刘永鑫Adam
刘永鑫Adam

宏基因组理论教程2扩增子分析

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。

但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。

对于英文原版教程，很多新人有看不懂，学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容进行了更新，方便广大同行入门者学习。

教程大纲

  1. 简介-定义、方法和数据库
  2. 扩增子-微生物群落多样性
  3. PICRUSt-16S预测功能基因
  4. 宏基因组分类学-分类和分箱
  5. 宏基因组功能-数据库与通路
  6. 宏转录组-数据、分类学和功能
  7. 生物标记挖掘

同时我们还分享整套最新中文教程的PPT，方便大家学习、记录笔记和提取有用的素材。

想要获得整套课程PPT的小伙伴，只需分享本文至朋友圈，截图发送到公众号后台，即可获得下载链接。

宏基因组理论教程2扩增子分析_第1张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第2张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第3张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第4张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第5张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第6张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第7张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第8张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第9张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第10张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第11张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第12张图片
PCR产物必须进行电泳选择，因产生长度范围大，超范围也主要为非目的片段，片段选择即是去除杂质的过程，又是测序仪最好片段长度范围较等长的需要。

宏基因组理论教程2扩增子分析_第13张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第14张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第15张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第16张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第17张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第18张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第19张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第20张图片
质控不要多想，默认即可。一般只有质量差，但还想使用数据，才需要调整。

宏基因组理论教程2扩增子分析_第21张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第22张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第23张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第24张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第25张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第26张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第27张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第28张图片
如早期cd-hit主要基于长度挑选，

宏基因组理论教程2扩增子分析_第29张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第30张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第31张图片
RDP方法比较经典，分析结果较好。适合细菌分类，有在线版本，适合与RDP数据库一起使用，版本为trainset16。
BLAST在真菌注释中使用较多，一般配合UNITE；
sintax是usearch10的方法，我使用较多。比较喜欢用新方法。肯定有好的地方，且作者也是与旧方法做了大量比较的。
数据库是动态变化的。RDP最适中，green最少最准，silva最全错误也最多。

宏基因组理论教程2扩增子分析_第32张图片
小提示: 仅有11%的己知人类相关物种，且相似度仅有95%-98.7% 16S rRNA 的一致性(Tamisier et al, IJSEM, 2015)

宏基因组理论教程2扩增子分析_第33张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第34张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第35张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第36张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第37张图片
Muscle也是usearch作者的另一个作品，引用超2万次。特点是快

宏基因组理论教程2扩增子分析_第38张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第39张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第40张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第41张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第42张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第43张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第44张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第45张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第46张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第47张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第48张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第49张图片
宏基因组理论教程2扩增子分析_第50张图片

猜你喜欢

  • 10000+: 菌群分析
    宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊 肠道指挥大脑
  • 系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
  • 专业技能：生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人
  • 一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树
  • 必备技能：提问 搜索 Endnote
  • 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
  • 扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图
  • 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
  • 在线工具：16S预测培养基 生信绘图
  • 科研经验：云笔记 云协作 公众号
  • 编程模板: Shell R Perl
  • 生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
image

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
image

image

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA

你可能感兴趣的:(宏基因组)

