- deeptools工具系列——比较不同bw_bam的信号差异
Z_bioinfo
目录前言bamCompare工具1.1工具原理1.2使用说明1.3使用实例bigwigCompare工具2.1使用说明2.2使用实例前言今天主要介绍下,如果我有2个bw/bam文件,我想要比较这2个文件信号之间的差异时,要如何进行分析。这个听上去是不是很像差异分析?对的,其实就是差异分析的简化版。而这个的实际用途,可以是:分别有实验组和对照组ATAC-seq的bam/bw文件,此时我们可以直接通过
- 2020.9.17丨Chip-seq结果可视化之peak检测(下)
穆易青
Chip-seq生物信息基因组
这一部分是使用deeptools对样品进行相关性分析以及主成分分析,同时从peak中去挖掘motif。我使用的工具是MEME-ChIP,MEME是一个工具系列,挖掘motif的工具比较丰富,MEME、DREME、TomTom、MEME-ChIP,其中MEME-ChIP可以同时调用其他几个工具进行综合分析,比较方便。deeptools是一个很好用的深度分析工具,中文版使用手册可以让你快速上手(虽然翻
- CHIP-Seq数据分析流程
美丽的lemon
生信学习数据分析linux生物信息学
文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控,过滤数据质控然后进行质控,过滤低质量reads,去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转bam为bam文件建立索引载入IGV查看用MACScallpeak安装MACS结果注释与可视化使用deeptools进行可视化peaks注释CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装所需要的软件有sr
- Python&aconda系列:conda踩坑总结(deeptools 篇)
坦笑&&life
#pythonpythonconda开发语言
conda踩坑总结(deeptools篇)一.conda踩坑总结第一步,换回官方源第二步,更新base环境第三步,灵活设置优先级第四步,确定要装的软件和哪个版本的python适配,创建环境第五步,激活环境并进入,调取帮助文档查看软件是否安装成功二.conda安装软件与环境管理利用bioconda安装生物信息软件安装指定版本的软件使用conda建立环境处理环境,失败;关于Solvingenviron
- [报错记录]:deeptools报错AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'float'.
寒山梦绮
完整报错信息AttributeError:module'numpy'hasnoattribute'float'.`np.float`wasadeprecatedaliasforthebuiltin`float`.Toavoidthiserrorinexistingcode,use`float`byitself.Doingthiswillnotmodifyanybehaviorandissafe.I
- deepTools 的使用(二)
上校的猫
质控ToolsforQCplotCorrelation此工具基于multiBamSummary或multiBigwigSummary的输出文件。主要用于同一批样本之间的相关性比较,查看是否差异很大,也可做聚类图,来观察哪些样本相似。需求不大,所以先不讲。plotFingerprint此工具主要用于Chip-seq数据,通过比较input和实验组观察实验质量。因为Chip实验有高达90%的假阳性。$
- deeptols 画图工具 使用方法与代码
ECHO1216
deeptols画图工具使用方法与代码deeptools使用安装:condainstall-ydeeptools使用:1、将bam文件转为bw格式的文件(1)先给bam文件排序:samtoolssortSRRxxx.bam-oSRRxxx_sorted.bam(2)给排序之后的bam文件建索引samtoolsindexSRRxxx_sorted.bam(3)将排序之后的bam文件转换为bw格式ba
- 谈一谈今天使用ViewBS 和 deeptools的坑(二)
热衷组培的二货潜
ViewBS的bed文件格式image.pngdeeptools的bed文件格式image.png一个基因的strand列在第五列,一个在第六列,然而这会导致最后结果很大的误差。就ViewBS甲基化数据分析差别见BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向就deeptools对ChIP-seq数据的可视化分析差别strand列放错了的图放对了的图这一放错就把H3K27me3分布的趋
- chip_seq质量评估之计算样本间的相关性
生信修炼手册
欢迎关注”生信修炼手册”!在chip_seq的实验中,由于抗体反应的敏感性,生物学重复样本的一致性很难把控。为了保证重复样本具有较好的一致性,除了在实验上保证操作流程的规范化,对于测序数据,我们也需要对其进行评估。deeptools是一款非常好用的工具,提供了很多有用的功能,本文主要介绍如何使用deeptools来计算样本间的相关性,并进行可视化,主要分为以下两个步骤1.计算bam文件的cover
- 2021-09-20libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory
__一蓑烟雨__
在解决这个报错的过程中,我学到了Linux下解决问题的一种新思路。这个报错很早之前就遇到过,当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools(非root用户),安装完成之后运行就这样报错了,但是其他的软件又可以正常运行,比如bwa。今天安装deeptools,也是这个情况:成功安装了,就是无法运行,显示缺文件。 我在/usr/lib64/文件夹下面找了找,看到了类似的文件$cd/u
