测序质控

Cell Insight | 单细胞测序技术又一新发现，可用于HIV-1和Mtb共感染个体诊断

国家感染性疾病临床医学研究中心/深圳市第三人民医院张国良团队携手深圳华大生命科学研究院吴靓团队，共同研究得出单细胞测序
尐尐呅·2024-09-16 10:28

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇

博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。
lantary·2024-09-14 12:52

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究
图灵基因·2024-09-12 15:12

生信人应该这样来装软件(未完待续)

P1优先选择二进制可执行软件来安装不同组学任务模块比对重要全基因组测序/外显子测序找差异和变异转录组相关计数软件安装规律：二进制，下载解压，全路径调用#C语言查看在还是不在whichmakewhichcmakewhichjavawhichperlwhichpython
dandanwu90·2024-09-12 15:50

2020-01-28

01-2814:05西医除了追溯疾病症状与体征之外，更多借助于各种化验、检测手段和影像学，尤其是血常规和胸部高清CT影像加以诊断，还必须做咽拭子或下呼吸道分泌物寻找出病原体，例如有针对病毒核酸检测或培养测序和抗体滴度测试等
ab96a7f92f71·2024-09-12 08:56

7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！

本研究从GEO数据库下载单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，根据原始研究中定义的细胞标记重新注释各种免疫细胞，以确定其特异性标志。
生信小课堂·2024-09-11 14:08

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值，就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下：#样本间相似性：R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000
武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:17

单细胞DNA测序方法比较及应用

Lorenz曲线：越接近对角线，测序覆盖越均一Bulk大量细胞测序MDA直接使用DNA聚合酶Phi29扩增均一度：Bulk>MALBAC>MDA3种方法测肿瘤细胞CNV：横轴-染色体序列；纵轴-测序的覆盖深度
6102·2024-09-07 06:26

Trimmomatic 数据过滤

支持SE和PE测序数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头，并根据碱基质量值对fastq进行修剪。
生信编程日常·2024-09-06 06:52

Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程

它显示了特定基因组区域内测序读取的覆盖度，即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag
倪桦·2024-09-04 12:23

2022-01-14

Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组测序数据可视化,微生物组测序分析领域博主（一）不同分类水平注释结果相对丰富度转化在微生物组测序中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平
Tree_microbiome·2024-09-03 21:24

解惑深度学习中的困惑度Perplexity

语言模型(languagemodel)可以预测序列(比如一个句子)中每个时间步词元(比如一个句子中的逐个单词)的概率分布，继而计算一个序列的概率。
Axlsss·2024-09-01 20:11

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。
纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

论文阅读瞎记(四) Cascade R-CNN: Delving into High Quality Object Detection 2017

网络由一个检测序列组成，这些序列训练时会伴随IOU增长从而对FP样本更加有选择性地判别。检测器一个
码大哥·2024-08-30 15:58

肿瘤免疫微环境/免疫浸润分析

2.计算免疫微环境的常用方法：“实测法”，高精度的单细胞测序，SinglecellRNA-seq等手段。即一
期待未来·2024-08-30 15:02

python调用statsmodels模块实现整合移动平均自回归模型(ARIMA)——以预测股票收盘价为例.md

数据集下载代码分析程序简介调用statsmodels模块对上证指数的收盘价进行ARIMA模型动态建模，ARIMA适合短期预测，因此输入为15个数据，输出为1个数据程序输入：原序列，需要往后预测的个数程序输出：预测序列
爆米LiuChen·2024-08-28 14:28

【好书分享第十期】大模型应用解决方案_基于ChatGPT和GPT-4等Transformer架构的自然语言处理（文末送书）

BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质测序、编码等各个领域中新应用的基础构件。
屿小夏·2024-08-28 14:56

科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用

哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官，单细胞RNA测序技术可以鉴定到大多数肝细胞类型，但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况，并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生
晶典教你玩转科研·2024-08-26 23:34