  • 高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇 lantary
    博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物，如真菌，细菌，病毒，古细菌。我们这里主要以肠道微生物
  • 【现学现卖】CHEER中的概念解释——k-mer 番茄随笔
    “概念理解”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning对这篇文章中概念的理解：【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（1）【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（2）k-mer单独的k-mer很好理解，就是从一段序列中迭代分割提取长度为k的几个子序列（一般k为奇数，使用例
  • 高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2 lantary
    博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载，示例的命令如下:wget-cftp://
  • 肠道微生物研究的“法宝” 茗创科技 数据分析
    摘要人类微生物组由以细菌为主的微生物群的集体基因组组成，这些微生物生活在人体的各个部位，其中肠道包含更多的微生物群。由于缺乏用于分离非培养微生物的科学工具，肠道微生物组的最重要特性尚不清楚。随着分子测序工具和技术的迅速发展，肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。新的科学方法，如通过二代测序的宏基因组工具，为基于肠道
  • 菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？ f70420f979c3
    更多案例分享：菌群多样性分析能解答哪些科学问题？比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落、功能组成及丰度的差异（不同处理对环境中物种与基因的影响）；3.探究不同环境样本间引起细菌群落结构/功能差异的物种及相关的环境因子，探究
  • ggtreeExtra的开发及其在宏基因组上的应用 斗战胜佛oh
    开发ggtreeExtra的初衷因为我之前工作的时候主要是做微生物组学数据的分析工作，工作中往往需要对这些数据进行可视化以方便数据展示与解析，简单的可视化还好，有ggplot2就行了。然而，微生物组学数据分析中往往需要将相关的外部数据信息与进化树或者是物种层级树联系起来才能更好展示并解析相关结果，而对于这样的操作来说，目前的很多工具基本都难以使用，除了ggtree。因为该软件包继承了ggplot2
  • 2018-04-18宏基因组实战qiime2-201802（四）用dada2 过滤 和建树 小郑的学习笔记
    因为我是双端数据，所以这一步我主要是参考了这个实战：https://docs.qiime2.org/2018.2/tutorials/atacama-soils/我前一步已经拿到了我切过引物的数据，要先看一下这个质量分布切之后这里我先上代码qiimedada2denoise-paired\--p-n-threads0\--i-demultiplexed-seqstrimmed-seqs.qza\-
  • Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响 ee00dc6faab7
    从神话故事“嫦娥奔月”，到现在的载人航天、空间站的建立，我们从未停止对宇宙的探索。在不断拓展太空图谱的同时，太空中的辐射、微重力、高真空等极端环境，会对小鼠/宇航员体内微生物产生哪些影响，而暴露于太空的微生物，又可以为航天任务提供哪些信息呢？借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通
  • 抗性基因数据库(1) Zoeyer
    抗性基因数据库（1）宏基因组：检测细菌、病毒等序列耐药基因：检测检出非人序列中的已知耐药基因，找到对应耐药基因的抗生素耐药/抗性基因数据库ARDB（AntibioticResistanceGenesDatabase）数据库。整合了来自NCBI和SwissProt数据库的13,254个耐药基因信息，经过数据过滤和去重后，保留4,554个完整非冗余的耐药蛋白数据。这些蛋白数据和GO、CDD、COG、物
  • 宏基因组CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清？ 斗战胜佛oh
    在之前的Binning文章中（文章链接：《如何打破瓶颈，提升宏基因组研究level》、《宏基因组高分文章里的小技巧》），主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。除了Contig，宏基因组中还有一类序列信息，即Gene。所以类似的，我们也可以基于基因丰度进行序列聚类，比如Canopy聚类算法、Chameleon算法，得到的集合（Cluster）称为CAG、MLG、MGS等，不同的
  • 张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读 M_321
    转载来源：宏基因组公众号原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/WzXmLVf4VXjC4_2_a-lzvQ最近我拜读了各位送交的年度工作计划，仔细推敲后，仍感到有三个方面的问题十分严重：第一，对课题理解不够，有的根本谈不上理解，做了不止一年，尚未进入角色。第二，已经完成的工作量严重偏少，博士（有的是从本室硕士上来的）做了几年还未见到可以发表的东西。第三，在计划中倾向于以最
  • 宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读 WDPLA 生物信息学Linuxlinux
    #metaSPAdes作为宏基因组数据组装软件，数据结果表现优秀，以下对metaSPAdes软件输出的结果进行解读，若有不对之处请指正#共输出7个文件夹及16个单独的文件，下面进行逐一解读：7个文件夹：这些文件夹都是MetaSPAdes分析过程中生成的临时或输出文件的存储位置。它们包含了不同阶段的结果和中间文件，用于帮助生成最终的组装结果。K21，K33，K55文件夹的解释：metaSPAdes使
  • linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件 WDPLA Linux生物信息学linux运维服务器
    #高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。以下是两种方法：方法一.使用rename命令：#renamerename's/\.fastq$/.fq/'*.fastq这个命令将把当前目录下所有以.fastq结尾的文件的后缀修改为.fq。方法二.使用mv
  • Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000) WDPLA linux服务器运维
    #在宏基因组/宏转录组数据进行组装后，常需要去除短片段，筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中，您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。其中，常用的工具之一是awk命令，它可以用于处理文本文件并提取符合条件的行。以下是在Linux系统中使用awk命令来提取长度大于1000的序列的示例命令：awk'/^>/{if(seqlen>1000){if(seqname!=""){prin
  • 宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读 WDPLA Linux生物信息学组装linux
    #rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件，数据结果表现优秀。mataSPAdes更适用于宏基因组组装，宏转录组组转推荐rnaSPAdes。以下对rnaSPAdes软件输出的结果进行解读，若有不准确之处敬请指正#共输出5个文件夹及14个单独的文件，下面进行逐一解读：5个文件夹：K49和K73:这些目录可能包含组装结果的子目录，分别使用不同的k-mer大小（例如，K49和K73）。这表明在组装过程
  • 在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图 维凡生物
    Question1：什么是堆叠柱状图？柱形图用来比较两个或多个的含量或者丰度（不同时间或者不同条件），只有一个变量，通常适用于于较小的数据集分析，堆叠柱形图是柱形图的变形，可以清晰地比较某一个维度数据中不同类型数据之间的差异，还可以十分清晰直观比较总数的差别，在统计和组学数据分析中运用广泛。比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不
  • MetaHipMer2 - MHM2超算系统宏基因组短读长序列组装神器的介绍和使用 小果运维 生信分析-bioinfomhm2MetaHipMer2
    berkeleylab/mhm2/Downloads—Bitbucket文章：Terabase-scalemetagenomecoassemblywithMetaHipMer|ScientificReportsMetaHipMer(MHM)是一种从头开始的宏基因组短读组装器。这是版本2(MHM2)，完全用UPC++、CUDA和HIP编写，可以在单服务器和多节点超级计算机上高效运行，可以扩展以共同组
  • Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系 尐尐呅
    |本文转载自“宏基因组”公众号2020年10月，西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases”的科研成果
  • 会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来 胡童远
    文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome时
  • 高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法 小果运维 高性能大型组装序列HipMer
    HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件，它特别为高性能计算环境设计，旨在处理大规模的DNA测序数据集。HipMer（全称High-PerformanceMetagenomeAssembler）利用先进的算法和并行计算技术来高效地组装大基因组或复杂微生物群落（即宏基因组）的序列数据。HipMer的特点包括：高效率：通过优化的数据结构和算法，在大规模集群上实现高效的内存使用和并行处理，能够处
  • 使用Diamond比对NR数据库获取物种注释 CAAS_IFR_zp 数据库
    之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释-CSDN博客不信邪，再用NR库试试参考：将NR数据库diamond比对结果做物种注释_diamond物种注释-CSDN博客NR下载nohupwget-t0-c-bhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz
  • 噬菌体 宏病毒组
    丝状噬菌体，一种单链DNA病毒，在猪粪便噬菌体组比较多。噬菌体的宿主预测：利用细菌的spacers和自己宏基因组测序得到的序列，细菌的spacers建立blast索引，然后使用blastn参数：blastn-short-e1e-5进行比对。
  • Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM 苦中作乐613 其他
    参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/470457258、德布鲁因图和OLC组装基因组-简书(jianshu.com)、[算法学习1]基因组组装算法DeBruijnGraph-知乎(zhihu.com)、https://nmdc.cn/感谢国家微生物科学数据中心和互联网。Megahit（宏基因组组装工具）原理基于kmer迭代的DBG算法。kmer：kmer指将reads切碎