- deeptools
shine_9457
写在前面:参考1参考2BAM和bigWig文件处理质量控制热图和其他描述性作图其他deeptools
- 使用deeptools计算ChIP-seq样本之间的相关性
尘世中一个迷途小书僮
整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。当我们需要评估ChIP-seq类测序数据的相关性时,deeptools是一个可行且方便的工具。它提供了一系列方便的命令对高通量测序数据进行分析。本文先集中介绍deeptools中计算ChIP-seq样本间相关性所用到的命令,其余的命令有机会再一一介绍。multiBamSummary/multiBigwigSu
- 使用deeptools将bam文件转换为bw文件
尘世中一个迷途小书僮
整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。deeptools提供两个bam转换为bw的命令,分别是bamCoverage和bamCompare。两者的区别在于bamCoverage是对单个bam文件进行转换,而bamCompare接受两个bam文件,生成两者信号比值的bw文件。用法bamCoverage以下是ChIP-seq数据转换的一个示例用法ba
- deeptools安装pyBigWig问题
皈依yyy
DownloadandinstalldeepToolshttps://github.com/fidelram/deepToolshttp://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/example_usage.htmlpipinstallpyBigWig--user安装完成后发现importpyBigWig并没有该模块解决办法:pip安装或者通过htt
- 使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图
尘世中一个迷途小书僮
整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。deeptools提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号,并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。用法computeMatrixcomputeMatrix提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号co
- 【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度,FRiP,IDR值与deeptools可视化
佳奥
这里是佳奥!2022年的最后一天,让我们继续ATAC-Seq的学习!1计算插入片段长度非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、peak数、无核小体区NFR、TSS富集、FRiP、IDR重复的一致性根据bam文件第9列,在R里面统计绘图samtoolsview2-ce11-2.last.bam|cut-f9>1.txtaptinstallr-base-core$
- deeptools | bam to BigWig, 并使用IGV可视化峰图差异
生物慕课
可视化IGVlinux
直接把bam导入IGV看峰图太慢,把bam转为bigWig格式后,文件会小很多,载入也很快了。1.安装软件启发:GEO看到一句:BigwigfileswereobtainedwiththebamCoveragefunctionfromdeepTools.Valuesrepresentnumberofreadsperbin.Weusedabinsizeof50.https://deeptools.r
- 2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总(个人分析记录贴)
xiaoguolaile
0_1前言有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来,后续持续更新。chip-seq数据分析大体流程,引自微信公众号《生信技能树》0_2用到的软件或脚本测序数据质控:fastp;测序数据比对:bowtie2;比对数据排序等:samtools;callPeaks:MACS3;差异peaks寻找及作图:DiffBind;deeptools;peaks注释:chipseeker
- pyBigWig
_eason_
安装deepTools需要依赖pyBigWig包。安装pyBigWig包时出错:$pipinstallpyBigWig==0.2.5Downloading/unpackingpyBigWig==0.2.5DownloadingpyBigWig-0.2.5.tar.gz(48kB):48kBdownloadedRunningsetup.py(path:/tmp/pip_build_labubuntu
- awk提取差异分析结果时候的一个小错误
城管大队哈队长
我有时候会对DIffBind的输出结果进行下修改,然后放到deeptools-computeMatrix里面去。跟之前的HOMER一样,computeMatrix要求的也是bed格式chr132045623661579NM_001011874Xkr4-chr144810084486494NM_011441Sox17-chr147632784775807NM_001177658Mrpl15-chr1
- 解决python包ModuleNotFoundError问题
欧哎的人
程序问题
做生信分析时要使用deeptools这个包,包是用python写的,使用pythonsetup.pyinstall--prefix/home/ltf/package/deepTools-3.3.0将程序安装到服务器自己的账户上,然后在~/.bashrc这个环境变量中加入路径PATH=/home/ltf/package/deepTools-3.3.0/bin:$PATHsource一下去使用这个包,
