分子动力学

简单安装：通过CMake安装LAMMPS

经验分享LAMMPS即Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作
DFT计算杂谈·2023-08-11 22:29

Gromacs分子动力学培训通知

一，软件介绍GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。.
CAE320·2023-08-06 02:55

分享 | CADD之分子动力学的简介（上篇）

引言分子生物学家一直在试图了解蛋白质或其他生物分子是怎样运作的。原子级别的结构非常有用，通常可以让我们深入了解生物分子的功能。然而，生物分子中的原子是不断运动的，分子功能和分子间的相互作用都取决于所涉及分子的动力学。实验上,尽管X射线衍射、核磁共振等高分辨结构生物学方法能够给出蛋白质/核酸天然态结构的高分辨原子位置信息,但通常不能直接提供分子功能运动的动态信息。相反地,以光谱学技术为代表的各种生物
APExBIO2022·2023-08-04 15:10

AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐

Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序，AMBER支持GPU加速，可运行显式溶剂PME和隐式溶剂GB模拟。
wdf8088·2023-07-24 22:22

用C语言构建简单的石墨烯六边形模型（附带边界条件）

一个非常简单的石墨烯模型构建，可以做一些小的分子动力学模拟。六边形模型很容易构造，关键是处理周期边界上的原子。可供物理学，材料学方面的本科生和硕士低年级参考。
Tomiiu·2023-07-20 01:56

跟我学AI建模：分子动力学仿真模拟之DeepMD-kit框架

摘要：分子动力学仿真模拟的重点就在于如何建立模型描述分子间的相互作用。本文分享自华为云社区《AI建模-分子动力学仿真》，作者：木子_007。
·2023-06-21 11:49

AMBER分子动力学模拟之结果分析(突变型的能量计算,丙氨酸扫描)-- HIV蛋白酶-抑制剂复合物(5)

AMBER分子动力学模拟之结果分析(突变型的能量计算,丙氨酸扫描)--HIV蛋白酶-抑制剂复合物(5)丙氨酸扫描在带电残基上引入一个或几个丙氨酸，观察这些改变对蛋白功能的影响。
发呆的比目鱼·2023-06-17 16:12

AMBER分子动力学模拟之结果分析(构象分析)-- HIV蛋白酶-抑制剂复合物(6)

AMBER分子动力学模拟之结果分析(构象分析)--HIV蛋白酶-抑制剂复合物(6)RMSDRMSFb-facto计算RMSDRMSDmeasuresthedeviationofatargetsetofcoordinates
发呆的比目鱼·2023-06-17 16:12

AMBER分子动力学模拟技术

AMBER分子动力学程序包是加州圣弗兰西斯科大学（UniversityofCaliforniaSanFrancisco,UCSF)的PeterAKollman和其同事编的，程序很全，现在已经发展到版本9.0
桃子0·2023-06-13 09:54

Gromacs安装

#Gromacs软件在新集群机器指南##简介  Gromacs是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。
今天月亮不加班·2023-06-10 10:46

基于MS进行CO2驱沥青质沉积分子动力学模拟

因此,本文通过MS软件进行分子动力学模拟，分析沥青质沉积对CO2驱油的效果。1.建立基础模型通过MS的建模
CAE320·2023-06-08 05:29

蛋白-配体相互作用、柔性对接及基于结构的虚拟筛选、基于药效团虚拟筛选、构效关系模型预测分子活性

其它相关课程：《Amber分子动力学技术与应用专题培训》、《Gromacs分子动力学技术与应用专题培训》、《人工智能药物设计技术与应用专题培训》、《新药先导化合物的虚拟筛选技术与实践专题培训》具体介绍请咨询联系人
桃子0·2023-04-20 14:16

玻色量子与中国医科院药物研究所达成战略合作

玻色量子与中国医学科学院药物研究所达成战略合作，中国医学科学院药物研究所郭彦伸副研究员与玻色量子创始人马寅正式签约，双方将联合研究并实施量子计算在药物研发领域中的前沿用例，包括虚拟筛选、蛋白质结构设计、分子动力学模拟等相关场景
QBoson·2023-04-19 20:26

