分子动力学

基本排序 - Algorithms, Part I, week 2 ELEMENTARY SORTS

在交易处理，组合优化，天体物理学，分子动力学，语言学，基因组学，天气预报和许多其他领域中的应用比比皆是。在本章中，我们考虑了几种经典的排序方法和一种称为优先级队列的基本数据类型的有效实现。
黑洞的奥义·2020-08-22 11:20

算法--排序

应用于事务处理，组合优化，天体物理学，分子动力学，语言学，基因组学，天气预报等众多领域
小小学长·2020-08-21 01:28

#分子模拟#MDTraj分子模拟python包（一）

MDTraj是分子动力学模拟的一个python包，相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强，更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换，常规计算，分析等等一体化。
生信杂谈·2020-08-19 03:50

一些计算软件介绍

ABINIThttp://www.abinit.org/ABINIT的主程序使用赝势和平面波,用密度泛函理论计算总能量,电荷密度,分子和周期性固体的电子结构,进行几何优化和分子动力学模拟,用TDDFT(
hdpai2018·2020-08-17 00:44

去癌-计算模拟-分子动力学-01

原始文章《ScalingMolecularDynamicsBeyond100,000ProcessorCoresforLarge-ScaleBiophysicalSimulations》译文如下：Abstract:对生物间相互作用的复杂性的兴趣增长，不断驱动着对生物物理学模拟方面增加系统大小的需要。这就不仅需要强有力的先进的硬件，也需要相应的，能够容纳在复杂力场下相互作用的大量原子的软件。为了处理
robotshawn·2020-08-16 08:12

AMBER:对单个复合物进行分子动力学模拟的python包(cpu并行版本)

最近在试着把md的标准过程写成python包,闲话少说上脚本#!/usr/bin/envpython#-*-coding:utf-8-*-#=============================================================================#对于单个复合物进行md流程#======================================
贺俊宏·2020-08-16 08:08

#AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新)

Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:其中又分为:1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等)2.运行动力学模拟(sander,pmemd等
贺俊宏·2020-08-16 08:08

Amber在Ubuntu/Debian上的安装教程 - 分子动力学

去年我们团队项目的主要建模部分就是分子动力学。想起一年前自己自己在分子动力学这个偌大的学科中一步步跌跌撞撞地走来，一些奇怪的坎儿当时因为太忙没有来的及写成Blog。
Chonpca·2020-08-16 07:33

分子动力学系综小结 （转）

系综(ensemble)是指在一定的宏观条件下(约束条件),大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。全称为统计系综。系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时引入的一个基本概念；系综是统计理论的一种表述方式，系综理论使统计物理成为普遍的微观统计理论；系综并不是实际的物体，构成系综的系统才是实际物体。约束条件是由一组外加宏观参量来表示。在平衡统计力学范畴下，可以用来处理
ZJayHan·2020-08-16 07:58

分子动力学（MD）模拟，模拟体系构建经验总结

在一个完整的分子动力学模拟中，一般包括以下几个步骤：选择将要使用的力场，并根据模拟体系确定力场参数，构建力场文件；产生初始构型，搭建模拟体系；模拟退火（simulatedannealing）；平衡体系；
lisa25496·2020-08-16 07:51

分子动力学模拟 心得 适合新手！！！

分子动力学模拟心得适合新手1.看完《分子模拟从算法到应用》那本书的第四章，不用全看完，但是至少要对分子动力学模拟过程有一个了解。
hdpai2018·2020-08-16 06:41

第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程

与经典分子动力学不同，第一性原理分子动力学不需要提供力场参数，只需要提供原子初始结构，就能根据电子波函数正交化产生的虚拟力，求解牛顿运动方程。
aa74159·2020-08-16 05:07

AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐

Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序，AMBER支持GPU加速，可运行显式溶剂PME和隐式溶剂GB模拟。
wdf8088·2020-08-16 05:01

分子动力学简介

分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质
拉普拉斯小妖_4e75·2020-08-10 19:49

生物信息学初学——山大公开课笔记

编程基础与网页制作生物信息学研究对象核酸测序及应用；基因序列注释；基因预测；核酸序列比对；核酸数据库；比较基因组学；宏基因组学；基因进化；RNA结构预测；等蛋白质蛋白质数据库；蛋白质序列比对；二/三级结构预测；相互作用分析；分子动力学模拟
weixin_42953727·2020-07-30 04:44

阿里云产品头条（2018年1月刊）

适用于高性能计算行业，如气象预报、计算化学、生命科学、分子动力学、纳米材料等。使用集群小于200vCPU（含200）不收费，集群规模大于200vCPU按0.02元/核时收费。产品功能及优势
云栖社区v·2020-07-11 05:18

