富集

组学知识速递（五）|ChIP-seq知多少？

ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序，是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化和文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，
bioyigene·2023-08-26 12:57

如何进行虚拟筛选的方法学验证【转载】

blog.molcalx.com.cn/2016/09/22/virtual-screening-methodology-validation.html摘要：本文主要讨论了如何评价虚拟筛选方法的性能，如何计算命中率、富集因子
小芊要努力·2023-08-25 22:28

转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集

写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！1.rawdata1.1QCfastqc-oout_pathfilenamemultiqc./1.2数据量统计调用工具：iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40#去除高于40%低质量碱基数量的reads-n5#去除多
NICE_AGIS·2023-08-24 20:39

【R画图学习3.3】富集柱状图

有人说富集也有用柱状图的，这个应该是最好画的图。可以水平放，也可以垂直放。
jjjscuedu·2023-08-24 12:16

2022-03-29

故事：老梁投资记（第1集）——开篇老梁，全名梁生恒，44岁，大鹏市大富集团研发中心副总裁。此“研发”可不是科研开发，而是研究发展，具体工作就是研究行业、赛道、找项目做股权投资。
NB天人合一四句偈·2023-08-24 10:47

【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化

小编前面也用了好几期的内容来给大家分享如何零代码做GO和KEGG富集分析，主要用到的是DAVID这个网页工具，并且零代码展示GO和KEGG富集分析的结果，主要用到的是Excel。
生信交流平台·2023-08-23 05:02

富集分析也能发nature protocol ? 好好探探~

Pathwayenrichmentanalysisandvisualizationofomicsdatausingg:Profiler,GSEA,CytoscapeandEnrichmentMapPathwayenrichmentanalysisresourcesPathwaydatabasesWelistaselectionoflarge,open-accessandconvenientlyac
热衷组培的二货潜·2023-08-20 08:27

2022-12-13

Antibody–drugconjugates，ADC）是一种抗卵巢癌药物，将抗体（或抗体片段）和化学药连接而成，兼具生物药和化学药的优势，是利用抗体独特的靶向性质和细胞毒极强的药物偶联设计的一种抗肿瘤新药，能够精准地将药物富集在肿瘤组织
图灵基因·2023-08-20 03:30

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析、火山图、功能富集
生信宝典·2023-08-19 01:51

生信豆芽菜-差异基因富集分析

网址：http://www.sxdyc.com/enrichmentEnrich该工具使用R语言的clusterProfiler包对关键基因集进行GO和KEGG富集分析，注意这个的关键基因集可以是差异基因
木之如水·2023-08-18 00:13

系统的RabbiMQ学习（1）了解MQ

与SpringAMOP完美整合API丰富集群模式丰富HA模
employeeeee·2023-08-17 00:01

初学单细胞转录组差异分析

转录组差异分析在之前单细胞富集分析里，也有提到。1、下载示例数据GSE81861https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
小贝学生信·2023-08-16 07:47

单细胞测序GSVA基因集变异分析

GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，
像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

GO，KEGG，DO 富集分析

whatisGeneOntology(GO)基因“本体论”对事物的分类描述，对基因的分类描述对基因的描述1、cellularcomponent,CC(基因存在于细胞质还是细胞核，是线粒体还是其他细胞器)细胞组成2、Biologicalprocess,BP（能够参与哪一个生物学过程，参与rna加工，复制等）生物学过程3、Molecularfunction,MF（分子功能上，催化什么反应，什么样的酶）
奔跑的Forrest·2023-08-15 23:01

R语言实现GSEA分析（1）

传统GO和KEGG富集分析，仅可观察到多数基因富集后所在的通路，但是这些同属一条通路的基因，有的上调，有的下调，不能总体上反应这条通路是抑制还是激活。
weixin_49320263·2023-08-15 08:45

湖北省情考考看

作为中国重要的创新资源富集地，
炽凤亮尧·2023-08-15 07:09

单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程

单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1.单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/genesymbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2.目标基因集（文件格式：.gmx或.gmt）一行是一个term/基因集，第一列是基因集的名称，后面是基因分类等，再后面是geneid/genesymbol（要和单细胞矩阵的对应，否则不能识别）1.单细胞基因表达变化数据的准备1.1下载单细胞数据（
Hayley笔记·2023-08-14 19:58

