富集第5页

clusterProfiler对差异表达基因进行富集分析

过表征分析（OverRepresentationAnalysis，ORA）(Boyleetal.2004)是一种广泛使用的基因富集分析方法，用于确定已知的生物学功能或过程是否在实验得到的基因列表中被过度表达

qq_27390023·2023-09-28 23:08

KEGG 通路富集分析图解

KEGG通路富集分析KEGG数据库KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库是日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了的生物信息学数据库。

荞麦agan·2023-09-28 23:05

Reporter Score 微生物功能富集分析

Introduction功能富集分析是一种用于分析基因集合或基因组数据中功能模式富集程度的计算方法。它可以帮助揭示在特定生物学背景下，哪些功能模块、代谢通路、基因家族等在统计上富集或显著过表示。

Asa12138·2023-09-28 23:04

一起学画图：气泡图—常用于富集分析

在实际使用中，气泡图常用于展示基因富集分析的结果。本期使用R包gapminder中现有数据集，基于ggplot2制作气泡图Part2：图像与代码在加载数据并对

RookieNick·2023-09-28 23:04

【生物信息学】基因富集分析

目录1.导入必要的库2.定义一些变量3.计算富集分析的p值4.绘制概率质量函数图5.读取数据6.定义富集分析函数7.富集分析8.将结果保存到文件并打印DAVIDFunctionalAnnotationBioinformaticsMicroarrayAnalysis1

QomolangmaH·2023-09-28 23:02

转录组分析——如何寻找差异基因中的中枢基因（hubgene）

如果你经常阅读文献或者对生信分析了解过一段时间，就会知道我们一般会从两个方向去看①GO和KEGG富集寻找感兴趣的通路②利用Cytocape及STRING数据库进行PPI

糕糕python·2023-09-28 05:22

复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图

还是NC的文章，这次我们探讨下Figure2a，这个富集气泡图可能平平无奇，但是仔细看发现它的横坐标是4个分组。这就值得去学习了，同时复现这个气泡图是为了任何气泡图达到举一反三的效果。

KS科研分享与服务·2023-09-28 04:58

吴和平：挖掘文化资源发展文化产业

天水历史文化底蕴深厚、民间民俗特色文化繁多、自然人文景观富集，大力挖掘文化资源，加快发展文化产业，激发文化创造活力，是加快推进天水供给侧结构性改革的现实途径，是打好打赢全面

吾尕·2023-09-27 10:23

【R画图学习11.3】富集圈图---circlize

这几年，我也陆陆续续在paper中看到一些环形的富集图，有时候也挺好的，今天我们也来学习一下画法，继续练习circlize的技巧。这次，我找了一个经常做的GO富集的结果拿来做测试。

jjjscuedu·2023-09-27 07:16

通向 CNS 期刊的视觉之旅 | 生物信息学作图系列教程（一）

GOplot：画出差异表达基因富集结果No

·2023-09-26 19:54

医学专题-多组学在疾病发生发展过程中的研究思路

bioyigene·2023-09-25 10:22

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析、火山图、功能富集

生信宝典·2023-09-25 08:00

2018-08-24

社会约80%的财富集中在20%的人手里，而80%的人只拥有20%的社会财富。这种统计的不平衡性在社会、经济及生活中无处不在，这就是二八法则。

智慧金库·2023-09-22 22:57

KEGG信号通路富集分析

KEGG信号通路富集分析当我们手头有转录组测序后的差异分析数据后，想更进一步的去分析这些差异基因在信号通路富集情况，其中一种办法是使用KEGG网站进行信号通路富集分析。

MurphyStar·2023-09-22 19:43

progeny PROGENy

单细胞之富集分析-6：PROGENy-简书(jianshu.com)#request2.libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library

Young.Dr·2023-09-22 02:24

【空间转录组】MIA分析

讲解视频在B站MIA分析可以用来评估空间上某个region或者cluster中富集的细胞类型。需要单细胞和空间转录组两种组学数据，数据最好配对。

TOP生物信息·2023-09-21 23:56

KEGG、GO富集分析与GSEA并不是二选一

最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。

小洁忘了怎么分身·2023-09-21 18:39

GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol

前面在讲GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算时，给大家简单介绍过GO富集分析结果如何看。

