测序质控

【算法详解】STitch3D：空间转录组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法，实现更高分辨率的3D结构重建

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255·2024-02-13 18:32

R、python读取空间转录组的8种方式

“空间转录组测序主要包括5个步骤，我们着重下游分析部分：空转数据分析和可视化。
生信小博士·2024-02-13 18:01

菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？

比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落
f70420f979c3·2024-02-13 18:02

pacbio三代扩增子测序序列比对

新手小白求问一个fasta文件里面包含很多序列有什么办法能够把TTA开头的提取出来，ATGG开头的提取出来，如图一。关于序列比对的问题求助序列比对完之后可视化方法，比如300多条序列有同样的突变或者缺失规律，该怎样用一条序列或其他可视化方法表示出来。图一
小鹿不吃香菜·2024-02-13 18:58

单细胞测序生信分析1-Seurat

单细胞分析的经典包——Seurat包有自己的官方教程，跟着教程过一遍可以get大致过程（https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html）在我看来最难的部分其实是第一步的数据准备阶段，如果GEO数据库可以下载到标准的10X数据（包含三个文件（barcodes.tsv/genes.tsv/matrix.mtx）），那直接用S
18b79e7933ad·2024-02-13 08:46

2021-10-10

CellRepMet|基因筛查的通用工具箱STAMPScreen原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术基因工程领域积累了一个巨大的工具箱：海量在线数据集、基因编辑工具和快速廉价的基因组测序
图灵基因·2024-02-12 20:33

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

2022-07-28

CancerDiscov|8万个单细胞测序揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=38.272
图灵基因·2024-02-12 13:17

我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎

贺建奎，原南方科技大学副教授，毕业于美国斯坦福大学，拥有多学科交叉的背景，并在基因测序仪研究，CRISPR基因编辑，生物信息学等多个领域取得研究突破。
闲月农·2024-02-12 06:31

2022-01-27

参考：生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息，一般用ATCGN来表示，其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号
学习生信的小兔子·2024-02-12 01:29

2023-04-06

将二代测序短reads比对到参考基因组上，并进行排序和去重复的等处理，用于后续的变异检测。
小谷头·2024-02-11 21:58

高通量测序的前世今生

“高通量测序”这词我想大部分人都不会感到陌生，因为现如今它算得上是一个比较热门的领域，但是您又知道多少关于高通量的知识呢？接下来小编来聊聊它的前世以及今生，带您走进高通量测序的世界。
南博屹生物医学·2024-02-11 21:53

使用GC含量归一化对深度测序数据的拷贝数变化进行无对照calling

简要我们提出了一种利用深度测序数据进行无对照拷贝数
亦是旅人呐·2024-02-11 10:16

链特异性测序及在IGV中的可视结果

1.介绍与链特异性测序相对的是传统的非链特异性文库。通过链特异性测序，我们可以清楚的知道得到的reads跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性测序的方法是dUTP方法。
LeoinUSA·2024-02-11 09:26

2021-10-01

从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS)样本的进行了全基因组测序
图灵基因·2024-02-11 07:28

基因组组装----SOAPdenovo2

1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下：(1)测序得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。
bcl_hx·2024-02-10 22:11

高仿古驰包包哪里有，购买高仿古驰包包渠道

这些网站通常有严格的品质控制和监管机制，可以保证包包的质量和真实性。同时，这些网站还提供了一些详细的产品信息，如材质、尺寸、颜色等，方便消费者进行选择。其次，我们也可以在一些
桃朵桃朵·2024-02-10 12:16

NGS 中 DNA damage 的鉴别

而低丰度的突变会受到PCR错误、测序错误、DNA损伤的影响，带来很多
茄子_0937·2024-02-10 08:10

IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂

随着新一代测序技术的不断推广，每年都产生
生信宝库·2024-02-10 08:36

一篇医学微生物组16S测序文章必备的六张图 | 微生物专题

上期介绍了《一篇医学微生物组16S测序文章必备的五个内容|微生物专题》，接下来我们逐一介绍这些必备内容需要用哪些图片来直观呈现，以及这些图片的含义。
Seurat_Satija·2024-02-10 06:00

单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码

最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。
生信小白花·2024-02-10 03:19

三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区

尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。
xuzhougeng·2024-02-09 23:06

揭秘高仿手表市场：五大放心渠道，让你购买高品质高仿手表无忧！

作为国内知名的高仿手表电商平台，X网站拥有庞大的商品库存和严格的品质控制，为消费者提供了丰富多样的选择机会。在X网站
潮流品鉴·2024-02-09 22:18

Seurat - 聚类教程 (1)

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。
冷冻工厂·2024-02-09 09:38

一二三代测序技术总结

1、第一代测序技术概述：用的是1975年由Sanger和Coulson开创的链终止法或者是1976-1977年由Maxam和Gilbert发明的化学法（链降解）。
sunlight_yy·2024-02-09 07:00