数据框筛选和GO富集的小操作

最近我得到了一个数据框，里面有几列，然后我要在这几列里面根据一些过滤条件得到基因，然后进行GO分析。比如下面这个数据框#gene是我随机抽取的基因library(tidyverse)library(clusterProfiler)library(org.At.tair.db)data.frame(gene=sample(gene,10),rho=sample(seq(-1,1,length.out
城管大队哈队长·2023-08-14 04:40

SCI 文章中基因表达富集之 GSEA

GSEA（GeneSetEnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，它的基本思想是使用预定义的基因，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集
桓峰基因·2023-08-13 13:50

专治疗懒病：GO、KEGG富集分析一体函数

之前我们写过GO、KEGG的富集分析，参见：补充更新：GO、KEGG（批量分组）分析及可视化。演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。
TS的美梦·2023-08-11 11:37

小鼠基因集-GSKB--R进行GSEA富集分析

1.数据集介绍  由于人类基因集富集分析，有msigdb数据库，上面有各种数据集的几何，因此做人的基因集富集分析还是很方便的，可以直接从上面下载数据集即可：msigdb数据库基因集  从上图可以看到，msigdb
尧小飞·2023-08-10 20:37

高通量测序与增强子相关研究

组蛋白修饰的ChIP-seq分析组蛋白修饰能预测染色质的类型、区分基因组功能元件，例如H3K4me1、H3K27ac通常在增强子区域存在富集。
纪伟讲测序·2023-08-10 01:22

二八定律（二八法则）

社会约80%的财富集中在20%的人手里，而80%的人只拥有20%的社会财富。这种统计的不平衡性在社会、经济及生活中无处不在，这就是二八法则。
焦糖默默·2023-08-09 07:19

染色的和田玉翡翠特点是什么

所用的染色剂，通常沿着玉石的绺裂或质地薄弱处，逐渐渗入到玉石内部，且这些部位的颜色分布较富集。
泽和玉仓和田玉_33cc·2023-08-09 06:01

非模式生物KEGG富集分析

写在前面因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。
BioinfoFungi·2023-08-08 23:17

非模式生物KEGG富集分析

写在前面因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。
BioinfoFungi·2023-08-08 23:17

单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID

很多软件在做注释时会基于某个细胞和参考细胞表达谱的相似性，今天看到的这个软件使用的是另一种思路：将某个细胞的特征基因集与表征细胞类型的参考基因集做富集分析，
TOP生物信息·2023-08-08 23:11

复现Cell图表：双侧柱状图展示上下调GO富集结果

双侧柱状图及坐标轴设置|ComplexHeatmap图例设置3、复现《Cell》图表：多形状气泡图4、复现《Cell》图表：ggplot做回归、折线图并添加置信区间今天我们做一下这篇《Cell》文章的富集结果图
KS科研分享与服务·2023-08-08 09:54

为什么四川凉山会理和会东种植的软籽石榴占据优势

哈尔滨、广州、深圳、杭州、上海等地，并出口东南亚各国及俄罗斯等国，深受广大消费者的喜爱，而这个地方也是全中国甚至全世界常年紫外线照射的地方，会理县和会东县地处四川省凉山彝族自治州西南部、山川秀美、资源富集
c16cfe3fc0a7·2023-08-07 17:58

单细胞测序基础知识

差异表达分析与富集分析找出差异表达显著的基因，对结果进行可视化。火山图左侧表示下调的基因，右侧表
来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示

这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway
TOP生物信息·2023-08-06 08:01

如果可以回到五年前，你会不会多发几篇这样的纯生信呢？

就单纯的GEO数据下载、差异分析、GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析就可以轻松发表SCI文章，根本不用担心发不出去，因为有大量的生信友好期刊等着接收你的文章。
SCI狂人团队·2023-08-05 09:34

连载 | 4.1 富集数据资源

欢迎大家来到第四章，富集数据资源。我会为大家介绍什么叫做富集资源以及富集哪些资源。image概述首先，富集词典词槽。这是指需要收集到任务完成的关键词和关键要素。
李佳芮_chatbot·2023-08-03 23:20

医学生视角下的GSEA富集分析

原理理解关于GSEA富集分析，其实很早就接触过了，但一直没有深究下去。这里白介素同学抽空进行了测试。
医科研·2023-08-03 02:23

KEGG Pathway通路结果绘制气泡图

参考CSDN博客ntuYision：使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码getwd()setwd("D:/Desktop/")#查看和修改工作目录
小灰灰want_to_fly·2023-08-02 23:42

