生物信息学】

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构，识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库：https://www.rcsb.org/CATH：http://ca
穆易青·2023-11-14 01:12

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第四节 隐马尔可夫模型）

5.4谱搜索：隐马尔可夫模型（HMMs）谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时，比PSSMs更通用，如语音检测，声纳等一系列信号检测问题；在生信领域，HMMs已经被用于各式各样的应用：序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等；优势：谱HMMs是一个概率模型，它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实（空位）的可能性
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤：使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用：通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种，确定其存
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST，BLAST搜索可以有很多种用途，
穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率
穆易青·2023-11-14 01:40

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容：对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟（GRC）维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点：每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？基因组上的结构变异位
穆易青·2023-11-14 01:10

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)分治法(DivideandConquerMethods)SP方法(SumofPairsMethods)累进方法(Pr
Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

《生物信息学》阅读笔记 （三）：序列比对原理

这一章之前在博客中就有过介绍。这里是查漏补缺。运用全局比对的主要优势在于对具有高度同源性的序列进行优化，这在以已知三维结构的同源性序列为基础对未知序列的三维结构进行预测的模型构建中是十分有用的。局部比对适合用于哪些在其全长中具有局部的小同源性片段的序列比较，一般用于特定序列位点、结构域及其他类型重复序列的搜索，同时它在发现数据库中待分析序列的同源序列过程中也有重要意义。相似性（similarity
wxw060709·2023-11-14 00:40

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

学习目标理解同源（包括直系和旁系同源）的含义；阐释如PAM（可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后，一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功
穆易青·2023-11-14 00:40

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台：InterPro和
穆易青·2023-11-14 00:36

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ·2023-11-11 21:27

python解析.hhr文件

HMMER用于生物信息学中的蛋白质和核酸序列比对任务，例如蛋白质家族分类、序列相似性搜索等。HHR文件是HMMER比对结果的一种输出格式，它包含了与序列比对相关的信息。
qq_27390023·2023-11-11 21:17

多序列比对sto格式转a3m

在生物信息学中，有多种文件格式用于存储多序列比对的结果，其中包括Stockholm(.sto)和A3M(.a3m)格式。
qq_27390023·2023-11-11 21:38

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析 方法

相关背景DNA结构DNA分子的一级结构：A,C,G,T四种核苷酸的线性多聚体；DNA分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成；DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，
JamSlade·2023-11-11 06:11

生物信息学中引入NLP的相关思想

这是鄙人写的第一篇博客，还有许许多多的问题，希望大家多多指正目录生物信息学与NLP是什么？什么是生物信息学？什么是NLP？生物信息学和NLP有何关联？
又三郎丶·2023-11-08 13:21

生物信息学 | 借助 AI 更高效地开启研究

By超神经生物信息学(Bioinformatics)是指利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法，研究生物学问题。
HyperAI超神经·2023-11-06 21:54

9. 《Bioinformatics Data Skills》之Unix Shell

由于UnixShell的2大哲学思想模块化与重定向，其成为生物信息学家常用的工作环境。模块化指的是一个程序只做好一件事情，然后将程序使用管道连接起来。
DataScience·2023-11-06 14:17

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 7

这一章来介绍NGS的下游分析富集分析简单的讲，富集分析就是一种统计分析的手段，用来筛选功能相类的一组基因是否富集中差异表达的基因中。当人们拿到了差异表达的基因时，很多时候因为差异表达的基因数量很多，面对这么多的基因，人们不知道如何找到合适的突破口进行下游的验证实验。于是从一堆差异表达的基因中找出有意义的基因进行RT-PCR验证以及基因敲除验证就需要使用到富集分析了选择正确的库(library,或者
小潤澤·2023-11-06 01:26

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点，给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Sing
Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

rcp2.6是什么意思_RCP Bioclipse版本2.2.0已发布

Bioclipse是基于EclipseRCP的化学和生物信息学的开源可视平台。
diluan6799·2023-11-04 12:18

生物信息学与功能基因组学（1）

生物信息学是一门集数学、计算基科学和生物学的工具与技术于一体的交叉学科，其研究内容涵盖了生物信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释等各个方面。
顺昕如意·2023-11-03 06:22

生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换

例子GFF转为GTF使用AGAT转换使用gffread转换使用GenomeTools转换其他工具：ea-utils、TransDecoder、Kentutils闲聊参考前言GFF和GTF两种格式，算是生物信息学中最基本最常用
万木春❀·2023-11-03 04:54

bedtools intersect用法详解

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！
awk_bioinfo·2023-11-03 04:16

bedtools 用法大全

bedtools用法大全bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！
awk_bioinfo·2023-11-03 04:15

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-03 04:45

用maftools一行代码画出瀑布图

本文首发于微信公众号：生物信息学习昨天本科的一个师姐问我关于瀑布图的画法，想要画个瀑布图，问我有没有有什么工具可以画的，目标图如下：image.png于是给师姐介绍了maftools这个R包，这个R包功能非常强大
gtt儿_生物信息学习·2023-11-02 16:22

2021-03-03

核酸和蛋白质序列分析关键词：核酸序列蛋白质序列分析软件在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。
85164760f6ac·2023-11-02 14:56