HPC计算环境中的数学库

,blacs,scalapck为线性方程库,主要用作物理化学软件中,最常用的为blas和lapack,Goto库为优化的blas库,性能比blas库提高很多.2fftw库,主要为傅立叶变换库,主要用在分子动力学程序中
weixin_34358365·2020-07-08 18:45

【DFT】Centos7下安装vasp5.4.4

VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
小渣渣zh·2020-07-06 08:52

计算软件介绍siesta、vasp、wien2k、PWSCF、Materials Studio

1siesta背景介绍：(SpanishInitiativeforElectronicSimulationswithThousandsofAtoms)是一种实现电子结构计算和第一性原理分子动力学模拟的程序
凯军啊·2020-07-04 17:29

VASP学习笔记--输入输出文件

一、VASP全称ViennaAb-initioSimulationPackage，是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。
diantong2260·2020-07-04 14:47

CPPTRAJ聚类/团簇分析教程

byDanielR.Rose原文地址从分子动力学模拟中确定结构布居(structurepopulations)的一种方法是聚类/团簇分析。
Lewisbase·2020-07-04 02:32

谈谈认知宽度

所谓分子动力学，是凝聚物理，化学，数学前沿的一门学科，对，还需要机器学习和AI技术，但这门科学用于医疗健康的时
caoz·2020-07-01 19:18

最近阿里云正式发布弹性高性能计算产品

适合客户：高性能计算行业，包括但不限于工业设计制造、工业仿真、气象预报、计算化学、生命科学、材料力学、分子动力学、天体、流体力学、纳米材料、电子设计、数据分析、人工智能领域等。

Promise_魅眸·2020-06-30 15:04

NGLView 安装与配置-交互式分子结构和轨迹查看

NGLViewNGLview是JupyterNotebook的小插件,可用于交互地可视化分子结构,可以查看分子动力学轨迹数据.支持读取文件数据。
qq2648008726·2020-06-27 03:32

【设计理念】分布式系统的麻烦

具有数千个CPU的超级计算机通常用于计算密集型科学计算任务，如天气预报或分子动力学。另一个极端是云计算（
Ryan_W·2020-05-20 22:00

谈谈认知宽度

所谓分子动力学，是凝聚物理，化学，数学前沿的一门学科，对，还需要机器学习和AI技术，但这门科学用于医疗健康的时
caoz的梦呓·2020-04-12 00:00

微软分享让Folding@Home运行更加安全的PowerShell沙箱脚本

作为一个分布式计算项目，其旨在通过众人拾柴火焰高的方式，执行有关蛋白质折叠的分子动力学模拟。不过现在，该组织已经将重心放在了应对COVID-19这场公共卫生安全大危机上。
itwriter·2020-04-07 15:00

问路在何方

后来我就自学量子力学，毕业设计选了材料学院唯一一个搞理论的教授，做了分子动力学，也算是跟理论物理擦点边吧。每周参加组会，听组里博士和博士后的汇报，
Kirais·2020-02-27 03:20

Gromacs CUDA版一键安装脚本

Gromacs是一款非常优秀的分子动力学模拟软件，功能非常强大，但是CUDA版本安装较为复杂，对新手不友好，故写了一个脚本方便安装（需管理员模式）：使用方法:将解压后的脚本放置于主文件夹（home主目录
生信杂谈·2020-02-16 15:28

[原创-文献阅读]: NGLview-Jupyter Notebooks的交互分子图形显示

NGLview是JupyterNotebook的小部件,可用于交互地可视化分子结构,甚至可以查看分子动力学轨迹数据.这个插件可以支持读取文件数据,在线数据甚至一些热门的python分子分析模块对象.程序的源代码可以在网上
爱折腾的大懒猪·2020-02-09 06:29

ios性能优化

什么是GPU:传统认为GPU只加速了图形，现在观念变了，越来越注重GPU在分子动力学模拟等方面的加速了。其带来的效应和CPU
聆听者JYZ·2020-01-08 17:26

【火炉炼AI】机器学习053-数据降维绝招-PCA和核PCA

Numpy1.14,scikit-learn0.19,matplotlib2.2)主成分分析（PrincipalComponentAnalysis,PCA)可以说是数据降维的绝招，不仅在人口统计学，数量地理学，分子动力学模拟
科技老丁哥·2019-12-30 13:55

小分子黄腐酸在不同浓度液体中的云团聚状态研究

(a)水溶液中，系统包含2个黄腐酸分子的聚集过程；(b)水溶液中，系统包含4个黄腐酸分子的聚集过程；(c)水溶液中，系统包含8个黄腐酸分子，通过常温分子动力学模拟，经过12．34ps出现的聚集状态；(d
光明行工作室·2019-12-25 13:45