一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润（二）

学会本专栏课程，可以具备发一篇五分左右文章的水平：本专栏目录如下：Figure1：差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考)Figure2.生存分析，箱线图表达改变分析（图片仅供参考）Figure3.基因富集分析
楷然教你学生信·2023-08-02 22:43

单基因gsea_GSEA：基因集富集分析和ssGSEA:单样本基因集富集分析

传统富集分析(基于超几何分布或者Fisher精确检验)：关注一列差异基因是否是随机分布在某一感兴趣的基因集中(某通路的基因)得到通路富集的结果时：(1)、一条通路中既有上调基因又有下调基因，无法确定这条通路总体的表现形式
weixin_39907289·2023-08-02 14:25

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你122篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，
桓峰基因·2023-08-02 14:18

GSEA结果解读、原理介绍、操作方法的资料的整理

权威详细文档（英语能力好的这个最佳）：权威详细的pdf文档R语言环境下的一个例子：https://www.jianshu.com/p/be8fe1318850GSEA的一个内容汇总（很详细）：一文掌握GSEA富集分析
superqun·2023-07-31 15:04

Seurat包的打分函数AddModuleScore

在单细胞数据分析的过程中，Seurat包提供了一个为一个基因集打分的函数AddModuleScore（自定基因集），为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA，今天我们来看看Seurat这个函数的用法和意义
单细胞空间交响乐·2023-07-29 23:25

《未来简史》

作者在书中提到的假设我觉得是很有可能的，人工智能将把财富集中在少数的精英手中，很多人也许都会失去工作。看书的时候才知道那些具有创意的工作例如作曲，也被机器人掌握，我觉得这真的是很可怕的事情。
lucky哈哦·2023-07-29 05:24

跟着 NC 学画图: GSEA 富集结果可视化

尝试变得正常1引言一篇NC文章Neutrophil-inducedferroptosispromotestumornecrosisinglioblastomaprogression中的gsea图:文章:目前简单的想法就是拼图,不够也会遇到一些问题,下面展示一下结果:小伙伴们可以在推文末尾打赏我5个大洋,然后截图私戳我,我把文献,测试数据,代码分享给你。2测试数据上传一下测试数据,包含两个通路:# 
木舟笔记·2023-07-29 03:44

DAVID数据库简介及使用说明

可以用来做基因的差异分析，也可用于通路的富集。他可以将输入列表中的基因，关联到生物注释上。
翾格格·2023-07-27 12:45

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

靶向RNA-seq则是对特定的转录本进行重点分析，与标准RNA-seq类似，靶向富集方法可用于评估基因表达、RNA种类分析，以及基
chSNP·2023-07-26 16:33

GO和KEGG学习笔记1（含R代码）

材料：一个只有genename的表格需求：KEGG富集分析背景功能富集分析：按照功能分类，将功能相近的基因/蛋白分到一起，并关联其生物学表型。
聪明如你啊·2023-07-26 15:56

怎么肥事：P53你竟然不让我HDR精准修复！

CRISPR-Cas9技术和TP53的关系，最近聊的两篇文章内容可以简述为：（1）CRISPR-Cas9诱导DSB，DSB激活P53，导致细胞死亡；（2）CRISPR-Cas9无法使得P53mutant细胞死亡，从而富集
冻春卷·2023-07-26 03:28

一句代码同时运行多组富集分析

传统的富集分析的步骤是：计算出差异表达基因列表运行GO运行KEGG当然，也可以运行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可视化结果，这里所有的操作都不能一次性运行
欧阳松·2023-07-25 14:57

大医至简第二章学习心得

这个区间，富集淋巴和粘膜。多免疫细胞，且下通水道。也是可以排邪的。何为阴阳人体对病邪产生的反应亢盛，称之为阳证。反之，对病邪产生的反应虚衰，称之为阴证。其差别来源于人体精血能量的多少！
岱恕如其名·2023-07-25 11:09

TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析

前言前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充主要介绍一下GEVA、ssGSEA和单基因的富集分析GSVA我们知道，GSEA富集分析方法是针对两组样本来进行评估的，也就是说对基因列表的排列方式是根据基因与表型的相关度
名本无名·2023-07-23 14:50

富集分析后的结果如何画chord弦状图

ChordDiagram弦状图-用来画富集分析的结果前面看的文献中，有一个很漂亮的圈图，https://mp.weixin.qq.com/s/NIqSTvJ916ZGk_dwsRlH5w，就是kegg和
小梦游仙境·2023-07-22 20:17
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