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TCGA_联合GTEx分析1_得到表达矩阵.tpm

GTEx数据库获取表达矩阵.tpm一、下载数据共要下载三个数据，分别为表达矩阵、样本信息、注释信息进入网站：UCSCXena点击“LaunchXena”，选择“DATASETs”点击“GTEX（11datasets）”下载框中的两个数据，上面一个是表达矩阵，下面一个是样本信息。还差一个注释信息，下载地址：https://toil.xenahubs.net/download/probeMap/gen

老实人谢耳朵·2023-02-03 20:01

tcga数据下载_使用R下载TCGA数据

除了之前提到的，使用GDC官方提供的gdc-client.exe对TCGA数据进行下载外(TCGA数据分析(1))，还可以使用R包对TCGA数据进行下载，这个神奇的R包叫做TCGAbiolinks。

weixin_39795419·2023-02-03 20:30

R语言 2022 TCGA数据库提取新版TCGA 表格提取

点击看新版本下面为历史旧版本list.files(pattern="\\.tsv")dir()dir(all.files=TRUE)dir()getwd()filename=1for(iin1:20){a=as.character(list.files(list.files()[i])[1])ifelse(a%in%NA==TRUE,NA,'b')b=paste(getwd(),"/",list.

qsub·2023-02-03 20:30

癌症基因图谱（ TCGA）数据库（二）数据前处理

文章目录1、分类2、数据整理2.1换ID名2.2矩阵整理1、分类数据：癌症基因图谱（TCGA）数据库中5种不同类型癌症（包括BRCA,BLCA,LGG,LUAD和LUSC,每种为一个数据集）病例的RNA

WuYle·2023-02-03 20:00

R语言整理gdc-client工具下载的TCGA数据

LoadthepackagesrequiredtoreadXMLfiles.library("XML")library("methods")getwd()dir='E:/Rsudio_workstation/TCGA

Eric's blog·2023-02-03 20:58

TCGA官网下载和TCGAbiolinks下载的文件数量竟然不一样？

最近有小伙伴问我TCGA的表达矩阵整理问题，用到了我的一篇推文中的教程：TCGA官网下载的数据也可以用TCGAbiolinks包搞定，只需2行代码！但是总是遇到以下报错：# 查询这一步是需要的！

医学和生信笔记·2023-02-03 20:28

新版TCGA不同癌种数据合并

很多文章对于TCGA中的一些癌症都是联合分析的，比如TCGA-COAD和TCGA-READ，首先是它们的疾病特点和治疗方式存在很多相似之处，同时这样做也可以增大样本量。

医学和生信笔记·2023-02-03 20:58

1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息

本文首发于公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。之前的2行代码提取表达矩阵由于大家的R语言水平参差不齐，导致很多新手会报错，于是我把前面的代码打包为一个脚本，1行代码就可以了！脚本已上传到QQ群，需要的小伙伴加群下载即可~只需要1行代码就可以获取分别获取

医学和生信笔记·2023-02-03 20:27

单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看

首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析，数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com.cn/advance/ucsc-xena-shiny

欧阳松·2023-02-03 15:15

[ISPRS数据集1]ISPRS中2D语义标签数据介绍

文章目录ISPRS中2D语义标签数据介绍参考文献：数据下载地址：VaihingenToronto2D数据任务—UrbanClassification（语义分割）Vaihingen数据内容TorontoPotsdam2D

老师说我闹着玩·2023-02-03 12:03

Python爬取公交线路信息及站点shp数据文末附数据下载地址

本篇主要记录爬取公交网整个过程，由于这次所用方法虽比较常规，但由于该网站页面内容转码原因以及遍历链接较多，所以小坑还是比较多的，特在此进行记录。以前爬过百度地图，当时用的是API平台，加上网站比较规范，所以标签节点什么的都比较清晰，但这次由于特殊原因所选择的网站为公交网，废话不多说直接开始吧。网站主页：www.xbus.cn操作环境为window8python3.6JupyterNotebookr

