IGV

GenVisR 基因组数据可视化实战(三)

3.genCov画每个突变位点附件的coverage，跟igv有点相似。这个操作起来很复杂，但是图还是挺有用的。可以考虑。

11的雾·2024-09-16 05:47

利用三代转录本升级基因组注释（gff3）

但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，通过三代转录本比对到基因组，再利用TOFU软件去冗余可以得到一个基于三代的基因组注释，在IGV

郝永超M1racle·2024-02-15 01:54

链特异性测序及在IGV中的可视结果

1.介绍与链特异性测序相对的是传统的非链特异性文库。通过链特异性测序，我们可以清楚的知道得到的reads跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性测序的方法是dUTP方法。dUTP方法是先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉。这样最后的insertDNAfragment都是来自于第

LeoinUSA·2024-02-11 09:26

看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容

老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes：探针捕获rna-seq：不会出现外显子两边下降chip-seq：不会出现整齐，得到的文件是

小梦游仙境·2024-02-08 12:56

StringTie在注释基因组时的注意事项

这个问题的提出，是我采取第二种方式时，发现合并后的基因数减少，觉得哪里不太对劲，于是用IGV检查了不同分析策略的结果，结论如下：St

xuzhougeng·2024-01-23 14:16

2019-08-20 ISO-Seq 注释等后续处理，说不定能替代IGV的浏览器

一个整合的iso-seq和genome浏览器，可以把数据中和ref中相似的isoforms聚合到一起，方便查看是哪个对应哪个https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/01/25/102905.full.pdfInteractiveanalysisofLong-readRNAisoformswithIso-SeqBrowserAbstrac

老_Z·2024-01-22 15:34

生物信息学软件：两种风格

GUI软件：MEGA,Rstudio,BioMart,IGV。生物信息学领域非常依赖于互联网来获取序列

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

IGV 自定义Reads 颜色

目的IGV经常被用于可视化检查NGS测序数据，尤其提供给人直观的突变信息，大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。

茄子_0937·2024-01-07 16:51

高通---ChIP-Seq数据的Peak calling以及visualization

visualization文章目录ChIP-Seq数据的Peakcalling以及visualization一、主要分析流程二、去除PCRduplicate以降低假阳性率三、peakcalling四、HOMER注释五、IGV

大柚子8323·2023-12-29 19:13

CHIP-Seq数据分析流程

美丽的lemon·2023-12-29 19:41

甲基化信息导入igv查看

SRR1182280_1_val_1_bismark_bt2_pe.bedGraph.gz和SRR1182280_1_val_1_bismark_bt2_pe.bismark.cov.gz含有甲基化信息，直接导入igv

scdzzdw·2023-12-26 06:44

基因组浏览器使用 (EPGG)

我们前面有测序数据可视化列举了4个常用的高通量数据可视化工具，详细介绍了IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据和UCSC基因组浏览器的安装使用。最近几次将以华盛

生信宝典·2023-12-01 11:53

C语言基因序列比对,转录组入门（5）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从

Valkla·2023-11-29 18:49

IGV-基因组浏览器-改造记录（二）

IGV改造系列，一直会继续，直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要。

生信石头·2023-11-22 01:45

原创纯文学平台||冷宇楼台赤月悬，拨云炫彩镜中天

【七绝】立春点击进入原文https://mp.weixin.qq.com/s/TDlLtaWj3b6IgV5QlpqbZg文/王万民岁暮风柔岸柳青，晚梅几朵逐寒星。春来大地催茵暖，万物苏萌碧水荧。

草帽诗社东方了了·2023-11-05 06:42

服务器端使用IGV

1.打开IGV终端打开IGVmoduleloadigvmoduleshowigv提示以下信息-------------------------------------------------------

LeoinUSA·2023-11-04 05:13

随笔 | 任性了一整个十月

万万没想到，国庆假期的一时兴趣，捡起了以前没干好的项目，重新干了一遍，于是开始了IGV-GSAman的一波折腾。

生信石头·2023-10-31 17:48

保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）

一、软件下载http://software.broadinstitute.org/software/igv/download这里以下载Windows版本为例，下载带有Java的版本，方便安装。

