KAAS(KEGG Automatic Annotation Server):一个非常好用的在线注释工具

在基因组学研究中，我们常常需要知道一些基因在整个代谢通路中扮演的角色。日本的KEGG数据库，提供了很全面的基因通路，大大方便了研究者。与此同时，KEGG数据库自身提供了一个方便的在线注释工具，方便又精准，甚至能提供带标注的map通路图，比在本地做blast，然后解析blast结果，再写脚本画map方面了很多。

KASS :http://www.genome.jp/tools/kaas/

KASS提供了Complete or Draft Genome，Partial Genome和ESTs三种数据的注释。笔者多次使用Complete or Draft Genome数据注释。如果数据过大，可以写入一个txt文件，上传到网站注释。默认的fasta格式要求是pep序列，即根据cds序列翻译过来的蛋白序列。这是因为KEGG数据库里默认的数据格式也是pep。当然也支持 Nucleotide的数据。

GENES data set 选项提供了数据库的选择，在做比对时，可以适当选择近缘物种；

Assignment method 推荐选择bi-directional best hit，这样注释更加精准。

E-mail address选项需要提供自己的邮箱，在注释完成后，会把注释结果的地址发送给邮箱里，笔者亲测1w多个pep注释时间大约40-50min。注释的结果提供gene对应的Kid, 还有通路的描述和map图。