JGiser·2023-02-03 07:19

Android gps 关于SUPL介绍

基于服务蜂窝网的定位技术（快速定位，但不够精准）→基于卫星信号的GNSS（精确定位，TTFF时间过长）→A-GNSS（辅助星历数据传输定位技术）现有的gnss辅助数据下载请求都是独立于捕获搜星结果的。

手机-手表蓝牙开发工程师·2023-02-02 18:37

NOAA气象日监测数据均值计算python代码整理

孙同学的一个笔记本·2023-02-02 12:29

[医学图像处理] 使用pyvips对WSI svs文件进行读取并自定义patch输出大小

环境：Ubuntu18.04LTS,Python3.7,pyvips数据：[TCGA-GBM(SurvivalPrediction)]本文主要参考以下两个博客：https://blog.csdn.net

LeYOUNGER·2023-02-02 11:01

WEBGIS开发 CityEngine使用 Cesium白膜纹理夜景效果城市模型展示

CityEngine：运用CityEngine软件可以给建筑白膜赋予规则的纹理，从而在Cesium开发中还原真实城市场景，实现夜景贴图效果记录一下操作流程，感觉也只学会一点皮毛1.数据下载首先我们需要准备好城市建筑矢量数据

嗯我是小学生·2023-02-02 08:47

关于ID转换

芯片数据下载并提取表达矩阵后，我们得到的是探针表达矩

yaosworld·2023-02-02 04:49

m6a-lncRNA week02

【LGG数据下载】从CGGA数据官网下载RNA-seq数据，选择其中包含325个样本的测序数据，下载表达矩阵和临床信息表达矩阵：CGGA.mRNAseq_325.RSEM-genes.20200506.

Hannisal·2023-02-02 03:51

数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合（二）GEO在线工具的应用

系列文章目录数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合数据(一)挖掘概述前言GEO在线工具:GEO2R提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、GEO2R是什么？

生信学徒·2023-02-01 17:40

关于风险回归的Cox 模型构建，森林图(1)

zhuanlan.zhihu.com/p/85675323R语言：多因素Cox回归森林图(基于forestplot包)https://www.jianshu.com/p/52232599fc3bTCGA-8.TCGA

forever luckness·2023-02-01 12:48

生信技能树——TCGA癌症数据2

rm(list=ls())proj="TCGA-KIRC"load(paste0(proj,".Rdata"))li

一指流年，一纸沙·2023-02-01 10:42

Ubuntu上Kaldi跑librispeech数据集步骤

1.手动下载1.1下载训练数据：从http://www.openslr.org/12/网址下载librispeech数据下载train-clean-100.tar.gz、tr

cheetah_qiufeng·2023-02-01 09:51

Flutter 完整蓝牙通讯含：搜索，连接，匹配特征值，发送数据，接收数据；

flutter_blue介绍；Flutter插件flutter_blue详细使用步骤；Flutter插件flutter_blue的二次封装，以便简洁调用；Flutter完整蓝牙通讯含：搜索，连接，匹配特征值，发送数据，接收数据下载地址

_易柏瞳_·2023-02-01 06:43

比较TCGA正常组织与肿瘤组织表达量不能更方便

肿瘤组织数据来源于TCGA，正常组织数据来源于GTEX。

熊逸Byron·2023-02-01 02:45

Biobanks知多少

随着一批国家的生物银行的完成和结果公布，多个Biobank的GWASsummarystatistics文件已经公开，这里列下不同国家的相关资源，这些资源基本是使用开源的pheweb工具进行数据公开的，多数开放数据下载

zd200572·2023-02-01 01:44

Landsat数据下载

Landsat数据下载步骤0Landsat数据介绍1下载地址2下载步骤2.1检索数据2.1.1设置地点，有多种方法2.1.2选择时间范围2.1.3在DataSets界面选择传感器（卫星或者传感器的名称）

Vigo*GIS·2023-02-01 00:28

Sentinel数据处理-基于snap软件

目录1.sentinel卫星数据介绍1.1sentinel11.2sentinel21.3sentinel32.sentinel卫星数据预处理2.1snap软件下载2.2sentinel2数据下载3.sentinel

