生物信息学】

这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

Metascape专门为生物学者设计的基因富集分析网站image一、Metascape简介Metascape（http://metascape.org/）是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中
生信宝典·2023-12-25 22:07

决策曲线分析DCA用于lasso回归/随机森林

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。
医学和生信笔记·2023-12-23 21:29

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

遗传图谱遗传图谱（Geneticmap），是基于全基因组重测序技术或简化基因组测序技术，对某物种家系样本进行测序，利用生物信息学方法，开发SNP分子标记，计算标记间的遗传连锁距离，绘制高密度遗传图谱。
百迈客生物·2023-12-23 03:06

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态
生信云笔记·2023-12-21 13:08

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维·2023-12-20 14:22

2021-01-26基因ID+TMP

基因ID总参考-医学生物信息学数据库常用：基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字，是这个基因功能+编号的简写。
小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq
小潤澤·2023-12-19 19:08

支持向量机（SVM）：高效分类的强大工具

文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3生物信息学
_用户昵称_·2023-12-19 06:34

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。
学术程稻属·2023-12-18 03:56

基因-疾病数据库/工具大集合

1909~2015年基因发现时间轴，展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究（包括基因组学、生物信息学、系统生物学和系统医学）的核心。
尐尐呅·2023-12-17 15:26

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 6

这次介绍的是10XGenomics的数据分析数据读取#构建Seurat对象library(Seurat)library(dplyr)#读取PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)数据pbmc.data0){buf0]2.cell筛选#Seurat会计算基因数以及UMI数(nGeneandnUMI).#Seurat会将原始数据保存在raw.dataslot中，#每一
小潤澤·2023-12-16 19:44

【生物信息学】scRNA-seq数据分析（一）：质控~细胞筛选~高表达基因筛选

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍  质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境  可使用如下指令：condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt  其中，requirements.
QomolangmaH·2023-12-16 14:11

生物信息学分析领域领先的特制语言环境NGLess（Next Generation Less）介绍、安装配置和详细使用方法

介绍NGLess（NextGenerationLess）是一种用于生物信息学分析的领先的领域特定语言（DSL）。
小果运维·2023-12-15 20:36

【动态规划总结】动态规划算法掌握一种技巧-完美理解

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
未来星_狒狒·2023-12-06 04:08

大数据 - MapReduce：从原理到实战的全面指南

每天都有数以百万计的数据被生成、存储和处理，覆盖了从互联网搜索、电子商务，到生物信息学和气候研究等各个领域。
快乐非自愿·2023-12-04 19:03

Docker封装生物信息学宏基因组流程

宏基因组学（metagenomics）是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。宏基因组不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；可以得到环境中丰度较低的，甚至是痕量微生物的信
儒雅随和王小板·2023-12-03 05:50

R语言中如何改变表格数据的填充顺序

#搬运过来的，看不懂请看原出处原作者：熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室[email protected]://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz通常在R语言中矩阵
一声沧海笑·2023-12-02 12:53

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
艾思科蓝-何老师【H8053】·2023-12-02 06:39

dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用

dbCAN是一个非常有用的生物信息学工具，对于研究纤维素生物转化、生物能源、生产生物基化学品等领域的研究具有重要意义。Run_dbCAN是一个用于预
小果运维·2023-12-01 14:46

2021-11-11 不仅仅是科学原理，还有独特的视角！—《诠释人性：如何用自然科学理解生命、爱与关系》

作者卡米拉·庞，伦敦大学学院生物化学博士，从事转化生物信息学研究的博士后科学家。8岁时，卡米拉被诊断患有自闭症谱系障碍（ASD），26岁时被诊断患有多动症（ADHD），而焦虑也一直伴随着她。
树毛竹·2023-11-30 22:45

IF：4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路

语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你75篇原创内容-->公众号现在肿瘤的文章已经很多很多了，其实非肿瘤的文章也可以轻松的实现，这期就介绍一篇4+的非肿瘤文章，轻松利用生物信息学分析鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的
90066456ace6·2023-11-30 00:53

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
搞科研的小刘选手·2023-11-29 20:17

r语言 相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析
知乎剧综·2023-11-29 03:32

加权基因共表达网络分析 (WGCNA）| 共表达网络模块构建 |生物信息学数据分析必备技能

一、前言1.1概念加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基
小杜的生信筆記·2023-11-28 17:42

基于Qiime2处理Silva数据库

生物信息学习提示：仅供学习交流使用。
Biostudy-1005·2023-11-26 18:27

QIIME2进阶一_用QIIME2解析序列，诠释生命

本文旨在介绍生物信息学软件QIIME2及其核心组成。2010年，美国科罗拉多大学的RobKnight教授（现单位美国加州大学圣地亚哥分校）团队发布QIIME（发音同chime）分析流程。
环微分析·2023-11-26 18:53

QIIME 2介绍

QIIME2（QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology2）是一个用于分析和解释微生物组数据的开源生物信息学工具。
qq_27390023·2023-11-26 18:51

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

如我题目所说，这次探讨的问题是纯生物信息学文章好不好发表。纯生物信息学最大的好处就是跳过了基础实验这个最大门槛，省去大量时间和精力，以至于同学们对生信发文的坚信程度达到了无比执着的境地。
医学程序研究·2023-11-26 10:34

