测序质控第6页

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

莆田卖鞋的推荐几个大佬：莆田人物知识篇

在这个产业中，涌现出了一批具有影响力的大佬，他们不仅在生产方面具有较高的技术水平和品质控制能力，而且在市场推广和品牌建设方面也具有较高的水平。以下是几位莆田鞋业中最有名的大佬。

美表之家·2024-01-11 00:02

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

不同细胞类型中，基因调控网络存在差异，通过单细胞测序，可以

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点

早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折，一方面是自觉实力有限，怕误人子弟，一方面是有点空闲时间就想偷个懒。个人是希望做到干湿结合全面发展的，如果不想两边都学个半吊子，那必然得付出双倍努力了。我目前主要做俩物种，异源多倍体油菜和同源多倍体马铃薯，方向涉及多组学分析、细胞遗传和基因编辑。回归正题，基因编辑过的作物会有载体序

CallumZhao·2024-01-10 05:50

二代测序基础知识

二代测序基础知识二代测序基础概念（这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的）FQ数据格式高通量测序(如IlluminaHiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(BaseCalling

点滴生信·2024-01-10 05:57

数据治理之数据质量管理系列2：电子病历分级质控需求梳理

但是，其中功能评估分和应用范围评估分，属于系统应用情况，相对主观，只有数据质量评估分，是通过质控系统可以计算得出的。因此，个人理解电子病历分级评价系

大数据小白·2024-01-10 05:06

全面解读｜“小”产品，“大”能量的 BSA 性状定位

对亲本和子代混池进行建库测序，检测SNP，根据亲本间纯和差异的位点，计算子代池的index值，进而挑选差异较大的位点。图1BSA原理图群体的选择根据群体的形成

ee00dc6faab7·2024-01-10 00:10

数据的质量控制软件 | FastQC

拿到二代测序数据后，首先要查看一下测序质量如何，以评估该测序数据是否满能够进行后续的生信分析。这里介绍一款常用的二代测序数据质量评估软件，FastQC。

生信师姐·2024-01-09 23:12

如何快速查找物种间对应的同源基因

1.基于NCBIHomoloGene数据库查找物种间对应的同源基因NCBIHomoloGene数据库收集了部分已经完成基因组测序物种的同源基因数据。数据库现包含21个物种，共44233组同源基

JeremyL·2024-01-09 19:29

RNA-seq，Ribo-seq数据分析（上）

TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献，从GEO数据库下载原始测序文件

1yon·2024-01-09 18:21

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

标题：Moleculararchitectureofthedevelopingmousebrain期刊：NATURE影响因子：49.962哺乳动物大脑是在多种复杂因素相互作用下发展起来的，包括形态发生、细胞间相互作用和内在的遗传程序，最终形成一千多种不同的细胞类型。单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞GEO数据库数据检索方法（一）☞GEO数据库数据检索方法（二）☞GEO数据库数据页面介绍（三）在GEO数据库里面收录了各种各样的数据，不仅有芯片数据也有测序数据。

生信交流平台·2024-01-09 07:04

感恩日记

2.感恩同事，这次医院参加HIV培训，她说她去，但牵扯到以后做质控，上报，所有的心都需要我去操，事我去做，所以给她说一下，她能理解，而不争，蛮感感动的，感恩她的理解。3.感恩自己，本来一大早心

情雪儿·2024-01-08 19:30

2022-12-06

重测序SNP分析------二代测序数据检测；SNPcalling；SNP过滤；遗传多样性分析；PCA分析；群体遗传结构分析；系统进化分析；QTL连锁不平衡分析；GWAS全基因组关联分析（关键基因挖掘）

王钦_ce33·2024-01-08 16:01

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

医学术语中的panel到底是什么意思

去查背景资料，简直大吃一惊：panel这个词竟然直接当中文用了，如下图：panelin中文1.pngpanelin中文2.png基因测序领域的panel似乎没有对应的中文翻译，连圈内人也会心生疑问。

易渔_·2024-01-07 22:23

IGV 自定义Reads 颜色

目的IGV经常被用于可视化检查NGS测序数据，尤其提供给人直观的突变信息，大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。

茄子_0937·2024-01-07 16:51

宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题

文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步

Neptuneyut·2024-01-07 12:15

纯二代测序从头组装基因组(基础版）

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

wangchuang2017·2024-01-07 12:15

iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass...

点击蓝字关注我们MetaTrass：基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏基因组组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15

生信宝典·2024-01-07 12:45

链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用

链读测序（Linked-readsequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。

谷禾牛博·2024-01-07 12:44

原创||宏基因组干货分享专题———组装

拿到宏基因组序列之后，首先要进行质控分析，这步的主要目的是去掉接头和低质量序列。质控结束之后，拿到了干净的数据。就要对基因序列进行组装，组装是一个繁琐且耗时久的一个过程。

bioDeep·2024-01-07 12:44

宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法

介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具，它可以将高通量测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本，专门用于组装多样性的无参考基因组。

小果运维·2024-01-07 12:14

Guideseq分析流程

Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的测序方法，基本原理是CRISPR系统剪切基因组后，在进行基因组修复时可能会将一段设计好的双链DNA，即tag，插入到基因组中，通过tag设计引物可将基因组断裂位点两侧的序列扩增出来建库

WuYankang·2024-01-07 10:44

2022-07-17

2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了VASA-seq程序，这是一种能够对单细胞的全长转录组进行测序的新技术

