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单细胞转录组
Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform
八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按
单细胞
RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。
Seurat_
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2023-08-27 21:49
2020-07-07
单细胞
数据.h5文件转换成seurat对象
第一步:从GEO数据库下载.h5文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578第二步:Rstudio加载包,读入数据library(Seurat)library(ggplot2)library(cowplot)library(Matrix)library(dplyr)library(ggsci)library(scat
Merlin_cd6c
·
2023-08-27 17:35
为什么宏基因组数据分析比较难?
生物数据分析包括很多种类,比如人基因组,植物,动物,微生物,还有RNA,
单细胞
RNA等等,其中宏基因组数据分析是比较难的部分,为什么呢?这里总结了以下10点原因。
基因学苑
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2023-08-27 08:44
学习小组Day7笔记--Danny
image.png
转录组
数据处理,试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍
Danny_dddf
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2023-08-27 04:50
10X空间
转录组
重点分析合集2
作者,追风少年i马上国庆了,祝大家节日快乐,我们这一篇进行分析合集包括三个部分(均是我之前所写)10X空间
转录组
数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间
转录组
之免疫组库分析第一部分:10X空间
转录组
数据分析重点梳理空间
转录组
学
单细胞空间交响乐
·
2023-08-27 00:51
Nat Commun|十月新思路-亚型结合
单细胞
研究肿瘤的表观遗传揭示肿瘤异质性
上的一篇关于神经内分泌癌(NEC)的研究,根据神经转录因子ASCL1和NEUROD1的表达,揭示了两种不同的NEPC亚型,虽然在细胞系和人类肿瘤抑制模型(PDX)中,这些亚型是相互排斥的,但对人类临床样本的
单细胞
分析显示出更复杂的肿瘤结构
概普生信
·
2023-08-26 14:33
知识分享|
转录组
个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测
转录因子也称反式作用因子,在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用,已成为现在生物学研究领域的热点,其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过转录因子注释,或者可通过表达量聚类分析,筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。并且可以结合WGCNA鉴定的基因模块,筛选关键转录因子在基因模块中是否为hubgene,并通过预测转录因子的靶基因(MEME),筛选出基因
bioyigene
·
2023-08-26 12:27
经验分享
NCBI数据上传(二):
转录组
测序(RNA-Seq)数据
继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后,为满足大家对
转录组
数据上传的需求,小编马不停蹄地把
转录组
原始数据上传流程进行了整理,有需求地赶紧收藏吧!
bioyigene
·
2023-08-26 12:57
转录组测序
数据上传
NCBI
大数据
copyKAT推断
单细胞
转录组
肿瘤细胞CNV(自动识别肿瘤normal和tumor)
hi,各位,2021年1月份发表了一篇文献Delineatingcopynumberandclonalsubstructureinhumantumorsfromsingle-celltranscriptomes,2021年1月发表于naturebiotechnology,影响因子36分多,非常高,前几位的作者都是中国人,非常值得一看,文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法:copyKAT,也是通过
单细胞空间交响乐
·
2023-08-25 15:19
2021-12-22
自身免疫炎症期间稳态和致病性细胞的转化原创骄阳似我图灵基因2021-12-2207:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:骄阳似我IF:41.582推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1.本文通过在体内稳态和CNS自身免疫炎症期间对84000多个Th17细胞的
转录组
和
图灵基因
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2023-08-25 05:04
转录组
全记录:从rawdata到DEG功能富集
写在前面:本文是新手学习全记录,仅供参考,欢迎交流!1.rawdata1.1QCfastqc-oout_pathfilenamemultiqc./1.2数据量统计调用工具:iTools使用:iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40#去除高于40%低质量碱基数量的reads-n5#去除多
NICE_AGIS
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2023-08-24 20:39
单细胞
& 空间整合去批次方法比较
作者,追风少年ihello,大家好,没有最好,只有更好,因为
单细胞
这张关系网越来越大了。今天继续回答粉丝提出的问题,关于多样本整合方式的问题,方式有很多种,我先把常见的列举出来,我们一一讨论。
单细胞空间交响乐
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2023-08-24 13:28
融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘
转录组
分析是一种快速有效的基因组调查、大规模功能基因和分子标记鉴定的方法[1]。
罗伯特之技术屋
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2023-08-24 09:46
物联网及AI前沿技术专栏
人工智能
python
生信小白教程之Count转TPM,FPKM
相信很多科研工作者(不包括比我厉害的大佬们)在做
转录组
时,都是在公司做测序,然后数据也交给公司分析,又然后,期待做个差异分析,得出像下图那么完美的热图。
生信宝库
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2023-08-24 08:00
R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构
在
单细胞
领域,稀疏矩阵对于处理scRNA-seq表达谱数据是非常必要的,构建分析对象的时候它们
Nh_code
·
2023-08-23 14:13
矩阵
r语言
学习
10X
单细胞
(10X空间
转录组
)细胞通讯之组间通讯差异分析(scDiffCom)
