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数据下载

桀雫·2023-03-22 21:57

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt

FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

转录组练习（一）

mod=viewthread&tid=24083进行rna_seq练习数据下载数据下载.png代码段sudoaptinstallaxel#安装aselbashsra_down.shls*.sra|whilereadid

简单点lili·2023-03-22 04:14

conda安装软件后怎么确认软件安装成功

安装列表bwagatk4sra-

Amy_Cui·2023-03-21 03:33

Python爬虫之scrapy框架基础理解

Scrapy用途广泛，可以用于数据挖掘、监测和自动化测试，还有高性能的持久化存储，异步的数据下载，高性能的数据解析，分布式等等1.1.1scrapy原理scrapy有五大核心组件：引擎：用来处理整个系统的数据流处理

景宗会·2023-03-20 16:05

Sentinel-2 (哨兵2号) 数据批量下载教程 [python]

Sentinel-2[哨兵2号]数据批量下载教程[python]1.选择数据2.数据下载2.1下载链接文件2.2安装Python及data_downloader包2.3创建.netrc2.4批量下载最近要用到哨兵

沉研·2023-03-20 07:29

11.5-9 RNA-seq 数据差异基因的得到和可视化学习（一）

之前未完成的rna-seq数据下载和mcscan不能继续进行了。最近要在网上直接下载rna-seq的txt数据，所以主要学习一下如何挑选出差异基因，之后进行可视化。

KK_f2d5·2023-03-18 13:55

实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵

软件安装与数据下载CellRanger软件（需要linux系统）下载地址：https://support.10xgenomics.com/s

MC学公卫·2023-03-18 09:30

「生信」三代基因组De novo assembler —— Falcon(试运行篇)

目录关于Falcon部件介绍组装流程ConnectionwithinHGAP4vsfalconvsfalcon-unzip安装及测试数据下载试运行最后很多公众号都有介绍关于Falcon各参数的设置经验,

bioinfo_boy·2023-03-17 08:37

2020-01-06 TCGA数据下载相关

学习资料：TCGA.GDC数据处理系列跟着小洁老师学TCGA第一步是数据下载1.从数据库下载manifest文件数据存放网站：https://portal.gdc.cancer.gov/在Repository

程凉皮儿·2023-03-16 03:45

关于SRT个案收费的乱象

Ta还不是咨询师，咨询师需要有至少75个个案经验，并且通过SRA协会考核才可以拿到证。目前国内的咨询师不多，绝大多数都是执行师。

光行者Stella·2023-03-15 21:20

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量

Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接

小明的数据分析笔记本·2023-03-15 02:04

基因家族分析（1）：数据下载与处理

本文主要工作内容：(1)下载了用于分析的隐马尔可夫模型，基因组序列，蛋白质序列，cds序列与gff3文件(2)对所下载文件进行必要处理，以满足后续分析需要有关基因家族的概念我之前已经在这里书写过基因家族分析（0）：概念明晰-，就不重新撰写了。我们直接开始进行实战练习。这里选取的是JinX,LiuY,HouZ,ZhangY,FangY,HuangY,CaiH,QinY,ChengY.Genome-W

逐鸿·2023-03-14 15:49

2019-11-08

.sra格式变为.fastqnohupfastq-dump--split-3SRR7881539.sra--gzip-Odata>log.txt&hisat2reads对比参考基因组nohuphisat2

小三的后一位小四·2023-03-13 01:35

生信-单细胞分析 | scATAC分析踩坑记录

No.1数据下载众所周知，公共数据的下载一般主要有GEO和ENA两个大的数据库，且由于ENA支持（或者说更便于）Aspera（特点：下载速度非常快，通常能达到百M/s），于是一般情况下，利用ENA的Aspera

不想透明的小透明·2023-03-12 15:59

2019-10-17

Mnist数据集的训练集和测试集数据下载：数据下载完成后还需要做数据装载操作：

standineachothe·2023-03-12 08:50

GEO数据挖掘（三）— 基因通路富集全套代码分享

前几次教程“GEO数据挖掘（一）简单快速下载GEO数据”、“GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据”、“GEO数据挖掘（二）--基因差异表达分析及可视化全套代码分享”已经分享过下载数据、基因差异分析等步骤

诺禾致源科技服务·2023-03-12 07:15

Aspera——数据下载必备神器

Hello!Hello!小伙伴们大家好,我是豆豆,好长时间没有和大家见面了。最近小编在做数据挖掘分析的项目,需要从EMBI、NCB、GeneCards等国外数据库中下载物种的参考基因组文件,转录组数据,注释信息等文件。但是这些数据库毕竟在国外,无论在服务器上用命令还是用浏览器下载,下载速度都是龟速，如下图所示。这样的速度小编实在不能忍受，小编在查找自己的以前的项目笔记时，发现了一款数据高速下载神器

xw_欢乐豆·2023-03-10 19:44

【vue】vue + ECharts 实现中国地图

实现步骤引入EChartsECharts官网地址：https://echarts.apache.org/zh/index.htmlnpminstallecharts--save下载中国地图及各省份地图的json数据下载地址