学术速运|利用深度学习和分子动力学模拟设计抗菌肽

题目：Designingantimicrobialpeptidesusingdeeplearningandmoleculardynamicsimulations文献来源:BriefingsinBioinformatics,2023,1–13代码：https://github.com/gc-js/Antimicrobial-peptide-generation简介：随着多药耐药细菌的出现，抗菌肽（A
DrugPython·2023-04-17 22:16

Deepmd-lammps在集群上的编译方法（以南方科大的集群为例）

Deepmd是一款高效的神经网络势函数训练软件，只需要有一些Linux和基本的lammps分子动力学基础的使用者即可上手。Deepmd具有很好的lammps接口。
Deepworld·2023-04-10 11:10

从源码编译安装 TensorFlow C++ 库和 DeepMD-kit

DeepMD简介DeePMD-kit是一个用Python/C++编写的软件包，旨在最大限度地减少构建基于深度学习的原子间势能和力场模型以及执行分子动力学(MD)所需的工作。
MrXun_·2023-04-10 11:40

分享 | CADD之分子动力学的简介（下篇）

在上篇中，我们了解了分子动力学的基础和基本原理，接下来我们来看一下MD模拟是如何保证准确性的，以及它的主要流程。MD的准确性如何？
APExBIO2022·2023-04-10 01:13

量子化学计算机程序,量子化学

NWChem使用标准量子力学描述电子波函或密度，计算分子和周期性系统的特性，还可以进行经典分子动力学和自由能模拟。软件类型开源软件EducationalCommunitylicen
weixin_39946313·2023-04-09 23:13

开源CFD软件---OpenFOAM简介

该软件能够进行流体、传热、分子动力学、电磁流体、固体应力的解析，能够实现从网格划分到后处理的可视化流程。
Kevin_WALKE·2023-04-04 17:06

学术速运|利用分子动力学来模拟洗脱溶液中的环肽构象

题目：ElucidatingSolutionStructuresofCyclicPeptidesUsingMolecularDynamicsSimulations文献来源：Chem.Rev.2021,121,2292−2324代码：无（综述）简介：蛋白质-蛋白质相互作用对生物过程至关重要，但它们界面的形状和大小使它们难以使用小分子靶向。环状肽已显示出作为蛋白质-蛋白质相互作用调节剂的前景，因为它们
DrugPython·2023-03-21 05:34

Molecular dynamics simulations of the Debye-Waller effect in shocked copper论文翻译

题目：MoleculardynamicssimulationsoftheDebye-Wallereffectinshockedcopper受冲击铜中德拜-沃勒效应的分子动力学模拟作者：WilliamJ.Murphy
Verethragna7·2023-03-20 02:22

GROMACS-20190227

最近在学习分子动力学，先从GROMACS开始。
ZeroDesigner·2023-02-17 12:16

MindSpore社区群组介绍系列之三——WG- Molecular Modeling

分子动力学[0]最早在20世纪50年代由物理学家提出，是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠计算机来模拟分子、原子体系的运动，是一种多体模拟方法。
昇思MindSpore·2023-02-04 23:41

PyAutoFEP Tutorial--基于Gromacs

PyAutoFEP自由能微扰计算–基于Gromacs简介注意：以下教程假定读者熟悉分子动力学(MD)和自由能微扰(FEP)理论。此外，了解GROMACS工具、拓扑和输入文件也很有用。
发呆的比目鱼·2023-02-01 09:26

格子玻尔兹曼在多孔介质孔隙尺度气泡输运调控中的应用和MATLAB仿真『需要数据和代码请先私信』

该方法相比于其他传统CFD计算方法，具有介于微观分子动力学模型和宏观连续模型的介观模型特点，因此具备流体相互作用描述简单、复杂边界易于设置、易于并行计算、程序易于实施等优势。
C0mm_notes·2023-01-31 15:41

蛋白质聚集的分子动力学模拟

蛋白质聚集的分子动力学模拟（Moleculardynamicssimulationsofproteinaggregation）蛋白质紊乱和聚集在许多神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）的发病机制中起着重要作用
桃子0·2023-01-28 04:51

论文笔记：BridgeDPI: a novel Graph Neural Network for predicting drug–protein interactions

