测序质控

高分文章热门测序结果验证方法，解决你的选择困扰

随着测序技术的发展和应用的普及，研究者们在拿到大量的测序结果后，面临的困扰是怎样选择合适的结果验证策略。在这里，我们一起来了解一下高分文章中有哪些热门的验证方法吧，总有一种适合你。
ee00dc6faab7·2024-01-25 09:26

240124学习记录：查看/提取bam文件的reads

BAM文件（BinaryAlignment/Mapfile）是一种常用于存储测序数据的二进制格式。它主要用于存储DNA测序数据的比对（alignment）信息。
丁优雅ya·2024-01-25 05:22

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物·2024-01-24 23:12

深度学习-循环神经网络-RNN实现股价预测-LSTM自动生成文本

序列模型（SequenceModel）基于文本内容及其前后信息进行预测基于目标不同时刻状态进行预测基于数据历史信息进行预测序列模型：输入或者输出中包含有序列数据的模型突出数据的前后序列关系两大特点：输入
小旺不正经·2024-01-24 16:55

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及转录组测序数据
花生学生信·2024-01-24 08:17

Day17

今天有一件高兴的事:拿去测序的样本全部质检合格，明天交完上机检测表就可以测序了，两周左右就能拿到结果。加油！不负韶
Lucky_笑·2024-01-24 06:11

学习小组Day7笔记--WX

测序知识特别鸣谢：@公众号：生信星球豆豆&花花老习惯，先来张思维导图~Day7-测序知识再补充些Illumina二代测序技术中涉及到的名词~flowcell：测序反应的载体/容器，1个flowcell有
xiaoxiaomiya·2024-01-24 04:29

2021-11-26

丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析，从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态；通过测序将免疫细胞的单细胞
图灵基因·2024-01-23 22:41

数模---灰色预测模型python代码模板

data,num_prediction):"""GM(1,1)灰色预测模型:paramdata:原始数据序列(一维NumPy数组):paramnum_prediction:需要预测的步数:return:预测序列
Faelan.·2024-01-23 21:31

难过的2021年尾

这几天感觉心情就像过山车一样，突然一下西安的疫情紧张起来了，通过官方报道是巴基斯坦境外输入，东莞的确诊和西安确诊者基因链测序一样。
转角遇到你·2024-01-23 19:40

ChIP-seq数据质控

日常瞎掰  ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在基因组上的结合位置，从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因，继而推测出在生物过程中的相关调控功能。既然是用来研究某种特定的蛋白因子，所以ChIP-seq在建库时就会用到相对应的抗体来结合蛋白因子，从而特异性地富集蛋白因子结合的DNA片段。因此，ChIP-seq实验成功与否的关键在于抗体结合的特异性，如果特异性不好，
生信云笔记·2024-01-23 17:36

南京疫情之感

南京市疾控中心副主任丁洁27日通报，本轮南京发生的疫情中，一直在对病例进行基因测序，从完成的病例看，结果显示为德尔塔毒株。
ddc9033275cf·2024-01-23 16:40

Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用

之前做SSR标记和简化测序都是用的桌面化的TASSEL进行运算，对于做关联分析的初学者非常简单，十分好入门。
种地的pele·2024-01-23 16:57

TensorFlow框架(6)之RNN循环神经网络详解

RNN的主要用途是处理和预测序列数据。全连接的前馈神经网络和卷积神经网络模型中，网络结构都是从输入层到隐藏层再到输出层，层与层之间是全连接或部分连接的，但每层之间的节点是无连接的。
AI小白龙*·2024-01-23 15:06

如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

我们知道一般做表达谱数据分析之前，第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化（归一化），去除由于测序深度，或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。
生信交流平台·2024-01-23 15:26

一文解决单细胞亚群注释的所有问题

单细胞测序技术是近十年最火爆的生物学技术之一，它赋予
生信宝库·2024-01-23 09:42

3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study

该技术利用高通量测序技术，对大量样本进行转录组测序，并通过对测序数据进行分析，识别与特定表型或疾病状态相关的基因和转录本。3'aT
m1chiru·2024-01-23 09:23

标准化方法

转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段，再将reads比对到参考基因组上，并对读序定量，因而最初的表达矩阵是读序数。那么，当需要对样本进行差异分析时，就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy·2024-01-23 02:43

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita
陆沙·2024-01-23 00:50

【科研集市】一文带你读懂Hi-C（附高分文献汇总）

High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获（Chromosomeconformationcapture,3C）技术，以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术
d5c9c866171f·2024-01-22 22:29

7-1 堆栈操作合法性 (10分)

