微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
软件简介
Microbiome Helper开源软件，方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。
文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper
microbiome help结合不同组的生物信息方法，整理优化了多套16S/18S/ITS/metagenome的分析流程，并且不断更新更好的方法。
相关软件提供详细的安装教程，同时全部流程也整体打包，可用 - Virtualbox虚拟机直接上手分析数据。
软件教程
教程主页：
https://github.com/mlangill/microbiome_helper/wiki
教程的优点
- 作者提供了一系列的输助脚本，使微生物组、宏基因组数据分析更加自动化；
- 制定了扩增子、宏基因组数据分析的标准操作流程(SOPs)，解决软件选择问题
- 教程包括测试数据，示例结果，常见问题答疑，让你学得会，看得懂；
- 提供了扩增子(6G)和宏基因组(20G)的虚拟机下载，解决新人软件安装困难的问题。
教程列表
在教程主页右侧有导航列表，提供每个教程的链接，主要包括以下内容。
实验操作Wet-Lab Protocols
- 扩增子测序标准流程 Microbiome Amplicon Sequencing Workflow
扩增子标准分析流程16S/18S/ITS SOPs
- 细菌古菌16S Bacteria/Archaea SOP
- 真核生物18S Eukarya SOP
- 真菌ITS2 Fungi SOP
宏基因组Metagenomic SOPs
- 宏基因组流程18版Metagenomics SOP v2
- 宏基因组流程17版Metagenomics Tutorial
其它教程
- 16S扩增子 16S Tutorial
- 非聚类OTU鉴定DADA2 16S Tutorial
- 功能预测PICRUSt Tutorial
- 功能预测+新菌鉴定PICRUSt Tutorial with de novo Variants
- 并行计算Intro to GNU Parallel
- 下载公共数据Download From SRA
- 随机森林Random Forest Tutorial in R
- 暑期课程 2017 Summer School
- 其它教程 Other tutorials
提供有测试数据、代码和虚拟机的教程，赶快访问 https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki 上手学习吧。
如果你自己想学习独立分析微生物组数据，但又存在入门困难，欢迎报名我们在北京鼓楼7月份的宏基因组专题课程！详见 《7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！》
宏基因组专题培训
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学，真正实现独立分析大数据。
你能学到什么
当时信息大爆炸时间，专业科研人才必须具备大数据分析解读能力。大数据分析解决所需要求知识多而杂，自学时间成本高。参加培训获得经验、内部资料和代码、高效解决问题是当今科研人员不二的选择。
深彻理解生物测序数据的基本思想
宏基因组分析三种模式全面的解决方案，以及结果的统计分析
- 16S扩增子数据PICRUST预测宏基因组
- 宏基因组数据Humann2定量物种和功能
- Denovo宏基因组拼接和binning
- 结果的差异比较和可视化
主讲教师
主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。
助教团队
十余名科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
培训时间
2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时，照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点，半封闭式教学
报到时间：开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家，促进相互认识和了解
授课地点
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
课程价格
- 原价 6999 元/人，
截止 2018-06-29 4199 元/人
之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐) - 名额有限，每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
- 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
暑期促销优惠活动
在2018年6月底前报名且成功缴费的用户，不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序)，更可同时享受如下四重优惠。
- 赠送价值188元线上生信基础课程一门，目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
- 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
- 多人(N，10>N>1)组团报名并同时缴费，每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
- 零元学习588元微生物扩增子实战分析，学员预先购买课程，待完成宏基因组线下课程者，返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。
*注意事项
- 需自备笔记本电脑，系统不限(推荐使用Windows 10系统，8G内存更流畅)。课程实践提供云计算平台。
- 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。
- 上课期间禁止录音，录像。
- 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。
- 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
- 不可先延期再退款。
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复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/ 或
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宏基因组相关学习资源
自学能力强、基础好的同学，如果把我们之前分享的资料全部掌握的话，应该早己成为本领域的专家了。
1. 基础理论教程
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 宏基因组分析教程
- 4500元的微生物组培训资料
2. 分析实战有参系列：
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
3. 分析实战De novo系列:
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
如果基础知识体系不完善，自学存在困难的小伙伴，急时上车也是不错的选择。
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写在后面
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