tcga数据下载第20页

运用TCGAbiolinks下载癌症RNAseq数据

首先，我们从TCGA里下载某种癌症的RNAseq数据，代码如下：##使用TCGAbiolinks从GDCDataPortal上下载BiocManager::install

张玮恩·2023-03-15 12:04

零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？如何学习R语言linux入门学习笔记100篇不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装-(jianshu.com)linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件-(jianshu.com)linux学习100篇3：Errorinopen.connection

Seurat_Satija·2023-03-15 08:25

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量

Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接

小明的数据分析笔记本·2023-03-15 02:04

基因家族分析（1）：数据下载与处理

本文主要工作内容：(1)下载了用于分析的隐马尔可夫模型，基因组序列，蛋白质序列，cds序列与gff3文件(2)对所下载文件进行必要处理，以满足后续分析需要有关基因家族的概念我之前已经在这里书写过基因家族分析（0）：概念明晰-，就不重新撰写了。我们直接开始进行实战练习。这里选取的是JinX,LiuY,HouZ,ZhangY,FangY,HuangY,CaiH,QinY,ChengY.Genome-W

逐鸿·2023-03-14 15:49

SCI发表丨新颖的焦亡相关基因，常规的预后模型套路巧发5分+SCI

文章利用TCGA队列和GEO队列构建了一个用于预测OC的7-焦亡相关基因风险模型。

WOSCI沃斯编辑·2023-03-14 14:06

肿瘤免疫研究的新工具--TIP--Tracking Tumor Immunophenotype

biocc.hrbmu.edu.cn/TIP/）接下来我们看看TIP可以分析研究点什么~1）通过肿瘤免疫周期分析在这七个阶段下抗癌免疫状态2）推断各种肿瘤浸润免疫细胞的比例，如T细胞，B细胞，NK细胞，巨噬细胞的比例3）分析了33种TCGA

oncology咕噜·2023-03-13 03:58

生信-单细胞分析 | scATAC分析踩坑记录

No.1数据下载众所周知，公共数据的下载一般主要有GEO和ENA两个大的数据库，且由于ENA支持（或者说更便于）Aspera（特点：下载速度非常快，通常能达到百M/s），于是一般情况下，利用ENA的Aspera

不想透明的小透明·2023-03-12 15:59

2019-10-17

Mnist数据集的训练集和测试集数据下载：数据下载完成后还需要做数据装载操作：

standineachothe·2023-03-12 08:50

Aspera——数据下载必备神器

Hello!Hello!小伙伴们大家好,我是豆豆,好长时间没有和大家见面了。最近小编在做数据挖掘分析的项目,需要从EMBI、NCB、GeneCards等国外数据库中下载物种的参考基因组文件,转录组数据,注释信息等文件。但是这些数据库毕竟在国外,无论在服务器上用命令还是用浏览器下载,下载速度都是龟速，如下图所示。这样的速度小编实在不能忍受，小编在查找自己的以前的项目笔记时，发现了一款数据高速下载神器

xw_欢乐豆·2023-03-10 19:44

【vue】vue + ECharts 实现中国地图

实现步骤引入EChartsECharts官网地址：https://echarts.apache.org/zh/index.htmlnpminstallecharts--save下载中国地图及各省份地图的json数据下载地址

TOP灬小朋友·2023-03-10 14:27

JAMA Oncology 文献解读 | 使用随机森林预测肿瘤类型

众所周知，2020年的今天，纯数据库发文章已经越来越困难，不少杂志已经明确拒绝利用单一的纯数据库资源（如TCGA等）进行研究的稿件。

医科研·2023-03-10 08:18

0基础linux运维教程安装以及rsync的传输方式与工作模式

##三安装注意，传输的双方都必须安装rsync```yuminstallrsync-y```##四rsync的传输方式与工作模式###4.1两种传输方式```1.pull拉->下载客户端将服务器上的数据下载到本地服务器问题

山河玩转linux运维·2023-03-10 07:08

下载TCGA 表达数据并对照表型数据拿到表达矩阵

下载TCGA表达数据并对照表型数据拿到表达矩阵文章看得多的小伙伴都知道TCGA数据库，大多研究者在文章里都利用过TCGA的数据来验证他们的数据分析结果，所以TCGA数据的下载和分析，作为一名生信人员也必会

米妮爱分享·2023-03-09 22:14

UCSC xena数据下载教程

UCSCxena网站点击进去界面选择DATASETS选择一个数据中心以及数据集选中个TCGA-CHOL数据集的具体情况临床信息phenotype是指临床信息下面看下count数据界面数据预览该数据已经经过