2022Bioinformatics1introduction使用图神经网络预测药物和蛋白质的相互作用（DPI，drug-proteininteraction）目前预测药物和蛋白质相互作用的方式主要有以下几种：基于对接的方法（docking-based）使用分子动力学模拟重建蛋白质与药物在空间中的接触关系目标是寻找药物分子在蛋白质上结合的最佳位点缺点是需要精确的蛋白质结构
UQI-LIUWJ·2023-01-27 13:35

量子计算：勃林格殷格翰与谷歌联手开展药物研发

勃林格殷格翰宣布与谷歌量子人工智能部门达成一项合作协议，双方将专注于研究与实现药物研发领域量子计算的前沿应用案例，特别是在分子动力学模拟领域。
美通社·2023-01-23 13:13

CADD计算机辅助药物设计+先导化合物筛选+薛定谔专题+分子动力学模拟

计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发
Waiting814·2023-01-18 18:28

分子动力学模拟学习3-Gromacs数据处理

1.周期性边界处理：gmxtrjconv-smd.tpr-fmd.xtc-omd_noPBC.xtc-pbcmol-center#选择1("Protein")作为置中的组分，选择0("System")作为输出2.计算RMSD：gmxmake_ndx-fcomplex.gro-ormsd_index.ndx#新建用于计算RMSD的ndx文件，并在此运行下输入下列命令4&r1-303#新建4&待分析氨
TruelyBe·2023-01-14 21:28

【阅读笔记】分子动力学模拟理论

第一章-分子模拟概况量子力学方法(QM)精确但十分缓慢适用于简单分子。分子力学方法(MM)简单快速，在部分情况下也能获得和量子力学方法一致的结果。第二章-力场简单数学表达的势能函数被称为力场。总势能=非键结合势能+（键收缩势能+键角弯曲势能+二面角扭曲势能+离平面震动势能）+库伦静电势=LJ势能（vanderWaalsforce）+键能+库伦静电势势能函数由常数、距离（r，Δr）、和角度（键角和二
蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:57

分子动力学模拟计算新冠病毒S蛋白和抗体结合自由能

参照教程,为了适合S蛋白和抗体，对原教程进行了大量适用性修改，得到结果不保证准确性（甚至是错误的），但好在流程走通，得到了一个数据。伞形采样(UmbrellaSampling)http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/index.html准备复现的是上面的论文，所以也也部分参考里面的参数。云计算平台：北鲲云使用的软件是云计算平台的Gromacs，下面两个是用到
蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:26

分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF

文章来源：公众号“科研讨论圈”以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。
Hbaixue·2023-01-14 21:56

【分子动力学模拟】centos7使用gmx_MMPBSA时使用gmx_MMPBSA_ana时无法调用pyqt5

这是由于centos7的库太老了，建议使用conda安装，我们可以调用conda的库exportLD_LIBRARY_PATH="/home/user/miniconda/envs/gmxMMPBSA/lib"将上面的环境变量添加进入~/.bashrc,source后基本可以解决问题
meta_Yuren·2023-01-14 21:56

分子动力学模拟自由能计算gmx_mmpbsa脚本原理和使用

先讲原理：前三项是标准的键能项（MM，包括键，角，和二面角的变化引起的能量变化、库伦势、范德瓦尔斯相互作用），Gpol和Gnp是溶剂化自由能的极性和非极性贡献。Gpol通常通过求解PB方程或使用广义Born（GB）模型获得，而非极性项通过与溶剂可及表面积（SASA）的线性关系进行估计。最后一项是绝对温度T乘以熵S，通过振动频率的正常模式分析进行估计。Gpol周围的水，电解质会对盒子内的蛋白质原子电
蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:25

分子动力学模拟AMBER参数意义

imin=0运行分子动力学模拟，imin=1运行能量最小化，i
shijian1318·2023-01-13 11:35

关于SDF介绍

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/kMwnIbuiTE-LsXGYQonedQ简单来讲，SDF文件就是一个化学表格文件。
hdpai2018·2023-01-10 03:42

【CP2K教程（一）】元动力学（metadynamics）与增强采样技术

自20世纪50年代后期分子动力学(MD)早期出现以来，它已成为许多科学分支的标准工具，从物理学到生物学，从化学到材料科学。高端计算领域的进步，让我们可以了解复杂过程背后的机制、解释实验结果并做出预测。
Almond_02·2023-01-07 18:08

利用计算机辅助药物设计方法有何优点,计算机辅助药物设计是什么？关于计算机辅助药物设计的详细介绍...

