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tcga数据下载
微信小程序+echart
小程序组件并放置到具体项目组件下载地址将代码拉取到本地,复制ec-canvas文件夹到小程序项目中(可在项目最外层创建component文件夹,后期如有其他组件引入,也可放入该文件夹下)2、下载特定区域地图——JSON数据地图
数据下载
地址将山西省的
CheryW
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2023-02-18 20:34
GIS
前端
微信小程序
echarts
javascript
数据分析EPHS(5)-使用Hive SQL计算数列统计值
先来回顾一下数据和对应的统计结果:这里咱们使用的是iris分类数据集,
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地址为:http://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Iris下载后转换为xlsx格式的文件
文哥的学习日记
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2023-02-18 16:11
不一样的肿瘤免疫浸润新玩法
大家好,今天给大家分享一篇有点不一样的肿瘤浸润文章,有3个值得学习的地方:1、不再以基因而是直接根据免疫浸润细胞构建signature,且也不是传统的lasso-cox回归模型了、2多数据集分析(
TCGA
概普生信
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2023-02-18 10:20
全基因组关联分析流程
基因组
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wgethttp://1001geno
1yon
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2023-02-18 08:13
跟着Nature Plants学作图:R语言ggplot2画变种火山图
Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44
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链接
小明的数据分析笔记本
·
2023-02-18 05:43
2021-09-04-hepatology-基于深度学习的肝细胞癌病理图像预后指标研究
在
TCGA
的数据库中得到了验证,先是对图像标准化成
FFwizard
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2023-02-17 20:37
TCGA
|GEO可视化分析第1篇---相关性分析
导读:今天有小伙伴问我,筛选完差异基因后,想看自己关注的基因和其他基因的关系,应该怎么做?那当然要先做一下相关性分析了!好,下面让我给大家娓娓道来......正文:step1:我们先读取下所需要的数据library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\corr_batch")#设置工作路径fr<-read.xlsx('infil
沉迷工作的我
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2023-02-17 11:05
转录组分析1 各种生信数据格式fq、fa、sam、bam等
从ensmble上截的图,提供这2种格式的
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fastq文件特点(以二代测序为例):4行为1个单位,第一行是@开头的解释信息,第二行是序列read
八段锦1134
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2023-02-17 03:45
最新最全论文合集——图神经网络在计算机视觉上的应用
系统2006年上线,吸引了全球220个国家/地区1000多万独立IP访问,
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量230万次,年度访问量超过1100万,成为学术搜索和社会网络挖掘研究的重要数
AMiner学术搜索和科技情报挖掘
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2023-02-07 12:03
AMiner
AMiner论文推荐
Topic推荐
关于Python的ARCH包(五)
1.4.3替代预测方案1.4.4TARCH××××××××××××××××××××××1.4.1Data这些示例是用来Yahoo网站的标准普尔500指数,并通过pandas-datareader包管理
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liuxoxo
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2023-02-06 16:51
ARCH
GARCH
labelme标注实例实例分割数据并转为COCO格式/VOC格式
labelme标注实例实例分割数据并转为COCO格式/VOC格式准备
数据下载
并安装labelme创建一个labels.txt标注数据转换格式其他额外代码复制json文件到单独文件夹划分数据集准备数据将需要标注的数据放到同一个文件夹中下载并安装
ayiya_Oese
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2023-02-06 16:16
Python
python
labelme
实例分割
标注
ENVI + sentinel-2数据 + ArcGIS + 监督分类及变化检测
参考文章:地信遥感数据汇Sentinel-2(哨兵2号)
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及预处理_LionelMessi7的博客-CSDN博客哨兵二号数据处理中的问题归纳_聪明的傻子的博客-CSDN博客欧空局下载哨兵数据时卡bug
幽.白
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2023-02-06 13:29
sentinel
sentinel
arcgis
Day2:简单线性回归