养猪场小老板·2023-03-09 21:32

RNA 33. SCI文章肿瘤在线数据挖掘神器（cBioportal）

转录组生信分析教程公众号推出转录组分析教程，转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之

90066456ace6·2023-03-09 20:39

基因家族分析（3）：序列比对与进化树构建

本文主要工作：(1)按前期处理凤梨所需分析数据下载并处理拟南芥分析数据(2)对拟南芥和凤梨SBT基因家族cds序列进行比对，并构建进化树文件3.序列比对与进化树构建3.1数据准备由于在序列比对构建进化树过程中需要使用拟南芥数据

逐鸿·2023-03-09 20:47

Day11：K-NN案例

数据下载data.PNG这个数据集是某社交网络的用户信息，有UesrID、Gender、Age、EstimatedSalary。

海之瑶·2023-03-09 08:49

TCGA数据下载及处理

筛选数据，加入cart从cart中下载需要的文件image.png红框中为需要下载的文件。我选择了使用linuxclient和gdc_manifest.txt下载的方式。client可以从这里下载https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool到服务器上。文件处理从metadata.cart.2022-09-22.json文件可以得

大魔王鱼鱼鱼·2023-03-09 07:07

基于代谢相关基因的肺腺癌预后模型发4分+SCI

作者基于TCGA数据集和MRGs构建了一个MRG的预后特征，可以用于预测LUAD患者预后。同时，作者对该预后特征进行额外数据集和实验验证。

WOSCI沃斯编辑·2023-03-08 22:43

【数据集】CMIP6气候模式数据下载

1CMIP6简介目前，国际耦合模式比较计划（CoupledModelIntercomparisonProject,CMIP）已经发展到第六阶段（CMIP6）。CMIP6模式采用了较以往更加合理的参数化方案，综合考虑了大气中温室气体排放、气溶胶浓度及社会经济、科学技术发展及政府规划等多方面的综合影响，将提供可靠性更高的气候变化预估结果。CMIP6着重于回答以下三大科学问题：1、地球系统如何响应外部强

WW、forever·2023-02-22 07:47

TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理

之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。

生信start_site·2023-02-18 23:24

微信小程序+echart

小程序组件并放置到具体项目组件下载地址将代码拉取到本地，复制ec-canvas文件夹到小程序项目中（可在项目最外层创建component文件夹，后期如有其他组件引入，也可放入该文件夹下）2、下载特定区域地图——JSON数据地图数据下载地址将山西省的

CheryW·2023-02-18 20:34

数据分析EPHS(5)-使用Hive SQL计算数列统计值

先来回顾一下数据和对应的统计结果：这里咱们使用的是iris分类数据集，数据下载地址为：http://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Iris下载后转换为xlsx格式的文件

文哥的学习日记·2023-02-18 16:11

不一样的肿瘤免疫浸润新玩法

大家好，今天给大家分享一篇有点不一样的肿瘤浸润文章，有3个值得学习的地方：1、不再以基因而是直接根据免疫浸润细胞构建signature，且也不是传统的lasso-cox回归模型了、2多数据集分析（TCGA

概普生信·2023-02-18 10:20

全基因组关联分析流程

基因组数据下载wgethttp://1001geno

1yon·2023-02-18 08:13

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画变种火山图

Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接

小明的数据分析笔记本·2023-02-18 05:43

2021-09-04-hepatology-基于深度学习的肝细胞癌病理图像预后指标研究

在TCGA的数据库中得到了验证，先是对图像标准化成

FFwizard·2023-02-17 20:37

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析

导读：今天有小伙伴问我，筛选完差异基因后，想看自己关注的基因和其他基因的关系，应该怎么做？那当然要先做一下相关性分析了！好，下面让我给大家娓娓道来......正文：step1：我们先读取下所需要的数据library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\corr_batch")#设置工作路径fr<-read.xlsx('infil

沉迷工作的我·2023-02-17 11:05

转录组分析1 各种生信数据格式fq、fa、sam、bam等

从ensmble上截的图，提供这2种格式的数据下载fastq文件特点（以二代测序为例）：4行为1个单位，第一行是@开头的解释信息，第二行是序列read

八段锦1134·2023-02-17 03:45

关于Python的ARCH包（五）

1.4.3替代预测方案1.4.4TARCH××××××××××××××××××××××1.4.1Data这些示例是用来Yahoo网站的标准普尔500指数，并通过pandas-datareader包管理数据下载

liuxoxo·2023-02-06 16:51

labelme标注实例实例分割数据并转为COCO格式/VOC格式

labelme标注实例实例分割数据并转为COCO格式/VOC格式准备数据下载并安装labelme创建一个labels.txt标注数据转换格式其他额外代码复制json文件到单独文件夹划分数据集准备数据将需要标注的数据放到同一个文件夹中下载并安装

ayiya_Oese·2023-02-06 16:16

ENVI + sentinel-2数据 + ArcGIS + 监督分类及变化检测

参考文章：地信遥感数据汇Sentinel-2（哨兵2号）数据下载及预处理_LionelMessi7的博客-CSDN博客哨兵二号数据处理中的问题归纳_聪明的傻子的博客-CSDN博客欧空局下载哨兵数据时卡bug

