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Python数据可视化-火山图的绘制

一.数据准备（在此特别感谢白墨分享的数据）数据下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取码：wbk6image.png数据说明示例数据

5cb608806559·2023-03-27 08:28

TCGA 拷贝数变异（CNV）分析

TCGACopyNumberPortal（http://portals.broadinstitute.org/tcga/home）这个网站直接可以查找特定癌症里某些基因是发生了扩增（Amplifications

上校的猫·2023-03-27 04:02

TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（一）

前言TCGAbiolinks是一个利用GDCAPI接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包TCGAbiolinks包的功能主要可以分为三大块：数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从Bioconductor

名本无名·2023-03-27 02:12

TCGAbiolinks下载过程中无法下载的问题

近期因为要分析CNV的数据，用TCGAbiolinks包进行数据下载，该包可能是TCGA分析最好的包，可以下载最新的数据。

青蒿素2·2023-03-26 22:10

clickhouse 导入数据

导入测试数据1.1下载测试数据下载地址：【802M】https://datasets.clickhouse.tech/hits/tsv/hits_v1.tsv.xz【405M】https://datasets.clickhouse.tech

醉红尘丶·2023-03-26 12:38

下载工具IDM之——无法下载此受保护的数据其他解决方案

一现象描述在使用IDM进行直播流数据下载时，可能会显示如下信息：二解决办法2.1使用ffmpeg下载配置ffmpeg后，使用下面的指令合成视频ffmpeg-ihttp://ivi.bupt.edu.cn

PGzxc·2023-03-25 23:43

2020-02-10

GSE125042+WGCNA数据下载+预处理rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOmirror)library(AnnoProbe)library

Clouddong·2023-03-25 06:45

TCGA_gdc_client terminal下载——>id 转换

TCGA官网数据下载TCGA官网数据下载步骤从网页选择数据，下载manifest文件下载表达数据expdata_manifest文件步骤：Files——>transcriptomeprofiling(DataCategory

养猪场小老板·2023-03-25 03:42

TCGA原始文件id转换

本文适用于下载受保护的数据的文件，从文件id转换为TCGA样本id官网教程Windows下的方法bug解决自行下载manifest文件，具体参照官网方法在R中运行options(stringsAsFactors

落寞的橙子·2023-03-24 11:42

1.14

等数据下载的间隙，赶快发个，和新财务并肩作战的第二天，团队最重要的就是齐心协力，最好的年纪遇见了最好的你们

迪诗凯诗·2023-03-24 07:10

Alamofire 5 的使用

特性可链接的请求/响应函数URL/JSON参数编码上传文件/Data/流/多表单数据使用请求或者恢复数据下载文件使用URLCredential进行身份验证HTTP响应验证带有进度的上传和下载闭包cUR

MNCode·2023-03-23 22:05

套路分享：利用TCGA数据库进行免疫细胞浸润相关生信数据挖掘

本文作者毛细血管，研究方向肿瘤学，目前主要在学习生信数据挖掘和肿瘤免疫微环境等，在后面的分享过程中主要分享自己学到的生信方面操作以及肿瘤免疫微环境相关的文献解读，现已发表meta分析相关论文若干，欢迎大家与我进一步深入交流，微光会吸引微光。这个月手上的事情有点多，分享更新的速度有点慢，希望大家理解一下！今天给大家分享的是免疫细胞浸润相关的生信数据挖掘，文末附有本人制作的PPT百度云链接，有需要的小

医科研·2023-03-23 00:46

数据下载

数据下载，通常是搜博客，根据博客中的网站推荐下载。

桀雫·2023-03-22 21:57

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt

FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

转录组练习（一）

mod=viewthread&tid=24083进行rna_seq练习数据下载数据下载.png代码段sudoaptinstallaxel#安装aselbashsra_down.shls*.sra|whilereadid

简单点lili·2023-03-22 04:14

R语言合并TCGA中CNV矩阵

上一期给大家介绍了如何从TCGA数据库下载拷贝数变异（CNV）数据☞如何下载TCGA拷贝数变异（CNV）数据今天我们来聊一聊如何将每一样本的CNV数据，合并成一个矩阵，方便后续的处理和分析。

生信交流平台·2023-03-21 22:30

[R语言练习题]R语言中级练习题

这是生信技能树论坛R语言的中级测试题，其中大部分是GEO数据挖掘和TCGA数据库的一些操作，虽然我目前用不到，但是却可以通过查看大佬的代码来提高自己的认识水平，也可以对其他领域有个粗浅的认识。

巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-21 07:54

Python爬虫之scrapy框架基础理解

Scrapy用途广泛，可以用于数据挖掘、监测和自动化测试，还有高性能的持久化存储，异步的数据下载，高性能的数据解析，分布式等等1.1.1scrapy原理scrapy有五大核心组件：引擎：用来处理整个系统的数据流处理

