记录 —— lammps

	#################### lammps 错误记录 ########################

Input script：

	**units**：lj（基于定义的reduced value确定unit），real（units基于给定的格式），详情查询manual
	**atom_style**
	**boundary**：p p p 三维盒子
	**processors**：submit任务时，选择xyz的处理器

    **neighbor**：skin distance 是在cutoff之外的距离，可能有在这个距离的atom没有被计算力场，所以neighbor的目的是建立一个neighbor list
    		并通过**neighbor_modify**对neighbor list进行检查。

   **pair_style**：通过potential计算公式确定pair_style，例如，12/6 lennard-Jones potential则对应lj/cut style，rc是cutoff。
			“针对overlap的atoms可以使用soft，对其进行push apart。先使用soft potential，然后再改为hard interactions。”
			——除了soft的pair style，还可以使用fix nve/limit 解决overlapping。
			
   **pair_coeff**：type-Id 作用对象 unit energy  unit length（注意units），可以用*代替：，如：1*2 3*4 指 1和2对3和4
   **bond_style**：potential计算公式
   **angle_style**： potential计算公式
   **dihedral_style**：potential 计算公式。在使用fourier的时候，package是user-misc。
   				所以在使用所有style的时候，都要注意manual里restriction对package的限制。
   **special_bonds**：special bond的存在是为了解决1-2-3-4分子中1-4相互作用，对于cg模型，fene是一种bond，其中键势函数包括了lj。
   				注意fene不是在bond_style中使用的，需要确定bond的style才能够在special中添加fene。
   **Bond_coeff**：根据style对其进行书写，一般是”type-id energy length“
   **angle_coeff**：同上，一般是“type-id energy degree”
   **dihedral_coeff**：根据style不同进行选择，在manual中查看style的coeff书写方式。如fourier，“1 m k1 n1 d1....”
  
   **group**：对不同type的bead放入不同的group，”name type num“
   
   **reset_timestep**：在读restart file的时候，将timestep提前清零

Error message

	**non-numeric pressure — unstable** ：对于目前cg的体系来说，可能由于刚开始运行，模型不稳定，需要使用更小的timestep，
				除此之外使用minimize对体系进行能量处理。

%%%%%%%%%%%%%%% To be continued