幽.白·2023-02-06 13:29

Day2：简单线性回归

通常假设X和Y之间是线性关系，试图计算出一条直线Y=b0+b1X1来尽可能准确地拟合所有的点，使得预测的Y值（Yp）与实际的Y值（Yi）最接近，即min(sum(Yi-Yp)^2）案例：用学习时间预测分数数据下载一

海之瑶·2023-02-06 10:19

分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

【云森】·2023-02-06 09:51

分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

【云森】·2023-02-06 09:51

分子对接教程 | (1) 软件安装准备

【云森】·2023-02-06 09:21

机器学习（二）读取csv数据进行分析2

0_引言笔者的环境为：windows10，python3.8，pycharm2021.3测试用例csv数据下载链接：链接数据集如图：1_统计分析首先我们调用第三方库：pandas提取csv中的数据importpandasaspddata

Antonio飞飞鱼·2023-02-06 07:17

机器学习（一）读取csv数据进行分析1

0_引言笔者的环境为：windows10，python3.8，pycharm2021.3测试用例csv数据下载链接：链接需要安装的第三方库有：pandas，numpy可使用清华源的在pycharm终端（

Antonio飞飞鱼·2023-02-06 07:03

1DCNN实例，代码和结果

参考https://blog.csdn.net/yilulvxing/article/details/105028902，数据下载地址：tcs_stock_2018-05-26.csv简单说明几点：数据集

ch206265·2023-02-06 05:13

NLP学习HW1

学习目标理解赛题背景与赛题数据下载赛题数据，理解赛题的思路赛题数据赛题的数据报名后即可下载，数据为新闻文本，并且进行了字符级别的匿名处理。数据文本中包含14

Cxgoal·2023-02-05 12:07

【跟着SCI学作图】Matplotlib fill_between的简单应用

论文中提供的数据如下图所示：数据下载地址：【https://www.natu

森气笔记·2023-02-05 09:14

【跟着SCI学作图】Matplotlib pcolormesh可视化nc数据

论文中提供的数据如下图所示：数据下载地址：【https://www.n

森气笔记·2023-02-05 09:43

python+IDM实现快速批量化下载（解决IDM批量化下载文件类型出现Error问题）

前言：本人在利用IDM进行“NASA全球”中相关数据下载时出现无法批量化进行，特此记录解决方案。

是秃头女孩·2023-02-05 08:18

NCBI原始SRA数据下载

下载NCBI数据，使用ascp命令是最快的，但是小编之前尝试用该命令下载SRA数据，查阅了百度上的各种参数，最后还是没有成功，可能是有个“墙”存在的原因，小编后来有一段时间使用迅雷下载，但是迅雷找SRA链接太费劲。后来使用NCBI开发的SRA处理工具sratoolkit，有SRA号就能直接下载，用起来比较方便。在中国，白天下载比较慢，晚上有一个时间段下载还是挺快的，小编使用7个下载任务同时下载，1

geneonto·2023-02-05 00:47

ENVI软件对Landsat-8数据进行辐射定标、大气校正、提取NDVI、估算植被覆盖度等操作【图说GIS】

目录一、前言二、数据下载第一步访问网站第二步登录账户第三步点击高级检索，下载数据三、软件下载及安装四、辐射定标第一步打开数据第二步辐射定标五、计算区域平均高程第一步打开全球DEM第二步计算研究区高程六、

ONEGISER(ZPC)·2023-02-04 13:26

零基础多物种间共线性分析

话不多说先上效果图一、准备工作1.下载各个物种的.gff文件和基因组序列文件示例数据下载地址：[http://plants.ensembl.org/info/

花舞lala·2023-02-04 10:43

使用 OpenStreetMap 数据搭建离线地图服务

一、地图数据下载访问该网址，GeofabrikDownloadServer，通过区域链接下载中国数据；如果只是做实验，建议下载数据量较小的国家，下载到本地的数据为*.osm.pbf;二、地图数据切片接下来我们要将下载的地图数据生成地图切片

再度梦想·2023-02-04 07:43

TCGA肿瘤突变负荷分析

TCGAsnp数据分析总结1下载突变数据现在case中选择肿瘤类型然后再files中选择突变数据，选择最后一个公司的数据进行下载下载cart文件，然后解压得到maf.gz文件，用于后续计算TMB2计算TMBTMB的等级划分TMBlevelsaredividedintothreegroupsonFoundationOneCDxreports,includinglowTMB(1–5muts/mb),i

医学小白学生信·2023-02-04 02:25

TCGA_临床数据下载_全面数据

TCGAbiolinks(三）获取全面的临床数据–璃墨的小站library(TCGAbiolinks)一、基础数据下载1下载GDC文件query1]}else{tmp<-tmp$NameL[tmp$Freq

老实人谢耳朵·2023-02-03 20:31

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