单细胞转录组

2022-08-01 时空组学工具

比较不同空间转录组的技术及原理等STOmics来自Chen,Ao,etal."
森尼啊·2023-08-09 00:54

单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID

之前写过一篇细胞类型注释的推文：单细胞分析实录(7):差异表达分析/细胞类型注释，里面介绍了细胞类型注释的两种思路。
TOP生物信息·2023-08-08 23:11

CGT Asia嘉年华 | 2023单细胞测序与精准医疗论坛10月广州召开

单细胞测序技术是生物技术发展史中的里程碑式技术，目前在肿瘤研究、免疫研究、神经生物学研究及发育研究等领域都有越来越广泛的应用。
TaasLabs·2023-08-08 03:15

数据挖掘中的LogFC,p值和FDR值是什么？

GEO数据挖掘或转录组分析差异表达基因时，结果中会出现Log2FC，p值和FDR值，这三个值是生信技能树生信爆款入门课程geo数据挖掘差异基因筛选提到的重点。这些个值是什么意思呢？
Seurat_Satija·2023-08-08 01:00

单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则

作者：seqyuan链接：单细胞轨迹分析知多少--拟时间分析比较来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。
seqyuan·2023-08-07 22:41

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量首先区分下单细胞测序和Bulk测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织
hyena_7·2023-08-07 15:17

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术
单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

单细胞测序基础知识

构建文库上机测序根据不同的荧光检测不同的碱基质量控制（质控QC）去除低质量的序列表达定量统计reads数，进而得到表达矩阵标准化让所有样本处在同一起跑线上主成分分析PCA图中每个点都代表一个样本，不同颜色表示不同类别，在绿色簇中，出现了一个红色样本，这个样本就是异常样本，需要进行剔除才能进行后续的分析。差异表达分析与富集分析找出差异表达显著的基因，对结果进行可视化。火山图左侧表示下调的基因，右侧表
来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术。
来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

单细胞分类和预测任务

对于分类和预测任务，在生物信息学领域有一些常用的方法和工具可以使用。以下是一些常见的方法和工具：1.机器学习方法：包括支持向量机（SupportVectorMachine，SVM）、随机森林（RandomForest）、神经网络（NeuralNetworks）等。这些方法可以用于分类和预测任务，可以根据数据特点和任务需求选择适当的方法。常用的工具有scikit-learn、TensorFlow、K
来份芒果布丁·2023-08-07 05:41

单细胞

在45亿年前的地球上，出现了一种小小的细胞。它们遍布海洋，在孤独地生活了20亿年后，它们懂得了相互拥抱，化解孤独。最终它们不愿分离，变成了一个完整的生命体。世间的万物都是这样被组成、分解、又再重组。但有那样一群细胞，它们在45亿年漫长的生活中一直孤独的生活着，不是因为不喜欢温暖，只是相比起热闹，它们更喜欢一个人的漂泊。从印度洋沿岸一路穿过大西洋，又漂泊到了太平洋，它们遍布整个世界，渺小到普通的肉眼
Sisiziggy·2023-08-06 22:44

跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你

联系转录组特征和表型特征是非常常见的操作，这次的视频，我以文献中一个小图为例，讲解了在均值比较中常见的箱型图、小提琴图，以及几种变形。
TOP生物信息·2023-08-06 16:23

2022-12-12

NatMethods|定量单细胞的细胞外蛋白、蛋白复合物和mRNA原创huacishu图灵基因2022-12-1210:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=47.99
图灵基因·2023-08-06 15:03

2022-01-20 文献-Nature阿尔兹海默症

神经组织比较复杂，通常用单细胞核测序单细胞核测序的特征：1、每个样本细胞量基本<40002、每个细胞里的基因基本<1000甚至<500单细胞结果描述marker基因的展示很有欣赏性！！
徐添添·2023-08-06 15:57

转录组专题：limma与芯片数据差异表达分析

#原始数据为count表#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#biocLite("limma")#选择路径保存setwd('E:/')library(limma)library(edgeR)#表达矩阵exprSetfoldChang
挽山·2023-08-06 13:27

2022-03-09

Nature|单细胞RNA测序揭秘神经元网络连接的时间控制机制原创旧岛望月亮图灵基因收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：旧岛望月亮IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：1.通过计算时间动态分数和细胞类型变化分数
图灵基因·2023-08-06 12:28

2021-10-23

CancerCell|单细胞分析发现前列腺癌骨转移免疫抑制点CCL20/CCR6原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：存在一棵树IF=31.74推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文使用高分辨率比较分析定义骨髓
图灵基因·2023-08-06 11:52

TCGA差异分析——limma, DEseq2, edgeR

TCGA转录组数据转录组数据的差异分析与芯片数据的差异分析有不同，这里我们使用count数据，因为这几种包中包装了标准化的函数，只需要程序化的输入两个数据，count矩阵和group数据，就能得到差异分析的结果
芋圆学徒·2023-08-06 11:41