概述随着计算机科学的进步，以及数学、化学、物理学、生物化学、药物化学、分子生物学和结构生物学等基础学科的发展，利用量子化学、分子力学、分子动力学计算，以及用计算机图形学、数据库技术、人工智能技术进行药物分子设计的研究在不断地
weixin_39966465·2023-01-05 16:29

计算机辅助药物设计 目录,计算机辅助药物设计理论及应用简介，目录书摘

《计算机辅助药物设计理论及应用》针对学生在计算机辅助药物设计学习过程中可能遇到的各种问题，介绍了数据库、定量构效关系、药效团、分子对接、虚拟筛选、同源模建、分子动力学模拟、自由能计算理论以及药物设计过程中常用软件和数值计算方法
沃特JS·2023-01-05 15:27

#今日论文推荐#Npj Comput. Mater.: 机器学习+随机特征方法—开发原子间势

:机器学习+随机特征方法—开发原子间势基于经验力场的经典分子动力学(MD)已成为一种在原子尺度上预测材料性质和行为的强大技术。
wwwsxn·2022-12-31 06:36

分子动力学模拟软件VMD的安装与使用

技术背景购物返利m.cpa5.cn在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。
分发吧·2022-12-23 21:49

浅谈分子动力学(MD)模拟及其势文件

文章目录1.分子动力学概述2.力场介绍及其应用2.1简单液体的力场2.2分子物质的力场2.3材料力场3.势文件的拟合4.温度、压强与周期性边界条件4.1温度4.2压强4.3周期性边界条件5.in文件命令解析
雪薇儿·2022-12-23 04:03

【学习笔记】山东大学生物信息学-04 蛋白质结构预测与分析

三级结构可视化软件VMD4.4计算方法预测三级结构4.5三级结构的比对4.6蛋白质分子表面性质4.7获取蛋白质四级结构4.8蛋白质-蛋白质分子对接4.9蛋白质-小分子分子对接4.10虚拟筛选与反向对接4.11分子动力学模拟四
taotaotao7777777·2022-12-19 19:41

Python3实现打格点算法的GPU加速

比如在分子动力学模拟中，计算近邻表的时
DechinPhy·2022-12-16 03:44

昇腾AI助力分子动力学模拟研究

昇腾AI助力分子动力学模拟研究》，作者：昇腾CANN。研究背景分子动力学是一套分子模拟方法，主要依靠牛顿力学来模拟分子体系运动，是研究微观世界的有效手段。但传统研究手段的时间复杂度较
华为云开发者联盟·2022-12-15 05:21

昇腾AI助力分子动力学模拟研究

研究背景分子动力学是一套分子模拟方法，主要依靠牛顿力学来模拟分子体系运动，是研究微观世界的有效手段。但传统研究手段的时间复杂度较高，仅限于研究数千量级原子的小型系统，在应用中存在普遍局限性。
昇腾CANN·2022-12-13 16:57

Gromacs副本交换分子动力学模拟(REMD)

REMD(副本交换分子动力学)是一种增强采样方法，其在不同温度下对具有相似势能的体系进行采样。通过这种方法，可以增加体系跳出势能面势阱的可能性，从而达到探索新的构象空间的目的。
grosetta·2022-12-11 15:57

linux下vasp安装

VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。1、下载vasp-6.3.0软件。
futureZG·2022-12-10 01:59

神威OpenFOAM——最流行的开源CFD软件与神威·太湖之光的珠联璧合

背景OpenFOAM（Open-sourceFieldOperationAndManipulation，开源的场运算与操作）是一款基于C++编写的面向对象CFD类库，被广泛用于流体、传热、分子动力学、电磁流体甚至金融等领域问题的模拟
SIMFORGE·2022-12-10 00:29
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