多个vcf文件合并

看起来用vcftools中的vcf-merge 1.vcf 2.vcf >out.vcf 很简单，但是在使用过程中遇到很多问题：

1.安装vcftools时，https://vcftools.github.io/index.html。里面有多种方法下载，首先常规方法是https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/ ，安装后，执行不出来结果，报错。再尝试github ，git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git下载 

按照https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/安装，软件安装后还是执行有问题

git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git
cd vcftools
./autogen.sh
./configure
make
make install  #或者加sudo

以上问题均是提示：

Can't locate Vcf.pm in @INC (you may need to install the Vcf module)

2.以为perl中没有Vcf模块，又开始cpan进行模块安装.：找到有cpan，然后输入：cpan ，再输入：install Vcf ，最后：exit 退出-----问题仍是没有解决。发现也有人遇到同样的问题，提示是 export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/perl/

3.找到Vcf.pm, VcfStats.pm, and FaSlice.pm 模块，在环境变量中，加上 PERL5LIB=/xxxx/software/vcftools/lib/perl5/site_perl:${PERL5LIB}即可。

4.此时vcf-merge命令可以使用，但是发现没有index

Could not load .tbi index of zhenhuixi.vcf
The command "tabix -l zhenhuixi.vcf" exited with an error. Is the file tabix indexed?

5.没有什么就加什么，第一步是压缩以及生成index,vcftools的很多perl API都是要求input的vcf文件通过bgzip压缩，tabix生成对应的index文件。其实后面bcftools是vcftools的升级版也是需要这样的，bcftools merge 就是替代之前的vcf-merge。

bgzip test1.vcf
tabix -p vcf test1.vcf.gz
bgzip test2.vcf
tabix -p vcf test2.vcf.gz

6.以为终于可以合并了，谁知道又提示：

[E::hts_idx_push] Chromosome blocks not continuous
tbx_index_build failed: test1.vcf.gz

同事说vcf没有排序造成的，然后又进行排序操作：

java -jar /media/gsadmin/vd1/xxxx/software/picard.jar SortVcf I=test1.vcf O=test1.sort.vcf

现在路径下有了vcf，sort.vcf ，sort.vcf.idx文件，再次进行文件合并，还是提示

[E::hts_idx_push] Chromosome blocks not continuous
tbx_index_build failed: test.vcf.gz

写到这，突然明白了，我的思路有问题，应该从下到上来一次，对得到的sort文件进行bgzip,tabix操作 。

最终版本：实现了结果

bgzip mayuanyuan.sort.vcf
bgzip zhenhongwei.sort.vcf
bgzip zhenhuixi.sort.vcf

tabix -p vcf  mayuanyuan.sort.vcf.gz
tabix -p vcf zhenhongwei.sort.vcf.gz
tabix -p vcf zhenhuixi.sort.vcf.gz

vcf-merge zhenhuixi.sort.vcf.gz zhenhongwei.sort.vcf.gz mayuanyuan.sort.vcf.gz >out.vcf

 

其他：

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MDE5Njc3MA==&mid=2652577578&idx=2&sn=04c110900a8f324d20ffc1fb7e6f8532&chksm=f182efe7c6f566f11df7e183048326f4802cacbf88a409d6f66a7bb401df0b575b3d066ce463&mpshare=1&scene=1&srcid=03297sGeBoLj8vvTPH5d37lm#rd