《当人工智能牵手新兴技术：安全挑战与应对之策》

一、人工智能与生物技术结合的安全挑战1.生物数据安全风险人工智能在生物技术领域的应用，如基因测序和分析，产生了大量的生物数据。这些数据包含着个人的遗传信息，一旦泄露，可能被用于非法目的，如遗传歧视
程序猿阿伟·2024-08-25 22:03

RNA-seq数据分析_未完成

目录基础分析1.质控（reads）2.比对3.质控（alignment）4.定量5.样本合并差异表达1.质控（cohort）2.差异分析3.可视化（差异）富集分析肿瘤免疫1.免疫组库2.免疫浸润3.免疫响应
子诚之·2024-03-28 11:43

如何处理NGS数据中的污染？

本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题，在测序中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染，例如，我想测序拟南芥，其中由于实验员的操作不够干净，很容易引入一些人类的DNA，又或者该拟南芥的叶子上也混杂着细菌真菌等其他的
lakeseafly·2024-03-18 15:46

隐马尔可夫模型(HMM) ｜前向算法 ｜一个简单的例子说清计算过程 ｜一般步骤总结

如是我闻:本文通过一个简单的例子来详细说明隐马尔可夫模型(HMM)的前向算法我们求解的问题类型是：给定模型及观测序列计算其出现的概率。
漂亮_大男孩·2024-03-16 03:03

高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2

博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载，示例的命令如下:wget-cftp://
lantary·2024-03-08 09:58

扩增子质控流程多，专属名词来揭晓

在高通量测序王国中，Rawreads（或rawdata）已不陌生，但在扩增子测序的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词，这些名词代表什么，分析要关注哪些数据
ee00dc6faab7·2024-02-26 16:53

生信工具 | 测序数据质控与过滤 - fqtrim

fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序，可用于去除高通量测序仪产出的测序数据接头，poly-A尾，末端未知碱基（Ns）和低质量
·2024-02-23 02:36

聚道云软件连接器助力生产制作行业实现数字化升级

聚道云为此推出了生产制造行业的集成管理解决方案，帮助生产制作企业实现供应链、生产管理、质控检测等方面的数字化升级，从而提高企业的效率和质量，实现企业数字化转型。
聚道云连接器·2024-02-20 22:44

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致？！

转录组测序（RNA-seq）将细胞内某一类型（或全部）的RNA逆转录成DNA，通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。
Seurat_·2024-02-20 20:22

二代测序原理（Illumina）

虽然三代测序现在已经商用，但是目前的主流还是二代测序，尤其是Illumina公司的测序方式更是大行其道。那么，下面我们从四个方面来说说illumina家的二代测序是怎么得到的生物数据。
白墨石·2024-02-20 13:10

【动植物研究动态】20220501文献解读

揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding基于418份现代油菜种质高深度重测序数据
生物信息与育种·2024-02-20 09:53

一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法

上一周Immugent写了一篇一文解决单细胞亚群注释的所有问题，引出了单细胞测序技术的面临的几大未解决的技术难题，其中最主要的一个问题就是由于测序深度不足产生的"dropout"现象。
生信宝库·2024-02-20 00:23

机器学习---HMM前向、后向和维特比算法的计算

HMMimportnumpyasnp#In[15]:classHiddenMarkov:defforward(self,Q,V,A,B,O,PI):#使用前向算法N=len(Q)#状态序列的大小M=len(O)#观测序列的大小
三月七꧁ ꧂·2024-02-19 23:23

两则脐带血相关文献

[精读]一篇单细胞转录组测序分析的文章：Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章
MC学公卫·2024-02-19 18:22

生信学习小组Day7笔记--苏剑请

今日收获大致了解了第一到三代的测序历史、原理和特点深入了解了二代测序的过程，虽然还没能完全看懂以上知识点总结归纳于下面两图（以下知识点均为生信星球公众号提供）：生信Day7笔记1.png生信Day7笔记
苏剑清·2024-02-19 17:29