RS&·2023-01-31 22:09

SNAP 3. 在snap中创建子集（研究区域的剪切和导出）

1.setinel-2卫星数据下载2.在snap中对下载区域进行小区域定位并剪切和导出内容介绍:在我们下载了一个大区域的卫星数据包以后，可能图像覆盖区域过大，但是我门只需要其中一块小区域作为研究对象。

GIS在找果酱山上的果酱熊·2023-01-31 22:08

TCGA 02 不同数据DEG结果取交集火山图及韦恩图展示

1.三个数据集差异基因火山图（每10个肿瘤和正常组织样本）导入表达矩阵，选择NT组的前10和TP组的前10个样本进行差异分析library(TCGAbiolinks)#导入dataFilt表达矩阵load("dataFilt.RData")#selectionofnormalsamples"NT"samplesNT1.5),"group"]1.5),"group"]1.5),"group"]<-"

rochiman·2023-01-31 21:50

车道线检测源码详解

源码链接见文末1.车道数据与标签下载数据下载地址：因为数据的规模比较大，源码中只包含了部分数据，能够供运行代码使用CULane:https://xingangpan.github.io/projects

樱花的浪漫·2023-01-31 16:03

GIS技巧之一键下载城市路网数据

前言很多时候需要用到某个城市的路网信息包含国道、省道、快速道等，我们都知道可以在OpenStreet上面下载，但是实际上这个操作起来对于刚入门的小伙伴还是存在一些难度，例如：OpenStreetMap全球城市路网数据下载并转为

端木宛白的GIS课堂·2023-01-31 10:22

数据大放送之HMA（8米分辨率的DEM数据）

目录一、前言二、数据下载一、前言今天给大家带来的是空间分辨率为8米的DEM数据，可能有小伙伴会疑惑，是不是需要付费？不用、不用、不用，完全免费。

端木宛白的GIS课堂·2023-01-31 10:22

01_PyTorch 模型训练[数据下载与生成]

1.打开http://www.cs.toronto.edu/~kriz/cifar.html网址2.下载压缩文件3.将压缩包放入文件夹4.解压得到这个文件夹5.编写代码生成数据importosbase_dir="E:/pytorch_learning"#修改为当前Data目录所在的绝对路径data_dir=os.path.join(base_dir,"Data","cifar-10-batches

无情的阅读机器·2023-01-31 09:49

TCGA常见数据库下载方式

TCGA常见下载方式：【01】直接复制链接，在线下载解压来源：>getwd()[1]"D:/R_code/follow_practice/xuetu_GEO_follow/week_practise/01

医只蜗牛·2023-01-31 08:48

Android BroadCast 广播知识点

应用程序也可以进行广播──比如说，通知其它应用程序一些数据下载完成并处于可用状态。2）应用程序可以拥有任意数量的广播接收者以对所有它感兴趣的通知信息予以响应。

d85a3f21310a·2023-01-31 08:58

QGIS教程08 矢量数据下载

在QGIS教程06中讲述了在QGIS中点、线、面矢量要素的创建以及高级编辑。QGIS教程07中介绍针对矢量数据属性信息的常用操作，比如字段的新建、复制、拆分、拼接等。有读者留言说我不想自己“重新创造轮子”，有没有现成的数据可用呢？今天就带大家学习如何下载矢量数据。在QGIS2.18及以前的版本中，矢量菜单下有一个开放街道图的子菜单，可以免费下载OSM数据。但到了3.X版本以后，矢量菜单中却没有了。

张云金_GISer·2023-01-31 04:05

TCGA数据挖掘+实验转录因子思路分享

本文来源于微信公众号：生信狂人，SCI狂人团队已经获得原文作者授权,更多科研资料可以关注微信公众号生信狂人文章题目：PrognosticandPredictiveValueofa15TranscriptionFactors(TFs)PanelforHepatocellularCarcinoma（PMID:33293862）研究背景：肝细胞癌（HCC）是全球最具破坏力的疾病之一。临床病理参数作为预后

SCI狂人团队·2023-01-31 01:57

《动手深度学习》4.10. 实战Kaggle比赛：预测房价

4.10.实战Kaggle比赛：预测房价本节内容预览数据下载和缓存数据集访问和读取数据集使用pandas读入并处理数据数据预处理处理缺失值&对数值类数据标准化处理离散值—one-hot编码最后，转换为张量表示训练先用简单线性模型进行数据验证