图灵基因·2024-01-07 07:25

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

_十三·2024-01-07 05:24

WES学习2：外显子测序分析——小男孩的硬骨化病基因突变

首先感谢生信技能树！书接上回，看完了jimmyB站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪，找了一个乳腺癌WEScohort队列把整个流程跑完了。然后还想找一些WES/WGS的现成教程跟着学习的。结果找到这个教程：Exomesequencingdataanalysisfordiagnosingageneticdisease。是一个在线数据处理平台：galaxy。

颗粒神经园·2024-01-06 16:36

chip-seq测序分析流程

步骤1：质量控制fastqc质控，假如有两个样本，实验组为sample1，对照组为control1#双端测序fastqcsample1_1.fq.gzsample1_2.fq.gzfastqccontrol1

微光**·2024-01-06 14:11

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)

璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie

微光**·2024-01-06 14:38

目标跟踪算法中的卡尔曼滤波学习

背景知识在理解卡尔曼滤波前，有几个概念值得考虑下：时序序列模型，滤波，线性动态系统1.时间序列模型时间序列模型都可以用如下示意图表示：这个模型包含两个序列，一个是黄色部分的状态序列，用X表示，一个是绿色部分的观测序列

AAI机器之心·2024-01-06 13:33

李文晓，中原焦点团队初22，持续分享181天，读书打卡17，本周约炼0次，咨10，总51（BOX2），20201207

又是一个忙碌的周一，一天都没有闲着，下午让我们主任给我们讲了讲关系一级质控的做法，这样工作起来更方便。下班匆匆赶回来接儿子放学，为了不让孩子等。

微笑的晓儿·2024-01-05 14:55

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

疫情.怡情(之六百三十九)

今天，那不勒斯OspedaleCotugno医院实验室发出测序报告称，意大利Omicron变体零号感染者的妻子和两个孩子均被感染Omicron变体。当前全意共确诊4例Omicron变体病例。

飞扬的雪ing·2024-01-05 07:31

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

然而，全基因组测序工作还未

百迈客生物·2024-01-04 20:37

在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线

稀释曲线稀释曲线(RarefactionCurve，也称稀疏曲线)：一般在微生物组研究中用于评估测序量或样本量的饱和情况。

维凡生物·2024-01-04 19:29

关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解

上周FDA授予Nanthealth公司OmiscCoreWES基因检测许可，这是FDA批准的首个使用全外显子测序方法来检测实体瘤的体外诊断产品。

ciciv123·2024-01-04 16:34

数据治理之数据质量管理系列3：电子病历分级质控工具的价值

讨论需求的时候，总绕不过对于需求价值的讨论。有人说，电子病历评级，主要是通过项目实施计算出需要上报的数据，通过写SQL语句得出每项的数值，再用excel计算就行了，大部分实施团队都是这么干的。非要在不知道医院数据库类型、库表结构的前提下，设计一套通用化的工具，反而把简单的事情复杂化了。不过，从另一个角度来看，工具型不是就是用来解决相对固定流程的标准化问题吗？短期来看，做一套工具不如直接实施来的简单

大数据小白·2024-01-04 11:00

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

一、文章简介文章题目：单细胞空间转录组测序揭示拟南芥叶片中特定区域的细胞亚型和转录组图谱期刊：DevelopmentalC

畅背书·2024-01-04 07:58

生命的三层次

标签：恐惧焦虑贪婪自私愤怒冷漠羞愧内疚自责悲伤轻狂傲慢自以为是第二层开始了舍外求内，逐步脱离部分物质控制，有意识的选择放下一些，开始回归到身体本质层面，明白身体是修行的根基，开始了爱自己，花精力

胡静怡_31a3·2024-01-04 06:30

ExpHunterSuite

它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

劳力士日志高仿的有哪些厂家，推荐3个给大家

他们在选材、制作工艺以及品质控制上都非常严格，确保每一款出产的劳力士日志

九龙腕表·2024-01-03 20:55

了解长短期记忆 (LSTM) 网络：穿越时间和记忆的旅程

LSTM旨在解决传统循环神经网络(RNN)的局限性，尤其是在学习长期依赖性方面的局限性，彻底改变了我们在各个领域建模和预测序列的能力。

无水先生·2024-01-03 20:23

【单细胞测序】数据格式转换loomR

今天读文献，遇到比较感兴趣的样本，数据下载下来是loom文件，查了下loom文件转换为seurat对象的方法。做个笔记。背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。HDF5数据格式不将数据存储在内存中，而是提供高效的磁盘存储，甚至可以扩展到大型数据集(甚至是>1M细胞)。注意：

森尼啊·2024-01-03 20:18

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”一、理解⼀种疾病的某种现象仅使用⼀种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求

20220705·2024-01-03 12:07

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式

Arandomrarefactionofsamplereadsaccordingtoaspecificreadslength(usuallythesmallestvalue)shouldbeperformedfirstlyfordownstreamanalysis.扩增子测序拿到

凯凯何_Boy·2024-01-02 16:08

单细胞RNA速率（RNA velocity）

单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。

生信小鹏·2024-01-02 14:33

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签

小贝学生信·2024-01-02 14:31

2020-3-17晨间日记

今天是什么日子起床：6：10就寝：22：30天气：晴心情：开心纪念日：2020.03.17任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：填质控报告，学习英语，做PPT改进：及时做事，不推迟习惯养成：每天记日记周目标

最棒的粉红小猪·2024-01-02 04:23

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