TOP灬小朋友·2023-03-10 14:27

0基础linux运维教程安装以及rsync的传输方式与工作模式

##三安装注意，传输的双方都必须安装rsync```yuminstallrsync-y```##四rsync的传输方式与工作模式###4.1两种传输方式```1.pull拉->下载客户端将服务器上的数据下载到本地服务器问题

山河玩转linux运维·2023-03-10 07:08

UCSC xena数据下载教程

UCSCxena网站点击进去界面选择DATASETS选择一个数据中心以及数据集选中个TCGA-CHOL数据集的具体情况临床信息phenotype是指临床信息下面看下count数据界面数据预览该数据已经经过log了由于我们下载的数据，已经是经过log了。加上，我们需要的count数据，我们只能将下载的数据反log处理得到count数据做差异分析，我们只要count就足够了。下面看一下，生存信息生存信

养猪场小老板·2023-03-09 21:32

基因家族分析（3）：序列比对与进化树构建

本文主要工作：(1)按前期处理凤梨所需分析数据下载并处理拟南芥分析数据(2)对拟南芥和凤梨SBT基因家族cds序列进行比对，并构建进化树文件3.序列比对与进化树构建3.1数据准备由于在序列比对构建进化树过程中需要使用拟南芥数据

逐鸿·2023-03-09 20:47

Day11：K-NN案例

数据下载data.PNG这个数据集是某社交网络的用户信息，有UesrID、Gender、Age、EstimatedSalary。

海之瑶·2023-03-09 08:49

TCGA数据下载及处理

筛选数据，加入cart从cart中下载需要的文件image.png红框中为需要下载的文件。我选择了使用linuxclient和gdc_manifest.txt下载的方式。client可以从这里下载https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool到服务器上。文件处理从metadata.cart.2022-09-22.json文件可以得

大魔王鱼鱼鱼·2023-03-09 07:07

【数据集】CMIP6气候模式数据下载

1CMIP6简介目前，国际耦合模式比较计划（CoupledModelIntercomparisonProject,CMIP）已经发展到第六阶段（CMIP6）。CMIP6模式采用了较以往更加合理的参数化方案，综合考虑了大气中温室气体排放、气溶胶浓度及社会经济、科学技术发展及政府规划等多方面的综合影响，将提供可靠性更高的气候变化预估结果。CMIP6着重于回答以下三大科学问题：1、地球系统如何响应外部强

WW、forever·2023-02-22 07:47

sratoolkit安装（2018-07-15）

1参考https://www.plob.org/article/11368.html2下载curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit

简单点lili·2023-02-19 06:22

单细胞测序分析上游cellranger软件入门介绍

公共数据库中的SRA单细胞转录组数据究竟包含了哪些数据？CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤，纯理论。

Seurat_Satija·2023-02-19 02:53

sralite.1文件的拆分

最近从SRA下载的好几个转录组数据的原始数据后缀名都是sralite.1，不管是windows还是Linux下，用sratoolkit转化格式的过程中会导致出错，提示：“columnnotfoundwhileopeningtablewithinshortreadarchivemodule-failedSRR4031577

佳名·2023-02-19 02:16

TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理

之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。参考文章：1.甲基化的一些基础知识2.MakeDecision:DNA甲基化检测方法，哪一款适合你？3.一文了解MethylationEPIC850K甲基化芯片4.DNA甲基化研究方法速递摘自参考文章1：目前5个甲基化数据库：（1）Roadmap：NIH的“表观组学线图计

生信start_site·2023-02-18 23:24

微信小程序+echart

小程序组件并放置到具体项目组件下载地址将代码拉取到本地，复制ec-canvas文件夹到小程序项目中（可在项目最外层创建component文件夹，后期如有其他组件引入，也可放入该文件夹下）2、下载特定区域地图——JSON数据地图数据下载地址将山西省的

CheryW·2023-02-18 20:34

数据分析EPHS(5)-使用Hive SQL计算数列统计值

先来回顾一下数据和对应的统计结果：这里咱们使用的是iris分类数据集，数据下载地址为：http://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Iris下载后转换为xlsx格式的文件