白墨石·2023-10-28 02:06

用IGV判断NGS链特异性

首先是下载安装IGV，下载地址为：Downloads|Int

木制品_1125·2023-10-23 00:49

文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化

whatisbambam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储空间，bam是sam的二进制格式，cram则是进一步压缩后的格式，这三者所记录的内容是一致的，但是bam文件是最常用的。记录了每一条reads比对到参考基因组的结果，主要有11列比较重要的信息（每一列以制表符分开）：bam文件的格式，如今我们的染色体那一列没有chr了，只有数字更多的说明可以

jiarf·2023-10-22 16:30

iOS 融云发送一条消息

发送图片消息UIImageView*igv=[[UIImageViewalloc]init];[igvsetImageWithURL:[NSURLURLWithString:[NSStringstringWithFormat

一只帅气的猿·2023-10-19 16:16

以「同源蛋白」为参考，高效提升「基因结构注释」质量

虽然，我在IGV的基础上，优化增强，并开发了IGV-GSAman，但其实我也就前几天才认认真真自己用了下，也做了不少优化。

生信石头·2023-10-17 09:54

PE测序中read1与read2关系

PE测序中read1与read2关系1、前言2、插入片段与PE测序的3种关系3、插入片段不测通时PE_reads间关系（1）fq中的reads（2）bam中的reads（3）IGV中的reads参考文件

S_AGZX·2023-10-11 08:35

如何在Rawdata的fq.gz中找到一条read序列

事情是这样的：在IGV中查看我的bam文件时，找到了一对有趣的reads：E00582:592:HHF5YCCX2:3:2101:5863:59604这个bam文件用的是clean的reads，但我想看看

笺牒九州的怪咖·2023-10-07 03:28

基因组比对结果的可视化

IGV（IntegrativeGenomicsViewer）是一款本地使用的基因组可视化神器，不管你用何种系统基本上都可找到对应的安装包，方便且实用。

EwanH·2023-10-06 08:06

IGV-基因组浏览器-改造记录（六）

写在前面经过了前面的五次IGV改造，我以为这个系列可能就到此为止了。

生信石头·2023-09-29 14:28

夏夜我的一天胡思乱想

喜欢夏日的夜晚图片发自App散散步吹吹风和朋友聊聊天今天挺好，比昨天好举行了一次家庭网上会议哈哈寝室空调有点冷15号楼没空调但觉得不是很热图片发自App刚刚好吧开了会关于iGV夏季项目还可MK也要开会啦加油你们都很优秀都很好我也会慢慢变好的变得自信变得没那么差对自己说加油看到操场图片发自

ginger不哭·2023-09-22 06:00

IGV导入注释文件-转载

注释文件下载流程进入Gencode网站（http://www.gencodegenes.org/），data>>human>>GRCh37-mappedreleases>>GENCODErelease26>>Comprehensivegenomeannotation/GTF,GFF3右键获取下载链接，使用wget命令进行下载：cdncbi/hg19#切换到hg19目录下wgetftp://ftp.

酷睿_1991·2023-09-12 22:57

nmpa www.cmde.org.cn/flfg/zdyz/

www.cmde.org.cn/flfg/zdyz/https://www.cmde.org.cn/flfg/zdyz/flmlbzh/flmltwsy/index.html专家共识-检验科Ⅲ-9与流式技术相关的试剂IGV

mingyangdede·2023-09-08 14:27

【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果

写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。

巩翔宇Ibrahimovic·2023-09-08 06:32

Gviz绘制基因isoform结构

TheGvizUserGuideisoform结构绘图----R包Gviz(IGV菀菀类卿)需要从GTF文件中提取并准备数据rm(list=ls())suppressMessages(library(tidyverse

落寞的橙子·2023-09-02 19:43

sam/bam文件结合igv可视化

关于sam/bam文件的格式，网上已经有很多介绍，但是很多没有结合igv可视化，所以不容易理解

Nickier·2023-08-29 14:52

基因组浏览器、BAM文件可视化工具（2）--- IGV

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。

笺牒九州的怪咖·2023-08-19 23:27

2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一）

刘小泽写于19.6.8之前最开始学习IGV的时候写过两篇推文，当时简单做了了解，但有朋友说意犹未尽，嗯我也这么觉得，总觉得还是学的不够。

刘小泽·2023-08-11 12:27

IGV.js 的完全本地化运行探索

问题及解决方法IGV.js完全本地化是为了合规，不使用外网的情况下查看基因组。不联网需要下载genomes.json文件及其中的内容之外，还需要修改igv.js本身，防止5s超时后才显示网页内容。

biomooc·2023-08-11 09:29

mac pro 13.3从Monterey降到Catalina记录帖

上周因为IGV打不开，加上下载不了colorSlup(11.0以上的系统），就从Catalina升级到了Monterey，升级之后发现vmvare使用不了，目前没有版本适用，微信也打不开，就计划要降回去通过咨询朋友