科研汪的日常 21 科研中的套路与反套路

中等水平的杂志期刊中收录的文章相较水刊的质量会高很多，如XinZong等人在2021年的研究中首先通过对肠上皮细胞样品进行核糖体印迹测序和m6A-seq分析，找到靶分子YTHDF1和Traf6，由后续
007木子·2024-02-19 16:40

LSTM参数详解

LSTM（长短期记忆网络）是一种特殊类型的循环神经网络（RNN），主要用于处理和预测序列数据的重要模型。
实名吃香菜·2024-02-19 14:38

肠道微生物研究的“法宝”

随着分子测序工具和技术的迅速发展，肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。
茗创科技·2024-02-19 13:33

转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦！

染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅·2024-02-15 04:49

机器学习---概率图模型（概率计算问题）

1.直接计算法给定模型和观测序列，计算观测序列O出现的概率。
三月七꧁ ꧂·2024-02-14 17:06

有关工作的反思

今天早上5点，现场质控经理打来电话，昨天分公司检测可疑的户兰凤鸡今天又拉来了，问我是不是没有通知配送部。我才猛的一醒，确实没有通知配送部，以为向李经理汇报就完成任务了。
燕霞·2024-02-14 11:36

2022-12-01

Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化（2）原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术，碱基特异性原位测序（BaSISS
图灵基因·2024-02-14 08:35

积家复刻表哪家做的好？买表经历告诉你

以下这三个厂家要留意：厂家1：APS厂APS厂是一家历史悠久的手表制造厂家，秉持着精湛的工艺和严格的品质控制。他们的积家月相复刻手表制作精良，
恋奢腕表·2024-02-14 08:29

[病理图像质控]分割病理图像（whole slide images，WSI）中包含组织的区域，去掉空白区域

文末有代码链接！！！！！修改2023-03-14偷空写个帖子。在处理全病理切片（WSI）的时候，经常会碰到一个问题。就是整个WSI很大，其中有很多空白的地方，深度学习或者传统的图像处理都不需要处理的，如何把这些空白区域去掉。用的最多的是传统的灰度图OTSU分割，简单的说就是：importcv2importnumpyasnpimportskimageimportskimage.morphology#
水博的两年半·2024-02-14 08:36

单细胞测序最好的教程（一）：质量控制

目前，国内对于单细胞测序分析的教程五花八门，百花齐放，一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。
Starlitnightly·2024-02-14 06:18

单细胞测序最好的教程（二）：归一化

由于单细胞测序技术的限制，我们在样本中获得RNA的时候，经过了分子捕获，逆转录还有测序。
Starlitnightly·2024-02-14 06:18

单细胞测序最好的教程（三）：特征基因选择

前言提到，在过去两天的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的质控以及归一化的一些思想。
Starlitnightly·2024-02-14 06:18

python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组测序（差异分析篇）...

原标题：一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873·2024-02-14 06:17

Python 资源大全（七）

官网bcbio-nextgen：这个工具箱为全自动高通量测序分析提供符
忘了呼吸的那只猫·2024-02-14 05:46

2018-03-04

标签：恐惧焦虑贪婪自私愤怒冷漠羞愧内疚自责悲伤轻狂傲慢自以为是第二层开始了舍外求内，逐步脱离部分物质控制，有意识的选择放下一些，开始回归到身体本质层面，明白身体是修行的根基，开始
小雨沙沙and面朝大海·2024-02-14 03:47

介绍一款单细胞细胞类型注释软件-scibet

作者：童蒙编辑：amethyst引言随着技术的进步，测序成本的降低，单细胞转录组的数据呈指数级的爆发。
生信阿拉丁·2024-02-14 01:55

06高通量测序-RPKM,FPKM,and TPM

,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度
不到7不改名·2024-02-13 20:56
上一页 1 2 3 4 5 6 7 8 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他