RPKM,FPKM,and TPM

,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度
Seurat_·2024-02-09 03:17

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

通过IlluminaNextSeq500测序的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgeno
木舟笔记·2024-02-09 01:56

嗜酸乳杆菌NCFM

20世纪70年代，北卡罗来纳州立大学从人体粪便中最先分离出LactobacillusacidophilusNCFM，它是唯一一株进行了基因测序和注释的嗜酸乳杆菌。
营养科普·2024-02-07 21:10

落枕用穴体验

有个中药质控会，不去不行！驱车出发，右侧的方向盘，都侧不过去瞅。会议期间，我取左侧三焦经的中渚穴，直按，痛爽！取三焦经，是因为同气相求！脖子右侧是少阳三焦经。所以还是三焦经上取穴。
中医微尘·2024-02-07 16:39

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq数据的准确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题，因为转录结构不连续，读取长度相对较短且测序技术的通量不断提高
sunlight_yy·2024-02-07 14:29

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。
新欣enjoy·2024-02-07 10:57

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。
coffeeii·2024-02-07 03:31

bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate

第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来，结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。
RachaelRiggs·2024-02-07 00:53

谷歌终究还是没忍住，把特朗普扯得淡给辟谣了。

拒绝使用世卫组织的测序试剂盒，坚持自主创新；迟迟不下放检测权利，所有检测都需要FDA批准通过。
d724eb5603f7·2024-02-06 22:04

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR
图灵基因·2024-02-06 20:51

漫长的过程

可结果却不是那样，准备资料涉及多年前的原始护理记录、质控内容、需要持续改进的典型案例、能体现业绩的抢救病例、还要每年的年终考评内容、论文的佐证材料、3门公修课的合格证明等等，加上科室还有一堆事，真的感觉太烦了
雨果的天空·2024-02-06 16:56

提升品质控制新标杆！三坐标CMM尺寸公差质量SPC管理工具震撼上线！

您是否对产品尺寸精度的管理感到头痛？手动录入数据、发现问题不及时成为制约生产效率的绊脚石？我们为您推荐全新的三坐标CMM尺寸公差质量SPC管理工具，一款真正能够改变您品质管理方式的利器！为何选择我们的三坐标CMM管理工具？实时交互，零延迟：与传统Excel分析相比，我们的系统不仅能够在3D模型上直接进行交互，还能实时更新数据，让您随时随地掌握生产现场的最新状况。MSA分析助力，问题尽在掌握：专业的
三坐标CMM质量数据系统·2024-02-06 14:40

给我们点赞

恭喜上海基因检测中心成立，主要针对人体基因测序，染色体遗传筛查，生命密码解析，我们的理念是揭开神秘生命密码，通过科学健康的方式让你健康活到140岁，需要了解定制的朋友可以详细了解我们！图片发自App
茗莘·2024-02-06 13:12

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。
ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

前言随着高通量测序技术的发展，越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。
生信宝典·2024-02-05 06:57

2023-04-07

重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。
小谷头·2024-02-05 00:49

2022-08-25

NatMethods|细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐
图灵基因·2024-02-04 23:21

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。今天跟大家分享的这篇文章来自于TheCropJournal杂志，题目是“Currentadvancesingenomesequencingofcommonwheatanditsancestralspecies(10.
Neal_Bio·2024-02-04 20:11

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组denovo测序时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。
吕强强学生信·2024-02-04 18:45

GWAS:网页版的基因型填充（genotype imputation）

当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。
橙子牛奶糖·2024-02-04 10:33

一周复盘

工作：参加两次线上培训及考试，完成新冠核酸检测卫生部和临检中心的室间质控，HIV市级考评正在进行健身：去健身房两次，两节瑜伽课和40分钟单车。
天涯616·2024-02-04 06:02

一个中国并发癌症家系的全外显子组测序研究

PMID:31452746PMCID:PMC6676670DOI:10.3892/ol.2019.10573摘要癌症是中国的主要死亡原因之一，并且由于其发病率和死亡率不断上升，对公众健康构成威胁。并发癌症定义为同一个体的一个或多个器官同时或连续发生≥2个原发性恶性肿瘤；然而，并发病例很少见，而且研究很少。本研究招募了一个呈现多例并发癌症病例的中国家庭，并对一个未受影响的个体和两个受影响的个体进行了
亦是旅人呐·2024-02-04 03:25

高通量测序介绍

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志
基因组分析·2024-02-03 23:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！
切瓜少年·2024-02-03 20:37

2014突破性科学技术：超隐私智能手机

杂志每年5月份必出的精品专栏，每年杂志的编辑和作者都会为全球的读者提供当年最火热、最具突破和创新精神的科学技术，比如智能手表、记忆植入体、层叠制造工艺（3D打印）、超级电网、临时社交媒体、胎儿产前基因测序
雅然风懿·2024-02-03 16:52
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