橙子榴莲巧克力·2023-07-29 12:34

IGV-基因组浏览器-改造记录（一）

写在前面在前述的推文，我已经分享了《任何人，如何改造IGV基因组浏览器》。但是似乎，并没有太多人感兴趣。当然，这个也并不值得Care，毕竟不是

生信石头·2023-07-26 20:32

IGV-基因组浏览器-改造记录（四）

写在前面前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。

生信石头·2023-07-18 06:28

IGV 自己加载或者导入参考基因组

1.加载基因组及注释文件加载的基因组文件必须是fasta格式或者IGV.genome格式。

Weizhen_dd13·2023-04-16 00:25

IGV的使用

IGV全平台数据可视化工具。参考1IGV官方地址参考2IGV支持二次开发，包括js和python版。读取bam文件。对于拼接的bam文件的结果进行可视化。

wo_monic·2023-04-15 11:29

简单介绍IGV软件的安装和使用

最近遇到了一个售后，客户在使用IGV时遇到问题，我之前也没有用过此软件。现在便把安装过程记录一下。

Seurat_Satija·2023-04-13 17:46

bam 可视化：samtools tview 详细解释

bam可视化软件大家可能熟悉的是IGV，然而，IGV对于大多数linux用户来说并不友好，而samtoolstview可以很好满足该需求。

心如止水-WTF·2023-04-11 21:07

IGV自导入参考基因组

IGV里自带基因组信息，但这与我们分析数据的版本上不同。

pudding815·2023-04-10 14:34

怎样用IGV查看reads对的方向关系？

写在前面IGV(IntegrativeGenomicsViewer)是一款本地即可使用的基因组浏览器，经常被用来做比对结果的可视化。

徐广惠_6f76·2023-04-10 08:32

IGV-基因组浏览器-改造记录（七）

写在前面活着的软件，不会停止更新。只是每一个软件更新（对外开放新版本）的频率不同。曾经TBtools平均每天一更，当然现在已经很长时间不更新了，或者确切地说，并不那么频繁地推出新版本了。这或许有两个方面的原因：经过大部分用户的测试和使用，软件的大多数常用功能鲁棒性较好，不会有程序上的问题，所以无需更新；常见的需求会被提出，但需求类型是有限的。TBtools从某个角度来说，其实只是做了以前一切公司不

生信石头·2023-04-01 22:58

IGV 导入本地基因组及注释文件

IGV软件有自带的基因组文件和注释文件，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化bigwig文件或者bam文件时可能就有问题了。

小黑黑黑黑·2023-03-21 23:55

Cytoscape使用

Cytoscape安装，java问题因为此前安装了igv，需要java8并且安装了。现在要安装Cytoscape，发现最新版3.8.2需要java11。

大胆冒险实践者·2023-03-14 07:49

IGV-基因组浏览器

电脑系统：Ubuntu18.04ItegrativeGenomicsViewer(IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，此工具可以让从事生物信息的科研工作者轻松的分析查看多种基因组数据

东风008·2023-03-12 15:34

港口/码头区别、堆场箱位介绍、AGV/IGV等区别

港口和码头的区别由港口到码头，还有几个层次：港口群——港口——港区——作业区——码头——泊位。港口是一个区域所有港口设施的全部，里面可以包含众多港区、众多作业区、众多码头、众多泊位。还包括了后方的陆域、辅建区、商务配套功能，以及金融、保险等偏软的服务，也包括水域范围。一个大的港口，可能两个港区距离就有几十公里远，而且包含很多功能不同的码头泊位，集装箱来了，去集装箱码头，煤炭来了，去煤炭码头。码头是

cheerss·2023-01-28 03:27

ATAC-seq分析：教程简介（1）

https://www.broadinstitute.org/igv/MACS2MACS2[2]没有R包，但MACS2可在

冷冻工厂·2022-12-29 13:51

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