  • 一文详解宏基因组组装工具Megahit安装及应用 JaneMarple️ 生物医疗健康数据分析生物信息学数据分析数据挖掘linux
    要点Megahit简介Megahit的基本组装原理Megahit的安装和使用Megahit实战hello，大家好，今天为大家带来关于宏基因组组装工具Megahit的超详细安装及应用教程。我们将持续为大家带来生物医疗大数据分析一文详解系列文章，欢迎大家关注，可以更及时看到文章哦。一、Megahit简介Megahit是一款超速的宏基因组从头组装工具，由港大—华大基因联合实验室（HKU-BGI）开发，和
  • 宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题 Neptuneyut Bioinformaticslinux运维服务器
    文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步。在考虑如此复杂的数据之前，不妨先看看单个基因组组装的常规步骤：首先，通过shotgun测序产生reads，然后利用连续reads之间的重叠信息（overlap）进行组装产生
  • 宏基因组：MEGAHIT组装拼接及quast评估 狗蛋儿张 宏基因组组装软件宏基因组组装评估megahitsoapdenovo
    Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件：MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/file
  • iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass... 生信宝典 大数据编程语言python机器学习人工智能
    点击蓝字关注我们MetaTrass：基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏基因组组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15日，青岛华大基因研究院齐彦伟团队在iMeta在线发表了题为“MetaTrass:ahigh-qualitymetagenomeassemblerofthehumangutmicrobiomebyc
  • Vamb宏基因组分箱：安装与使用 CAAS_IFR_zp 数据分析
    mkdir~/Software/VambcdVambgitclonehttps://github.com/RasmussenLab/vamb-bmastercdvambpipinstall-e.vamb-hGitHub-RasmussenLab/vamb:Variationalautoencoderformetagenomicbinning使用参考上述官方文档
  • 链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用 谷禾牛博
    链读测序（Linked-readsequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。但目前还不清楚在使用链读测序时参数的选择对组装的质量的影响如何。近日，香港浸会大学研究人员发表文章"通过链读测序对宏基因组组装全面研究"。模拟数据和模拟菌群中的分析结果表明，模拟数据（simulateddata）中读取深度
  • 原创||宏基因组干货分享专题———组装 bioDeep 宏基因组大数据
    拿到宏基因组序列之后，首先要进行质控分析，这步的主要目的是去掉接头和低质量序列。质控结束之后，拿到了干净的数据。就要对基因序列进行组装，组装是一个繁琐且耗时久的一个过程。下面我就带领大家从组装原理到实战给朋友们进行讲解。组装原理什么是组装?就是一个微生物群落里面的全部DNA被提取出来，然后被随机进行剪断、测序，得到一系列短序列；把这些短的序列拼接成连续的长序列过程就叫组装。简单点说就是从短序列拼接
  • jdk tomcat 环境变量配置 Array_06 javajdktomcat
    Win7 下如何配置java环境变量 1。准备jdk包，win7系统，tomcat安装包（均上网下载即可） 2。进行对jdk的安装，尽量为默认路径（但要记住啊！！以防以后配置用。。。） 3。分别配置高级环境变量。   电脑-->右击属性-->高级环境变量-->环境变量。 分别配置 : path    &nbs
  • Spring调SDK包报java.lang.NoSuchFieldError错误 bijian1013 javaspring
            在工作中调另一个系统的SDK包，出现如下java.lang.NoSuchFieldError错误。 org.springframework.web.util.NestedServletException: Handler processing failed; nested exception is java.l
  • LeetCode[位运算] - #136 数组中的单一数 Cwind java题解位运算LeetCodeAlgorithm
    原题链接：#136 Single Number 要求： 给定一个整型数组，其中除了一个元素之外，每个元素都出现两次。找出这个元素 注意：算法的时间复杂度应为O(n)，最好不使用额外的内存空间 难度：中等 分析： 题目限定了线性的时间复杂度，同时不使用额外的空间，即要求只遍历数组一遍得出结果。由于异或运算 n XOR n = 0, n XOR 0 = n，故将数组中的每个元素进
  • qq登陆界面开发 15700786134 qq
    今天我们来开发一个qq登陆界面，首先写一个界面程序，一个界面首先是一个Frame对象，即是一个窗体。然后在这个窗体上放置其他组件。代码如下： public class First {         public void initul(){        jf=ne
  • Linux的程序包管理器RPM 被触发 linux
    在早期我们使用源代码的方式来安装软件时，都需要先把源程序代码编译成可执行的二进制安装程序，然后进行安装。这就意味着每次安装软件都需要经过预处理-->编译-->汇编-->链接-->生成安装文件--> 安装，这个复杂而艰辛的过程。为简化安装步骤，便于广大用户的安装部署程序，程序提供商就在特定的系统上面编译好相关程序的安装文件并进行打包，提供给大家下载，我们只需要根据自己的