计算最长公共子序列算法

概述最长公共子序列问题是计算机科学与技术领域中一个重要的问题，广泛应用于字符串匹配、版本控制、生物信息学等领域。解决最长公共子序列问题的动态规划算法具有高效、可靠的特点，因此被广泛采用。
大宝贱·2023-11-25 15:34

【金猿案例展】某国家级研究所——组学大数据分析平台建设

生物信息学经过近30年的发展，从最初的基因组数据的收集和存储，到利用数学建模和人工智能思想，挖掘数据背后的生物学意义、对样本数据进行合理分类、建立合理的二级和三级数据库，
数据猿·2023-11-24 20:46

生物信息学之玩转Linux---学习笔记（一)---生信技能树

Linux系统是进行生物信息学分析的基石，许多生物信息学软件都是基于Linux系统开发的。所以学习Linux对于生物信息学分析尤为重要。
LiuYueRR·2023-11-24 20:58

图神经网络的数学原理总结

许多现实生活问题使GDL成为万能工具：在社交媒体、药物发现、芯片植入、预测、生物信息学等方面都显示出了很大的前景。
金戈鐡馬·2023-11-24 18:41

STRING||蛋白互作数据库在线分析基因互作网络（PPI）

它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因。
生信编程日常·2023-11-24 07:29

基于 Dash Bio 的生物信息学数据可视化

DashBio是面向生物信息学，且与Dash兼容的组件，它可以将生物信息学领域中常见的数据整合到Dash应用程序，以实现响应式的生物信息学数据可视化。
Python中文社区·2023-11-24 01:51

基因组组装----k-mer

k-mer：在生物信息学中，k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。比如序列：GTAGAGCTGT,根据k值不同，可得到以下k-mer。
bcl_hx·2023-11-23 12:16

10+生信文章鉴赏：如何将靶点与癌症的关系研究透彻

该研究利用生物信息学的方法，在零实验的情况下，通过对shelterin在各种癌症中的表达、突变以及与免疫通路的关系，系统性的研究了shelterin作为靶点以及作为癌症标志物的可能性。
概普生信·2023-11-22 15:46

生物信息学之抗癌药物反应论文阅读六：DNN整合基因组谱

论文地址：Predictingdrugresponseoftumorsfromintegratedgenomicprofilesbydeepneuralnetworks利用深度神经网络预测整合基因组谱的肿瘤药物反应作者信息：Yu-ChiaoChiu1,Hung-IHarryChen1,2,TingheZhang2,SongyaoZhang2,3,AparnaGorthi1,Li-JuWang1,Y
Programming_miao·2023-11-22 03:58

深入解析序列模型：全面阐释 RNN、LSTM 与 Seq2Seq 的秘密

简介序列建模是许多领域的一个重要问题，包括自然语言处理(NLP)、语音识别和语音合成、时间序列预测、音乐生成和「生物信息学」。所有这些任务的共同点是它们需要坚持。接下来的事情的预测是基于历史的。
冷冻工厂·2023-11-21 05:42

Neo4j数据库介绍及简单使用

这种表示方式非常适合处理具有复杂关系的数据，如社交网络、推荐系统、网络拓扑、生物信息学等领域的数据。
西瓜太郎呀！·2023-11-20 01:59

【生物信息学学习】Linux基础

虚拟机作为远程服务器获取虚拟机的IP地址远程登陆服务器传输文件Linux基础命令目录相关的命令常用命令cd切换目录特殊路径（”“之中的符号）文件操作命令查看文件内容编辑文件的内容压缩和打包Linux与生物信息生物信息学为什么使用
Ginno·2023-11-19 15:21

bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer

我们在[生物信息学100个基础问题——第5题测序建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问
RachaelRiggs·2023-11-19 09:20

动态规划c++

1.什么是动态规划动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法
呼噜吧唧·2023-11-18 22:12

生物信息学和计算生物学中的扩散模型

生物信息学和计算生物学中的扩散模型摘译李升伟1张俊鹏2（1.特趣生物科技有限公司，广东深圳；2.大理大学工学院，云南大理）去噪扩散模型包含一种生成人工智能,可应用于计算机视觉、自然语言处理和生物信息学。
lisw05·2023-11-18 21:34

【国科大——期末复习】生物信息学(陈润生)_期末考试答案（持续更新~）

有遗漏的题，大家在评论区告诉我，我去找细节：计算的题都是整数待更新~一、什么是生物信息学？你如何理解生物信息学的含义？
码农耕地人~go·2023-11-17 12:49

火山图——直观的特征差异可视化

FC值全拼FoldChangevalue，直译为差异的倍数，在生物信息学的分析中主要用于表示
Odd_guy·2023-11-15 22:44

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-14 22:57

【学习笔记】山东大学生物信息学-02 序列比较

课程地址：山东大学生物信息学文章目录二、序列比较2.1认识序列2.2序列相似性2.3替换记分矩阵2.4序列两两比较：打点法2.5序列两两比较：序列比对法（定量）2.6一致性和相似度2.7在线双序列比对工具
taotaotao7777777·2023-11-14 01:43

2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 上）

学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论；理解关于基因组区域的MSA的几个问题。6.1引言本章探讨MSA的一般性问题介绍MSA的五种方法；认识用于MSA的数据库，比如Pfam；讨论基因组DNA的多重序列比对。多重
穆易青·2023-11-14 01:43

2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 下）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可
穆易青·2023-11-14 01:42

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可
穆易青·2023-11-14 01:12
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