单细胞转录组

单细胞测序GSVA基因集变异分析

GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，
像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

10X空间转录组之再谈距离分析和空间临近通讯

首先来谈第一个距离分析关于空间上细胞距离的分析，其实谈了很多了，大家可以参考我之前分享的文章空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses，距离分析、空间转录组细胞类型的距离分析之二
单细胞空间交响乐·2023-08-15 19:13

热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异

近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。
KS科研分享与服务·2023-08-15 19:31

拟时序分析的热图提取基因问题

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法，基本上跟着我的代码走一波就可以学会了，当然具体参数理解需要自行发力哦，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育）用法只是最基础的知识而已
Seurat_Satija·2023-08-15 14:04

CNS图表复现12—检查原文的细胞亚群的标记基因

前面的教程里面，我们首先根据CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则进行了初步分群，如下所示：immune(CD45+,PTPRC),epithelial/cancer(EpCAM+,EPCAM
Seurat_·2023-08-15 13:04

二代测序结果比较：Hiseq Xten VS NovaSeq 6000

虽然三代测序在蓬勃发展，并在基因组和转录组测序等领域展现出前所未有的优势，但限于成本问题，其应用范围尚不及二代测序。二代测序技术以其短读长、高通量、准确性高的特点，仍在
牧牧牧之·2023-08-15 13:34

Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合单细胞转录组数据

三、白鹤亮翅稍右转体跟步抱球后坐转体虚步分手与单细胞数据集成在〜50um时，来自于病毒测定的斑点将涵盖多个细胞的表达谱。
Seurat_·2023-08-15 10:45

如何改造inferCNV的热图？

首先花半小时来看什么是inferCNV：使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异划重点：安装说明：https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki/
Seurat_Satija·2023-08-15 07:14

单细胞在临床上的应用

在这个命题下要写一篇文章，我想思路应该这样打开：标题里包括两个部分一个是单细胞测序技术，另一个是临床，要把两者结合起来，首先要了解两者分别有哪些内容，其次就是放开束缚去畅想两者的关联。
周六周六·2023-08-15 01:15

认知觉醒之——人类的三重大脑

一：本能脑起初地球上并没有生命，数十亿年前，远古海洋中出现了一些“复制子”，它们逐渐进化成了单细胞生物，又演化成动物植物和微生物，之后又分化成各种原始鱼类，遍布大海。
德罗巴007_592·2023-08-14 22:28

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。
面面的徐爷·2023-08-14 19:44

单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程

单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1.单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/genesymbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2.目标基因集（文件格式：.gmx或.gmt）一行是一个
Hayley笔记·2023-08-14 19:58

2022-07-31

更新随笔转录组分析课程结束，可以说开始认识生信的世界了。
佳奥·2023-08-14 18:49

10X空间转录组数据分析之思路总结（针对肿瘤样本）

hello，大家好，今天我们来分享一下有关空间转录组研究肿瘤样本切片的一些思路，主要的参考文献是ComprehensiveAnalysisofSpatialArchitectureinPrimaryLiverCancer
单细胞空间交响乐·2023-08-14 16:42

近乎全文翻译：在单细胞水平上构建人类细胞景观图谱

Constructionofahumancelllandscapeatsingle-celllevel2020年发表在nature上，这篇文章是我两个月之前看的了，现在整理发出来通讯作者：郭国骥教授浙江大学医学院。Highlight•Determinedthecell-typecompositionofallmajorhumanorgansandconstructedaschemeforthehu
宛廿庚·2023-08-14 09:47

单细胞转录组数据分析课件||8. Differential expression analysis of scRNA-seq data

单细胞数据分析中的差异分析主要是找出每个亚群的marker基因，可以作为亚群的某个特性。此处省略SCDE的标准流程。
周运来就是我·2023-08-13 15:14

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2023.2)

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上
生信宝典·2023-08-13 05:47

转录组不求人系列(一)：转录组测序文件与一般基础概念解读

其实转录组现在很普及了，一个样品的测序价格也非常低。转录组的作用几乎如同于PCR一样常见，在很多文章中只是一个验证的作用，很少有文章单纯靠转录出发做一个研究，除非你有非常好的新点子。
KS科研分享与服务·2023-08-13 04:19

跟着Cell学单细胞转录组分析(十三):单细胞GSVA分析|这个包涵盖大多数物种

之前我们发过GSVA分析（有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第一集），【后续来了】有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第二集）），接着单细胞系列，重新说一下GSVA分析。
KS科研分享与服务·2023-08-13 00:04