通常假设X和Y之间是线性关系,试图计算出一条直线Y=b0+b1X1来尽可能准确地拟合所有的点,使得预测的Y值(Yp)与实际的Y值(Yi)最接近,即min(sum(Yi-Yp)^2)案例:用学习时间预测分数
数据下载
一
海之瑶
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2023-02-06 10:19
分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体
TCGA
|GEO|文献阅读|数据库|理论知识R语言|Bioconductor|服务器与Linux接前文:分子对接教程|(1)软件安装准备关于蛋白质结构的PDB文件,做分子对接,估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦
【云森】
·
2023-02-06 09:51
数据库
大数据
java
python
人工智能
分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理
TCGA
|GEO|文献阅读|数据库|理论知识R语言|Bioconductor|服务器与Linux接前文:分子对接教程|(1)软件安装准备分子对接教程|(2)选择合适的蛋白受体分子对接教程|(3)配体分子文件格式转换对于蛋白质
【云森】
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2023-02-06 09:51
ubuntu
python
git
windows
数据可视化
分子对接教程 | (1) 软件安装准备
TCGA
|GEO|文献阅读|数据库|理论知识R语言|Bioconductor|服务器与Linux本人自己的一个小课题需要分子对接,这里在做的时候顺便写一下教程。
【云森】
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2023-02-06 09:21
百度
ubuntu
python
linux
大数据
机器学习(二)读取csv数据进行分析2
0_引言笔者的环境为:windows10,python3.8,pycharm2021.3测试用例csv
数据下载
链接:链接数据集如图:1_统计分析首先我们调用第三方库:pandas提取csv中的数据importpandasaspddata
Antonio飞飞鱼
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2023-02-06 07:17
机器学习浅入门
python
scikit-learn
matplotlib
pandas
机器学习(一)读取csv数据进行分析1
0_引言笔者的环境为:windows10,python3.8,pycharm2021.3测试用例csv
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链接:链接需要安装的第三方库有:pandas,numpy可使用清华源的在pycharm终端(
Antonio飞飞鱼
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2023-02-06 07:03
机器学习浅入门
python
scikit-learn
matplotlib
pandas
pycharm
1DCNN实例,代码和结果
参考https://blog.csdn.net/yilulvxing/article/details/105028902,
数据下载
地址:tcs_stock_2018-05-26.csv简单说明几点:数据集
ch206265
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2023-02-06 05:13
#
CNN
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深度学习
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学习目标理解赛题背景与赛题
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赛题数据,理解赛题的思路赛题数据赛题的数据报名后即可下载,数据为新闻文本,并且进行了字符级别的匿名处理。数据文本中包含14
Cxgoal
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2023-02-05 12:07
【跟着SCI学作图】Matplotlib fill_between的简单应用
论文中提供的数据如下图所示:
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地址:【https://www.natu
森气笔记
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2023-02-05 09:14
python基础绘图
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matplotlib可视化
matplotlib
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【跟着SCI学作图】Matplotlib pcolormesh可视化nc数据
论文中提供的数据如下图所示:
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地址:【https://www.n
森气笔记
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2023-02-05 09:43
python基础绘图
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matplotlib可视化
python
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python+IDM实现快速批量化下载 (解决IDM批量化下载文件类型出现Error问题)
前言:本人在利用IDM进行“NASA全球”中相关
数据下载
时出现无法批量化进行,特此记录解决方案。
是秃头女孩
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2023-02-05 08:18
python
idm
python
NCBI原始SRA
数据下载
