分子动力学第3页

Gromacs通过伞状抽样的方法计算自由能

在分子动力学模拟领域，具有众多成熟的模拟软件例如NAMD、LAMMPS、Amber以及Gromacs等。

CAE320·2022-12-03 01:19

自由能计算专题3：gromacs计算自由能的7种方法案例

前言本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例，教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理，关于自由能计算原理和方法可以参考自由能专题

mt811·2022-12-03 00:09

12月7日即将讲解激发态与非绝热分子动力学

材料计算·训练营TDDFT系列2——激发态与非绝热分子动力学ORGANIZATION：北京龙讯旷腾科技有限公司DATE：2022/12/7（周三）TIME：AM9:30-11:30PM14:00-17:

龙讯旷腾·2022-12-03 00:35

lammps的应用专题

LAMMPS分子动力学程序是一款开源免费的软件，可以模拟气态、液态、固态及混合态体系，LAMMPS软件计算速度快，计算能力强，用户使用LAMMPS既可以根据程序原有功能进行in文件编写进行模拟又可以自行编码开发出自己需求的功能

wang86zzz·2022-12-01 04:51

分子动力学及计算机辅助药物设计四大专题（蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接、能量优化、结合自由能计算、深度学习药物发现）

近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了

lixuegaoyunfeng·2022-12-01 04:15

LAMMPS+Gaussian专题

研究背景近年来，分子动力学及计算化学发展十分迅速，目前已经成为发表重要科研成果的“标准配置”，发表高水平文章更是不能缺少理论计算的助力，并且被广泛应用在化学、物理材料和生物等学科中。

lixuegaoyunfeng·2022-12-01 04:39

机器学习模拟1亿原子：中美团队获2020「超算诺贝尔奖」戈登贝尔奖

阅读大概需要8分钟Follow小博主，每天更新前沿干货在前世界第一超算Summit上，研究人员在保持「从头算」精度的前提下成功模拟了1亿原子的运动轨迹，将超大系统的分子动力学模拟带进了一个新时代。

深度学习技术前沿·2022-11-28 00:36

分子模拟-学习笔记（二）

分子动力学可以描述各种温度的平均结构和分子结构的物理变化过程。蒙特卡洛方法通过玻尔兹曼因子的引入能够描述各

snailscholar·2022-11-26 06:11

分子模拟-学习笔记（一）

分子模拟方法：量子力学方法，分子力学方法，分子动力学方法，蒙特卡罗法。分子模拟软件：GaussianGAMESS（量子化学计算），HyperChe

snailscholar·2022-11-26 06:41

GORMACS如何使用？一个方法快速完成动力学模拟计算

GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

北鲲云_beikun·2022-11-24 19:08

分子动力学模拟算法框架

技术背景分子动力学模拟在新材料和医药行业有非常重要的应用，这得益于分子动力学模拟本身的直观表述，用宏观的牛顿力学，结合部分微观的量子力学效应，就能够得到很好的符合统计力学推断的结果。

DechinPhy·2022-11-23 17:05

学习药物设计---分子对接、虚拟筛选、蛋白结构分析、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等

蛋白结构分析、同源建模、小分子构建、小分子化合物库、生物分子相互作用Ⅰ、生物分子相互作用II、虚拟筛选、小分子格式转换、拓展对接使用场景（上）、拓展对接使用场景（下）、基于碎片药物设计、构效关系分析、分子动力学模拟专题课程二

小猫科研·2022-11-20 23:45

蛋白质聚集的分子动力学模拟

文章来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/3Dxo5t3TW5jAmbdSH6bTJQ蛋白质聚集的分子动力学模拟（Moleculardynamicssimulationsofproteinaggregation

hdpai2018·2022-11-20 05:23

最新优惠：无限次视频回放及1v1老师指导--计算机辅助药物设计分子动力学系列专题

系列课程：CADD药物分子相互作用、分子对接、靶点预测专题课程名称课程内容生物分子互作基础1.生物分子互作用研究方法1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理1.2分子对接研究生物分子相互作用1.3蛋白蛋白对接研究分子相互作用蛋白数据库1.PDB数据库介绍1.1PDB蛋白数据库功能1.2PDB蛋白数据可获取资源1.3PDB蛋白数据库对药物研发的重要性2.PDB数据库的使用2.1靶点蛋白结构类型、数