这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式，更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的-只要分享代码和数据就可以（当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用Rmarkdown或Bookdown或者Jupyternotebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样，把代码存放在Github上面也是一种比较好的
生信宝典·2023-08-12 23:49

Seurat包合并多个单细胞样本

示例数据：GSE139324有63个samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241我们选取其中十个，利用Seurat包下载合并，创建Seurat对象。1、rawdata改名、分组创建Seurat对象，每个样本都需要barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz三个
小贝学生信·2023-08-12 17:02

植物单细胞样本制备||玉米愈伤组织原生质体制备方法

实验步骤：取1.5克悬浮培养的玉米愈伤组织，加入15ml的酶液（4%CellulaseRSYakult,1%RhozymeinKMCsaltsolution）.在温控摇床上30度温育3-4小时。先用100um的，然后再用50um的滤网对消化过的组织进行过滤。过滤后的原生质体转移到12ml的离心管里，缓慢顺壁倒入1-2ml的蔗糖溶液（0.6Msucrose，0.5%MES，pH6.0），使蔗糖溶液在
周运来就是我·2023-08-12 08:10

单细胞108篇文献解读之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response...

单细胞测序太贵？那不如挖掘公共数据库发4分+SCI大家好！今天跟大家分享的文献是2021年2月发表在Aging（IF=4.831）杂志上的一篇文章。
Seurat_Satija·2023-08-12 05:48

2022-07-29

张泽民课题组受邀在Science杂志发表泛人类组织单细胞测序观点文章目前科学家对人类细胞如何互相作用以组成不同组织与器官的认识仍然十分有限。
appleppear·2023-08-12 05:03

单细胞多模态数据整合分析

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的发展，多种组学的单细胞数据也越来越多，要如何更好的使用多组学的数据去解析样本的细胞组成和特征情况呢？
生信阿拉丁·2023-08-12 03:25

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part3

文献名：Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:Clusteringapproachtolinkgeneexpressionprogramstocell-fatedecisions将基因表达程序与细胞命运决策联系起来的聚类方法模糊C聚类（Fuz
科研菜鸟·2023-08-11 20:19

生信豆芽菜-山峦图分析使用说明

适用于各类常规实验、转录组、代谢组、蛋白组、微生物等丰度数据，可以用箱型图、小提琴图展示的数据都适用于山峦图。二、使用
木之如水·2023-08-11 19:27

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:02

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:01

项目文章｜ IF20.693！国自然热点m6A修饰参与调控动物疱疹病毒致肿瘤的重要过程

m6A修饰是哺乳动物中最丰富和可逆的表观转录组修饰之一，可通过调节mRNA胞质转运、剪接、稳定性、结构和翻译从而影响各种生理和病理过程，因而在疾病发生发展、发育和分化以及环境暴露与响应（如污染、抗逆）等分子机制研究方向广泛应用
诺禾致源·2023-08-11 17:01

pyscenic分析：视频教程

我们之前更新过pyscenic的教程：pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新。
TS的美梦·2023-08-11 11:09

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

今天接着单细胞文章的内容：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！
KS科研分享与服务·2023-08-11 11:45

空间转录组教程||用BayesSpace提高分群和基因分辨率

最近开发的空间基因表达技术，如空间转录组学可以在保留空间背景的同时，全面测量转录组谱。然而，现有的空间基因表达数据分析方法往往不能有效利用空间信息，不能解决技术分辨率有限的问题。
周运来就是我·2023-08-11 10:48

热点综述 | 高维单细胞RNA测序数据分析工具

scRNA-seq数据的一般分析流程是怎样的？scRNA-seq数据分析会用到哪些工具？scRNA-seq数据集通常包含由于不完全RNA捕获、PCR扩增偏差和/或特定于患者或样本的批次效应而产生的技术噪声，如何降低技术噪声对数据分析的影响？...这些问题的答案都在今天分享的这篇综述里来自美国的科研人员在《NatureReviewsNephrology》发表综述文章，针对scRNA-seq分析所需的
尐尐呅·2023-08-11 08:30

