生物信息学】

RDKit计算分子属性

RDKit计算分子属性  分子属性的计算在化学、药物研发和生物信息学等领域中具有重要意义。
MurphyStar·2023-10-17 10:29

甲状腺乳头状癌piRNA诊断标志

想必很多同学对piRNAs都不是很熟悉吧，那么到底什么是piRNAs，我们又该如何通过常用的生物信息学方法识别出可以作为标志物的关键piRNAs呢？就让我们带着这样的疑问开始今天的学习吧。
概普生信·2023-10-17 09:22

Cluster聚类算法大比拼：性能、应用场景和可视化对比总结

聚类分析是一种无监督学习方法，广泛应用于各种领域，包括市场细分、社交网络分析、生物信息学和推荐系统等。
Mr数据杨·2023-10-16 17:01

linux视频-P13-fasta和fastq格式文件的shell小练习

fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
小梦游仙境·2023-10-16 15:09

计算机方向的计算生物学,美国生物信息学和计算生物学的研究课题

留学美国，可能了解生物信息学和计算生物学的人仅仅局限在计算机科学专业，因为生物信息学和计算生物学是在计算机科学专业下的分支。
weixin_39979948·2023-10-16 10:13

生物信息学所需的计算机知识,生物信息学专业计算机课程的探讨

摘要：介绍了生物信息学专业教学的特点，分析了生物专业学生进行计算机课程教学中存在的问题，提出了生物专业计算机课程教学方法。
weixin_39704971·2023-10-16 10:43

计算机专业生物信息学方向怎么样,2019年生物信息学本科专业怎么样？

2019年本科生物信息学专业怎么样？就业方向和就业前景如何？专业代码：071003修业年限:四年学科门类：理学专业类：生物科学类生物信息学专业怎么样?
哎不想起名·2023-10-16 10:12

生物学和计算机科学结合的学科,美国生物信息学和计算生物学解析

一、生物信息学生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科
Triple A·2023-10-16 10:12

美国计算机生物学要求,美国研究生生物信息学与计算生物学学校列表

综排学校名称项目名称项目英文名开设学位隶属科系1计量与计算生物学QuantitativeandComputationalBiologyPhD自然科学部生物信息学与计算生物学Bioinformatics&
琉璃与大大·2023-10-16 10:42

生物信息学还是跨专业计算机,生物统计学与生物信息学的区别

生物信息学(Bioinformatics)生物信息学(Bioinformatics)利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学方法研究生物学的问题。
yisac·2023-10-16 10:12

计算机科学在生物信息中的应用,计算机科学在生物信息学中的应用

生物信息学计算机科学在生物信息学中的应用万卫兵①施鹏飞摘要生物信息学是一门新兴的交叉学科,计算机科学如何更快更好地发挥其在生物信息学中的作用是计算机研究和开发人员面临的一个重要的新课题。
干啥勒·2023-10-16 10:12

生物信息学 陈铭_生物信息学Bioinformatics-山东大学课程中心.PDF

生物信息学Bioinformatics-山东大学课程中心生物信息学Bioinformatics巩晶癌症研究中心山东大学基础医学院2016.09.0877PERSONALINFORMATION姓名：巩晶年龄
aganztracy·2023-10-16 10:41

生物信息学基础知识Day1

文章目录前言一、生物大分子1.DNA2.RNA3.蛋白质二、基因组、转录组和蛋白质组1.基因2.基因组3.转录组4.蛋白质组总结前言个人学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》的一些笔记。
抱紧我自己·2023-10-16 10:09

生物信息学在心血管系统疾病中的应用

生物信息学在心血管系统疾病中的应用心血管疾病简介心血管疾病是一组心脏和血管疾患的名称，心血管疾病是全球的头号死因：每年死于心血管疾病的人数多于其它任何病因。
荞麦agan·2023-10-16 10:06

