repeatmasker

repeatmolder 和repeatmasker 的平台搭建完毕 ，本以为会风平浪静一阵子。没想到repeatmmasker又搞事情了。本来拿了前辈的一些资料想着不需要再读说明书了。但是最后发现，出了问题还是得自己解决。问题如下：

这个库文件一直说不存在。后来弄明白了大概意思。应该是第一此运行软件调用本地Library的时候会生成一个cahce库文件夹。地址如下

没有找到源代码的设置，但是我的软件直接生成在了2.用户下。一开始以为是把软件装在了根目录的原因，用户级别没有写入权限。后来发现我考入的文件也不能被识别，而且依旧在用户下生成

所以如上所说，应该是看版本或者什么得了。我的库一直生成的不全。完整的情况下是这样的

如果你有一个库没有生成，之后就一定会报错。

如果实在不行，就和我一样，考过来吧。但是文件名字是每个版本或者甚至每个ID都不一样  大概比较个性化吧。这个库我查看了一下，其实就是db生成的调用了blast而已。

而且每次处理不同的基因组文件的时候，都会调用第一次生成的cachelib。不需要重复执行。除非你的是第三个path。

查看了执行文件RepeatMasker。终于找到了根源

应该就是这里生成文件的时候出了问题。有懂perl的话可以帮忙解析一下一下啊  。小女子在此先行谢过。

后来看一下 发现如果想要建一个二级库比方说只包含哺乳动物可以在第一次执行命令时候加-species+物种名字。

而且我缺的哪个库应该是绕不过去的，库文件的选择只有两种形式：

1.-lib+外援库地址

2.默认本地所有库

还有一些问题就是cutoff等，建议不熟悉就直接默认。

其他参数可以看说明书。