文哥的学习日记·2023-02-18 16:11

全基因组关联分析流程

基因组数据下载wgethttp://1001geno

1yon·2023-02-18 08:13

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画变种火山图

Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接

小明的数据分析笔记本·2023-02-18 05:43

MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据

本期和大家分享科研菌在使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。

科研菌·2023-02-17 16:04

下载NCBI SRA数据的最佳方法

高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（SequenceReadArchive）数据库。当我们需要用到这些数据的时候，就需要合适的方法来下载。

亮亮就是亮·2023-02-17 05:01

转录组分析1 各种生信数据格式fq、fa、sam、bam等

sra和fq1sra或fq（fastq），都是测序格式的文件。通俗理解：sra是把双端测序的2个文件合成了1个，而fq文件是2个。

八段锦1134·2023-02-17 03:45

关于Python的ARCH包（五）

1.4.3替代预测方案1.4.4TARCH××××××××××××××××××××××1.4.1Data这些示例是用来Yahoo网站的标准普尔500指数，并通过pandas-datareader包管理数据下载

liuxoxo·2023-02-06 16:51

labelme标注实例实例分割数据并转为COCO格式/VOC格式

labelme标注实例实例分割数据并转为COCO格式/VOC格式准备数据下载并安装labelme创建一个labels.txt标注数据转换格式其他额外代码复制json文件到单独文件夹划分数据集准备数据将需要标注的数据放到同一个文件夹中下载并安装

ayiya_Oese·2023-02-06 16:16

ENVI + sentinel-2数据 + ArcGIS + 监督分类及变化检测

参考文章：地信遥感数据汇Sentinel-2（哨兵2号）数据下载及预处理_LionelMessi7的博客-CSDN博客哨兵二号数据处理中的问题归纳_聪明的傻子的博客-CSDN博客欧空局下载哨兵数据时卡bug

幽.白·2023-02-06 13:29

Day2：简单线性回归

通常假设X和Y之间是线性关系，试图计算出一条直线Y=b0+b1X1来尽可能准确地拟合所有的点，使得预测的Y值（Yp）与实际的Y值（Yi）最接近，即min(sum(Yi-Yp)^2）案例：用学习时间预测分数数据下载一

海之瑶·2023-02-06 10:19

机器学习（二）读取csv数据进行分析2

0_引言笔者的环境为：windows10，python3.8，pycharm2021.3测试用例csv数据下载链接：链接数据集如图：1_统计分析首先我们调用第三方库：pandas提取csv中的数据importpandasaspddata

Antonio飞飞鱼·2023-02-06 07:17

机器学习（一）读取csv数据进行分析1

0_引言笔者的环境为：windows10，python3.8，pycharm2021.3测试用例csv数据下载链接：链接需要安装的第三方库有：pandas，numpy可使用清华源的在pycharm终端（

Antonio飞飞鱼·2023-02-06 07:03

1DCNN实例，代码和结果

参考https://blog.csdn.net/yilulvxing/article/details/105028902，数据下载地址：tcs_stock_2018-05-26.csv简单说明几点：数据集

ch206265·2023-02-06 05:13

NLP学习HW1

学习目标理解赛题背景与赛题数据下载赛题数据，理解赛题的思路赛题数据赛题的数据报名后即可下载，数据为新闻文本，并且进行了字符级别的匿名处理。数据文本中包含14

Cxgoal·2023-02-05 12:07

【跟着SCI学作图】Matplotlib fill_between的简单应用

论文中提供的数据如下图所示：数据下载地址：【https://www.natu

森气笔记·2023-02-05 09:14

【跟着SCI学作图】Matplotlib pcolormesh可视化nc数据

论文中提供的数据如下图所示：数据下载地址：【https://www.n

森气笔记·2023-02-05 09:43

python+IDM实现快速批量化下载（解决IDM批量化下载文件类型出现Error问题）

前言：本人在利用IDM进行“NASA全球”中相关数据下载时出现无法批量化进行，特此记录解决方案。

是秃头女孩·2023-02-05 08:18

NCBI原始SRA数据下载

下载NCBI数据，使用ascp命令是最快的，但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据，查阅了百度上的各种参数，最后还是没有成功，可能是有个“墙”存在的原因，小编后来有一段时间使用迅雷下载，但是迅雷找SRA

geneonto·2023-02-05 00:47

ENVI软件对Landsat-8数据进行辐射定标、大气校正、提取NDVI、估算植被覆盖度等操作【图说GIS】

目录一、前言二、数据下载第一步访问网站第二步登录账户第三步点击高级检索，下载数据三、软件下载及安装四、辐射定标第一步打开数据第二步辐射定标五、计算区域平均高程第一步打开全球DEM第二步计算研究区高程六、

ONEGISER(ZPC)·2023-02-04 13:26

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