hello,大家好,今天我们来学习一个很实用的分析方法,scDiffCom,主要研究组间通讯差异,比如正常和疾病样本之间,不同发育样本之间的通讯差异等等,比较实用。大家多多学习,文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例
单细胞空间交响乐
·
2023-08-23 03:19
单细胞
分析揭示iCAF亚群在膀胱癌治疗中的靶标作用
作者:biogevin审稿:童蒙编辑:amethyst我们在前面已经介绍过膀胱细胞的相关背景(认识膀胱细胞——
单细胞
水平比较Human和Mouse的不同)以及膀胱癌的恶性影响,而今天这篇文章,则对膀胱癌做了进一步的挖掘
生信阿拉丁
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2023-08-23 02:26
Seurat4系列教程(搬运工,细节待更新)
转自公众号《
单细胞
天地》系列文章标准流程Read10XCreateSeuratObjectPercentageFeatureSetsubsetNormalizeDataFindVariableFeaturesScaleData
白云梦_7
·
2023-08-22 20:05
跟着Cell学
单细胞
转录组
分析(五):
单细胞
转录组
marker基因鉴定及细胞群注释
书接上回(跟着Cell学
单细胞
转录组
分析(四):
单细胞
转录组
测序UMAP降维聚类)。
KS科研分享与服务
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2023-08-22 10:08
单细胞
图文复现之动脉组织细胞分类
又是老板扔来的一篇
单细胞
数据的文章!
_十三
·
2023-08-22 09:37
答读者问(7):关于doublet
一般我会先用软件预测,可以参考我之前写的一篇帖子:
单细胞
分析实录(4):doublet检测。这里引出一个问题,去doublet是在哪一步进行:跑完cellrange
TOP生物信息
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2023-08-21 23:25
空间
转录组
国产平台之光------STOmics
今天我们要继续空间转录的内容,不过今天我们需要介绍一个国产空间
转录组
平台----STOmics,技术文章在Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution
单细胞空间交响乐
·
2023-08-21 21:13
全长转录本结构分析(下)
作者:Arno审稿:童蒙编辑:angelica前面我们介绍了PacBio三代全长
转录组
测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。
生信阿拉丁
·
2023-08-21 19:43
单细胞
转录组
基础分析五:细胞再聚类
本文是参考学习
单细胞
转录组
基础分析五:细胞再聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_
·
2023-08-21 18:21
生物学研究中常见的统计检验方法(二:Wilcoxon test)
然而,在生物信息学分析中经常碰到不满足此假设的情况,例如比较两个基因在两组
单细胞
中的表达水平。
Bio_zouxudong
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2023-08-21 01:07
ArchR官网教程学习笔记16(下):ArchR的轨迹推断分析
ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:
单细胞
嵌入
生信start_site
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2023-08-21 00:36
详细介绍新版SingleR进行
单细胞
自动化鉴定
作者:尧小飞审稿:童蒙编辑:amethyst引言随着10xGenomics
单细胞
转录组
技术的普及,现在的
单细胞
转录组
分析越来越普及,得到的
单细胞
数据越来越多。
生信阿拉丁
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2023-08-20 23:19
10X
单细胞
(10X空间
转录组
)数据分析总结之各种NMF
hello,大家好,今天我们来初步总结一下所有
单细胞
分析用到的NMF。我们先来简单回顾一下批次矫正的方法liger。
单细胞空间交响乐
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2023-08-20 20:19
学习小组Day4笔记--素还真
二代测序流程图image.png组学分类:基因组学:image.png
转录组
:image.png蛋白组学:image.png代谢组学:image.png
素还真_cf26
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2023-08-20 19:12
单细胞
多样本整合-GSE162631
GSE162631,4个胶质瘤样本,总计5万多个细胞。Seurat+CCA整合+singleR跑了跑。library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)dirs=dir(pattern="^R")f="dat.Rdata"if(!file.exists(f)){scelist=list()for(iin1:length(dirs)){x=Read10X(
小洁忘了怎么分身
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2023-08-20 16:35
2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因
很多植物
转录组
学文章中,都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图,直观地展示通路及其中重要基因的位置和功能。
麦冬花儿
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2023-08-20 09:55
2022-04-05
呼吸是需要氧气的,首先氧气进入细胞之后出来之后就变成了二氧化碳,
单细胞
生物需要呼吸,多细胞生物也需要呼吸,我们呼吸的目的是消化有机物而转化为能量。
洵张
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2023-08-20 07:32
projectLSI:将你的
单细胞
或bulk
转录组
数据映射到参考数据集中
简介在
单细胞
数据分析过程中,我们经常会遇到不同样本之间整合的批次效应和细胞类型注释的困难,projectLSI包利用termfrequency–inversedocumentfrequency(TF-IDF
Davey1220
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2023-08-20 06:16
转录组
分析实战第七节:采用Trinotate对拼接结果进行注释
既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本(Transcripts),因此很有必要对这些转录本进行注释。注释的工具有很多,我们可以通过Trinotate对拼接的转录本进行注释首先我们安装Trinotate到下载页下载最新的Trinotate然后解压后yeyuntian@yeyuntian-RESCUER-R720-15IKBN:~/Biosoft$wgethttps:/
Yeyuntian
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2023-08-20 05:25
【文献简报】通过共享
单细胞
RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力
通过多轮的indexing,使得每个
单细胞
中的RNA和染色质均同时被独特的DNAbarcode标记。最后通过链霉素将cDNA和染色质分开,并分别建库测序。