下载NCBI数据,使用ascp命令是最快的,但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据,查阅了百度上的各种参数,最后还是没有成功,可能是有个“墙”存在的原因,小编后来有一段时间使用迅雷下载,但是迅雷找SRA链接太费劲。后来使用NCBI开发的SRA处理工具sratoolkit,有SRA号就能直接下载,用起来比较方便。在中国,白天下载比较慢,晚上有一个时间段下载还是挺快的,小编使用7个下载任务同时下载,1
geneonto
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2023-02-05 00:47
ENVI软件对Landsat-8数据进行辐射定标、大气校正、提取NDVI、估算植被覆盖度等操作【图说GIS】
目录一、前言二、
数据下载
第一步访问网站第二步登录账户第三步点击高级检索,下载数据三、软件下载及安装四、辐射定标第一步打开数据第二步辐射定标五、计算区域平均高程第一步打开全球DEM第二步计算研究区高程六、
ONEGISER(ZPC)
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2023-02-04 13:26
GIS数据
gis
envi
ndvi
零基础多物种间共线性分析
话不多说先上效果图一、准备工作1.下载各个物种的.gff文件和基因组序列文件示例
数据下载
地址:[http://plants.ensembl.org/info/
花舞lala
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2023-02-04 10:43
使用 OpenStreetMap 数据搭建离线地图服务
一、地图
数据下载
访问该网址,GeofabrikDownloadServer,通过区域链接下载中国数据;如果只是做实验,建议下载数据量较小的国家,下载到本地的数据为*.osm.pbf;二、地图数据切片接下来我们要将下载的地图数据生成地图切片
再度梦想
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2023-02-04 07:43
OpenStreetMap
TCGA
肿瘤突变负荷分析
TCGAsnp数据分析总结1下载突变数据现在case中选择肿瘤类型然后再files中选择突变数据,选择最后一个公司的数据进行下载下载cart文件,然后解压得到maf.gz文件,用于后续计算TMB2计算TMBTMB的等级划分TMBlevelsaredividedintothreegroupsonFoundationOneCDxreports,includinglowTMB(1–5muts/mb),i
医学小白学生信
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2023-02-04 02:25
TCGA
_临床
数据下载
_全面数据
TCGAbiolinks(三)获取全面的临床数据–璃墨的小站library(TCGAbiolinks)一、基础
数据下载
1下载GDC文件query1]}else{tmp<-tmp$NameL[tmp$Freq
老实人谢耳朵
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2023-02-03 20:31
TCGA
r语言
R语言 2022
TCGA
数据库转录组提取 新版
TCGA
表格提取
TCGA
转录组Table合成时间2022.5.5下载数据与json文件然后打开
TCGA
新转录组.R不同文件夹文件提取将次级目录的文件夹里面的文件提取到同一个文件夹下#一些基础操作list.files(pattern
qsub
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2023-02-03 20:01
个人笔记
R语言
TCGA
_联合GTEx分析1_得到表达矩阵.tpm
GTEx数据库获取表达矩阵.tpm一、下载数据共要下载三个数据,分别为表达矩阵、样本信息、注释信息进入网站:UCSCXena点击“LaunchXena”,选择“DATASETs”点击“GTEX(11datasets)”下载框中的两个数据,上面一个是表达矩阵,下面一个是样本信息。还差一个注释信息,下载地址:https://toil.xenahubs.net/download/probeMap/gen
老实人谢耳朵
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2023-02-03 20:01
TCGA
r语言
tcga
数据下载
_使用R下载
TCGA
数据
除了之前提到的,使用GDC官方提供的gdc-client.exe对
TCGA
数据进行下载外(
TCGA
数据分析(1)),还可以使用R包对
TCGA
数据进行下载,这个神奇的R包叫做TCGAbiolinks。
weixin_39795419
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2023-02-03 20:30
tcga数据下载
R语言 2022
TCGA
数据库提取 新版
TCGA
表格提取
点击看新版本下面为历史旧版本list.files(pattern="\\.tsv")dir()dir(all.files=TRUE)dir()getwd()filename=1for(iin1:20){a=as.character(list.files(list.files()[i])[1])ifelse(a%in%NA==TRUE,NA,'b')b=paste(getwd(),"/",list.
qsub
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2023-02-03 20:30
r语言
癌症基因图谱(
TCGA
)数据库(二)数据前处理
文章目录1、分类2、数据整理2.1换ID名2.2矩阵整理1、分类数据:癌症基因图谱(
TCGA
)数据库中5种不同类型癌症(包括BRCA,BLCA,LGG,LUAD和LUSC,每种为一个数据集)病例的RNA
WuYle
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2023-02-03 20:00
数据挖掘
Python
笔记
数据挖掘
python
R语言整理gdc-client工具下载的
TCGA
数据
LoadthepackagesrequiredtoreadXMLfiles.library("XML")library("methods")getwd()dir='E:/Rsudio_workstation/
TCGA
Eric's blog
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2023-02-03 20:58
数据库学习
r语言
TCGA
TCGA
官网下载和TCGAbiolinks下载的文件数量竟然不一样?