【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示

这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway
TOP生物信息·2023-08-06 08:01

小球藻能显著增强因化疗药物（紫杉醇）引发的骨髓功能降低及白细胞降低的恢复能力

台湾中兴大学生命科学院硕士在职专班学位论文》2015转载：《绿藻食疗网》研究论文《小球藻增强紫杉醇引发白血球减少症的恢复能力》作者：游雅清出版源：《台湾中兴大学生命科学院硕士在职专班学位论文》2015摘要：小球藻是一种单细胞绿藻
jocelyn_wing·2023-08-06 05:28

什么是元气

我们知道活体细胞是能分裂繁殖的，单细胞生物的细胞，只要条件合适，可以永远分裂繁殖下去。但是我们的细胞却不行，据说人体中的干细胞最强大，能在体外培养中分裂五十次，然后就彻底死掉了。后来又发现了一
家风养生馆赵村新区15栋2单元·2023-08-06 00:50

Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换

在此教程中，我们演示了在Seurat对象、SingleCellExperiment对象和anndata对象之间转换的方法。#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)library(Seurat)#installSeuratDiskfromGitHubusin
Seurat_·2023-08-05 10:43

实用干货|单细胞测序组织保存液那些事

众所周知，为了保证细胞悬液的质量，单细胞测序对样本新鲜度要求极高，如果采样后无法立即进行细胞悬液制备，如需要运输，或需要暂存与后续样本同批实验等，就需要对样本进行合适条件的保存/运输，否则可能无法保证样本最原始组织细胞状态
百奥益康·2023-08-05 05:04

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系
Davey1220·2023-08-05 04:20

人类的进化

从生命起源到单细胞动物，从猿人到现代文明人。人类的进化历史，告诉了我们物竞天择适者生存的哲理；人类的进化告诉我们智慧战胜一切；人类的进化告诉我们团结的力量坚不可摧。
星星草的梦·2023-08-05 03:11

【空间&单细胞组学】第2期：乳腺癌患者经anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱

这周的文献分享，jw给大家讲解了一篇和治疗相关的单细胞文献，内容为：乳腺癌患者经过anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱。视频已同步到B站：讲解很细致，大家可以移步B站学习。
TOP生物信息·2023-08-04 17:16

查看gz文件 linux zcat file.gz mtx.gz

挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞
Young.Dr·2023-08-04 15:08

单细胞转录组数据分析课件||4. Removal of confounding factors in scRNA-seq data

本文介绍了单细胞数据分析中一个分析点：如何消除混杂因素？何为混杂因素（confoundingfactors）？它与批次效应有何区别与联系？
周运来就是我·2023-08-04 10:07

10X单细胞空间分析回顾之SPOTlight

SPOTlight的目标是提供一种工具，能够对包含细胞混合物的每个捕获位置中存在的细胞类型和细胞类型比例进行解卷积，最初是为10X的Visium-空间转录组学技术开发的，itcanbeusedforalltechnologiesreturningmixturesofce
单细胞空间交响乐·2023-08-04 10:43

GENIE3 || 基因调控网络推断

前情提要：AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应RcisTarget||从基因列表到调控网络我们知道单细胞数据分析中，有两个明显的分支：细胞基因细胞我们可以分析细胞之间的细胞分群、拟时间关系
周运来就是我·2023-08-04 08:36

单细胞108篇文献解读之3---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer

3、天机星智多星吴用乳腺癌患者中大约有10%~17%的被诊断为TNBC，其具有较高的肿瘤异质性，是乳腺癌分型中治疗效果最差的一类；与其他类型乳腺癌相比，TNBC具有发病年龄更早、肿瘤体积更大、恶性程度更高、复发转移更快等特点。由于没有相应的激素受体或HER2表达，因此内分泌治疗、抗HER2靶向治疗以及化疗均不能成为TNBC的有效治疗方法，临床上亟需新的治疗方案。随着对TNBC研究的深入开展，其响应
Seurat_Satija·2023-08-04 02:15

以果蝇蛋白序列注释转录组数据

本篇的主要内容是：以果蝇蛋白序列数据为参考序列，注释转录组CDS序列。
伽罗CG4825·2023-08-04 02:30

单细胞转录组基础分析三：降维与聚类

本文是参考学习单细胞转录组基础分析三：降维与聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_·2023-08-03 22:20

整合多种指标确定单细胞基因调控网络中的关键基因

今年三月份南京航空航天大学姜维老师团队发表在MolecularTherapyNucleicAcids（8.886）一篇关于scRNA-seq基因调控网络的文章——Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks。使用scRN
被格格巫抓到的蓝精灵·2023-08-03 16:25