- 【deeptools相关】读取Excel文件,画样本相关性散点图
caokai001
Tips:https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/plotCorrelation.html我们比较样本的重复性,一般都是用deeptools中plotCorrelation画散点图。比如下面类似的命令.###Step1multiBamSummary$multiBamSummarybins--bamfiles*.uniq.b
- linux下python模块卸载
_eason_
不同的安装方法使用的卸载方法也有所区别1.使用pip安装的模块$pipinstalldeepTools卸载$pipuninstalldeepTools2.安装包安装$gitclonehttps://github.com/fidelram/deepTools$cddeepTools$pythonsetup.pyinstall--user卸载1)如果安装包自带uninstall$pythonsetup
- deeptools使用过程中出现问题集
不吃菜的花花
1.想要画一个chip-seq的热图,首先要通过bamcompare获得针对IP和input样品的处理后的bigwig文件,通过运行命令bamcompare-b1IP.bam-b2input.bam-olog2ratio_IP1.bw,结果报错“IP.bamdoesnotappeartohaveanindex.Youmustindexthefilefirst!”在网上找了下解决方法是运行命令:sa
- deeptools 用法
Runuply
原文参考[ydchen](http://www.biotrainee.com:8080/thread-1566-1-1.html)bamCompare-b1treatment.bam-b2control.bam-olog2ratio.bwbamCoverage-btest.bam-otest.bw##both-Rand-ScanacceptmultiplefilescomputeMatrixref
- deeptools bamCoverage无法识别bam文件
_eason_
bamCoverage识别不了test.bam文件$bamCoverage-btest.bam-otest.bwThefile'test.bam'doesnothaveBAMorCRAMformat查看deeptools功能$deeptools[ToolsforBAMandbigWigfileprocessing]multiBamSummarycomputereadcoveragesoverbam
- libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory
TOP生物信息
在解决这个报错的过程中,我学到了Linux下解决问题的一种新思路。这个报错很早之前就遇到过,当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools(非root用户),安装完成之后运行就这样报错了,但是其他的软件又可以正常运行,比如bwa。今天安装deeptools,也是这个情况:成功安装了,就是无法运行,显示缺文件。 我在/usr/lib64/文件夹下面找了找,看到了类似的文件$cd
- 高通量测序数据处理学习记录(四):DeepTools学习笔记
面面的徐爷
前言开题啦,所以需要整合自己之前处理过的数据包括可视化作图,在GALAXY上翻到DeepTools正好有着一点用处,适当的搞了一波事情,顺带记录一下。GALAXY上可以可视化操作,其实也是一个考虑的选项。现有资源比对完成后的bam文件,参考基因组:hg19,基因位置注释文件:RefGeneReg.bed,涉及到数据保密,不使用自己的数据进行演示安装好的deeptools(使用anaconda,此处
- GCbias
Juan_NF
computeGCbias网页介绍很详细:https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/computeGCBias.html-b后加sortedbam,--effectiveGenomeSize可以在网页里根据链接找到,--genome后是2bit格式的基因组序列,-freq后是输出的freq文件路径,--biasPlot后是输
- deepTools 使用指南
_eason_
deepToolsdeepTools是一套基于python开发的工具,适用于有效处理分析高通量测序数据,可用于ChIP-seq,RNA-seq或MNase-seq。#1.deepTools系列工具deepToolsworkflow##1.1deepTools系列工具信息汇总tooltypeinputfilesmainoutputfile(s)applicationmultiBamSummaryda
- jQuery 跨域访问的三种方式 No 'Access-Control-Allow-Origin' header is present on the reque
qiaolevip
每天进步一点点学习永无止境跨域众观千象
XMLHttpRequest cannot load http://v.xxx.com. No 'Access-Control-Allow-Origin' header is present on the requested resource. Origin 'http://localhost:63342' is therefore not allowed access. test.html:1
- mysql 分区查询优化
annan211
java分区优化mysql
分区查询优化
引入分区可以给查询带来一定的优势,但同时也会引入一些bug.