景宗会·2023-03-20 16:05

Sentinel-2 (哨兵2号) 数据批量下载教程 [python]

Sentinel-2[哨兵2号]数据批量下载教程[python]1.选择数据2.数据下载2.1下载链接文件2.2安装Python及data_downloader包2.3创建.netrc2.4批量下载最近要用到哨兵

沉研·2023-03-20 07:29

细数绘制一张全景图所遇到的坑

细数绘制一张全景图所遇到的坑大家好，我是生信技能树学徒，前面我们带来了大量的表达数据挖掘实战演练，但是TCGA数据库之丰富程度，值得我们花费多年时间继续探索，现在带来的是突变全景图，如果你对之前的教程感兴趣

村狗儿·2023-03-19 13:05

R语言match函数的应用举例

数据筛选是在分析中最常用的步骤，如数据挖掘分析中，从TCGA或GEO得到的表达矩阵要不断筛选，来进行数据整理。match函数是生信技能树生信爆款入门课程R语言部分的讲到的一个重要知识点。

Seurat_·2023-03-18 16:32

11.5-9 RNA-seq 数据差异基因的得到和可视化学习（一）

之前未完成的rna-seq数据下载和mcscan不能继续进行了。最近要在网上直接下载rna-seq的txt数据，所以主要学习一下如何挑选出差异基因，之后进行可视化。

KK_f2d5·2023-03-18 13:55

实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵

软件安装与数据下载CellRanger软件（需要linux系统）下载地址：https://support.10xgenomics.com/s

MC学公卫·2023-03-18 09:30

学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析

果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。

xuzhougeng·2023-03-18 01:39

GEO/TCGA数据是否需要标准化的问题

一.对于芯片数据：GEO中的SeriesMatrixFile(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据，但是不是所有的都是具体判断方法：表达量是否需要重新标准化：可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断是否需要log2:根据数据值的大小：如果表达丰度的数值在50以内，通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。注意：是否需要log是根据后续需要什么处理

mayoneday·2023-03-17 12:15

「生信」三代基因组De novo assembler —— Falcon(试运行篇)

目录关于Falcon部件介绍组装流程ConnectionwithinHGAP4vsfalconvsfalcon-unzip安装及测试数据下载试运行最后很多公众号都有介绍关于Falcon各参数的设置经验,

bioinfo_boy·2023-03-17 08:37

TCGA包

lxlstudent·2023-03-17 01:57

2020-01-06 TCGA数据下载相关

学习资料：TCGA.GDC数据处理系列跟着小洁老师学TCGA第一步是数据下载1.从数据库下载manifest文件数据存放网站：https://portal.gdc.cancer.gov/在Repository

程凉皮儿·2023-03-16 03:45

运用TCGAbiolinks下载癌症RNAseq数据

首先，我们从TCGA里下载某种癌症的RNAseq数据，代码如下：##使用TCGAbiolinks从GDCDataPortal上下载BiocManager::install

张玮恩·2023-03-15 12:04

零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？如何学习R语言linux入门学习笔记100篇不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装-(jianshu.com)linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件-(jianshu.com)linux学习100篇3：Errorinopen.connection

Seurat_Satija·2023-03-15 08:25

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量

Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接

小明的数据分析笔记本·2023-03-15 02:04

基因家族分析（1）：数据下载与处理

本文主要工作内容：(1)下载了用于分析的隐马尔可夫模型，基因组序列，蛋白质序列，cds序列与gff3文件(2)对所下载文件进行必要处理，以满足后续分析需要有关基因家族的概念我之前已经在这里书写过基因家族分析（0）：概念明晰-，就不重新撰写了。我们直接开始进行实战练习。这里选取的是JinX,LiuY,HouZ,ZhangY,FangY,HuangY,CaiH,QinY,ChengY.Genome-W

逐鸿·2023-03-14 15:49

SCI发表丨新颖的焦亡相关基因，常规的预后模型套路巧发5分+SCI

文章利用TCGA队列和GEO队列构建了一个用于预测OC的7-焦亡相关基因风险模型。

WOSCI沃斯编辑·2023-03-14 14:06

肿瘤免疫研究的新工具--TIP--Tracking Tumor Immunophenotype

biocc.hrbmu.edu.cn/TIP/）接下来我们看看TIP可以分析研究点什么~1）通过肿瘤免疫周期分析在这七个阶段下抗癌免疫状态2）推断各种肿瘤浸润免疫细胞的比例，如T细胞，B细胞，NK细胞，巨噬细胞的比例3）分析了33种TCGA

oncology咕噜·2023-03-13 03:58

生信-单细胞分析 | scATAC分析踩坑记录

No.1数据下载众所周知，公共数据的下载一般主要有GEO和ENA两个大的数据库，且由于ENA支持（或者说更便于）Aspera（特点：下载速度非常快，通常能达到百M/s），于是一般情况下，利用ENA的Aspera