生信交流平台·2023-09-21 16:31

基因通路富集分析

Followingtutorialfrom2019NatureProtocol(https://www.nature.com/articles/s41596-018-0103-9)PrerequisiteProjectdirectory:Pathway_Enrichment_Turorial/Data:https://static-content.springer.com/esm/art%3A10

尘世中一个迷途小书僮·2023-09-21 11:58

GSEA学习笔记

Genesetenrichmentanalysis,基因集富集分析1、算法思想对某基因Knockdown和WT做差异表达分析之后，得到差异表达基因list，按照某个统计量，比如foldchange，从小到大排序

DobbyBunny·2023-09-18 22:20

好用的小工具及数据库资料

做富集分析的网页工具https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表输入就可以了,如果基因的重要性有区别就勾选"orderedquery"选项.除了做pathwayenrichment

程凉皮儿·2023-09-17 23:30

m6A都有哪些相关验证实验？来看一下吧

嘉因小助手·2023-09-17 09:25

9 功能富集分析

在线富集分析DAVIDDAVID：https://david.ncifcrf.gov/DAVID上传基因点击StartAnalysis，打开操作界面在左侧的输入框中输入要进行富集分析的基因，或选择文件上传

油炸椒盐菠萝·2023-09-17 03:59

electron 左上角图标 dev(开发环境)可显示 build(打包)后无法显示

先说解决方法，用于作为图标的ico文件需要富集多种尺寸，必须包含256*256，且同时应当包含其他更小的尺寸。

漆黑的莫莫·2023-09-15 11:32

基于GO-Figure快速绘制GO富集气泡图

是一个基于pyhton写的GO富集小软件，方便我们拿到富集结果后直接使用命令行的形式进行可视化，绘制出具有灵活性、可重复性的图形，且可基于最新的GO数据库内容进行富集。

凯凯何_Boy·2023-09-14 12:25

【R语言】绘制GO富集分析弦图

前面给大家讲解过GO和KEGG富集分析，以及柱形图和气泡图展示富集分析结果。

生信交流平台·2023-09-14 03:08

自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析

利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的，特别感谢一下！！！

生信小白2018·2023-09-13 00:55

9月10日，每日信息差

包括人工智能PM2.5富集仪、地基二维扫描DOAS系统、室内健康空气IHA物联网集成系统第二、国轩高科斥资20亿美元在美伊利诺伊州投资电池厂。

今日信息差·2023-09-12 15:15

【US IPO申购】JFG玖富集团，P2P行业领军者

https://www.9fgroup.com/美东时间7月25日，玖富集团（JFG）正式递交IPO招股书，拟在纽交所或纳斯达克申请上市。

港美股新股资讯·2023-09-12 12:16

科普|含铊废水的来源及处理工艺介绍

铊的对于人体、环境的危害虽然铊的应用范围比较广泛，但同时也是一种剧毒的重金属，与砷、汞等重金属相比，铊污染较小，但毒性更强、毒性更大，且富集程度相对较高，在生态链中，通过富集作用铊累积到人体

COHESION_2010·2023-09-12 11:16

肝细胞癌中关键生物标志物的筛选和鉴定:来自生物信息分析的证据

鉴定差异表达基因(DEGs)，并进行功能富集分析。构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)，并使用STRING和Cytoscape进行模

亦是旅人呐·2023-09-11 11:30

挖矿黄金周期即将来临，你准备好了吗？BT,ETH,FIL?

碳中和大的趋势下会引导大家更长线的思考，往水电富集的地方去转移，毫无疑问就是四川。

数字先驱·2023-09-11 05:57

DESeq2差异分析和后续的KEGG、GO富集分析

今天的随笔主要涉及运用DESeq2对基因进行差异分析，先上代码：#差异表达-----------------------------------------------------------------------------------BiocManager::install("DESeq2")library(DESeq2)##这里导入了mRNA或miRNA的矩阵---------------