ODYSSEY：一个自上而下建立的分子可视化工具，用于支持一般化学基础概念的教学

ODYSSEY的内容定制从入门和高中一年级化学到AP和大学级别的普通化学，利用分子动力学计算的力量，为学习和探索提供了一个互动的环境。
哲想软件·2019-11-27 00:00

ODYSSEY：一个自上而下建立的分子可视化工具，用于支持一般化学基础概念的教学

ODYSSEY的内容定制从入门和高中一年级化学到AP和大学级别的普通化学，利用分子动力学计算的力量，为学习和探索提供了一个互动的环境。
哲想软件·2019-11-26 00:00

分子模拟中的LINCS/SHAKE警告及应对

我们使用GROMACS进行分子动力学模拟时常常会遇到LINCSwarning这样的警告，过多的警告会导致体系崩溃，程序运行异常。
Lewisbase·2019-11-07 04:15

基本排序 - Algorithms, Part I, week 2 ELEMENTARY SORTS

在交易处理，组合优化，天体物理学，分子动力学，语言学，基因组学，天气预报和许多其他领域中的应用比比皆是。在本章中，我们考虑了几种经典的排序方法和一种称为优先级队列的基本数据类型的有效实现。
黑洞的奥义·2019-03-20 00:00

[ZT] 陶鹏课题组JCTC论文：基于t-SNE的分子动力学模拟结果的降维分析方法

来自ComputArt计算有乐趣公众号2018-11-28分子动力学直接生成的数据原则上是分散在3N维度的空间中（N为体系内原子总数），因此难以直接分析。
爱折腾的大懒猪·2019-01-12 11:10

Lammps命令与in文件

LAMMPS即Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator(大规模原子分子并行模拟器)，是由美国能源部桑迪亚国家实验室开发的一种开源的经典分子动力学模拟代码
Bree-No1·2019-01-07 20:00

Coding and Paper Letter（三十七）

echor3.CPPTRAJ是一个旨在处理和分析分子动力学轨迹和从其分析中得出的相关数据集的程序。cpptraj4.GAMer是一种表面网格改进库，用于调整源自嘈杂生物成像数据的表面网格。
G小调的Qing歌·2018-10-16 10:40

你不屑解决小问题吗？

他之前研究过分子动力学等一些学科，而且电磁学也是在他大学毕业之后，才开始的。
赤子桥·2017-04-16 09:19

在Itanium2、Intel Fortran Compiler上安装VASP4.6

这个软件也可用在物理系，做分子动力学等分析。 2、首先声明一点：VASP4.6无法在Intel Fortran Compiler 8系列上编译通过。
·2015-11-10 23:15

【 D3.js 进阶系列 — 2.2 】 力学图的参数

D3中的力学图布局是使用韦尔莱积分法计算的，这是一种用于求解牛顿运动方程的数值方法，被广泛应用于分子动力学模拟以及视频游戏中。
lzhlzz·2014-11-15 10:00

平衡态分子动力学模拟

  平衡态分子动力学模拟1.微正则系综的分子动力学模拟  粒子数恒定、体积恒定、能量恒定、整个系统的总动 量恒等于零。
adalor·2014-09-04 20:00

Gromacs源码收获（三）

     哎，真是苦逼的，对分子动力学的不熟悉导致对Gromacs源码的解读不太顺利。
hanxing0·2014-03-31 15:00

Gromacs源码收获（二）

Gromacs作为老牌的分子动力学模拟软件，其优化已经做的相当出色了。
hanxing0·2014-03-24 15:00

Gromacs源码收获（一）

对于分子动力学的小白来说，做这个真心是一个巨大的挑战啊。但是通过看代码还是能学到些东西的，聊以慰藉。
hanxing0·2014-03-21 21:00

利用POVME计算蛋白的口袋的体积

POVME为一个简单的python脚本用于计算蛋白的活性口袋的体积 ,这里是POVME的网址可以下载源代码http://www.nbcr.net/POVME/ 这里主要介绍一下我自己用POVME计算分子动力学轨迹中的蛋白活性口袋的体积的变化
rogerzhanglijie·2013-07-17 13:00

Amber跑分子动力学时对初始PDB文件的处理过程

amber中生成小分子模板amber,小分子,模板第一步：生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber程序就是生成小分子模板的。生成模板要进行量子化学计算，这一步可以由antechamber中附带的mopac完成，也
rogerzhanglijie·2013-05-08 13:00

Amber12发布了

著名的分子动力学模拟软件Amber最近发布了新版本Amber12。同时，AmberTools也发布了新版AmberTools12。
rogerzhanglijie·2012-12-26 09:00
上一页 1 2 3 4 5 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他