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转录组实战01: 从数据下载到定量fastp+STAR

生信交流与合作请关注公众号@生信探索01.建立工作目录cd ~mkdir -p Project/Human_16_Asthma_Bulkcd Project/Human_16_Asthma_Bulk# 建立数据存放目录 datamkdir -p data/rawdata data/cleandata/fastp# 建立STAR目录mkdir STAR02.环境准备micromamba creat

生信探索·2023-04-07 18:40

病毒肿瘤数据库-OncoDB 2022版已上线，速来围观！

aninteractiveonlinedatabaseforanalysisofgeneexpressionandviralinfectionincancerOncoDB:一个用于分析癌症基因表达和病毒感染的交互式在线数据库摘要TCGA

概普生信·2023-04-07 15:21

泛癌的免疫浸润可视化

从Timer2.0的主页发现了一个优秀的资源：http://timer.comp-genomics.org/infiltration_estimation_for_tcga.csv.gz这里面是各种方法计算出的

小洁忘了怎么分身·2023-04-07 11:52

表型不同的炎症性乳腺癌的全基因组测序揭示了与非炎症性乳腺癌相似的基因组改变

为了进行比较，我们使用了来自癌症基因组图谱计划（TCGA）的23个匹配的非IBC样本。我们还使用来自国际癌症基因组联盟（ICGC）和全基因组泛癌分析（PCA

亦是旅人呐·2023-04-07 10:02

TCGA数据库学习之网页工具

1.TCGA数据库包含信息：2.网页工具：储存数据的：看某个基因在癌症中是否有生存相关性：肿瘤中差异基因的表达量数据库：GEPIGEPILncRNA数据库：现在已经可以在TCGA中直接下到LncRNA数据了

孤傲的小笼包_d517·2023-04-07 07:34

TCGA乳腺癌芯片数据分组为TNBC和NOT TNBC

1、转义符首先我遇到了一个问题，就是我的变量里的id是‘TCGA-B6-A0X7-01’诸如此类，而我的数据集中则是‘TCGA·B6·A0X7·01’，所以首先我要统一id名，这里就用到了gsub函数，

SolomonTeng·2023-04-07 03:15

R代码合并TCGA体细胞突变数据

上次通过图文给大家讲解了如何从TCGA数据库下载体细胞突变的数据☞如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somaticmutation）前面我们也讲过，如何从TCGA数据库下载RNAseq和miRNA-seq

生信交流平台·2023-04-06 10:05

如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM

如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．HtseqCountToFpkm２．

生信start_site·2023-04-06 08:25

StaMPS中使用GACOS数据进行大气校正，解缠、计算形变速率

StaMPS中使用GACOS数据进行大气校正1GACOS数据下载2查看GACOS用法3在StaMPS中使用GACOS进行大气校正4stamps6相位解缠stamps7时间形变速率5制图1GACOS数据下载

Vigo*GIS_RS·2023-04-06 01:46

[R]TCGAbiolinks包：数据准备--query、download、prepare

TCGAbiolinks包是一站式分析TCGA数据的R包工具，它集成了TCGA数据下载、分析、可视化的全部流程。此次系列笔记主要跟着TCGAbiolinks帮助文档重新学习下TCGA数据挖掘流程。

小贝学生信·2023-04-05 23:50

GEO数据库视频学习笔记（差异分析、可视化、GSEA）

笔记回顾：1.GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）2.GEO数据库视频学习笔记（ID转换）3.GEO数据库视频学习笔记（了解你的表达矩阵）这一讲的视频地址是：[https://www.bilibili.com

生信start_site·2023-04-05 21:43

Python-爬虫-凯斯西储轴承数据下载

1.背景久闻凯斯西储数据集大名，最近开了个新坑，打算用CWRU数据做一下验证，网上简单搜了一下没有找到现成的数据，遂前往官网手动下载然后手动命名。在下载十几个数据之后，忽然想起为什么不用python来下载？本文提供了python下载CWRU数据的程序，以及汇总数据。（后话）下载完才发现有几个百度云资源，这里一并整理在“4.数据集下载”中。2.工具python+re+request3.程序impor