分区最大的优点就是优化器可以根据分区函数来过滤掉一些分区,通过分区过滤可以让查询扫描更少的数据。
所以,对于访问分区表来说,很重要的一点是要在where 条件中带入分区,让优化器过滤掉无需访问的分区。
可以通过查看explain执行计划,是否携带 partitions
- MYSQL存储过程中使用游标
chicony
Mysql存储过程
DELIMITER $$
DROP PROCEDURE IF EXISTS getUserInfo $$
CREATE PROCEDURE getUserInfo(in date_day datetime)-- -- 实例-- 存储过程名为:getUserInfo-- 参数为:date_day日期格式:2008-03-08-- BEGINdecla
- mysql 和 sqlite 区别
Array_06
sqlite
转载:
http://www.cnblogs.com/ygm900/p/3460663.html
mysql 和 sqlite 区别
SQLITE是单机数据库。功能简约,小型化,追求最大磁盘效率
MYSQL是完善的服务器数据库。功能全面,综合化,追求最大并发效率
MYSQL、Sybase、Oracle等这些都是试用于服务器数据量大功能多需要安装,例如网站访问量比较大的。而sq
- pinyin4j使用
oloz
pinyin4j
首先需要pinyin4j的jar包支持;jar包已上传至附件内
方法一:把汉字转换为拼音;例如:编程转换后则为biancheng
/**
* 将汉字转换为全拼
* @param src 你的需要转换的汉字
* @param isUPPERCASE 是否转换为大写的拼音; true:转换为大写;fal
- 微博发送私信
随意而生
微博
在前面文章中说了如和获取登陆时候所需要的cookie,现在只要拿到最后登陆所需要的cookie,然后抓包分析一下微博私信发送界面
http://weibo.com/message/history?uid=****&name=****
可以发现其发送提交的Post请求和其中的数据,
让后用程序模拟发送POST请求中的数据,带着cookie发送到私信的接入口,就可以实现发私信的功能了。
- jsp
香水浓
jsp
JSP初始化
容器载入JSP文件后,它会在为请求提供任何服务前调用jspInit()方法。如果您需要执行自定义的JSP初始化任务,复写jspInit()方法就行了
JSP执行
这一阶段描述了JSP生命周期中一切与请求相关的交互行为,直到被销毁。
当JSP网页完成初始化后
- 在 Windows 上安装 SVN Subversion 服务端
AdyZhang
SVN
在 Windows 上安装 SVN Subversion 服务端2009-09-16高宏伟哈尔滨市道里区通达街291号
最佳阅读效果请访问原地址:http://blog.donews.com/dukejoe/archive/2009/09/16/1560917.aspx
现在的Subversion已经足够稳定,而且已经进入了它的黄金时段。我们看到大量的项目都在使
- android开发中如何使用 alertDialog从listView中删除数据?
aijuans
android
我现在使用listView展示了很多的配置信息,我现在想在点击其中一条的时候填出 alertDialog,点击确认后就删除该条数据,( ArrayAdapter ,ArrayList,listView 全部删除),我知道在 下面的onItemLongClick 方法中 参数 arg2 是选中的序号,但是我不知道如何继续处理下去 1 2 3
- jdk-6u26-linux-x64.bin 安装
baalwolf
linux
1.上传安装文件(jdk-6u26-linux-x64.bin)
2.修改权限
[root@localhost ~]# ls -l /usr/local/jdk-6u26-linux-x64.bin
3.执行安装文件
[root@localhost ~]# cd /usr/local
[root@localhost local]# ./jdk-6u26-linux-x64.bin&nbs
- MongoDB经典面试题集锦
BigBird2012
mongodb
1.什么是NoSQL数据库?NoSQL和RDBMS有什么区别?在哪些情况下使用和不使用NoSQL数据库?