不想透明的小透明·2023-03-12 15:59

2019-10-17

Mnist数据集的训练集和测试集数据下载：数据下载完成后还需要做数据装载操作：

standineachothe·2023-03-12 08:50

Aspera——数据下载必备神器

Hello!Hello!小伙伴们大家好,我是豆豆,好长时间没有和大家见面了。最近小编在做数据挖掘分析的项目,需要从EMBI、NCB、GeneCards等国外数据库中下载物种的参考基因组文件,转录组数据,注释信息等文件。但是这些数据库毕竟在国外,无论在服务器上用命令还是用浏览器下载,下载速度都是龟速，如下图所示。这样的速度小编实在不能忍受，小编在查找自己的以前的项目笔记时，发现了一款数据高速下载神器

xw_欢乐豆·2023-03-10 19:44

【vue】vue + ECharts 实现中国地图

实现步骤引入EChartsECharts官网地址：https://echarts.apache.org/zh/index.htmlnpminstallecharts--save下载中国地图及各省份地图的json数据下载地址

TOP灬小朋友·2023-03-10 14:27

JAMA Oncology 文献解读 | 使用随机森林预测肿瘤类型

众所周知，2020年的今天，纯数据库发文章已经越来越困难，不少杂志已经明确拒绝利用单一的纯数据库资源（如TCGA等）进行研究的稿件。

医科研·2023-03-10 08:18

0基础linux运维教程安装以及rsync的传输方式与工作模式

##三安装注意，传输的双方都必须安装rsync```yuminstallrsync-y```##四rsync的传输方式与工作模式###4.1两种传输方式```1.pull拉->下载客户端将服务器上的数据下载到本地服务器问题

山河玩转linux运维·2023-03-10 07:08

下载TCGA 表达数据并对照表型数据拿到表达矩阵

下载TCGA表达数据并对照表型数据拿到表达矩阵文章看得多的小伙伴都知道TCGA数据库，大多研究者在文章里都利用过TCGA的数据来验证他们的数据分析结果，所以TCGA数据的下载和分析，作为一名生信人员也必会

米妮爱分享·2023-03-09 22:14

UCSC xena数据下载教程

UCSCxena网站点击进去界面选择DATASETS选择一个数据中心以及数据集选中个TCGA-CHOL数据集的具体情况临床信息phenotype是指临床信息下面看下count数据界面数据预览该数据已经经过

养猪场小老板·2023-03-09 21:32

RNA 33. SCI文章肿瘤在线数据挖掘神器（cBioportal）

转录组生信分析教程公众号推出转录组分析教程，转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之

90066456ace6·2023-03-09 20:39

基因家族分析（3）：序列比对与进化树构建

本文主要工作：(1)按前期处理凤梨所需分析数据下载并处理拟南芥分析数据(2)对拟南芥和凤梨SBT基因家族cds序列进行比对，并构建进化树文件3.序列比对与进化树构建3.1数据准备由于在序列比对构建进化树过程中需要使用拟南芥数据

逐鸿·2023-03-09 20:47

Day11：K-NN案例

数据下载data.PNG这个数据集是某社交网络的用户信息，有UesrID、Gender、Age、EstimatedSalary。

海之瑶·2023-03-09 08:49

TCGA数据下载及处理

筛选数据，加入cart从cart中下载需要的文件image.png红框中为需要下载的文件。我选择了使用linuxclient和gdc_manifest.txt下载的方式。client可以从这里下载https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool到服务器上。文件处理从metadata.cart.2022-09-22.json文件可以得

大魔王鱼鱼鱼·2023-03-09 07:07

基于代谢相关基因的肺腺癌预后模型发4分+SCI

作者基于TCGA数据集和MRGs构建了一个MRG的预后特征，可以用于预测LUAD患者预后。同时，作者对该预后特征进行额外数据集和实验验证。

WOSCI沃斯编辑·2023-03-08 22:43

【数据集】CMIP6气候模式数据下载

1CMIP6简介目前，国际耦合模式比较计划（CoupledModelIntercomparisonProject,CMIP）已经发展到第六阶段（CMIP6）。CMIP6模式采用了较以往更加合理的参数化方案，综合考虑了大气中温室气体排放、气溶胶浓度及社会经济、科学技术发展及政府规划等多方面的综合影响，将提供可靠性更高的气候变化预估结果。CMIP6着重于回答以下三大科学问题：1、地球系统如何响应外部强

WW、forever·2023-02-22 07:47

TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理

之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。

生信start_site·2023-02-18 23:24

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