猫猫丸·2023-04-05 19:39

1.基于深度学习的轴承故障诊断--凯斯西储大学轴承数据集介绍

本章主要介绍来自凯斯西储大学的轴承实验数据下载地址西储大学下载地址：http://csegroups.case.edu/bearingdatacenter/pages/download-data-file

秋雨行舟·2023-04-05 19:57

利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载

下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。

生信start_site·2023-04-05 05:27

NASA EARTHDATA GES DISC不用爬虫基于插件DownThemAll批量下载数据

NASAEARTHDATAGESDISC不用爬虫批量下载数据下载插件DownThemAll找到数据集下载链接列表启动插件由于NASAEARTHDATAGESDISC的数据集需要登录下载，使用爬虫下载不仅需要获取

冬_冬_·2023-04-05 04:28

PowerBI基础 ——第三天分组求和summarizecolumns等同于SQL中的分组汇总group by

本文的数据下载地址：https://download.csdn.net/download/weixin_44435602/161285641、从官方给出summarizecolumns的解释：返回组组的摘要表语法

骑士坑天下·2023-04-05 04:56

NASA 数据下载文档

第一页中：导入研究区范围SHP—在这个页面最下方可以调节云量和日期1990，1998年选Landsat4，52006年选Landsat72014，2022年选Landsat8第二页选择需要的产品数据—Landsatlevel2第三页不管第四页就开始显示结果下载即可

借巨塔许愿望·2023-04-05 04:44

文献阅读 The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project

今天阅读了一篇较早的TCGA项目组在2013年发表于Nature的评论文章，题目为TheCancerGenomeAtlasPan-Canceranalysisproject。

林枫bioinfo·2023-04-04 14:31

地球物理及空间物理相关数据下载

总结了一些常用的数据下载地址（持续更新ing…）。

IGSzt·2023-04-04 12:37

matlab怎样获取输出文件_MATLAB处理CMIP5模式输出数据（NetCDF格式），附数据下载地址和M文件代码...

CMIP5是世界气候研究项目(WorldClimateResearchProgramme，WCRP)组织的第5次气候模式对比计划(CoupledModelIntercomparisonProject5)。目前，该项目(WCRP)正在开展第6次气候模式对比计划(CMIP6)。其中，来自全球各国家的46个气候模式参加了CMIP5，这些气候模式输出的二维气候变量约有40个左右，像表面温度(ts)，海平面

Yao King·2023-04-04 09:00

CMIP6数据下载教程大全（含批量）

CMIP6数据下载教程大全（含批量）注意：CMIP6数据网站属国外网站，比较卡，需耐心等待及其下载。

长安归故里啊·2023-04-04 09:49

跟着Nature microbiology学作图:R语言ggplot2做簇状柱形图并在坐标轴添加分组标记

EvolutionaryoriginsoftheSARS-CoV-2sarbecoviruslineageresponsiblefortheCOVID-19pandemicimage.png本地文件s41564-020-0771-4.pdf代码和数据下载链接

小明的数据分析笔记本·2023-04-03 23:10

利用scanpy进行单细胞测序分析（一）预处理和聚类

https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html这个软件的官网分了几个部分进行介绍，每一个部分的练习数据都不一样，这一部分的练习数据下载地址

生信start_site·2023-04-03 20:41

转录组实战之SRA数据下载（上） 2019-05-07

数据下载两种方式打开链接，下载id：https://www.ncbi.nlm.nih.gov//geo/query/acc.cgi?