NoSQL是非关系型数据库,NoSQL = Not Only SQL。
关系型数据库采用的结构化的数据,NoSQL采用的是键值对的方式存储数据。
在处理非结构化/半结构化的大数据时;在水平方向上进行扩展时;随时应对动态增加的数据项时可以优先考虑使用NoSQL数据库。
在考虑数据库的成熟
- JavaScript异步编程Promise模式的6个特性
bijian1013
JavaScriptPromise
Promise是一个非常有价值的构造器,能够帮助你避免使用镶套匿名方法,而使用更具有可读性的方式组装异步代码。这里我们将介绍6个最简单的特性。
在我们开始正式介绍之前,我们想看看Javascript Promise的样子:
var p = new Promise(function(r
- [Zookeeper学习笔记之八]Zookeeper源代码分析之Zookeeper.ZKWatchManager
bit1129
zookeeper
ClientWatchManager接口
//接口的唯一方法materialize用于确定那些Watcher需要被通知
//确定Watcher需要三方面的因素1.事件状态 2.事件类型 3.znode的path
public interface ClientWatchManager {
/**
* Return a set of watchers that should
- 【Scala十五】Scala核心九:隐式转换之二
bit1129
scala
隐式转换存在的必要性,
在Java Swing中,按钮点击事件的处理,转换为Scala的的写法如下:
val button = new JButton
button.addActionListener(
new ActionListener {
def actionPerformed(event: ActionEvent) {
- Android JSON数据的解析与封装小Demo
ronin47
转自:http://www.open-open.com/lib/view/open1420529336406.html
package com.example.jsondemo;
import org.json.JSONArray;
import org.json.JSONException;
import org.json.JSONObject;
impor
- [设计]字体创意设计方法谈
brotherlamp
UIui自学ui视频ui教程ui资料
从古至今,文字在我们的生活中是必不可少的事物,我们不能想象没有文字的世界将会是怎样。在平面设计中,UI设计师在文字上所花的心思和功夫最多,因为文字能直观地表达UI设计师所的意念。在文字上的创造设计,直接反映出平面作品的主题。
如设计一幅戴尔笔记本电脑的广告海报,假设海报上没有出现“戴尔”两个文字,即使放上所有戴尔笔记本电脑的图片都不能让人们得知这些电脑是什么品牌。只要写上“戴尔笔
- 单调队列-用一个长度为k的窗在整数数列上移动,求窗里面所包含的数的最大值
bylijinnan
java算法面试题
import java.util.LinkedList;
/*
单调队列 滑动窗口
单调队列是这样的一个队列:队列里面的元素是有序的,是递增或者递减
题目:给定一个长度为N的整数数列a(i),i=0,1,...,N-1和窗长度k.
要求:f(i) = max{a(i-k+1),a(i-k+2),..., a(i)},i = 0,1,...,N-1
问题的另一种描述就
- struts2处理一个form多个submit
chiangfai
struts2
web应用中,为完成不同工作,一个jsp的form标签可能有多个submit。如下代码:
<s:form action="submit" method="post" namespace="/my">
<s:textfield name="msg" label="叙述:">
- shell查找上个月,陷阱及野路子
chenchao051
shell
date -d "-1 month" +%F
以上这段代码,假如在2012/10/31执行,结果并不会出现你预计的9月份,而是会出现八月份,原因是10月份有31天,9月份30天,所以-1 month在10月份看来要减去31天,所以直接到了8月31日这天,这不靠谱。
野路子解决:假设当天日期大于15号
- mysql导出数据中文乱码问题
daizj
mysql中文乱码导数据
解决mysql导入导出数据乱码问题方法:
1、进入mysql,通过如下命令查看数据库编码方式:
mysql> show variables like 'character_set_%';
+--------------------------+----------------------------------------+
| Variable_name&nbs
- SAE部署Smarty出现:Uncaught exception 'SmartyException' with message 'unable to write
dcj3sjt126com
PHPsmartysae
对于SAE出现的问题:Uncaught exception 'SmartyException' with message 'unable to write file...。
官方给出了详细的FAQ:http://sae.sina.com.cn/?m=faqs&catId=11#show_213
解决方案为:
01
$path
- 《教父》系列台词
dcj3sjt126com
Your love is also your weak point.