Mavis00·2023-01-30 13:58

kaggle房价预测比赛——数据下载及比赛介绍

kaggle房价预测比赛——数据下载及比赛介绍kaggle房价预测比赛数据下载及比赛介绍参考kaggle房价预测比赛数据下载及比赛介绍先放比赛链接：kaggle房价预测比赛。

曹文杰1519030112·2023-01-30 13:51

NGS数据下载

BypassingNegativeEpistasisonYieldinTomatoImposedbyaDomesticationGene，但是在下载数据的时候，遇到了一个大坑，萌生了对现有下载NGS数据总结的一个想法，归纳如下：NGS数据下载的几种方式

杨亮_SAAS·2023-01-30 02:38

时间序列

本文用到的中国银行股票数据下载：http://pan.baidu.com/s/1gfxRFbH，提取码d3id。

堂堂正正的大号·2023-01-29 23:01

2022第三届全国大学生网络安全精英赛练习题（全部试题）

全国大学生网络安全精英赛文章目录全国大学生网络安全精英赛2004005006007008001、某公司技术人员利于自己的技术入侵了某电商数据库，将其中的用户数据下载后在暗网中进行售卖，该行为的处置最适用的是以下那部法律

T³3·2023-01-29 11:10

Opencv 之 DNN 与 CUDA综述

github.com/opencv/opencv/wiki/Deep-Learning-in-OpenCVOpencv在github的仓库地址：https://github.com/opencvOpencv额外的测试数据下载

明月醉窗台·2023-01-29 08:38

基因组版本与注释

usefulwebsitesgencodewebsiteGencode数据库ensemblftp如何下载人类的参考基因组和注释文件参考基因组及注释下载人类基因组各种版本对应关系不同基因组版本坐标转换方法TCGA

东方不赞·2023-01-29 01:35

python 分析单细胞数据教程 scanpy---初探

python分析单细胞数据scanpy数据下载流程分析参考数据下载#!mkdirdata#!

毒鸡蛋·2023-01-28 10:25

CNCB原始数据下载

CNCB（ChinaNationalCenterforBioinformation，国家生物信息中心），对标的NCBI，对国内研究者来说，数据上传跟下载方便的多，现在国内越来越多的数据都上传到该数据库。该数据库有自主开发的下载软件Edgeturbo，支持linux版本，小编试了一下，下载速度达到10Mb/s。系统要求Linux内核版本：3.10.0及以上，推荐使用4.15以上的版本；操作系统版本：

geneonto·2023-01-28 02:09

讲一下关于下载源的切换相关nvm插件和node版本管理（n）

首先，大家都知道的，我们国家对于网络安全这一块做了一个墙，至于好坏，这个小编就不多做论述了（ps:接下来就是重点划线内容了；）首先关于切换npm数据下载源有多个方法；这里我就不一一说明了，就说一下我用的切换工具

原罪_欲望·2023-01-27 06:36

手写字体识别(1) 准备数据集

目录数据下载及提取数据下载ubyte文件及提取csv文件及提取数据集预处理github地址：https://github.com/Huyf9/mnist_pytorch/数据下载及提取为了规范代码与数据集

lambda99·2023-01-26 22:12

安利我的毕业论文-关于生物信息学分析、多组学分析、机器学习的应用

研平方·2023-01-26 18:47

TCGA数据分析（3）

由于下载的TCGA数据，都是独立文件夹。即每个样本，一个文件夹，文件夹下是压缩数据，还需要将所有的数据进行解压，然后将所有的数据进行合并，并提取分组信息，再进行后续的分析。

dming1024·2023-01-26 14:14

利用TCGA数据库发表的文章都是哪些杂志？

大家好，今天和大家分享一下TCGA从2017年到现在发表文章的情况；做这个整理的目的呢？是因为很多小伙伴都在群里或者是后台问我们，TCGA的生信分析往哪里投？

科研菌·2023-01-26 01:17

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