六博说
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2023-08-20 04:07
单细胞
转录组
学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵
转载来自:刘小泽链接:https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲:熟悉文献作者提供的两个表达矩阵笔记目的:根据生信技能树的
单细胞
转录组
课程探索
夕颜00
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2023-08-19 19:43
AnnData对象处理
AnnData是python中存储
单细胞
数据的一种格式,常用于scanpy。
myshu
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2023-08-19 14:16
scATAC文献:人类大脑皮质
单细胞
水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part1
Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:发育中人类大脑皮层的
单细胞
调控图谱该部分主要内容总结
科研菜鸟
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2023-08-19 13:26
Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析(重磅综述:三万字长文读懂
单细胞
RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析
生信宝典
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2023-08-19 01:51
Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用
七、左揽雀尾转体撤手收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓下前挤转腕分手后坐引手弓步前按载入数据同时测量来自同一细胞的多种数据类型的能力(称为多峰分析)代表了
单细胞
基因组学的一个令人兴奋的新领域。
Seurat_
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2023-08-18 20:35
2022-07-11
CellReports|
单细胞
测序揭示肿瘤“教坏”巨噬细胞的关键因子原创图灵基因图灵基因2022-07-1108:32发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制软组织肉瘤的治疗非常具有挑战性。
图灵基因
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2023-08-18 12:43
ArchR官网教程学习笔记9:ArchR的伪批量重复
ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:
单细胞
嵌入
生信start_site
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2023-08-18 11:37
单细胞
测序的设计与分析
http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.039缩略词表:fluorescence-activatedcellsorting(FACS)——流式细胞荧光分选技术whole-genomeamplification(WGA)——全基因组扩增技术multipledisplacementamplification(MDA)——多重置换扩增multipleanneal
FionaMoon
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2023-08-18 09:53
王炸组合『
单细胞
+空间
转录组
』的科研应用【1】:心血管发育/疾病
提到科研顶流,就不得不提
单细胞
转录组
(scRNA-seq)和空间
转录组
(ST),两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息,从而更加精确的解析组织结构,在科研以及临床应用中具有重要的意义。
尐尐呅
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2023-08-18 09:57
遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
转录组
分析的正确姿势(第三版)前言NGS系列文章包括NGS基础、
转录组
分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、
单细胞
测序分析
生信宝典
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2023-08-18 03:30
【文献速递】-追踪蚂蚁社会分工的神经基础的
单细胞
转录组
图谱
Asingle-celltranscriptomicatlastrackingtheneuralbasisofdivisionoflabourinanantsuperorganism期刊:natureecology&evolution日期:2022-06-16研究团队选用了社会性昆虫研究的模式物种——法老蚁作为研究对象,基于华大DNBelabC4
单细胞
建库测序平台
六博说
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2023-08-17 20:06
10X空间
转录组
的一个案例:小鼠大脑
INTRODUCTION为了展示空间
转录组
学技术的潜力,下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集,我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间
转录组
分析。
周运来就是我
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2023-08-17 14:32
单细胞
转录组
学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性
转载来自:刘小泽链接:https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.18、23-第二单元第四讲:得到表达矩阵后看内部异质性笔记目的:根据生信技能树的
单细胞
转录组
课程探索
夕颜00
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2023-08-17 09:44
初学
单细胞
转录组
差异分析
单细胞
转录组
差异分析主要分为两步:首先构建Seurat对象,然后查找或添加分组信息,最后执行差异分析即可。
转录组
差异分析在之前
单细胞
富集分析里,也有提到。
小贝学生信
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2023-08-16 07:47
10X
单细胞
空间联合分析揭示病毒性心肌炎的发病机制
好了,这一篇我们继续分享
单细胞
空间联合分析的文章,大业未完成,我们仍需要努力,参考文章在Spatiotemporaltranscriptomicsrevealspathogenesisofviralmyocarditis
单细胞空间交响乐
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2023-08-16 07:59
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