xxxgdragonm·2022-11-19 04:14

机器学习还不会？精心整理的从小白到进阶教程快收下！

、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）点击查看详情内容2022年11月19日-11月20日2022年11月26日-11月27日2022年12月03日-12月04日在线直播（授课6天）专题二：AMBER分子动力学能量优化与分析

木舟笔记·2022-11-19 04:41

CADD--Amber分子动力学--Schrodinger薛定谔--Pymol--AutoDock 等系列专题会议

专题一《计算机辅助药物设计CADD专题》为基础专题，共计4天，采用“理论+实操”模式，详细讲授PDB数据库使用、蛋白结构分析、同源建模、Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析、基于碎片药物设计等专业技术，另有专业实践案例一步步操作。专题二《薛定谔专题》为进阶专题，共计2天，采用“理论+实操”模式，详细讲授使用薛定谔软件进行分子对接、虚拟筛选、药效团虚拟筛选、构效关

m0_64731599·2022-11-19 03:22

计算机辅助药物、分子动力学，在生物医药、分子对接方面的应用！

近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了

lixuegaoyunfeng·2022-11-19 03:21

24小时完成1074个氨基酸分子动力学模拟，北鲲云超算平台为北京高校药学院科研攻关提供强力支撑

有限的超算中心和自建计算集群的方式已无法满足超算用户计算业务和创新的需要，无需排队的、独享式的云端高性能计算集群越来越受中国乃至全球科研人员的青睐，成为科研创新的一大推动力。北京某高校药学院药物化学课题组需要研究和测定氨基酸类药物在人体中的扩散系数及热力学性质。氨基酸在医药上主要用来制备复方氨基酸输液，也用作治疗药物和用于合成多肽药物。不论是使用过程还是生产过程，都涉及药物水溶液的扩散及相关一些热

北鲲云_beikun·2022-11-11 11:42

基于gromacs的副本交换动力学(REMD)

副本交换分子动力学(REMD)是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法，尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。

CAE320·2022-11-03 08:07

Material studio(MS）软件介绍及其应用的领域

图1水分子在不同键长，键角下得能量值，以及相对应的模型利用的主要方法为：以密度泛函为主的量子力学模拟方法、分子力学和分子动力学模拟方法、蒙特卡罗模拟方法等。

CAE320·2022-11-03 08:36

基于Gromacs的蛋白分子动力学模拟（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半径）

一、实验要求实验对象：目标体系为modeller或其他方法建模的结果中评价最好的模型。软件：Gromacs-5.1.2二、实验步骤加立场gmxpdb2gmx–h打开帮助菜单。选力场的时候选择Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。2、加模拟盒子，溶剂层厚度为0.8nm。gmxeditconf-bt(boxtype:做三个盒子的对比cubic/triclinic/dodecahedron),-d

CAE320·2022-11-03 08:36

分子动力学后处理自编程系列（3）---纳米颗粒外基液数密度分布

分子动力学后处理自编程系列（3）---SiO2纳米颗粒外基液数密度分布1、编程思路2、计算步骤(1)读取dump文件(2)输入计算相关参数(3)基液粒子位置判断并完成粒子数统计(4)数密度计算(5)绘图

阿磊的MD记录簿·2022-10-15 07:55

分子动力学模拟之周期性边界处理

技术背景周期性边界是分子动力学模拟中常用的一种技术手段，不仅可以完整的概述完整的分子体系的特性，在一部分场景下还可以提升计算的效率，从作用上来看更像是一类的近似模型(假设有一个原子逃出这个周期性边界封装的盒子