  • socket通信遇到EOFException 肆无忌惮_ EOFException
    java.io.EOFException at java.io.ObjectInputStream$PeekInputStream.readFully(ObjectInputStream.java:2281) at java.io.ObjectInputStream$BlockDataInputStream.readShort(ObjectInputStream.java:
  • 基于spring的web项目定时操作 知了ing javaWeb
    废话不多说，直接上代码，很简单 配置一下项目启动就行 1，web.xml <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <web-app xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns="h
  • 树形结构的数据库表Schema设计 矮蛋蛋 schema
    原文地址： http://blog.csdn.net/MONKEY_D_MENG/article/details/6647488     程序设计过程中，我们常常用树形结构来表征某些数据的关联关系，如企业上下级部门、栏目结构、商品分类等等，通常而言，这些树状结构需要借助于数据库完成持久化。然而目前的各种基于关系的数据库，都是以二维表的形式记录存储数据信息，
  • maven将jar包和源码一起打包到本地仓库 alleni123 maven
    http://stackoverflow.com/questions/4031987/how-to-upload-sources-to-local-maven-repository <project> ... <build> <plugins> <plugin> <groupI
  • java IO操作 与 File 获取文件或文件夹的大小，可读，等属性！！！ 百合不是茶
    类 File File是指文件和目录路径名的抽象表示形式。 1，何为文件： 标准文件（txt doc mp3...） 目录文件（文件夹） 虚拟内存文件   2，File类中有可以创建文件的 createNewFile（）方法,在创建新文件的时候需要try{} catch(）{}因为可能会抛出异常；也有可以判断文件是否是一个标准文件的方法isFile();这些防抖都
  • Spring注入有继承关系的类（2） bijian1013 javaspring
    被注入类的父类有相应的属性，Spring可以直接注入相应的属性，如下所例：1.AClass类 package com.bijian.spring.test4; public class AClass { private String a; private String b; public String getA() { retu
  • 30岁转型期你能否成为成功人士 bijian1013 成长励志
            很多人由于年轻时走了弯路，到了30岁一事无成，这样的例子大有人在。但同样也有一些人，整个职业生涯都发展得很优秀，到了30岁已经成为职场的精英阶层。由于做猎头的原因，我们接触很多30岁左右的经理人，发现他们在职业发展道路上往往有很多致命的问题。在30岁之前，他们的职业生涯表现很优秀，但从30岁到40岁这一段，很多人
  • 【Velocity四】Velocity与Java互操作 bit1129 velocity
    Velocity出现的目的用于简化基于MVC的web应用开发，用于替代JSP标签技术，那么Velocity如何访问Java代码.本篇继续以Velocity三http://bit1129.iteye.com/blog/2106142中的例子为基础，      POJO    package com.tom.servlets; public
  • 【Hive十一】Hive数据倾斜优化 bit1129 hive
    什么是Hive数据倾斜问题   操作：join,group by,count distinct 现象：任务进度长时间维持在99%（或100%），查看任务监控页面，发现只有少量（1个或几个）reduce子任务未完成；查看未完成的子任务，可以看到本地读写数据量积累非常大，通常超过10GB可以认定为发生数据倾斜。 原因：key分布不均匀 倾斜度衡量：平均记录数超过50w且
  • 在nginx中集成lua脚本：添加自定义Http头，封IP等 ronin47 nginx lua csrf
    Lua是一个可以嵌入到Nginx配置文件中的动态脚本语言，从而可以在Nginx请求处理的任何阶段执行各种Lua代码。刚开始我们只是用Lua 把请求路由到后端服务器，但是它对我们架构的作用超出了我们的预期。下面就讲讲我们所做的工作。 强制搜索引擎只索引mixlr.com Google把子域名当作完全独立的网站，我们不希望爬虫抓取子域名的页面，降低我们的Page rank。 location /{
  • java-3.求子数组的最大和 bylijinnan java
    package beautyOfCoding; public class MaxSubArraySum { /** * 3.求子数组的最大和 题目描述： 输入一个整形数组，数组里有正数也有负数。 数组中连续的一个或多个整数组成一个子数组，每个子数组都有一个和。 求所有子数组的和的最大值。要求时间复杂度为O(n)。 例如输入的数组为1, -2, 3, 10, -4,
  • Netty源码学习-FileRegion bylijinnan javanetty
    今天看org.jboss.netty.example.http.file.HttpStaticFileServerHandler.java 可以直接往channel里面写入一个FileRegion对象，而不需要相应的encoder： //pipeline（没有诸如“FileRegionEncoder”的handler）： public ChannelPipeline ge
  • 使用ZeroClipboard解决跨浏览器复制到剪贴板的问题 cngolon 跨浏览器复制到粘贴板Zero Clipboard