科研神器TBtools，拿来把你……

森言森语TBtools是一款优秀的生物信息学软件，也是我最早接触的生物信息学软件。从接触到现在差不多一年，边使用，边积累，算是学习路上的一款启蒙软件。
今日之森·2023-11-02 08:24

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.读取数据集2.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍  计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA测序数据集。数据预处理：根据需要对数据进行预处理，例如基因过滤、归一化等。计算亲和力：使用合适
QomolangmaH·2023-11-02 05:04

Windows子系统Linux安装简易指南(1)

最近接触到生物信息学Linux是处理生物信息学数据必备的工具之一，常用的笔记本或者电脑是windows系统但是处理较大数据时候不大方便，常见的是1.windows上面安装虚拟机然后在虚拟机上安装Linux
小乔爱科研·2023-11-01 07:10

可视化生信分析利器 Galaxy 之 Docker 部署

GalaxyProject（https://galaxyproject.org/）是很多年前在云计算背景下诞生的一个生物信息学可视化分析开源项目,是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具之一
BioIT爱好者·2023-10-31 10:09

生物信息学 之 序列比对

针对DNA、RNA以及蛋白质序列，我们需要对其进行序列相似性搜索，来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】双序列比对（PairwisesequenceAlignment）同源性【homology】多序列比对（MultipleSequenceAlignment）旁系同源【paralogs】：同祖同种不同功直系同源【orthologs】：同祖
BHHANt·2023-10-31 09:51

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现

生物信息学系列博客索引生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解生物信息学（
大青儿·2023-10-31 09:19

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明

1.软件说明Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是BasicLocalAlignmentSearchTool。Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的
小果运维·2023-10-31 09:47

「摸鱼快报003」哈佛生物信息学课程叫你乖乖呆家学习

https://github.com/harvardinformatics/learning-bioinformatics-at-home哈佛大学的科学家们为了让诸位乖乖呆在家里学习生物信息学，开始编撰一份学习清单方便大家在家里好好学习生物信息学
卖萌哥·2023-10-31 06:02

最新11+单基因泛癌纯生信，值得学习！

本研究通过一系列的生物信息学和统计方法，对多个层次的数据
生信小课堂·2023-10-31 02:03

生物小工具

本文主要介绍一些生物小工具,尤其是在文章中的，还有就是生物信息学方面的，总而言之，言而总之，希望能够帮助到大家。
天明豆豆·2023-10-30 22:44

蛋白质PDB文件读取C++代码

在生物信息学中，PDB数据库是非常重要的蛋白质结构数据库。PDB数据文件的读取是进行蛋白质结构相关预测的重要步骤！
Jun-H·2023-10-28 03:53

清华大学鲁志实验室内部生物信息学培训教材

授课的配套PPT都是共享在清华大学校园网盘：-[Bioinfo2020](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=%2Fbioinfo2020%2FLectures&mode=list)-[Bioinfo2019](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=
可以公开的秘密Scarlett·2023-10-27 00:07

RAD51的系统泛癌分析揭示其对诊断预后和治疗预测的潜在作用

APan-CancerBioinformaticAnalysisofRAD51RegardingtheValuesforDiagnosis,Prognosis,andTherapeuticPredictionRAD51在诊断、预后和治疗预测方面的价值的泛癌症生物信息学分析发表期刊
生信学霸·2023-10-26 22:15

生物相关专业

大学生物相关的专有共有5个，分别为细胞生物学专业、海洋生物学专业、生物信息学专业、生物化学与分子生物学专业、微生物学专业。
春秋海儿·2023-10-23 06:32

MIT 生物信息课程

这是生物信息学中的一个核心概念，对于理解整个生物网络至关重要。
丸丸丸子w·2023-10-22 19:02

生物信息学缘起——linux篇（五）if-then-else命令

一、if-then语句shell中最基本的结构化命令是if-then语句：ifcommandthencommandsfi如果你在用其他编程语言的if-then语句，这种形式可能会让你有点困惑。在其他编程语言中，if语句之后的对象是一个等式，这个等式的求值结果为TRUE或FALSE。但bashshell的if语句并不是这么做的。bashshell的if语句会运行if后面的那个命令。如果该命令的退出状
BioInforNya·2023-10-21 23:36

生物信息学入门必备书籍【免费获取】

推荐一共分为三个部分：“系统基础”生物信息学处理大数据的特性，我们必然使用linux系统才能高效工作，学习linux是生物信息学学习的“系统基础”。
沈博士·2023-10-20 23:42

【论文复现】基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类（【生物信息学】实验二：多组学数据融合：scMDC）

目录一、实验介绍1.论文：基于多模态深度学习方法的单细胞多组学数据聚类Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二（本实验）2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三、实验内容1.用法2.输出3.参数4.run_scMDC设置超参数对scRNA-seq数据进行预处理构建scMultiCluster模型预训练使用KMeans确定聚类数k微调模型,训练聚类层保存预测
QomolangmaH·2023-10-19 00:46

Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站

图片一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中
Seurat_·2023-10-18 21:35

生物信息学——文件格式 pileup详解

生物信息学生物信息学——文件格式pileup详解文章目录生物信息学概述一、pileup文件格式二、碱基序列（Readbases）符号详解概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求。
福旺旺·2023-10-18 18:09
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