张玮恩·2023-09-10 19:51

在线作图|如何绘制一张气泡图

在生信分析中，GO/KEGG功能注释和富集分析气泡图是比较常见的。imageQuestion2：如何不使用R绘制气泡图

维凡生物·2023-09-10 10:55

R语言ggplot2画气泡图展示富集分析的结果

之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。

小明的数据分析笔记本·2023-09-10 10:23

非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb

转自Y叔AnnotationHubclusterProfiler具体函数columns(x)：显示当前对象有哪些数据keytypes(x):有哪些keytypes可用做select或者keys的keytypes参数keys(x,keytyp,...)：返回当前数据对象的keys（类似于他包含的内部值）select(x,keys,colums,keytypes,...):基于keys，columns

白云梦_7·2023-09-10 03:05

人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位（一）

本文作者通过人体肺组织单细胞RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2，同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。

玫姝儿·2023-09-08 02:14

零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC

小编前面给大家详细介绍了☞GO和KEGG富集分析视频讲解☞GO简介及GO富集结果解读☞四种GO富集柱形图、气泡图解读☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图当然主要用到的是

生信交流平台·2023-09-07 19:21

认识泰万菌素～武当叶老师

其杀菌活性是泰乐菌素的好几十倍，是替米考星的5一8倍，它能通过细胞膜，在胞质内富集。而泰乐菌素无法进入细胞内部。泰万的抗菌靶向不同，所以它不会产生耐药性。

婷婷_4e59·2023-09-07 18:53

使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析

事由起因昨天，有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。

小杜的生信筆記·2023-09-04 16:44

Gene body甲基化

开花植物中可根据甲基化富集的区间将基因分为五类：UM（umethylatedgenes）在genebody上三种甲基化context都不富集gbM（genebodymethylation）CG在转录区间上富集

horsefish·2023-09-04 10:04

文献阅读-基因富集分析

最简单的解释办法是通路富集分析（pathwayenrichmentanlysis）。通路富集分析的基本步骤有哪些？有哪些可以简单、优秀、免费的工具？怎样对富集结果进行可视化并给出基本解释？

新欣enjoy·2023-09-04 07:41

ChIP专题 | 如何进行ChIP-qPCR富集验证

染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP）是一种适用于在体内研究蛋白质与DNA相互作用的方法。这项技术能够帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰或转录因子结合。目前也是众多学者研究蛋白-DNA互作的主流技术。许多老师在做完ChIP-seq分析后，通常会找到感兴趣的TF/组蛋白修饰的1个或多个靶基因。为了进一步证实TF/组蛋白

爱基百客·2023-09-04 06:34

RNA结合蛋白研究技术：RIP-seq实验分析流程及案例分享

RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用，蛋白结合对象为RNA，RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序，

爱基百客·2023-09-04 06:03

为什么80%的财富集中在20%的人手里？

我们常常会想，究竟是什么原因，让80%的财富集中在20%的人手里？又有什么方式，可以为我们的经营管理提供有益的借鉴思路？甚至说，有什么特别有效的办法帮助我们的店铺创收“插上翅膀”？二八原则

4a821cf3c4d2·2023-09-03 23:14

我们生活的是大糖帝国

那么社会的财富到底是怎么富集的？为什么大多数人总是在社会财富层级的低端？人类社会自形成以来，马太效应，财富的不均衡，社会阶级的固化。

醉里狙风·2023-09-03 10:56

跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO)

cell_8.jpg跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO)“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”

木舟笔记·2023-09-02 21:26

实验篇—— 基因家族Motif 分析

—基因家族Motif分析文章目录前言一、名词解释二、实操1.MEME工具箱2.MotifDiscovery（基序发现）1.结果网页2.在TBtools中（额外）2.MotifEnrichment（基序富集分析

星石传说·2023-08-30 21:10

生物笔记——暑期学习笔记（三）

练习二、生信篇1.blast基因家族鉴定2.hmm鉴定3.理化性质与亚细胞定位4.基因重复类型分析5.家族成员染色体位置分析6.基因组共线性分析7.多序列比对，构树8.Ka/Ks分析9.GO、KEGG富集分析

星石传说·2023-08-30 21:08

你的文章一直没有阅读量，你还会坚持写下去吗

80%的社会财富集中在20%的人手里，而80%的人只拥有社会财富的20%。大部分的自媒体号，艰苦卓绝的坚

清风拂天涯·2023-08-26 16:43

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