生物信息学的研究方向

1.生物信息数据库：是用于生物信息学研究的原始数据，是生物信息学赖以生存和发展的基础。
终是蝶衣梦晓楼·2023-10-16 10:34

生物信息学研究方向

具体的研究方向1、序列分析2、计算进化生物学3、生物多样性的度量4、蛋白质结构预测5、蛋白质表达分析6、比较基因组学7、导致癌症的突变分析8、在药物研发方面的应用前者偏理论，后者偏向证明第一类研究方向：第一类的生物信息学应用关注于中心法则中任一阶段的信息传递
conch0329·2023-10-16 10:02

云主机构建生信服务器（一）——腾讯云的注册及使用

之前在自己的电脑上折腾过一段时间生物信息学，被各种软件的安装、数据的下载折腾到吐血。虽然现在网上的教程很多，但总还是会卡在一些地方无法顺利进行下去。
青椒窝窝头·2023-10-15 13:55

2018-01-06

2.做了一天的生物信息学实验。进展缓慢，数据可以读到了，但是要转化成标准格式。我现在在下载数据格式的模板，下载了一下午也没成功。不论用什么方法都超级慢，不知道是网速的原因，还是因为这个网站的原因。
王小沫的日记·2023-10-15 01:54

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码RNA小RNA共线性分析在线序列分析序列比对数据下载前言根据B站视频教程生物信息快速入门边自学边随手记的笔记，省略了开头几节测序原理以及数据质控，在之前的文章中有粗略提过该部
twocanis·2023-10-13 20:54

富集分析天花板之ClusterProfiler4

说在前面在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔，想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下，他就是南方医科大学生物信息学系主任余光创教授。
生信宝库·2023-10-13 15:35

corrplot包画相关性图详解

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。
医学和生信笔记·2023-10-13 02:05

python笔记——python生物信息学数据管理-数据读写

#第二部分#文件neuron_data.txt16.38139.90441.4629.0340.93202.70142.30346.00300.00>>>data=[]>>>forlineinopen('neuron_data.txt'):#for循环逐行读取文件...length=float(line.strip())#去掉空格和换行符，转换为浮点数...data.append(length)#
懒猫古德·2023-10-11 22:09

生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)

生物信息学生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)文章目录生物信息学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、vcf文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求
福旺旺·2023-10-11 04:30

识别 lncRNA相关的生物标志物以提高LUAD预后的准确性（IF5+）

CCT6AandSPOCK1forLungAdenocarcinomaBasedonBioinformaticAnalysisoflncRNA-MediatedceRNANetworkandSampleValidation基于lncRNA介导的ceRNA网络的生物信息学分析和样本验证
生信学霸·2023-10-10 11:19

《Bioinformatics Programming Using Python》

《BioinformaticsProgrammingUsingPython》高清电子书微科享想生活本书通过许多例子和练习题，帮助读者简化使用Python的生物信息学编程。
高锰酸钾配甲醛_ab83·2023-10-07 19:42

一张思维导图帮你看懂生物信息数据来源及产生途径

最近系统的从头到尾学习了一下樊龙江老师出版的生物信息学这本书，学习生物信息有1年多了，从事医学数据分析6年多了，唯一的感觉就是基础很重要真的很重要，参加了很多的培训班，自己也看过很多的视频，也办过几期的线下培训
菜鸟青盐·2023-10-07 07:38

遇到了一次colorspace的测序数据

目前已经是我接触生物信息学的第四年了，这里的内容由于学业压力也很久没有更新，现在可以趁着寒假的空闲时间写一写最近遇到的东西。
果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

计算机算法在生物信息学中的应用,生物信息学在系统发育分析中的应用（自己原创） - 生物科学 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...