最近有小伙伴问我
TCGA
的表达矩阵整理问题,用到了我的一篇推文中的教程:
TCGA
官网下载的数据也可以用TCGAbiolinks包搞定,只需2行代码!但是总是遇到以下报错:# 查询这一步是需要的!
医学和生信笔记
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2023-02-03 20:28
R语言和生物信息学
程序人生
新版
TCGA
不同癌种数据合并
很多文章对于
TCGA
中的一些癌症都是联合分析的,比如
TCGA
-COAD和
TCGA
-READ,首先是它们的疾病特点和治疗方式存在很多相似之处,同时这样做也可以增大样本量。
医学和生信笔记
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2023-02-03 20:58
R语言和生物信息学
r语言
生信
tcga
1行代码提取6种
TCGA
表达矩阵和临床信息
本文首发于公众号:医学和生信笔记医学和生信笔记,专注R语言在临床医学中的使用,R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。之前的2行代码提取表达矩阵由于大家的R语言水平参差不齐,导致很多新手会报错,于是我把前面的代码打包为一个脚本,1行代码就可以了!脚本已上传到QQ群,需要的小伙伴加群下载即可~只需要1行代码就可以获取分别获取
医学和生信笔记
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2023-02-03 20:27
R语言和生物信息学
矩阵
r语言
单基因
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的Cox森林图怎么画才好看
首先调取Xena网页的
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数据做Cox生存分析,数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com.cn/advance/ucsc-xena-shiny
欧阳松
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2023-02-03 15:15
[ISPRS数据集1]ISPRS中2D语义标签数据介绍
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地址:VaihingenToronto2D数据任务—UrbanClassification(语义分割)Vaihingen数据内容TorontoPotsdam2D
老师说我闹着玩
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2023-02-03 12:03
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本篇主要记录爬取公交网整个过程,由于这次所用方法虽比较常规,但由于该网站页面内容转码原因以及遍历链接较多,所以小坑还是比较多的,特在此进行记录。以前爬过百度地图,当时用的是API平台,加上网站比较规范,所以标签节点什么的都比较清晰,但这次由于特殊原因所选择的网站为公交网,废话不多说直接开始吧。网站主页:www.xbus.cn操作环境为window8python3.6JupyterNotebookr
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2023-02-03 07:19
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基于服务蜂窝网的定位技术(快速定位,但不够精准)→基于卫星信号的GNSS(精确定位,TTFF时间过长)→A-GNSS(辅助星历数据传输定位技术)现有的gnss辅助
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请求都是独立于捕获搜星结果的。
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NOAA气象日监测数据均值计算python代码整理
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(可下载最新及每日气象数据)NOAA气象日监测数据均值计算python代码整理PostgreSQL数据库导入EXCEL数据表之前已经介绍了如何下载气象的每日监测数据,这里就整理介绍下如何基于这些数据
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2023-02-02 12:29
GIS基础笔记
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[医学图像处理] 使用pyvips对WSI svs文件进行读取并自定义patch输出大小
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CityEngine:运用CityEngine软件可以给建筑白膜赋予规则的纹理,从而在Cesium开发中还原真实城市场景,实现夜景贴图效果记录一下操作流程,感觉也只学会一点皮毛1.
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首先我们需要准备好城市建筑矢量数据
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并提取表达矩阵后,我们得到的是探针表达矩
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】从CGGA数据官网下载RNA-seq数据,选择其中包含325个样本的测序数据,下载表达矩阵和临床信息表达矩阵:CGGA.mRNAseq_325.RSEM-genes.20200506.
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