黄飞鸿，广东十虎之一，武功高强，任黑棋军教头兼民团总教练。
黑旗军统领刘永福被派往安南与法兰西交战，黑旗水军被并入民团归黄飞鸿管辖。
提督公报私仇，关闭宝芝林并解散民团。
梅州梁宽在戏院结识美貌女子十三姨，却不想十三姨是黄飞鸿的恋人。
由于种种误会梁宽投靠铁布衫严振东与黄飞鸿为敌。
在不平等条约下，洋人鼓吹美国是金山世界骗大批劳工，拐卖妇女，十三姨也被掳上洋船，险些遭到歹徒侮辱，幸得梁宽解救。
黄飞鸿与洋人极其爪牙浴血奋战，终将其阴谋揭露，救回十三姨以及被骗劳工和妇女。
梁宽与黄飞鸿误会消除，拜黄为师。
清朝末年，广东一带华洋交接，各路英雄趁势而起。
黄飞鸿携十三姨、梁宽乘坐着列车赴广州参加医学会议。
遭遇白莲教纠党逞恶，借“扶清灭洋”口号妖言惑众，利用民族情绪对付洋人，捣乱使馆、教堂等洋人地盘，连就读洋校的小学生也不放过。
原来是满清大臣纳兰元述包庇其用来对付革命党。
黄飞鸿在国际医学会议中讲述中医原理，孙文自愿作其翻译，二人因此一见如故。
黄飞鸿发觉他们对救国更具远见。
纳兰元述追捕革命志士，恰逢孙文，陆皓东等人躲在英国领事馆。
纳兰元述利用白莲教冲入领事馆肆虐一番。
黄飞鸿决定助他们逃过厄运，遂直捣白莲教总坛，为救孙文、陆皓东脱险，又死战纳兰元述……
从朝霞满天的海边、风驰电骋的列车开始，在朝阳再次初升的早晨，海轮破浪而出时结束。
但愿朝阳常照我土；莫忘烈士鲜血满地！
此后，慈禧太后为了宣扬国威，决定举办一场狮王争霸战。
黄飞鸿为了参加这场争斗千里迢迢从广州赶到北京。
在北京车站与黄飞鸿同行的十三姨遇见了老同学杜文奇，他表面在领事馆做翻译，实际上是一名间谍。
黄飞鸿携十三姨、梁宽进京与父亲黄麒英相叙，并协助开办“宝芝林药厂”事宜。
到埠后发现麒英被打伤，原来恶霸赵天霸为夺“狮王”，收罗鬼脚七等人助他铲除异己。
黄飞鸿更目睹京城武术界为此大动干戈，你死我活，黄飞鸿遂力平纷争，并上书李鸿章，却又不得要领。
赛事临近，赵天霸愈发嚣张跋扈。
在“三笑楼”设下重重陷阱，邀黄氏父子赴宴，黄飞鸿凭一身绝技独闯虎穴，大破“斧头阵”。
鬼脚七因断脚被赵天霸排挤，遗弃街头。
黄飞鸿不记前嫌，为其医治断脚，鬼脚七感于黄飞鸿仁义，拜黄为师。
千统大人雷一笑表面上是清廷命官，实际上是义和拳余孽雷飞。
邪教义和拳靠向东洋贩卖妇女所得的非法收入购置枪支弹药，与朝廷作对。
朝廷在香港码头抓捕三名义和拳首脑，恰巧黄飞鸿在此坐船准备回广州，在黄飞鸿的帮助下，三名邪教首脑悉数入网。
徒弟众多场地有限，使得黄飞鸿的宝芝林显得狭小局促。
黄飞鸿令梁宽和阿苏两名徒弟在省城寻找一处便宜的房产以便开新馆。
一直仰慕黄飞鸿绝世武功的商人黄狮虎将一座巨大的院落低价租给了黄飞鸿，这让黄飞鸿十分高兴。
但就在宝芝林开业当天，黄飞鸿才发现黄狮虎在隔壁开了一家名为香芝馆的妓院。
这一下徒弟们都没了心思练功，整日与隔壁的姑娘眉来眼去，无奈下黄飞鸿决定再觅新址。
近日，许多孩子因为服用了国外公司生产的营养液导致失聪，黄飞鸿对此毫无办法。
为了体验失聪的全过程，找到解药，黄飞鸿不惜牺牲自己，亲自尝试营养液。
很快，黄飞鸿的听力大不如从前，这让他十分苦恼，也更加促使他找到解药。