DechinPhy·2022-09-22 20:07

ASC22 - deePMD-kit

deePMD-kit初步的优化，记录一个月来的心得与总结IntroductionDeePMD-kit是用Python/c++编写的DeePMD实现，旨在最小化构建基于深度学习的原子间势能和力场模型以及进行分子动力学模拟所需的工作量

chen_ ：)·2022-07-19 16:47

GROMACS分子动力学模拟一文通

一文通自然是夸大的，但是这篇文章我觉得价值不小（特别是对于安装个软件就要崩溃的小白来说，官网和现在传播的方法实在太麻烦，即使对我这种老手不小心都要翻车）GROMACS软件的安装1.失败但是常见的安装方式随便哪里一搜都是这种安装方式，毕竟官网也是这么写着的，但是这样是大坑，也许windows上自带的那个Linux或者是虚拟机安装的Linux由于自己权限高，所以应该能折腾成功？反正我用服务器折腾失败了

可能性之兽·2022-07-15 19:21

【Python分子动力学】

Python分子动力学1.前言1.1分子热运动1.2理想气体模型1.2.1弹性碰撞1.2.2二维分子体系的弹性碰撞1.3理想气体分子动力学模拟1.4Lennard-Jonespotential1.5Periodicboundaryconditions1.6Reducedunits1.7Calculatingtheforces1.8Temperature1.9Moleculardynamicspro

2345VOR·2022-06-10 22:53

PDBFixer PDB修复利器

介绍官方网站:https://github.com/pandegroup/pdbfixerPDB文件通常有一定的稳定从而必须在进行分子动力学模拟之前进行修复。

生信杂谈·2022-02-07 01:03

跟我学AI建模：分子动力学仿真模拟之DeepMD-kit框架

摘要：分子动力学仿真模拟的重点就在于如何建立模型描述分子间的相互作用。本文分享自华为云社区《AI建模-分子动力学仿真》，作者：木子_007。

·2021-08-05 12:55

北京8月分子动力学模拟LAMMPS初级研讨会

分子动力学MD（MolecularDynamics）模拟是用计算机方法来表示统计力学，作为实验的一个辅助手段。

AICloud·2021-06-20 00:46

分子动力学计算的可靠性和系综说明小结

为了实现分子动力学的模拟，采用了数值计算方法，在长时间的计算后必然会有误差的累积，所以算法如果不能满足两个条件就会导致体系总能量出现明显漂移（drifts）。

统计学徒·2021-06-06 12:17

linux下gromacs安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。

木子土123·2021-04-22 17:41

蛋白质动力学:一门与分子生物学互补的知识[转载]

另一类是分子动力学研究，其研究对象为蛋白质分子个体，既有计算机模拟，也有实验方法(如核磁共振动力学)，

小芊要努力·2021-01-29 23:05

新手linux安装vasp_GPU版本的vasp5.4.4或者vasp6.1.0安装

一、VASP软件简介VASP(ViennaAb-initoSimulationPackage)是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。

我是你余姐·2021-01-05 16:34

lammps 怎么编译gpu版本_GPU版本的vasp5.4.4或者vasp6.1.0安装

一、VASP软件简介VASP(ViennaAb-initoSimulationPackage)是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。

weixin_39927288·2020-11-24 14:31

分治思想之排序算法

排序在商业数据处理和现代科学计算中有着重要的地位，它能够应用于事物处理、组合优化、天体物理学、分子动力学、语言学、基因组学、天气预报和很多其它领域。——《算法》。发展至今，已经出现过很多的排序算法。

丶legend·2020-10-09 15:59

数据压缩第二次作业

主成分分析的应用：主成分分析作为基础的数学分析方法，其实际应用十分广泛，比如人口统计学、数量地理学、分子动力学模拟、数学建模、数理分析等学科中均有应用，是一种常用

タン·2020-09-17 11:55

Materials Studio 做分子动力学MD（CO2为例）

1.新建CO2模型（1）首先在MS中新建一个项目，命名为MD，然后把CO2的.pdb文件拖进来，.pdb文件可以根据GaussianView得到，百度也搜得到。（2）然后建立块体。点击Modules➡AmorphousCell➡Calculation。如图所示。（3）选择块体的大小，输入分子的个数，其他参数可以再具体设置。如图所示。（4）运行出来后出现下图所示的界面。2.导入力场forcefiel