本文综述了系统进化的各种研究方法以及生物信息学在其中的应用,并对生物信息学中所采用的研究生物进化关系的方法进行了比较，以及分析了生物信息学的发展趋势。关键词：系统发育分析;生物信
阿猴HOSEA·2023-10-04 12:22

CCF发布2020-2021中国计算机科学技术发展报告

本《发展报告》包含体系结构、计算机视觉、理论计算机科学、信息系统、网络与数据通信等方向的报告，从碳中和体系结构、视觉－语言交互技术、生物信息学组合优化、新一代知识图谱信息系统、Ske
人工智能学家·2023-10-03 14:23

【生物信息学】Notears Linear算法在线性结构方程模型中的因果关系估计

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.set_random_seed2.notears_lineara.输入参数b.内部函数_adjc.内部函数_lossd.内部函数_he.内部函数_funcf.函数主体部分3.主程序数据部分展示绘制图n.代码整合一、实验介绍本实验完成了NotearsLinear算法在线性结构方程模型中的因果关系估计
QomolangmaH·2023-10-03 06:14

【生物信息学】使用皮尔逊相关系数进行相关性分析

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.cal_pearson（计算皮尔逊相关系数）2.主程序a.实验1（较强的正相关关系）：b.实验2（几乎没有线性相关关系）：c.实验3（非常强的正相关关系）：d.实验4（斯皮尔曼相关系数矩阵）：3.代码整合一、实验介绍本实验主要实现了自定义皮尔逊相关系数进行相关性分析。相关性分析是一种常用的统计方法
QomolangmaH·2023-10-03 06:12

【生物信息学】计算图网络中节点的中心性指标：聚集系数、介数中心性、度中心性

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成邻接矩阵simulate_G:2.计算节点的聚集系数CC(G):3.计算节点的介数中心性BC(G)4.计算节点的度中心性DC(G)5.综合centrality(G)6.代码整合一、实验介绍本实验实现了计算图网络中节点的中心性指标，包括聚集系数、介数中心性、度中心性等二、实验环境本系列实验使用了
QomolangmaH·2023-10-02 16:12

【生物信息学】基因差异分析Deg（数据读取、数据处理、差异分析、结果可视化）

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具包1.定义一些阈值和参数2.读取数据normal_data.csv部分展示tumor_data.csv部分展示3.绘制箱型图4.删除表达量低于阈值的基因5.计算差异显著的基因6.初始化结果数据表格7.进行秩和检验和差异倍数计算8.可视化分析9.代码整合一、实验介绍本实验完成了基因差异分析，包括数据读取
QomolangmaH·2023-10-02 16:42

【生物信息学】使用HSIC LASSO方法进行特征选择

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.读取数据2.划分训练集和测试集3.进行HSICLASSO特征选择4.特征提取5.使用随机森林进行分类（使用所有特征）6.使用随机森林进行分类（使用HSIC选择的特征）：7.代码整合一、实验介绍本实验实现了HSICLASSO（Hilbert-SchmidtindependencecriterionL
QomolangmaH·2023-10-02 16:42

【生物信息学】使用谱聚类（Spectral Clustering）算法进行聚类分析

目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍3.IDE三、实验内容0.导入必要的工具1.生成测试数据2.绘制初始数据分布图3.循环尝试不同的参数组合并计算聚类效果4.输出最佳参数组合5.绘制最佳聚类结果图6.代码整合一、实验介绍本实验实现了使用谱聚类（SpectralClustering）算法进行聚类分析二、实验环境本系列实验使用了PyTorch深度学习框架，相关操作如下（基于深度学
QomolangmaH·2023-10-02 16:10

支持向量机SVM：从数学原理到实际应用

LagrangeMultipliers）KKT条件核技巧（KernelTrick）双重问题和主问题（DualandPrimalProblems）四、代码实现数据预处理模型定义优化器选择训练模型评估模型五、实战应用文本分类图像识别生物信息学金融预测客户细分六
TechLead KrisChang·2023-10-01 13:54

用计算python两点之间的距离math_自学生信Python（第二天）|计算出两点之间的距离...