    Zero Clipboard的实现原理 Zero Clipboard 利用透明的Flash让其漂浮在复制按钮之上，这样其实点击的不是按钮而是 Flash ，这样将需要的内容传入Flash，再通过Flash的复制功能把传入的内容复制到剪贴板。 Zero Clipboard的安装方法 首先需要下载 Zero Clipboard的压缩包，解压后把文件夹中两个文件：ZeroClipboard.js
  • 单例模式 cuishikuan 单例模式
    第一种（懒汉，线程不安全）： public class Singleton {   2     private static Singleton instance;   3     pri
  • spring+websocket的使用 dalan_123
    一、spring配置文件 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><beans xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans"    xmlns:xsi="http://www.w3.or
  • 细节问题：ZEROFILL的用法范围。 dcj3sjt126com mysql
    1、zerofill把月份中的一位数字比如1，2，3等加前导0 mysql> CREATE TABLE t1 (year YEAR(4), month INT(2) UNSIGNED ZEROFILL,    -> day
  • Android开发10——Activity的跳转与传值 dcj3sjt126com Android开发
    Activity跳转与传值，主要是通过Intent类，Intent的作用是激活组件和附带数据。   一、Activity跳转 方法一Intent intent = new Intent(A.this, B.class); startActivity(intent)   方法二Intent intent = new Intent();intent.setCla
  • jdbc 得到表结构、主键 eksliang jdbc 得到表结构、主键
    转自博客：http://blog.csdn.net/ocean1010/article/details/7266042 假设有个con DatabaseMetaData dbmd = con.getMetaData(); rs = dbmd.getColumns(con.getCatalog(), schema, tableName, null); rs.getSt
  • Android 应用程序开关GPS gqdy365 android
    要在应用程序中操作GPS开关需要权限： <uses-permission android:name="android.permission.WRITE_SECURE_SETTINGS" /> 但在配置文件中添加此权限之后会报错，无法再eclipse里面正常编译，怎么办？ 1、方法一：将项目放到Android源码中编译； 2、方法二：网上有人说cl
  • Windows上调试MapReduce zhiquanliu mapreduce
    1.下载hadoop2x-eclipse-plugin https://github.com/winghc/hadoop2x-eclipse-plugin.git 把 hadoop2.6.0-eclipse-plugin.jar 放到eclipse plugin 目录中。 2.下载 hadoop2.6_x64_.zip http://dl.iteye.com/topics/download/d2b
  • 如何看待一些知名博客推广软文的行为？ justjavac 博客
    本文来自我在知乎上的一个回答：http://www.zhihu.com/question/23431810/answer/24588621 互联网上的两种典型心态： 当初求种像条狗，如今撸完嫌人丑 当初搜贴像条犬，如今读完嫌人软 你为啥感觉不舒服呢？ 难道非得要作者把自己的劳动成果免费给你用，你才舒服？ 就如同 Google 关闭了 Gooled Reader，那是
  • sql优化总结 macroli sql
    为了是自己对sql优化有更好的原则性，在这里做一下总结，个人原则如有不对请多多指教。谢谢！   要知道一个简单的sql语句执行效率，就要有查看方式，一遍更好的进行优化。   一、简单的统计语句执行时间 declare @d datetime ---定义一个datetime的变量set @d=getdate() ---获取查询语句开始前的时间select user_id
  • Linux Oracle中常遇到的一些问题及命令总结 超声波 oraclelinux
    1.linux更改主机名   (1)#hostname oracledb　　　　临时修改主机名 (2) vi /etc/sysconfig/network 　　修改hostname (3) vi /etc/hosts　　　　　　　　修改IP对应的主机名   2.linux重启oracle实例及监听的各种方法 （注意操作的顺序应该是先监听，后数据库实例） &nbs
  • hive函数大全及使用示例 superlxw1234 hadoophive函数
      具体说明及示例参 见附件文档。     文档目录：   目录 一、关系运算： 4 1. 等值比较: = 4 2. 不等值比较: <> 4 3. 小于比较: < 4 4. 小于等于比较: <= 4 5. 大于比较: > 5 6. 大于等于比较: >= 5 7. 空值判断: IS NULL 5
  • Spring 4.2新特性-使用@Order调整配置类加载顺序 wiselyman spring 4
    4.1 @Order Spring 4.2 利用@Order控制配置类的加载顺序 4.2 演示 两个演示bean package com.wisely.spring4_2.order; public class Demo1Service { } package com.wisely.spring4_2.order; public class
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他