输入格式:输入第一行给出两个正整数N和M，其中N是待测序列的个数，M（≤50）是堆栈的最大容量。随后N行，每行中给出一个仅由S和X构成的序列
超好的小白·2024-01-22 21:01

津恩一家亲，携手抗疫情

当晚，天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全基因组测序确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情（香港、台湾地区除外）中，首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳
精进的医生·2024-01-22 21:41

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

当进行元基因组学研究时，研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段
WDPLA·2024-01-22 15:18

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA·2024-01-22 15:47

CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位

但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度测序、数据质量差以及变量
Neobioscience·2024-01-22 11:14

Promise Advance Proteomics—蛋白定量

目前PromiseAdvanceProteomics提供的产品主要是用于液相色谱-质谱定量的稳定同位素标记蛋白和相关质控蛋白以及提供质谱蛋白质定量的服务。
Neobioscience·2024-01-22 11:14

单细胞测序3 丨丨构建文库

上期分享了单细胞测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增，主要介绍了单细胞测序第二环节--基因表达实验流程：GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞测序的第三环节--文库构建。
知之为知之不知否·2024-01-22 10:02

转录组测序1-测序原始数据说明

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。
纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

一个完整的转录组测序项目大概分为以下三个阶段：体内：mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体，再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外：建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

医疗器械22项网络安全能力解读

-----------2022年3月，国家药监局器审中心发布修订版的《医疗器械网络安全注册审查指导原则》（2022年第7号），对网络安全概念进行了梳理，重点对网络安全应急响应、网络安全更新、全生命周期质控
网安 云的小运营·2024-01-22 02:57

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成
番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

2019-5-26周日

工作上完成了上一阶段的全部质控，准备迎接下周二的物品搬迁。生活上针对自己的问题，寻找了老师指导。过程很艰难，初次交锋就失败了，还是惨败。希望三个月后会有点变化。
荷妍·2024-01-21 15:22

高通量测序数据质控神器Trimmomatic

简介高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。
kongxx·2024-01-21 15:56

04高通量测序-R实现主成分分析

R实现主成分分析如何使用prcomp()函数来做PCA如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图如何确定每个主成分占多少变动如何检查载荷得分（LoadingScores），以确定哪些变量对图表有最大的影响。构建数据集首先，让我们生成一个可以在演示中使用的假数据集。#我们将用10个样本制作一个数据矩阵，在每个样本中测量100个基因data.matrixstr(pca)Listof5$sdev:nu
不到7不改名·2024-01-21 12:35

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不
维凡生物·2024-01-21 10:05

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

本研究测序组装了香蕉B基
百迈客生物·2024-01-21 08:08

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。
茄子_0937·2024-01-20 16:45

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。
生物医学小站·2024-01-20 07:54

劳力士日志高仿表哪个厂最好，推荐几个厂家

他们在选材、制作工艺以及品质控制上都非常严格，确保每一款出产的劳力士日志高仿表都具
九龙腕表·2024-01-20 05:28

【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish

前言：nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。
卡布达b1·2024-01-20 02:44

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

通过IlluminaNextSeq500测序的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgenomics.com/s
木舟笔记·2024-01-20 01:01

scRNA-seq Course 学习

对scRNA-seq的介绍scRNA-seq是对单个细胞进行测序分析，便于研究单个细胞水平的问题，例如：鉴定细胞类型，鉴定细胞基因表达差异，细胞反应的差异，单个细胞内部的基因表达调控。
劳工小朋友·2024-01-20 01:29

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。
我是胡锦州·2024-01-20 01:27

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。
dulunar·2024-01-20 01:58

学习小组Day7笔记--Monomania

2020年4月20日Day7：测序知识今天学习的主题是测序的相关知识，主要是测序技术的历史、高通量测序的分类以及一些相关的测序基础知识。学习资料有点多，感觉一时半会儿也不能全部理解，得多看看总结总结。
Just_Monomania·2024-01-19 18:46

《基因的名义》读书笔记

  这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等
TOP生物信息·2024-01-19 07:26

听书《基因革命》

听书《基因革命》，可以基因测序，进一步了解自己。
梦幻剑晖·2024-01-18 23:40

时间序列数据的季节性检测

时间序列分析是统计学和数据科学的一个基本研究领域，它为理解和预测序列数据中的模式提供了一个强大的框架。特别是时间序列数据，它捕获连续时间间隔内的信息，使分析师能够揭示趋势，季节性模式和其他时间依赖性。
python收藏家·2024-01-18 20:22

纯生信分析套路 甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一
音十千寻·2024-01-18 13:04
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