你的所爱同时也是你的弱点。
If anything in this life is certain, if history has taught us anything, it is
that you can kill anyone.
不顾家的人永远不可能成为一个真正的男人。 &
- mongodb安装与使用
dyy_gusi
mongo
一.MongoDB安装和启动,widndows和linux基本相同
1.下载数据库,
linux:mongodb-linux-x86_64-ubuntu1404-3.0.3.tgz
2.解压文件,并且放置到合适的位置
tar -vxf mongodb-linux-x86_64-ubun
- Git排除目录
geeksun
git
在Git的版本控制中,可能有些文件是不需要加入控制的,那我们在提交代码时就需要忽略这些文件,下面讲讲应该怎么给Git配置一些忽略规则。
有三种方法可以忽略掉这些文件,这三种方法都能达到目的,只不过适用情景不一样。
1. 针对单一工程排除文件
这种方式会让这个工程的所有修改者在克隆代码的同时,也能克隆到过滤规则,而不用自己再写一份,这就能保证所有修改者应用的都是同一
- Ubuntu 创建开机自启动脚本的方法
hongtoushizi
ubuntu
转载自: http://rongjih.blog.163.com/blog/static/33574461201111504843245/
Ubuntu 创建开机自启动脚本的步骤如下:
1) 将你的启动脚本复制到 /etc/init.d目录下 以下假设你的脚本文件名为 test。
2) 设置脚本文件的权限 $ sudo chmod 755
- 第八章 流量复制/AB测试/协程
jinnianshilongnian
nginxluacoroutine
流量复制
在实际开发中经常涉及到项目的升级,而该升级不能简单的上线就完事了,需要验证该升级是否兼容老的上线,因此可能需要并行运行两个项目一段时间进行数据比对和校验,待没问题后再进行上线。这其实就需要进行流量复制,把流量复制到其他服务器上,一种方式是使用如tcpcopy引流;另外我们还可以使用nginx的HttpLuaModule模块中的ngx.location.capture_multi进行并发
- 电商系统商品表设计
lkl
DROP TABLE IF EXISTS `category`; -- 类目表
/*!40101 SET @saved_cs_client = @@character_set_client */;
/*!40101 SET character_set_client = utf8 */;
CREATE TABLE `category` (
`id` int(11) NOT NUL
- 修改phpMyAdmin导入SQL文件的大小限制
pda158
sqlmysql
用phpMyAdmin导入mysql数据库时,我的10M的
数据库不能导入,提示mysql数据库最大只能导入2M。
phpMyAdmin数据库导入出错: You probably tried to upload too large file. Please refer to documentation for ways to workaround this limit.
- Tomcat性能调优方案
Sobfist
apachejvmtomcat应用服务器
一、操作系统调优
对于操作系统优化来说,是尽可能的增大可使用的内存容量、提高CPU的频率,保证文件系统的读写速率等。经过压力测试验证,在并发连接很多的情况下,CPU的处理能力越强,系统运行速度越快。。
【适用场景】 任何项目。
二、Java虚拟机调优
应该选择SUN的JVM,在满足项目需要的前提下,尽量选用版本较高的JVM,一般来说高版本产品在速度和效率上比低版本会有改进。
J
- SQLServer学习笔记
vipbooks
数据结构xml
1、create database school 创建数据库school
2、drop database school 删除数据库school
3、use school 连接到school数据库,使其成为当前数据库
4、create table class(classID int primary key identity not null)
创建一个名为class的表,其有一