Bio小盼·2023-04-03 19:17

TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）

参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片注释中的CpGshores,

生信start_site·2023-04-03 18:47

ChIP-seq基本分析流程

那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用,前面已经分享过，链接如下：UCSCXENA-集大成者(TCGA,ICGC)ICGC数据库使用T

生信宝典·2023-04-03 05:39

数据获取及处理

AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%8C%E6%95%B4%E7%9A%84%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E9%A1%B9%E7%9B%AE/听张旭东老师的课数据下载工具

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-04-02 23:00

单细胞测序分析: Seurat V3联合harmony进行单细胞数据整合分析

HarmonyintegratesspatiallyresolvedtranscriptomicwithdissociatedscRNAseqdatasets#R包导入library(Seurat)library(cowplot)library(harmony)#数据数据下载

JeremyL·2023-04-02 12:52

m6A原始数据识别差异甲基化——使用RADAR分析MeRIP-seq数据

www.ebi.ac.uk/ebisearch/error.ebi数据展示：双末端：SRR7763560_1.fastq.gzSRR7763560_2.fastq.gz；单末端：SRR9029562.fastq.gz数据下载

Apache_lin·2023-04-02 12:03

《ArcGIS Runtime SDK for Android开发笔记》——离在线一体化技术：离线矢量数据下载

【原文链接：http://www.cnblogs.com/gis-luq/p/5858048.html】1、前言1.1、环境准备：ArcGISforDesktop10.4.1（10.2.1以上版本即可）ArcGISforServer10.4.1（10.2.1以上版本即可）PostgreSQL、MicrosoftSQLServer、或Oracle设置企业级地理数据库。1.2、发布具有同步能力的Fea

duyi324·2023-04-02 09:36

osm数据下载【附实例】

目录1.OSM官网下载数据集1.1直接导出（不推荐）1.2其他摘录OSM数据的网站2.通过QGIS插件下载（推荐推荐推荐）2.1下载并安装QGIS软件2.2插件使用方法3.通过Arcgis工具箱下载4.小结1.OSM官网下载数据集1.1直接导出（不推荐）直接进入OSM主页面点击导出数据。缺点：无法根据行政区划导出数据；导出数据格式为.osm无法直接添加到arcgis中进行处理1.2其他摘录O

我是个烧饼啊·2023-04-02 01:35

hive：表数据从一台机器导入到另一台机器的 hive 中

hive：表数据从一台机器导入到另一台机器的hive中1进入老机器目录新建dirTmp文件夹2原机器中数据下载到本地3打包文件4文件传输到新机器5解压文件6创建hive表,并指定hdf目录和分割方式7将文件传到新机器

小何才露尖尖角·2023-04-02 00:11

chip-seq数据分析流程

chip-seq数据分析流程1.chip-seq数据下载及更换名称1.1.根据文献提供的ncbi的编号，下载sra数据。1.2.更换文件名：更换后的文件名能表明数据所对应的实验组。

梁兄_小白·2023-04-01 17:46

如何生成WGCNA分析所需的临床表型信息

在前几篇学习笔记里，我得到了TCGA数据库里的count矩阵（整合gdc-client批量下载的文件），并且把它转化成了FPKM（如何

生信start_site·2023-04-01 16:54

天涯论坛——python可视化(kmeans聚类+情感分析)（三）

通过使用pyecharts实现数据分析数据下载：https://download.csdn.net/download/weixin_43906500/14141832使用的情感分析库：https://github.com

金鳞本鲤·2023-04-01 12:41

合并新版TCGA表达矩阵R代码叕更新了—RNA类型也给你提出来

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，小编第一时间给大家展示了TCGA数据库的变化，用图文的方式详细介绍了新版TCGA数据库RNAseq数据下载方法。

生信交流平台·2023-04-01 10:09

TCGA+biomarker——多因素Cox回归

多因素Cox回归单因素cox回归分析得到的是多个自变量与生存之间的关系，但并没有排除其他因素这个结果是否有作用。一般多因素Cox回归分析就是用来矫正其它因素的，也可以用作某变量是否能作为独立因子的评估方法。多因素cox回归案例展示下图展示了多因素COX回归，评估KIF20A表达状态与总生存和无病生存之间的相关性，并矫正了其他因素对其影响，评估KIF20A能否作为独立因子!（这里其实是将KIF20A