计算出两点之间的距离日常旁白：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。
weixin_39828859·2023-09-30 11:45

C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码

1生物信息学简介生物信息学（BioInformatics）是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科
Trufferover·2023-09-29 23:11

12 STRING蛋白互作数据库

string-db.org/STRING数据库是一个研究蛋白质之间相互作用的数据库，这种作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接的功能相关性除了实验数据外，STRING还包括了利用其它生物信息学方法预测得到的结果
油炸椒盐菠萝·2023-09-29 17:28

宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集

2020年7月，由欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：统一的人类胃肠道基因组
尐尐呅·2023-09-29 17:14

图表示学习经典方法——GCN＆GAE

图表示学习在诸多应用领域都有广泛的应用，如社交网络分析、生物信息学、推荐系统等。
深度之眼·2023-09-29 16:11

生物信息学 | 富集分析

主要目标：理解这个代码的主要的思路。想分析一下老师的这个富集分析的主要的思路是什么？一行一行的理解这个代码。#GetcelltypemeanofeachgenecellTypeMeanxff[1]1348154456Levels:134568>ff[1]148154456Levels:134568>new_fnew_f[1]148154456Levels:14568这个的意思就是说，当我们剔除fa
今天也是个妖精头子呀·2023-09-28 23:10

KEGG 通路富集分析图解

KEGG通路富集分析KEGG数据库KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库是日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了的生物信息学数据库。
荞麦agan·2023-09-28 23:05

【生物信息学】基因富集分析

目录1.导入必要的库2.定义一些变量3.计算富集分析的p值4.绘制概率质量函数图5.读取数据6.定义富集分析函数7.富集分析8.将结果保存到文件并打印DAVIDFunctionalAnnotationBioinformaticsMicroarrayAnalysis1.导入必要的库fromscipy.statsimporthypergeomimportnumpyasnpimportpandasasp
QomolangmaH·2023-09-28 23:02

复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图

setwd("F:/生物信息学")A%as.data.frame()%>%mutate(group=rep(c("cluster1","cluste
KS科研分享与服务·2023-09-28 04:58

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据（联网下载）更换下载数据源对数据集进行初步观察处理GEOquery简介GEOquery是一个在生物信息学中常用的
人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

【Bioinfomatics】生物信息学名词积累

Motivation臭写代码的最近在搞生物信息相关的东西，拿来发现好多单位、名词都不知道是什么。记录一下方便自己和大家学习。单位bp（Basepair）：碱基对，用来表示DNA序列的长度。reads：读长，测序仪单次测序所得到的碱基序列名词cohortstudy：队列研究队列研究是将某一特定人群按是否暴露于某可疑因素或暴露程度分为不同的亚组，追踪观察两组或多组成员结局（如疾病）发生的情况，比较各组
小丫么小阿豪·2023-09-27 21:46

通向 CNS 期刊的视觉之旅 | 生物信息学作图系列教程（一）

拿到数据，不知道如何快速地分析？面对结果，不知道用什么图更好地展示心中的想法？面对CNS期刊优雅的图，心中满是羡慕却不知从何下手？搜索了很多教程，却在安装时就被繁杂的安装步骤以及满屏的版本冲突劝退？众所周知，精美的图能让你的高质量期刊论文更上一层楼。为此，我们整理了一系列精美的作图教程，并配套了每一个教程所对应的环境，让你不但能轻松分析数据，还能一键出图！GOplot：画出差异表达基因富集结果No
·2023-09-26 19:54

2022-10-20晨间日记

今天是什么日子起床：8:20就寝：23:30天气：晴心情：平和纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：听力、文献阅读、英语作业、生物信息学作业改进：习惯养成：周目标·完成进度学习·信息·阅读健康
Wendy_0122·2023-09-26 11:46

又发现了一本对纯生信友好的期刊

该期刊主要对以下研究领域感兴趣，其中生物信息学排在第一位：Bioinfo
SCI狂人团队·2023-09-26 02:19
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