Code Wang·2020-09-17 00:04

amber中使用TIP4P水模型参数文件的生成

TIP4P水模型在特定情况下会使用于分子动力学模拟之中，同时，本文只以TIP4P为例介绍非TIP3P水模型如何通过ambertools的leap模块构建参数文件。

李思琪·2020-09-16 23:47

AMBER分子动力学简例

AMBER分子动力学简例（一）概述以下是使用AMBER包的简单教程，希望对开始学习分子动力学的同学有用处。申明一下，以下教程原版来自网上，是最最基本的教程，同时也非常实用，有非常好的借鉴意义。

rogerzhanglijie·2020-09-16 23:28

AMBER:运行分子动力学中vmd的使用教程

一、介绍可视分子动力学（VMD），可从http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/获得，它是一种功能强大且功能丰富的分子可视

贺俊宏·2020-09-16 23:55

NAMD靶向分子动力学模拟Target molecular dynamic stimulation（附conf文件）

下面附上靶向分子动力学的conf文件，具体问题具体分析，参数根据自己体系进行修改。TMD比常规MD的conf不同就在于EXTRAPARAMETERS这部分多了一些参数。具体设置可参考上述TMD介绍。

ZJayHan·2020-09-16 23:52

分子动力学模拟——VMD多分子处理及脚本（2）

准备文件导入原始的X射线衍射晶体结构文件file>Newmolecule>Browse>name.pdb>load模拟分子在水溶液中的状态将工作目录指定到正确的路径cd目录执行模拟molnewname.pdb导入无坐标信息的psf模拟文件和导入晶体结构信息一样，但是文件后缀为psf为psf导入坐标信息在main窗口选中psf然后右键，选择loaddatatothemolecule出现一个被水分子包

我不吃土豆·2020-09-16 22:25

amber初学……

amber初学……以下是分子动力学模拟的一般性步骤,具体的步骤和过程依赖于你研究的体系和所用的软件,但这并不影响我们把它当作一个入门指南.1.评估体系首先需要对我们要进行模拟的体系做一个简单的评估,有三个问题是我们必须要明确的

banquanoe48405·2020-09-16 22:12

分子动力学模拟手把手教你

如果你是AMBER的新用户或对一般的分子动力学模拟毫无了解可通过此教程入门.教程简介这个教程旨在介绍如何使用Amber进行分子动力学模拟，并假设您以前没有使用过Amber.它专门为想要了解如何运行分子动力学模拟的新用户而设计

aa74159·2020-09-16 22:45

Ubuntu下LAMMPS的安装与测试

14May16，MPICH3.2，FFTW3.3.4，VMD1.9.3LAMMPS（Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator）是一款经典的开源分子动力学软件

weixin_30650859·2020-09-16 00:11

分子动力学软件-OVITO

分子动力学软件-OVITO链接：https://pan.baidu.com/s/1cd-4MgAk2_Djj29WaF3BJw提取码：tvce安装非常简单，毕竟ovito是开源软件。

低着头说·2020-09-15 23:07

分子动力学模拟学习——VMD安装

下载VMD参考的是昌南何许人的教程sudoapt-getinstalcshlibstdc++5wgethttp://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/files/final/vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gzgunzipvmd-1.9.3.bin.LINUXAMD

我不吃土豆·2020-09-15 22:47

VASP安装与运行

VASP（ViennaAb-initioSimulationPackage）是进行电子结构计算以及分子动力学模拟等软件包。

xinming_365·2020-09-11 23:08

NVIDIA 安培架构 GPU 公开课下周开讲，详解 NVIDIA GPU 如何加速抗疫药物研发及科学新发现｜直播预告

在药物研发过程中，研究团队需要对几十万种分子进行分子动力学模拟计算，来进行药物筛选。

智东西·2020-08-29 00:00

hdpai2018·2020-08-24 05:19

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