项目文章 | Theranostics — 单细胞转录组测序技术揭示玉米赤霉烯酮对原始卵泡发育的毒害作用

近日，青岛农业大学沈伟课题组在期刊《Theranostics》上发表了题为“Single-celltranscriptomicprofilingprovidesinsightsntothetoxiceffectsofZearalenoneexposureonprimordialfollicleassembly”的研究论文，青岛农业大学生殖细胞生物学课题组李兰副教授为文章的通讯作者，硕士生田宇为文章
贝瑞科服·2023-08-11 01:29

ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类

GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维大多数单细胞聚类方法专注于计算降维的
生信start_site·2023-08-10 14:57

如何看单细胞（或空间）亚群间关系2022-07-03

方法1umap降维图：亚群间距离越近，越相似方法2查看cluster间差异分析结果中marker基因，可从genecard中查看top的几个功能方法3（根据表达量进行相关性分析cor）单细胞亚群相关性分析基于
Bio小盼·2023-08-10 11:51

SCPA：系统性评估单细胞亚群通路活性

前言基于单细胞数据进行通路活性的评分软件已经有很多款了，Immugent在之前的一篇推文：一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法中就介绍过一些常用的算法。
生信宝库·2023-08-10 10:55

偏最小二乘法的原理与实现

然而，在诸如基因组学、转录组学、蛋白组学以及代谢组学等高通量数据的一大特点是特征量多、样本数少。以转录组数据为例，特征量个数通常为基因个数，达到万级，而样本数一般是几十到几百例。
生信阿拉丁·2023-08-10 09:07

NCBI|转录组原始数据上传

今天小编来为大家演示的是转录组原始数据上传NCBI哦~01.申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下
维凡生物·2023-08-10 06:14

商业使能何处去？

几经难解，跳出来换个视角看，或抛砖引玉1、向高维发展从进化的角度，生物从单细胞越来越复杂
littlegulu·2023-08-10 06:44

10X单细胞空间研究人类早期产前心脏发育中的心肌细胞多样性

我相信，不会是简单这么度过就好，一定有更深层次的理由这一篇我们继续分享单细胞空间的分析内容，文章在Highcardiomyocytediversityinhumanearlyprenatalheartdevelopment
单细胞空间交响乐·2023-08-10 04:49

易基因 | 单细胞甲基化测序（scBS-seq）比对率奇低？你的文库方向性参数可能没选对！

问题的提出近年来单细胞测序真是火得一塌糊涂，在BS数据分析中，最常用的比对工具就是BSMAP和bismark。
E_GENE·2023-08-10 01:38

Nature Medicine | 单细胞免疫治疗

今天要给大家介绍一篇今年3月6日发表在NatureMedicine(IF:36.130)上的重磅文章，描述的是乳腺癌患者在接受抗PD1治疗期间的瘤内单细胞变化图谱。
概普生信·2023-08-10 01:57

Stranded RNA library链特异的转录组文库

链特异性建库方式（以目前最常用的dUTP为例，如下图所示）首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉StrandedRNA-seq文库的构建
香波地海·2023-08-09 22:20

linux学习100篇38：转录组分析用软件及安装salmon

安装(rnaseq)root11:55:29~$condainstall-ysalmonCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.[-h|options]Commands:index:createasalmonin
Seurat_·2023-08-09 19:49

scRNA-seq揭示BLM诱导肺纤维化后内皮细胞异质性

Characterizationoftheheterogeneityofendothelialcellsinbleomycin‐inducedlungfibrosisusingsingle‐cellRNAsequencingXiuchengLiuXichunQinHaoQin对博来霉素诱导肺纤维化（4周）的大鼠肺组织进行单细胞测序
yingyonghui·2023-08-09 13:01

2021-12-26

研究人员使用单细胞分析来展示病毒如何过度激活T淋巴细
图灵基因·2023-08-09 10:00

多组学联合分析案例

根据客户提供差异基因（转录本），差异蛋白，差异代谢物可进行如下关联分析：方案一转录组与蛋白质组关联分析方案二转录组与代谢组关联分析方案三蛋白质组与代谢组关联分析方案四转录组、蛋白质组与代谢组三者关联网络分析方案五代谢组
siyao41·2023-08-09 07:22

文献解读| 单细胞测序揭示抑郁症发病机制

为探究重度抑郁症（MDD）脑组织单个细胞类型中基因变化，加拿大道格拉斯心理健康大学研究所的研究人员对17例MDD患者和17例健康对照组的背外侧前额皮质进行了10xGenomics单细胞测序，发现最严重的失调发生在深层兴奋性神经元和未成熟少突胶质细胞前体细胞
百奥益康·2023-08-09 05:28
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