四川的燕儿和父亲经历两年时间追踪义和拳来到广东，燕儿的妹妹就是被义和拳的人掳走的。
燕儿发现城外能仁寺的和尚形迹可疑，便和父亲偷偷潜入寺中。
他们发现这里正是义和拳的一个秘密聚点，很多姑娘被关在这里。
能仁寺的主持是邪教成员，出乎意料的是，新上任的千总大人雷一笑竟然也和他们勾结在一起。
在准备离开时，雷一笑发现了燕儿，他抓住了燕儿的父亲，燕儿自己则身负重伤侥幸逃离。
燕儿想求助于黄飞鸿，却迷迷糊糊闯入了香芝馆。
为了立功得到黄飞鸿的赏识进而成为他的徒弟，黄狮虎在梁宽和阿苏的劝说下决定到能仁寺一探究竟。
他带着妹妹九姑娘等人来到能仁寺假意上香，僧人要九姑娘在寺院中居住一晚便可求得姻缘。
深夜九姑娘被和尚掳走，梁宽等人根本不是主持的对手，幸好黄飞鸿收到消息及时赶来，救出了九姑娘。
燕儿发现不知情的黄飞鸿竟和雷一笑谈论此事，认定黄飞鸿有问题，便救出父亲两人不辞而别。
黄飞鸿被雷一笑带到官府，由于遭到能仁寺的状告，早已被雷一笑买通的知府要将黄飞鸿收押。
幸好得到四大商会的联保，黄飞鸿躲过了这场牢狱之灾。
在之后的庙会活动上，黄飞鸿的舞狮第一次败在了由雷一笑带队的蜈蚣下，这给黄飞鸿极大的打击。
官府对于能仁寺的事情并未罢手，为了不连累徒弟们，黄飞鸿决定离开，回到佛山暂避一段时间，顺便把耳聋治好。
在郊外黄飞鸿遇到了在此安身的燕儿父女，在他们的帮助下，黄飞鸿逐渐恢复了听力。
雷一笑听说黄飞鸿并没有离开，便派人追踪至燕儿家准备趁他耳聋之际灭口。
但几个喽啰哪里是黄飞鸿的对手，很快便成为手下败将。
身体恢复了，黄飞鸿要回去救出被困妇女主持公道。
通过对蜈蚣的克星——公鸡的观察，黄飞鸿自悟出一套拳法。
他另辟蹊径，用此拳法以及醉拳打败了雷一笑和他的蜈蚣阵，并捣毁了邪教，在当地被奉为一段佳话。
清末民初，广东省民团总教练黄飞鸿在广州设立宝芝林医馆，与一班弟子锄强扶弱，发扬中华武术。
其弟子牙擦苏亦於旧金山开设分馆，图将中华国术发扬海外。
飞鸿为视察分馆业务并顺道探望阿苏，决定与十三姨及弟子鬼脚七远赴旧金山一行。
一行三人初抵西域，便遇上连番事故，首先是在途中救起迷途沙漠的西部牛仔Billy，并与之结成好友，接著是遇上不明印第安人的袭击，飞鸿为救十三姨而堕下河流，头部受到撞击而失去记忆。
幸好飞鸿及时为印第安人飞鹰族所救，与族人们在草原上过著游牧的生活，且与族中少女产生感情。
而十三姨，阿七及阿苏四处寻找飞鸿不果，却遇上自私专横的西部镇长，眼见中华同胞备受压迫，但因飞鸿下落不明而不敢莽动。
在一次飞鹰族与另一部族红毛族战斗中，飞鸿逐渐拾回记忆，大显身手，击退红毛族，成为大英雄，而恢复记忆的飞鸿亦离开印第安人，在镇上与十三姨等会合。
西部镇长勾结马贼及银行行长，洗劫小镇银行，马贼首领更枪杀银行行长灭口；另一方面，镇长买通汉奸将部份赃款偷偷放入宝芝林医馆内，以图插赃嫁祸飞鸿等人。
飞鸿为免祸及无辜，惟有与宝芝林内各人认罪。
当飞鸿，阿苏，十三姨，鬼脚七及Billy等人被问吊之际，洗劫银行之马贼亦正进入小镇准备血洗小镇。
原来是贪心怕死的镇长出卖了马贼，独吞大量赃款。
为了保护中国同胞的安全以及还自己的清白，飞鸿惟有出手，以中国武术大战西域枪手……
最终，西域枪手被黄飞鸿活捉。