软件安装成功

安装列表bwagatk4sra-

Amy_Cui·2023-03-21 03:33

Python爬虫之scrapy框架基础理解

Scrapy用途广泛，可以用于数据挖掘、监测和自动化测试，还有高性能的持久化存储，异步的数据下载，高性能的数据解析，分布式等等1.1.1scrapy原理scrapy有五大核心组件：引擎：用来处理整个系统的数据流处理

景宗会·2023-03-20 16:05

Sentinel-2 (哨兵2号) 数据批量下载教程 [python]

Sentinel-2[哨兵2号]数据批量下载教程[python]1.选择数据2.数据下载2.1下载链接文件2.2安装Python及data_downloader包2.3创建.netrc2.4批量下载最近要用到哨兵

沉研·2023-03-20 07:29

11.5-9 RNA-seq 数据差异基因的得到和可视化学习（一）

之前未完成的rna-seq数据下载和mcscan不能继续进行了。最近要在网上直接下载rna-seq的txt数据，所以主要学习一下如何挑选出差异基因，之后进行可视化。

KK_f2d5·2023-03-18 13:55

实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵

软件安装与数据下载CellRanger软件（需要linux系统）下载地址：https://support.10xgenomics.com/s

MC学公卫·2023-03-18 09:30

「生信」三代基因组De novo assembler —— Falcon(试运行篇)

目录关于Falcon部件介绍组装流程ConnectionwithinHGAP4vsfalconvsfalcon-unzip安装及测试数据下载试运行最后很多公众号都有介绍关于Falcon各参数的设置经验,

bioinfo_boy·2023-03-17 08:37

2020-01-06 TCGA数据下载相关

学习资料：TCGA.GDC数据处理系列跟着小洁老师学TCGA第一步是数据下载1.从数据库下载manifest文件数据存放网站：https://portal.gdc.cancer.gov/在Repository

程凉皮儿·2023-03-16 03:45

关于SRT个案收费的乱象

Ta还不是咨询师，咨询师需要有至少75个个案经验，并且通过SRA协会考核才可以拿到证。目前国内的咨询师不多，绝大多数都是执行师。

光行者Stella·2023-03-15 21:20

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量

Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接

小明的数据分析笔记本·2023-03-15 02:04

基因家族分析（1）：数据下载与处理

本文主要工作内容：(1)下载了用于分析的隐马尔可夫模型，基因组序列，蛋白质序列，cds序列与gff3文件(2)对所下载文件进行必要处理，以满足后续分析需要有关基因家族的概念我之前已经在这里书写过基因家族分析（0）：概念明晰-，就不重新撰写了。我们直接开始进行实战练习。这里选取的是JinX,LiuY,HouZ,ZhangY,FangY,HuangY,CaiH,QinY,ChengY.Genome-W

逐鸿·2023-03-14 15:49

2019-11-08

.sra格式变为.fastqnohupfastq-dump--split-3SRR7881539.sra--gzip-Odata>log.txt&hisat2reads对比参考基因组nohuphisat2

小三的后一位小四·2023-03-13 01:35

生信-单细胞分析 | scATAC分析踩坑记录

No.1数据下载众所周知，公共数据的下载一般主要有GEO和ENA两个大的数据库，且由于ENA支持（或者说更便于）Aspera（特点：下载速度非常快，通常能达到百M/s），于是一般情况下，利用ENA的Aspera

不想透明的小透明·2023-03-12 15:59

2019-10-17

Mnist数据集的训练集和测试集数据下载：数据下载完成后还需要做数据装载操作：

standineachothe·2023-03-12 08:50

GEO数据挖掘（三）— 基因通路富集全套代码分享

前几次教程“GEO数据挖掘（一）简单快速下载GEO数据”、“GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据”、“GEO数据挖掘（二）--基因差异表达分析及可视化全套代码分享”已经分享过下载数据、基因差异分析等步骤

诺禾致源科技服务·2023-03-12 07:15

Aspera——数据下载必备神器

Hello!Hello!小伙伴们大家好,我是豆豆,好长时间没有和大家见面了。最近小编在做数据挖掘分析的项目,需要从EMBI、NCB、GeneCards等国外数据库中下载物种的参考基因组文件,转录组数据,注释信息等文件。但是这些数据库毕竟在国外,无论在服务器上用命令还是用浏览器下载,下载速度都是龟速，如下图所示。这样的速度小编实在不能忍受，小编在查找自己的以前的项目笔记时，发现了一款数据高速下载神器

xw_欢乐豆·2023-03-10 19:44

【vue】vue + ECharts 实现中国地图

实现步骤引入EChartsECharts官网地址：https://echarts.apache.org/zh/index.htmlnpminstallecharts--save下载中国地图及各省份地图的json数据下载地址

TOP灬小朋友·2023-03-10 14:27

0基础linux运维教程安装以及rsync的传输方式与工作模式

##三安装注意，传输的双方都必须安装rsync```yuminstallrsync-y```##四rsync的传输方式与工作模式###4.1两种传输方式```1.pull拉->下载客户端将服务器上的数据下载到本地服务器问题

山河玩转linux运维·2023-03-10 07:08

UCSC xena数据下载教程

UCSCxena网站点击进去界面选择DATASETS选择一个数据中心以及数据集选中个TCGA-CHOL数据集的具体情况临床信息phenotype是指临床信息下面看下count数据界面数据预览该数据已经经过log了由于我们下载的数据，已经是经过log了。加上，我们需要的count数据，我们只能将下载的数据反log处理得到count数据做差异分析，我们只要count就足够了。下面看一下，生存信息生存信

养猪场小老板·2023-03-09 21:32

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