Aspera

用于下载SRR文件。而且速度可以达到非常快。据说是在去年，prefetch（这个是SRA-Toolkits里面的插件）已经不能和aspera联用了。所以就直接下载Aspera就好。当年的prefetch -t ascp -a 的组合，据说是直接把accession id给它就可以直接下载了。现在倒好，还要自己找到Link而且还要改格式。
还有个坑就是，我是直接用链接下载的。因为conda的镜像里面，我是没找到aspera.(包括aspera-cli和aspera-connect都没找到，可能是我的channels没有设置对吧。)如果你是用浏览器去aspera的官网下载的话，记得别用chrome.因为chrome是不会现实下载的按钮的。(这里jimmy说是网页是javascript写的，然后chrome不兼容。)

1.wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz
2.之后再tar zxvf 
3.然后把~/.aspera/connect/bin放入环境变量里面。# 这里注意，密钥在~/.aspera/connect/etc里。

然后由于我用不了https://sra-explorer.info/。据说是一个能知道通过SRP号找到link的网址。就只能自己去NCBI或者EBI上找了。
下面是在EBI下载的过程。
首先上它的官网https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home。

进入这个project之后就能看到包含在内的SRR

右边的那些都是link。但是不能直接使用。(以前应该是可以的)

可以直接在这里下载下面的表格

进入后，你会发现link是这样的
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz
要把ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/改成[email protected]:/ 下面是改完后的Link
[email protected]:/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz
然后就可以在ascp上使用了。
ascp -vQT -k1 -l 400m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz .
#-v(详细模式)
#-Q(用于自适应流量控制，磁盘限制所需)
#-T(取消加密)
#-k1(断点重连)
#-l(限速)
#-P (用于SSH身份验证的TCP端口,一般都是P33001)
#-i (密钥路径)