Clariom·2023-04-01 07:31

ceRNA网络构建基于TCGA数据库

《ceRNA网络构建基于TCGA数据库》内容提纲：第一章、TCGA数据库简介第二章、软件安装第三章、数据下载与提取第四章、差异分析第五章、差异lncRNA与差异miNRA比对第六章、DEmiRNA靶基因预测第七章

Seurat_·2023-04-01 05:27

TCGA 数据下载工具 -- gdc-client

下载安装https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool根据自己的机器选择版本，我使用的是服务器因此选择Linux版的：#downloadwgethttps://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip#unzipunzipgd

正经昵称征集中·2023-04-01 05:19

【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

☞【R语言】绘制GO富集分析弦图今天我们就用实战经常用到的一套数据，TCGA数据库中的CHOL这套数据给大家举例。这套数据大家应该一点都不陌生了吧。

生信交流平台·2023-04-01 02:33

3大差异分析r包：DESeq2、edgeR和limma

做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还是logFC_cutoff)DEG$change=ifelse

Hayley笔记·2023-04-01 00:07

North American Multi-Model Ensemble (NMME)保姆级数据下载与简单介绍

前言NorthAmericanMulti-ModelEnsemble(NMME)多模式集成系统，可用于季内-年际(ISI)预报。详细参考文献可见《THENORTHAMERICANMULTIMODELENSEMBLE》（2014,BAMS）。但是这个数据的下载和使用，对于第一次接触的人（比如我），是真的有点摸不着头脑。经过几天整理才大概给弄明白。下载网站：https://iridl.ldeo.col

可乐要加冰_ice·2023-03-31 16:29

Day6：逻辑回归案例

数据下载Day6-data.PNG这个数据集是某社交网络的用户信息，有UesrID、Gender、Age、EstimatedSalary。

海之瑶·2023-03-29 14:37

2020-09-03 急性髓样白血病的预后价值基因筛选 4.8分

方法和材料：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载了3级AML患者基因转录组图谱。临床特征和生存数据是从基因组数据共享（GDC）工具中提取的。然后，将limma软件包用于规范化处理。

卅衣·2023-03-29 12:01

常见气象数据获取方式及批量下载代码汇总

这里收集了一些常用气象数据下载方法及下载的代码，供大家参考目录1.中国气象数据网（这是最官方的数据平台）2.NOAA全球地面站观测数据3.全球探空数据4.全国空气质量观测数据5.MODIS极轨卫星数据6

qazwsxpy·2023-03-29 09:41

2019-11-08 记录CNV数据分析学习（四）

昨天在复习Linux基础知识，没有继续记录，今天继续参考学习资料TCGACNV全攻略具体数据处理流程见NIH的TCGA官网：https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines

程凉皮儿·2023-03-29 06:53

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工具使用者需要解决如下问题：每个方法解决的是哪个生物学问题？该方法有哪些基本的假设

weixin_34032621·2023-03-28 20:08

TCGA数据下载与整理-TCGAbiolinks包

写在前面，如果不是R语言高手，建议利用网站下载个人爱好——1、官网：https://portal.gdc.cancer.gov方法见从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据。

young5100·2023-03-28 19:01

UCSC Xena数据下载后的后续分析代码——转载自麦麦大人

#已有UCSCXena数据，进行后续分析rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)##可以直接读没有解压的数据，mRNA-SEQ数据mRNA_HiSeqV2=read.table(“HiSeqV2”,header=T,sep=‘t‘)dim(mRNA_HiSeqV2)mRNA_HiSeqV2[1:4,1:4]#查看NA的数据na.omit(mRNA_HiSeq

whykm·2023-03-28 19:57

离线缓存

实现数据的离线缓存，当在建立起数据请求的时候，根据url生成一个文件路径，让数据下载到一个临时的文件路径下。第一种情况：当请求发起时一直下载到下载成功，这时候就将该文件移动到缓存目录下缓存起来。

Roger_max·2023-03-27 14:35

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