【scRW】[1] Introduction to scRNA-seq

这个专题叫ScheduleforSingle-cellRNA-seqworkshop，姑且就把这个专题叫做【scRW】第一课IntroductiontoscRNA-seq资料来源师姐推荐的哈佛的单细胞的课
RachaelRiggs·2023-08-03 16:56

空间转录组简介-2022-07-04

空间转录组学简介原理image.pngstep1：新鲜冷冻组织切片成像冷冻组织不能直接用液氮，急速降温会导致细胞损伤，10X建议用OTC包埋的异戊烷速冻组织：image.pngstep2：放置在包含与RNA
Bio小盼·2023-08-03 15:51

热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结

目前scRNA-seq将每个转录物与单个细胞相关联，但关于这些转录物在组织中的位置信息丢失了；相反的，空间转录组学技术知道转录物的位置，却不知道是哪个细胞产生了转录物。
尐尐呅·2023-08-03 08:30

纯生信分析系列 Nature|溃疡性结肠炎中结肠CD8 + T细胞单细胞图谱

今天我们又要介绍一篇单细胞图谱文章，于2020年8月3日发表于naturemedicine，题目为Single-cellatlasofcolonicCD8+Tcellsinulcerativecolitis
概普生信·2023-08-03 00:54

2019-12-05

棉属(Gossypium)是世界上重要的农业属，其种皮上单细胞的表皮毛（棉花）是人工选择最为成功的产品之一。
Amyinn·2023-08-02 23:43

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量

hisat2构建索引#进入参考基因文件所在目录cd/home/jiamj/analysis/ref#激活rnaseq分析环境condaactivaternaseq#提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件
小小白的jotter·2023-08-02 18:42

肿瘤/非肿瘤/单基因/单细胞/非编码：史上最全生信分析攻略！！！

短评：非肿瘤疾病做预测模型确实比肿瘤疾病做预后模型要有新意4.非肿瘤单细胞发7+，让你的科研起飞短
生信修炼手册·2023-08-02 14:56

临床数据 4. 肿瘤克隆进化分析结果解读？

克隆进化生信分析教程我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化分析教程，从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍，供大家参考：Clone1.肿瘤克隆进化之前世今生Clone2.肿瘤克隆进化之不同进化模Topi
桓峰基因·2023-08-02 14:55

临床数据 5. 如何构建微卫星不稳定性结直肠癌预后评分系统？

克隆进化生信分析教程我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化分析教程，从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍，供大家参考：Clone1.肿瘤克隆进化之前世今生Cl
桓峰基因·2023-08-02 14:55

copyKAT从单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数CNV

也是通过单细胞转录组数据来推断细胞的染色体倍数，进而推断是正常细胞（diploid）还是肿瘤细胞（aneuploid）。它还可以进一步对肿瘤细胞进行聚类，找出不同的亚群。首先看一下原理及工作流程图。
Seurat_Satija·2023-08-02 09:08

2022-06-27肝脏发育学习

使用转基因Foxa2eGFP报告小鼠系，我们对从E7.5到E15.5的10个胚胎阶段分离的内胚层和肝细胞进行了单细胞全长mRNA测序。
科研与生信记录·2023-08-02 07:13

GEO数据上传的详细步骤演示

GEO数据上传的详细步骤演示想必很多老师、同学们对转录组相关数据如何上传至GEO数据库存在困惑，本篇整理了GEO数据上传的相关步骤，教大家如何上传数据。
纪伟讲测序·2023-08-01 23:22

MIA用于单细胞和空间的联合分析

MIA，多模态数据取交集方法，是针对SpotCluster水平上利用单细胞注释信息来对ST-Spot聚类结果进行细胞类型注释。
单细胞空间交响乐·2023-08-01 21:23

2010年郭国骥老师的开篇作（一）

ResolutionofCellFateDecisionsRevealedbySingle-CellGeneExpressionAnalysisfromZygotetoBlastocyst利用单细胞基因表达分析揭示从受精卵到胚泡细胞命运决定的解析作者程凉皮老师文章点评
不如好好学生信吧·2023-08-01 20:16

【R>>scRNA】单细胞交响乐1-理解SingleCellExperiment对象

先定个小目标，系统的学习完刘小泽老师的《单细胞交响乐1-31》单细胞分析大致可分为上半场和下半场分析：大体流程清楚后，我们就来引出今天的主角→Singl
高大石头·2023-08-01 20:41

单细胞注释-marker参考

AGuidetoTCellMarkersAGuidetoRegulatoryTCellMarkersAGuidetoBCellMarkersAGuidetoNKCellMarkersAGuidetoDendriticCellMarkersAGuidetoMonocyteMarkersAGuidetoMacrophageMarkersAGuidetoNeutrophilMarkers
科研小徐·2023-08-01 17:11
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